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| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.........((((((((((.......))))))))))..............................((((((...)))))).((((....))))...............................((((....))))...............((((((.......)))))).((((((((....))))).)))...................................((((((..((((((...))))))))))))...............((((((((....))))))))......................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((.........))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((..(((((....))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((.................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((.........)))))).))............(((((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((..(((((....))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((.................)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.....((.(((((((.......))))))).))......))))..((((((.....(((((((((((((...)))))..((((....))))...............................))))))))...................((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).................))))))...(((......((((((..(((((.....))))))))))).....))).......((((.(((....))).))))......................................)))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((((...........))))).))............(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).).....................(((((...(((......))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((...((((.....)))).)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).....................)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((........(((((((.......))))))).........))))..((((((..(((((.....((((((...)))))).((((....))))........[[[[............)))))..((((....)))).]]]].((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))....))))))..((((......(((((((..(((((...))))))))))))[[[[.)))).(((..((((.(((....))).)))).)))........(((((...))))).]]]]........)))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((([[[[.((.(((((((.......))))))).))......))))..((((((............(((((.....))))).((((....)))).........(((((...........(((...((((....)))).)))...........((((((.......))))))....(((((....)))).))))))...............))))))............((((((...((((.....)))).))))))..........((...((((.(((....))).))))..))......]]]]........................)))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((.......)....))))))).............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((((............)))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....)))).))))....))).......))))))))....(((...(..((((((...(((((...))))).))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).....................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((..((.((.(((((((.......))))))).))..))..))))..((((....))))......((((((...)))))).((((....)))).........((....................))((....))((((.....((......((((((.......)))))).((((((((....)))).))))..........))...((((((((....((.....)))))))))).(((((((..(((((((......(((....)))......)))))))..))))).))...........(((((...)))))....))))......))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((....((((((.......))))))((((.......(((((((((.......[[[[[[[[......((((((...)))))))))))..))))....(((((.................]]]]]]]].(((((((............(((((((........))))))).))))))).......)))))........)))).((((((((.............))))))))...(((((..(((((((.{{{{{{...............)))))))..)))))((((..)))).)))))))))))......}}}}}}........)))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.((((((.........)))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((..((((((...))))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))..........(...)......)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((...........))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((..(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))....((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.((((((.........)))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((..(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).......((((...).)).).)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.((((((.........)))))).)).(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((........(((((..(((........))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((......((((((..(((((.....))))))))))).....))))....(.((((((((....))))))))).........))))))).......(.((...).)..).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.((.(((((((.......))))))).))..))..))))..((((((..(((((.....(((((.....))))).((((....))))..((......))............)))))..((((....))))......((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........))))....))))))...........((((((....((((((((..(((((((......(((....)))......)))))))..))))).)))....((((....))))......))))))........)))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((........(((((((.......))))))).........))))..((((....))))......((((((...)))))).((((....))))...((.(........................[[[[))).]]]](((...((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........))))..((((((((.............))))))))((((((((..(((((((......(((.{{{)))......)))))))..))))).)))...}}}....(((((...)))))...))).......)))))))))).... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((.............................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....))).........................................................(((...((....))...)))..........))))))).............((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((.(((((...........))))).)).((.....))..(((((........((((((((((.....))))).((((....)))).................................................((((.....((((((.......)))))).(((...((....))....))).........))))))))))))))..((((..((..((((((.................))))))..)).))))......((((((((....)))))))).........)))))))).....(.......).......)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.((.(((((((.......))))))).))..))..))))..((((((..(((((.....(((((.....))))).((((....)))).))......(((((.........(((((...((((....)))).)))..))(((....((((((.......)))))).)))(((((....))))).))))).........)))...))))))(((.((......((((((..((((((...))))))))))))((((...((((((..((((.(((....))).)))).))).)))....(((((...))))).)))))))))...)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((...((..((.((.(((((((.......))))))))))))).(((.((((((.((...))...((.(........).))((((((.(((.(.(((.((((.(..(..........)..))))((..))((((..))))((..........)).(((((((((..)).)))))))...((((((..))))))..)))).).).)).)))))((((((((((........)).))))))))...((((((.((((((...(((...........)))....))))))).)))))((.......))..)(((.((..)))))).))))))))....))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......................................................................................................................................................................................................................................................((........................(......(.....)......).............................................))....))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((...................................................................................................................................(((..(...............)....(.(...).).........(......................(............(.........).......................).).....((((.....)))).((...((((.(((....))).))))..))........)))........((.......))....)))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.((.(((((((.......))))))).))..))..))))..((((((...(((......((((((...)))))).((((....)))).........)))...................((((....))))......((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........))))....))))))...............(((...((((.....)))).)))...((((.....(((...((((.(((....))).))))..)).)......(((((...))))).))))........)))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((((.(((((((.......))))))).)).((.....))..((((((...((.......((((((...)))))).((((....))))..((......))..........((((((...((((....)))).)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...........))....))))))..((((......((((((..((((((...)))))))))))).....)))).((...((((.(((....))).))))..))........(((((...)))))....)))))....)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.((.((((((((....))...)))))).))))..))))..((((((..(((((.....(((((.....))))).((((....))))..((......))............)))))..((((....))))......((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).........))))....))))))...........((((((....((((((((..(((((((......(((....)))......)))))))..))))).)))....((((....))))......))))))........)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....)))))...(((((((.......)))))))....(((...((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))...((((............(((((..((((....))))......)))))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))....))))..(((...((((.......))))...))).)))..(((((.....)))))..((((.....)))).........(((....))).(((.((((......))))..((((......))))..)))................... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((.(((((.((((((((....)).)))))).((((.....<<<<..))))....)))))....(((((.....))))).((((....)))).>>>>.(((.............(((({{{{.((((....))))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..}}}}...)))).)))...((((.((((......))))....(((((.[[[[)))))......]]]]....)))).....)))))......((((.((((......))))..((((......))))..))))....)))))))))..... |
