RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00250

RNA: ASE_00250
Rfam family: RNaseP_bact_a

			CAGCAGAUCGGUCUGUCGCUCACUCUUUCGAGAGUGGGAGGAACGUCCGGGCAACGCAGAGCACCAUCCUUCCUAACAGGAAGUUACUCGUGAGGGUAAAGGAGCGUAGAAGAGAAUGACCGCCAUUUUCCAUGAGUUGUCUGUGCUUCGGUACGGACUACGUGGAGGGUAAGGGUGAGAAGGUGGGGUAAGAGCCUACCGGAUGCAGCGGUGACGCUGCAUGCCGUACGUCUGAUGGGUUGUAAGAUCAUGUAUACCGGCGCAUGUAGGGUGGCUCGCCCGAUGCCGGGGGGUAGAUCGCUGGAGCCAUGCGGUGACGCACGGCCAAGAUAAAUGACAGACGCUCUGGCUACGUGUGGCCGUGAGUACAGAACCCGGCUUACAGAUCUGCUGCUUUU
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((((((((((((((((.((((((((....))))))))....[[[.[[[[[((((...{{{{.((((((((((.....)))))((((((....))))))((..(((((...........(((((...(((((((..(((((((..........)))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))))))))))))))...((((.......((((((......((((.}}}}))))..))))))......))))......((((((((....))))))))..........)))))))((((((((((....)))))).))))......]]]]]]]].).))))))))).....
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((...(((((((..((((((((....))))))))........(((((....(((..((.(((((((((((...))))))((((((....))))))....(((((..........(((...((((((((((....((((((((....))))))))..))))))))))...))).....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))))..))))))))))....((.(((((..((((((((((...(((((((.((((....)))).(((.....))).)))))))(((....)))..((((.(((..............))))))))))))).))))...))))))).)))))...)))))))..)))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.(((((((((..))))))))).............((((........((((((((((.....)))))..((((....))))......................(((((((((((...............................)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))...........))))))))).............((((((.......................))))))...............((((((((....))))))))..........)))))))..........................................))))))))).....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.......(.((((((((....)))))))).)............................(((((.....)))))((((((....)))))).........................(((((((((..((.((((((((....)))))))).)))))))))))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))....................((((.......(((((.......((((.....))))...)))))......))))...........(((....)))((((((...............................)))))).....................))))))))).....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.............((........)).............(((...................(((.......))).((((((....))))))......................(((...........................................)))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))....................((((.......(((((.......((((.....))))...)))))......))))......(((.((((....)))).)))..................(((.................)))........))).......))))))))).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((........((((((((....))))))))......(.(((((((((........((((((((((.....)))))((((((....))))))..(.(((((...........(((((..((.(((((.....(((((((....)))))))...))))))))))..)).......((((((.......))))))(.((((((((....)))))))).)..))))).))))))))))...((((.......((((((......((((.....))))..))))))......))))......(((.((((....)))).))).................((((.(((........)))..))))......))))))...).))))))))).....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((..(((.((((((((....)))))))).)).....(((((...(.....((.((...((((((...))))))((((((....)))))).)).))).............((...(((((((((..((.((((((((....)))))))).)))))))))))...))......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...((((..((((.......((((..((...((((((......(((((...)))))..))))))...)).)))).......)))).....))))((((((((..........((((...))))....(()))))))))).........))))))..)).))))))))).....
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.((((((........)))))).........................(((((((((((...))))))..((((....))))........................(((...........................................)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))...........)))))...................((((((.....(((.......))).)))))).................((((((((....))))))))..........)))))))..................................(.....).))))))))).....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.((((((((....)))))))).(((...))).))))((((...........((((((...))))))((((((....))))))....))))..........))))...((((((((((....((((((((....))))))))..))))))))))..(((((((..((((((.......))))))..((((((((....)))))))).((((..[[[[.))))......]]]](((((.[[[[...)))))...]]]].)))))))...((((((......(((.[[[..(((.((((....)))).)))...)))......]]]..((((((((((....)))))).))))......)))))).....))))))))).....
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).....((((.((((......(((((((...((((((...)))))).(((((....)))))..(((.((((............((((((((((((((....((((((((....))))))))..))))))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))))).(((.((((((..........)).)))).)))....))).))))))))))))((((.((.....)).)))).(((.((((....)))).)))..........)))))))((((((((((....)))))).)))).................))))))))).....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.......((((((((....))))))))........))....................(((((.....)))))((((((....)))))).........................(((((((((..((.((((((((....)))))))).)))))))))))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))....................................((((((.(((.......)))........................(((.((((....)))).)))......................[[[.)))))).]]].......................))))))))).....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((((((((((......)))))))............(((((........(((((((((((...)))))))((.(......).))........................(................((((..((......((((......)))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))...)........)))))))))...(((...(..(((.((......((...........).).)))).)..)..)))........(((((((....)))))))..........)))))))).(((.(.............).)))..................)))))).)))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.((((((((....))))))))............((........))......((((((...)))))).(((((....)))))..........................((((((((((....((((((((....))))))))..))))))))))..(((((((..((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((((.((.(((..((..........))..))).)).))))).)))..)))))))....((((.((.....)).)))).(((.((((....)))).)))..........))))))).(((((((((....)))))).)))..................))))))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((((((((((((..))))))))).....(((((.(((.((((...........((((((...))))))((((((....))))))....))))..............)))((((((((((....(((((((((..)))))))))..))))))))))..)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((((.((((................((((....((((((......(((((...)))))...[[[[[[........))))))...))))....)))).))))).........))))))))(((((((((((..))))))).))))......]]]]]].....))))))))).....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((((((((((((gg)))))))))((((.fffffffff.fff(.GGhh(aaaaaaa))))(((.....(((ddddd(...jjjj...j()AAAjjjjj.....)))[[[[[[[[[[[[[[.)))((((((((()J)))))))))((]]]]]]]]]]..(((((((..((((((ii.....))))))..((((((((.{{.))))))))<<<<((.AAAAH)JJJJJccccc.IIccccccJJJJ]]]]..)HFFFFFFFF)))))))(((eeeeee..eee.)))bbbbbbb(}}))>>>>FFFFbbbbbbbb...))..)))))))))BBBBBBBCCCCCCBBBBBBBB..EEE....EEEEEECCCCC)))))))))DDDDD
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.((((((((....))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(.((((....)))).)((..(((((.((........(((((((((...................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))))))))))))))))..(((((.....((((((......(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).).))))))))).....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.((((((((....))))))))((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(.((((....)))).)((..(((((.((........(((((((((...................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))))))))))))))))..(((((.....((((((......(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).).))))))))).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).......(((((...((((...........(((((.....)))))((((((....))))))....))))......((...(((.((....((((((....((((((((....))))))))..)))))).((((.(((((((..((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((((.((...((.((((........))))))..)).))))).)))..)))))))..)))).)).)))...)).)))))(((.((((....)))).)))..........)))))))((((((((((....)))))).)))).................))))))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.((((((((.[[[)))))))).....(((........{{{...........((((((...))))))((((((.]]])))))).........................(((((((((((...((((((((....))))))))).))))))))))..(((((((..((((((.(....)))))))..((((((((....))))))))(((.(((((....(((..((((......))))..)))....))))).)))..))))))).)))((((...........)))).(((.((((....)))).)))..........))))))).(((((((((.}}})))))).)))..................))))))))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((((((((((((((((....)))))))).........(((((.........((((..((((((..........((((((....))))))....(((((...(((((((.....)))))))........((((((((....)))))))))))))))))))....))))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).......)))))...((((....((((.......((((((......(((((...)))))..))))))......)))).....)))).((((....)))).............))))))))((((((((((....)))))).)))).................))))))))).....
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((.....(((((((......................(((...)))...(((..............(((((.....)))))..((((....))))...........................................................................(((......((...............))..((....((....))....)).........))).....)))...............................................................(((...((....))...)))..........)))))))..................................((........))))))).....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).......(((((...((((...........(((((.....)))))((((((....))))))....))))......((...(((.((....((((((....((((((((....))))))))..)))))).((((.(((((((..((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((((.((.(.(((.(((........)))))).))).))))).)))..)))))))..)))).)).)))...)).)))))(((.((((....)))).)))..........)))))))((((((((((....)))))).)))).................))))))))).....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......((((((((((((((((....)))))))).((....(((((...((((...........(((((.....)))))((((((....))))))....))))......((...(((.((....((((((....((((((((....))))))))..)))))).((((.(((((((..((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((((.((...(((.(((........))))))..)).))))).)))..)))))))..)))).)).)))...)).))))).((.((((....)))).))))........))))))))))).((((((....)))))).(((((((((..............)))).)))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.(((((((.((((((((....)))))))).......((((((((((((...)).((((((((((.....)))))((((((....)))))).(((.((((............((((((((((((((....((((((((....))))))))..))))))))))...))))....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))))))))))))))))..((((((.(...((((((......(((((...)))))..)))))).).)).)))).)))))(((.((((....)))).)))..........)))))))((((((((((....)))))).)))).................))))))))).....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((.((((((((((....))))))))................))))))((((((.(((((........))(((((((...).))))))...(((((...((((((((...))))))))(..)....(((((((((..))))))))))))))..))).)...)))))..((((((((....(..)(((.(((((((((....)..)))))).)))))((((((.............((((..(..((((..((...((((((...)))))).))))))..)..(...((.(((..((.(((....)..)).)))))))...))))))))))).((((..(((((........))))))))))))).))))).)))))))))).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.........................................................................................................................................................................................................................................................................((.(........................................(......)..................(.......)......................((.......))....)..)).))).....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.........((((((((....))))))))........(((((.................((((((...))))))((((((....)))))).........................((.(((((((....((((((((....))))))))..))))))).))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).........................(((((.((((.((((((.((((.....))))...(((((((.((.........(.(((.((((....)))).))))..............)).))))))).))))))..))).).)))))...)))))......))))))))).....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.((..((((((((((((....))))))))....((.(((((.((.(((..(((......(((((.....)))))((((((....)))))).(((((((...((.((...(((.((....((((((....((((((((....))))))))..)))))).((((.(((((((..((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((((....(((..................)))....))))).)))..)))))))..)))).)).)))...)).))...(((.((((....)))).)))...............))))))).)))..))))).))).))))........))))..)).))))))))).....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((....))))).(((.(((((....)))))(((.......))).))).((((...........(((((.....))))).(((((....))))).....))))......(((((.....))))).(((((....((((((((....))))))))..))))).((((...(((.....((((((.......))))))...(((((((....))))))).)))....((((....(((.(((........))).((((((......((((.....))))..((((....))))...)))))).))).((((....))))......))))...........((((((((((....)))))).)))).....))))(((..........)))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((....))))).(((.(((((....)))))(((.......))).)))...(((((.((((.(((((((.....)))...(((((....))))).))))<<<<.......((((.....)))).((((((....((((((((....))))))))..)))))).......))))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).((((>>>>...))))...(((....[[[[))).((((((]]]]..((((.....))))..((((....))))...)))))).(((.((((....)))).(((((..........(((..{{{)))........)))))...}}}.........))).......))))).......

---