RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00247

RNA: ASE_00247
Rfam family: RNaseP_nuc

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..((((.....(((((...(((..(((((.......)))))....))).)))))))))..((((((((.((((((((.....(((((((.....(((.(((((((...)))))))(((((((((((((....(((.((((((((................)))))))).(((((...(((((((....)))))))..))))).....)))(((((.....))))).))).))))...)))))).))).((.(((((....))))).)).)))))))...)))).)))).........))))))))....)))....)))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((...(((((....((((.........(((((.......))))).........))))...................((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((..................................................................................................................)))))))))))...................).))))(((((((....)))))))....................))....)))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................(((((..((((((........((((((.((((.((...........(((((.......)))))...((.(((((.....))))).))....)).)))).))))))...))))))....((((............)))).....((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...)))))).)))))....................(((((((.......))).))))....((((.....(((((((....)))))))..))))...............(((....)))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.........................(((((.......)))))...................(((((((................(((((.....)))))((((((.....))))))((((((....................................................................................................................)))))).............................(((((((....)))))))........))))))).....)).........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....(((......)))....)..((((((........((((((.((......((...))...(((((.......)))))..(((.((((.......)))).)))........)).))))))...))))))....(((((((((.....((((.((...)).))))))))).((((((..((((((......)))))).))))))....(((.((((.......)))))))(((((.........((((((.(((.(((...........)))..)))...))))))........)))))...........))))....)))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((..((((..((((((((.((((((.(...(..((((((.((((.(((..(......)(((((.......))))).((((.(((((.....))))).)).))))).)))).)))))))).)))))).((.(((((..........))))).))..((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...))))))))))))))..))))))))........(((((((((())).))).))))....((((.....((((((((()))))))))..))))...............((((()))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((...........................(((((.......))))).........................................................((((((.....)))))).........................................................................................................................................................................................................)))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...........)))).......(((.[[[[[[))).....((((((.((((.(((..........(((((.......)))))..(((.(((((.....))))).)))..))).)))).))))))...]]]]]].....((((((((((....(((((.....((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...)))))).(((.....)))))))).)))))..)))))(((.[[[[..)))(((((....((((.....(((((((....)))))))..))))))))).........]]]].......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((....))..)))).(((((...(((..(((((.......)))))....))).))))).((((.((((((((....((((((((((.((((((...)))))).)).))).))..(((..(((((((((((((.((((((...))))))...(((((.((((..........))))))))).(((((((....)))))))..((((((...(((.....)))...)))))))).)))))...)))))).))).((.(((((....))))).))....(((((((....)))))))..)))..))))))))..))))(((....)))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((................((bbbb.....(((((.......))))).........))........(((((((........(((((...((((.......))))..((((.(((((((..((..(((((.((((....(((({{{{{{{{....)))).....[[[}}}}}}}}.[[...)))).<<)))))...))>>)))))))]]))))..]]].BBBB...........)))))......(((.aaaaaa.......)))......(((.....((((((AAAAAA))))))..)))...)))))))...........)))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((.........(((((((........(((((.......)))))........))))))).....(((((((...............(((((.....)))))(((((((...)))))))..............................................((.....(((((.((..((((........)))..))))))))..)).................................................................(((((((.(.)))))))).......))))))).....)))....)).))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...........)))..(((((...(((..(((((.......)))))....))).))))).((((.(((((((......((((......((((((...))))))(((((((...)))))))(((((((((((((.((((((...))))))...(((((.((((..........))))))))).(((((((....)))))))..((((((...(((.....)))...)))))))).)))))...)))))))))).((.(((((....))))).))....(((((((....)))))))........)))))))..))))(((....)))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.............((((((........(((((.......)))))........))))))((((.((((((((.....((((......((((((...))))))(((((((...)))))))((((((((((((..((((((...))))))...(((((.....((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...))))))((((...)))).)))))))))))...))))))))))................((((.....((((((((..))))))))..)))).))))))))..)))).....)))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..........(((((.........(((((.......))))).........)))))(((.((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((.........(((.......................................................................................))).)))....)))))))))))..........((.............((((((......)))))).)).)...))))))).))))))....)))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((..........(((((.........(((((.......))))).........)))))((..((.((((((.....((((......(((((.....)))))((((((.....))))))(((((((.(((.........(((.......................................................................................))).)))....)))))))))))..........((.............((((((......)))))).)).)...)))))))..)))))....)))).
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................((((((...(((..(((((.......)))))....))).))))))((((.((((((((.....((((......((((((...))))))(((((((...)))))))(((((((((((((.((((((...))))))...(((((.((((.....[[[[.))))))))).(((((((....)))))))..((((((...(((]]].])))...)))))))).)))))...))))))))))....(((((....))))).......(((((((....))))))).......))))))))..))))(((....)))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....(((((((((..((((((((.((((((.((((...((((((.((((..............(((((.......)))))......((((((...))))))..........)))).))))))..........((((((...)))))).))))))))))..((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...))))))))))))))..))))((((((((.....)))).)))).......)))))....((((.....(((((((....)))))))..)))).............))))........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...........((((...................................))))...................((((......(((((.....))))).(((((.....))))).................................................................................................................................))))..............................................................)))....)))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..(..(((((.(((...((((....((((((........((((((.((((.(((....(((...(((((.......)))))......(((((.....))))))))...))).)))).))))))...)))))).....((((((((((....(((((.((.((((.((((((..((((((..(((((((....))))))).))))))......)))).)).)))).))))))).)))))..)))))..))))...))).)))))....((((.....(((((((....)))))))..))))..........)..))))........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.......))..(((...((((....((((((........((((((.((((.(((....(((...(((((.......)))))......(((((.....))))))))...))).)))).))))))...)))))).....((((((((((....(((((.((.((((.((((((..((((((..(((((((....))))))).))))))......)))).)).)))).))))))).)))))..)))))..)))).))))).(((((....((((.....(((((((....)))))))..)))))))))..........(((....)))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((....)...(((.((((((((((.(((((.(((.....((((((.((((.(((....(((...(((((.......)))))......(((((.....))))))))...))).)))).))))))((((((((..(((((.....)))))...(((((.....((((((......((((((..(((((((....))))))).))))))...)))))).(((.....)))))))))))))))).....))).))))).)))(((((....((((.....(((((((....)))))))..)))))))))))))..))).)))..)))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((((......)))))........(((((.((..))))))).((...........)).(((((((((((.(((((((..(((((((((...........((((((((((((((((((((((((((((.((..(.(((((((((((((........)))..)))))))))))..))))))..))))).)))))))))))))).)))))(((((.(((((..(.(((((.(........)))).))).((((..))))))).)))))))...))))))))))))).))).........)))))))))))...((..)))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................(......................................).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((................(((.........(((((.......))))).........))).......(((((((..((((((((.....((((((.......((..((((.......)))).((((..(((((...(((((.....)))))...(((((.((.((((.((((((..((((((..(((((((....))))))).))))))......)))).)).)))).))))))).))))).....)))).)).....((((......)))).....))))))...)))).))))..........)))))))............))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((.....(((.(((((((.((.((((((((..((..((((((.((((.(((..........(((((.......)))))..(((.(((((.....))))).)))..))).)))).))))))(((((((...((((((...))))))...(((((.(..((((.((((((..((((((..(((((((....))))))).))))))......)))).)).))))..)))))).)))))))))..)))..))))).))..((((....((((.....(((((((....)))))))..)))))))).))))..))).)))..)))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.((((((............((((((((((.......))))).(((..........)))..(((((.......))))).))))).((((.....)))).((((((.....)))))))))))).(((.......))).((((((((................)))))))).((((((..((((((......)))))).))))))...((((.(((((.....))))).(((((((.....)))).))).))))..(((....))).(((.....(((((((....)))))))..)))..(((.............))).))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......bbbbb))))........(((((((((((.......))))).(((......cccc)))..(((((.CCCC..)))))......[[[[[.))).]]]]]((((((..<<<)))))).>>>BB((((.......)))).((((((....aaaaa.aaaa....))))))AAAAAAAAA.(((((((....))))))).BBB.)))...(((((.(((.....))))))))...((((..(((((((.......)).)))))....((((..{{{(((((((....)))))))..)))).(((........}}}..))))))).

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