RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00245

RNA: ASE_00245
Rfam family: RNaseP_nuc

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	............(((((((...(((((..........(((((((((.....)))))).)))........))))).....................((((((......................................................((((....))))..((((((((....))))))))..(((((((............(((((......)))))......))))))).))))))...((((((((((((((....)))))))))))))).............)))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..........((((((((((((((((.........(((((((((.....)))).))))).......)))))))))..((((.(((....)))..(((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..)))))))))))))...((((((...((.(((....))).))...))))))...)))).....)))))))(((((((((((((...))))))))).))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((((((((..((...((((..(((((.....)))))))))..))....)))))))))).....(((((..(((((((((..((((((((.............)))))))).((((((((((....))))))))))((((....)))).))..(((((....))))))))))))))))).......(((.((((((.(((.(((((..(((......)))...)))))))).((((..((..((....))..))...)))))))))))))......))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..................((((..........(((((..............)))))........))))........................((((.....................................................(((((....)))))....(((((....)))))...((((..(((..................................))).))))))))....................................................)))))(((((((...............))).))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((((((((((..((.....(((((((((.....))))))).)).))....)))))))))).................((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((............(((((......)))))......))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...)))))).............))))).(((((((((((((...))))))))).))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((..((((((((.........(((((((((.....))))).)))).......))))))))...................((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...)))))).............))))))((((((((((((.....)))))))).))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((.((........(((((((.......(((((((((.....)))).))))).........)))))))..................((((((((((((((.............)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))(((((.(((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))......(((((.......))))).))))))))))((((............)))).((((((((((((.....)))))))).))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....))))))).)).)))...)))))))))).................((((((((((((((..((......)).)))))))).(((((((((((..)))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((((..........(((((......)))))))....)))))))))))))).(((((((...((.(((....))).))...)))))))............))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((....................................(((((.......)))))................................................................(((((..)......))))...................................................................................................................................................................(.......(((.....)))......).))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....)))).))))).)))...)))))))))).....((((....))))((((((((((((((...(((...))).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....)))).....(((((....)))))...((((.((((..(((...))).(((((......)))))......))))))))))))))..((((((.[[[[[[...((((....)))))))))).....]]]]]]..))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((.((((((((.........(((((((((.....)))).))))).......))))))))........(((....))).((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...)))))).(((....))).)))))).((((((((((((.....)))))))).))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((.((((((((.........(((((((((.....))))).)))).......))))))))...................((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))............)))))))((((((((((((.....)))))))).))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((....((.......(..(...(((((...........((..((.....))..))..........))))).)).......(((((.........((.....................)).....((.....))................................................................(..........................)...............................................................................(....)..)))))........))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((((((((((.........(((((((((.....))))).)))).......))))))))).......(((....))).((((((((((((((..((......)).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((............(((((......)))))......))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...)))))).(((....))).)))))).((((((((((((.....)))))))).))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((......((((((...........(((((((.....)))))))..........))))))((((.....(((((..)))))((((((((((((((.............)))))))).(((((((((((..)))))))))))((((..)))).......(((((....)))))...((((.((((............(((((......)))))......))))))))))))))....))))........))))......))))))))((((............)))).(((((((((((((...))))))))).))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((((..........(((((..............)))))........))))).......................((((.....................................................(((((....)))))....(((((....)))))...((((..(((.(((........(((..........))).)))..))).))))))))............................................(............((((((.................)).)))).)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................(((((..........(((((..............)))))........))))).......................((((.....................................................(((((....)))))....(((((....)))))...((((..(((.(((........(((..........))).)))..))).))))))))............................................(............((((((.................)).)))).)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.......[[[[[[[...((((((.(((.....(((((((((.....))))).)))).)))...)))))))))))............(((((.((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))....((((((...((.(((....))).))...))))))...)))))....]]]]]]](((((((((((((...))))))))).))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....))))).)))).)))...)))))))))......((((....))))((((((((((((((..((.(...))).)))))))).((((((((((....))))))))))((((....)))).....(((((....)))))...((((.((((............(((((.(...))))))......))))))))))))))..((((((......(((....)))......))))))((((....)))))))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((.....((((((((.............(((((((.....))))))).............((((((......((((....))))...)))))).......))))))))........((((((....))))))..(((((((..(((((....)))))....(((((....))))).(((((..................(((((......)))))...(((((.((((........)))).))))).)))))))))))).))))))))).(((((....)))))......(((((((((((((...))))))))).))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................((((..........................................))))........................((((.....................................................(((((....)))))....(((((....)))))......................................................)))).........................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....)))).))))).)))...)))))))))..((((.(((....))).((((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))...)))).....)))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((....(((...((((((((((.........(((((((((.....)))).))))).......)))))))))).....(((((..(((((((((..((((((((..((......)).)))))))).((..((((((....))))))..))((((....)))).)).....(((....))).))))))))))))...)))......(((((......)))))...))))).(((...)))...(((((((...((.(((....))).))...))))).((((....))))...)))).((((((((((((...))))))))).)))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((((((((((.(((.....(((((((((.....))))).)))).)))...)))))))))).((((((((....))))((((((((((((((..((......)).)))))))).((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((....((....))(((((......)))))......))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))...))))......))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((.(((...)))((((((((((...((((((((........))))))))....)).))))))))(((((......)))))((((((((((((((((....(..(..))...))))))).(((((((((((..)))))))))))((((....)))).(((......))).(..)....((((((........).((((((.(((.(...))))...)).)))).)))))))))))..))).((((.........))))).)))))))))((((....(...)...)))).(((((((((((((...))))))))).))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................(.(..).).......................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((.(.(((((((.........(((((((((.....))))).)))).......))))))).)..((((............((((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((............(((((......)))))......))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))...))))......))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((..((((((.........(((((((((.....)))).))))).......))))))..)..((((.(((....))).((((((.(((((((..((......)).)))))))..((..((((((....))))))..))((((....))))..((.(((((....))))).))((((.((((........((..(((((......)))))..))..))))))))))))))..((((((...((.(((....))).))...))))))...)))).....)))))))(((((((((((((...))))))))).))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...(((((....))))).(((((.........(((((((((.....)))).))))).......))))).)))).....((((....)))).(((((.(((((((.............))))))).(((.(((((((....)))))))..(((((....))))).....((((....)))).))).(((.((((............(((((......)))))......))))))).)))))...((((((.(((....)))(((....))).))))))....(((((..........))))).(((((.......))))).........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..<<<.((((.....{{{...))))....(((((((((.....)))).)))))...((..bbbb)).(((.....((((....))))BBBB...(((((((.............))))))))))..(((((((....)))))))..(((((....)))))....<<<<<}}})>>>>>)))(((.....))).....>>>..(((((......)))))...))).((((.....((((......aaa)))).((((((AAA....)))))).((((...[[[[.....)))).]]]].(((((((.....)))))))..))))..

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