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AGAGUCGAUUGGACAGUCGCUGUCGCGCAAUAGCGCGGUGGAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGAGUGCCAGGUAACGCCUGGGAGGCGCGAGCCUACGGAAAGUGCCACAGAAAAUAACCGCCUAAGCGCAACAGCGCCGGUAAGGGUGAAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCACGGCUGGCAACAGUGCGUGGCUAGGUAAACCCCACUCGGAGCAAGACCAAAUAGGAAUCCAUUGGCGCGGCCCGCGUUGGAUUCGGGUAGGUCGCUUGAGGCGUACAGUGAUGUGCGUCCCAGAGGAAUGGCUGUCCUCGACAGAACCCGGCUUAUAGAUCGACUCUCCCA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................((((((...)))))).((((....)))).........((...........((((((...(........)...)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))))).................((((...(((......((((((....(((((...))))).)))))).....))).))))..((((((((....)))))))).................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...................................................................................................................................................((((((.......)))))).((((((((....)))).))))..........................................................................................................................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((....))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((..(((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((....)))))))))............(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((..(((((....))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))...(((......((((((....((((.....)))).)))))).....))).......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((((((((....)))))))))...............((........(((((((((((...)))))).((((....))))...............................((((....))))...............((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............)))))))(((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))))))((.((((((((....)))))))).))(((((.......))))).........)))))....)))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((.(((..........))).))............(((((.............((((((...)))))).((((....)))).........((.............((((...((((....)))).)))..)........((((((.......)))))).((((((((....)))).))))))................)))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))))....................)))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........(((((((((....)))))))))....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......))))))(((((.(((....)))..)))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...(((((.......))))).......)))))))).).)))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((((((((....)))))))))...........((..((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........((............(((((...((((....)))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))))...........)))))))(((..((((..((..(((((((...((((((.)))))))))))))..)).)))))))((.((((((((....)))))))).))(((((.......))))).......)))))))....)))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((......))))).)).........................(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((......(....)....)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))).................(((((....................)))))...............((((((((....))))))))..........))))))).............(.....).)))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.((((((((......))))))))............(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((..(((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))))))))))))...(((......((((((....((((.....)))).)))))).....))).......((((((((....))))))))..........))))))(...).................)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((............((((((....)))))).(((......[[[[[[[)))....((((...)))).......]]]]]]]((((....)))).(((....[[[[...........))).....((((....)))).]]]].(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))[[[..........)))))..]]].......(((..[[[[[[))).(((((...))))).]]]]]].........(((...((((((((....))))))))...[[[[[..)))..]]]]]..................)))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((((((((......)))((((((...........)))))).((((((....((((((...))))))..(((((...((...))...)))))..........((((.....((((....))))))))..(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....((....)).))))).((((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......))))))))).))))))....)))))....)))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........(((((((((....)))))))))..............................(((((.....))))).((((....))))...............................((((....))))...............((((((.......))))))..(((((((....)))).))).....................(((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....))))))))......................................)))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((..........))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((.((..((....)))).)))..)).)......(((((.......))))).(((((((((....)))).))))..).))).......)))))))))...(((...(..((((((...((((((...))))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.((((((((......)))))))).))...))))...((((........((((.((((((...)))))).((((....))))..((....((((..........((((((...((((....)))).)))...)))......(((((.(...).)))))..((((((((....)))).))))....))))...)).)))))))).(((.((.......((((((..(.((((...)))))))))))..(((......((((.((((((((....)))))))).).)))........(((...)))...))).)))))...)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((.(((((....)))))...(........)...((((....)))).(((((((((((...))))))..(((((...((...))...))))).............(((...((((....)))).)))...((......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))..........)).))))).((((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))((........))...((...)))))....)))))....)))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((....))))))))).......(((..(((((........(((((((((((...))))))..(((((.............)))))..........((((.....((((....))))))))..((((......(((((((........)))))))..(((((...........)))))....))))))))))))))..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).....))).)))))))))....................)))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((((((((....))))))))).(((...)))..(((((.............((((((...)))))).((((....))))......................((((((...((((....)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))..................)))))..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))......(((((...)))))....)))))....)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((......))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..(........((((((..(((........))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))......((..(...)))....)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((......))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((......)))))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((.........(((((..(((........))))))..))))(....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))......((..(...)))....)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((......)))))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((.((.........(((((..(((........))))))..)))).....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....)))..)..(.((((((((....))))))))).........)))))))......((..(...)))..).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((..(((((....)))))..)).......(((..(((((....((((.....(((((.....))))).((((....))))........))))..........((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........)))).....)))))..((((..((..(((((((...(((((...))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).))).)))..)))))))).((........)).......)))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((((((((((((....)))))....(((.........((((....)))).(((((((((((...))))))..(((((.............))))).............(((...((((....)))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))).((((..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))....)))..))))....)))))....)))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((((((((....(((((..(((((.......((((.((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).))))....(((((..........(((((..((((....))))......)))))....((((((.......)))))).....((((....))))..)))))..........)))))..((((..((((......(((((((................))))))).....))))))))..((((((((....))))))))...........)))))...))))))....)))))....)))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((........................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((....)))))).)).......((((.(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))))))))))))......................((((.....))))......))))............((((((((....))))))))..........))))))).......(....)........)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(..((((((....))))))..).......(((..(((((....((((.....(((((.....))))).((((....))))........))))..........((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........)))).....)))))..((((..((..(((((((...(((((...))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).))).)))..)))))))).((........)).......)))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....((((..((.((..(((((....)))))..))..))..))))..........((((...(((((((((...(((((((.(((((...((...))...)))))..........((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........))))..))))).))...))).....((...))..)))))).))))......))))).((.((((((.(((.((((((((....)))))))).))).((.....(((((...)))))...))...........)))).)).)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.(..((((((....))))))..)..))..))))((((((((..((((...(((((((((...(((((((((((....))))..((.....(((((.........(((((...((((....)))).)))..))(((....((((((.......)))))).))).((((....))))..)))))..((....)))).))))).))...))).....((...))..)))))).))))....))))..(((((..(((...((.((((((((....)))))))).))(((((.......))))))))...)))))))))...)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..(((((...))))).(((....)))(........)(((.(((((((((...(((((..((((((((((.(.((((...(((((((..((..)).))))))).))).)).))))(((((((................)))))))((..((((((((..)).)))))).....))))))).)..))...............)))....)))((((.(((.((..((((((((................))))))))..)))))...))))((((((((....))))))))(((......))).((((...)))).).))))))))....))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...............................................................................................................................................................................................................................................(..........................(.......).......(..(..).)..........................((.......)).......)..)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((...............................................................................................................................(((((.(.(.(...........).)...).................................................((.................))..............(.(.....................).)(..((((((((....))))))))....)......))))).(..)...................)))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.............(((((....)))))................(((((....((((.....(((((.....))))).((((....))))........))))..........((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........)))).....)))))..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....))))...((.((((((((....)))))))).))...................................)))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((.((((((....)))))).)).(((...)))..(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..((....((((..........((((((...((((....)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....))))...))))))))))))..((((......(((((((...(((((...)))))))))))).....)))).(((..((((((((....))))))))...)))....)))))))).((........)).......)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(..((((((....))))))..).......(((..(((((....((((.....(((((.....))))).((((....))))........))))..........((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........)))).....)))))..((((..((..(((((((...(((((...))))))))))))..)).))))..(((.((((((((....)))))))).))).)))..)))))))).((........)).......)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....)))).(((.(((((....))))).(((((...........)))))...((((.....(((((.....))))).((((....))))........)))).)))......((((.....((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........)))).....((((.............(((((((...((((.....)))))))))))..((((((((.....(((((((......)))))))...(((((.......))))).........)))))))).........)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((....)))).(((.(((((....))))).(((((.....[[[[..)))))...((((.....(((((.....))))).((((....)))).]]]]...)))).)))......((((<<<<.((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))..>>>>...)))).)))).(((.....((((....aaaaaaa))))(((.....))).AAAAAAA.(((.....)))...((((((((....))))))))...(((((..{{{{{))))).........}}}}}..........)))..... |
