RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00246

RNA: ASE_00246
Rfam family: RNaseP_nuc

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((((((.((((((....))).)))....((((((........................))))))...(((((((((..((((((((((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).)))))))))..))))))))..))..(((.......(((((..((((((((..((............))...))))))))...)))))...((((((.......))))))...)))..))))))).)))))))....))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......((...(((((....((((.........(((((.......))))).........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((..........................................................................................)))))))))))....................)))))(((((((.....)))))))....................))...))..))
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....................................(((((.......)))))...................(((((((....((.((........)).)).........(((((.......)))))......................................................................................................................................(((...........))).........)))))))................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((((((((((((((...............)))))((..(((((.(.(((((.((.((((....)))).)).))))).).((((((.(...((((.......))))..)..))))))..)))))).)....((((.....(((((.(.(((.......))).).)))))........))))))))))))))))..)...(((....((((.((((...(..........((.((((............))))..))((((((.......))))))..))))).))))....)))............
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..(((((((()))))).))....)).(((((.......)))))))....(((((..((((..((((((((..((((....)))).(((((.....))))).(((((((((((.....(((((((((...((((.((((...(((.(((....))).)))))))..(((((...((....)))))))((.(((....))).))..))))....)))))))))......))))).)))))..).........((((((.......)))))).......)))))))).))))..)))))....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((...........................(((((.......))))).........................................................((((((.....))))))..................................................................................................................................................................................)).))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((......((((((.....[[[[(((((.......))))).........))))))...]]]].((((((....[[[.......))))))....]]].((((..[[[[[[[))))...........]]]]]]]......(((.(((.[[[))).))).......]]].....))))))))))))...(((....))).....((((((.((((.....(((.((((((............))))))..((((((.......))))))........)))...)))).))))))......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((..((...(((((.(((......))).)))))....))..))))).)))))).....((((.((((((((..((((....)))).((((((...))))))(((((.(((((((((((((.((((.((.((.((((...(((((((((.((......)))))....))))))..)))).(((.....)))....)))).)))).)))))........)))).)))))))))..(((.((......))))).((((((.......)))))).......))))))))..))))(((....)))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((.......((((.<<((......)).<<)))).........>>.........[[>>......(((((((................((((.......))))...((((((((((....{{{{{{{{{..)))))).............................................((.....((.(((....))).)).....))...}}}}}}}}}.....aa.....)))).......AA....((((((.......))))))........))))))).))))))]].......
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((.........(((((((........(((((.......)))))........))))))).....(((((((...............((((((...))))))(((((((...))))))).....................................(...(.....(((((.((.(...)..)))))))..))...........................................................(((((((.(..)))))))).......))))))).....))))....))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((..((...(((((.(((......))).)))))....))..))))).)))))).....((((.((((((((..((((....)))).((((((...)))))).(((((.....))))).(((((((((.....((((...(((((((((.((......)))))....))))))..))))..((.....)(.(((....))).).......)...)))))))))...((((((............))))))..((((((.......)))))).......))))))))..))))(((....)))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((...(((((..((((((.........(((((.......))))).........))))))[[[[[[[))))).....(((.......((((((...))))))..)))(((((((((.....(((((((....(((((...(((((((((...............)))))))))..))))).((((..........))))...............)))))))(((((((((((............))))).......)))))).]]]]]]]........))))))))))))))))........
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......(((..........(((((.........(((((.......))))).........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((.........(((..............................................................))).))).....)))))))))))...........((............((((((.......)))))).)).)...))))))).))))))...))..))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......(((..........(((((.........(((((.......))))).........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((.........(((..............................................................))).))).....)))))))))))...........((............((((((.......)))))).)).)...)))))))..)))))...))..))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((((.(((((.(((......))).))))).........(((((.((.((((....)))).)).)))))...))))..(((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).))))))))))......))))))))))...(((.[[[))).((((.((((...............((((((............))))))..((((((.......))))))...)))).))))....]]]..(((....)))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((.......(((((.(((......))).)))))........))))).)))))).....((((.((((((((..((((....)))).((((((...))))))((((((([[[)))))))(((((((((.....((((...(((((((((.((......)))))....))))))..))))............(((....))).............)))))))))]]]((((((.(.........)))))))..(((((((....).)))))).......))))))))..))))(((....)))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((..........((((((.........(((((.......))))).........))))))....((((((((....((((((.....((((((...)))))).....))))))......(((((((((........(((((((((.......))))....))))).........(((((..((((..........)))).))))).........)))))))))...((((((............))))))..((((((.......)))))).......)))))))).)))))))........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((.....((((...................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.....))))).........................................................................................................)))).....................))))..................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(.(((((((...((((((.((((((.........((((((....).))))).........)))))).....((((((((..((((((((((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).))))))))))..)))))))..))).)))))))))))....((((.((((...............((((((............))))))..((((((.......))))))...)))).))))....))))))).)......
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((..(((((.(((......))).))))).((((....(((((.((.((((....)))).)).))))).))))....(((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).))))))))))...))))))))))))))......(((....((((.((((...............((((((............))))))..((((((.......))))))...)))).))))....))))).((....)).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((........(.((((((.........((((((....).))))).........)))))).)..(((((((((..((((((((((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).(((.(((....))).))).))))))))))..)))))))..))..(((...((..(((((.(((((((((...((.((.......))))..))))))).)).))))).))((((((.......))))))...)))..))))))).))))))((....)).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((..((.(((((..))))))).....((((((((((..)).)).............)))))).((((((((.(((((((((((.(((((((...(((((((.((((.((((...(........)....)))))))))))))))(((((((((..))))))))).)).)))))...)))))..((((..........))))(((..((((((((..(((..((..))..)))...))))))).)..))).....(((.(......))))..))))).)....)))))))).))))(((..))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(.((.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................)).).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................(..((.(((......))).))..)..............................(((((((............(((((........................................................(..(((....)))..)......))))).................................................................................((((((.......))))))........)))))))................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((((.(..((.(((......))).))..).........(((((.((.((((....)))).)).)))))...))))..(((((((.((((((((((..((((((.....)))))).(((.......)))..))))))).((..(((....)))..)).))))))))))......))))))))))(((..((((((...((((.((((...............((((((............))))))..((((((.......))))))...)))).)))).....))).)))...))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((.((((((....))).))).......(((((.......)))))........(((....))).(((((((...((((....)))).(((((.....))))).((((.(((((((...............)))))))..((((..((((.((......))))))....(((.((........))))).))))..((((....((.........))...)))).....))))...(((.((......))))).((((((.......))))))........))))))).)))))).........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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