CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00252



RNA: ASE_00252
Rfam family: RNaseP_bact_a

GCGGAGAAGUAGGCGAGGCGGCUGCGGAUUCGGCGGCGAUGCUGACUGAAUUCGAGGAAAGUCCGGGCUUCCGAAAGACCACACUUGCUGGGUAACGCCCAGUGCGCGUGAGCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAAAAUACCGCCCUGGCCCUUCGGGGUUUCGGUGUGGUGGGUCAGGCUCCUGGAGCCGAACCGCUGUCCCUGGAAUCUGUGAGUGAAGGGCUGGGGUAAGGGUGCAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGUAUCGAGAGGUGCUGGCUCGGUAAACCCCGGUGGGACGCAAGGUCGGAGGAACUAGGGUUGGUCUUUUUCCCGUUCCGUACAGGGUCAAUCUUCGGGUUGGCGCUGCGGUGUACCGCUAGAGGUGUCUGGUAACAGGCAUUCGAGAUAGAUAGCUGCCCCUAAGUCUGGAGACAGAUGAGGGAACAGAACCCGGCUUAUGUCCAACUUCUUCGUUUUC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ....(((((((((.(((((((((.(((((((((((((...)))).)))))))))....{{{.{{{{{(((((...[[[[[.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((...)))))))))))))).))))))))))).....))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((....(((((..((((.]]]]]...)))))))))...(((((((((((....)))))))))))......)))......((((((((....))))))))..........)))))))((((((((((....)))))))))).......}}}}}}}}.).))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.((((((((.(((((((.((((.(((((((((((((...)))).))))))))).((((.((....))))))...)).)).).))))))..............((((....))))..(((((..(((.............((((..(((((((((((((((((..((((((.((.(((((...))))))).))))))..)).))))))).....))))))))..))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((((...((((..((((.((((..((.(((.((((..((((....)))))))))))..))...(((.(((((((....))))))).)))..)))).))))..).)))(((((....)))))..)))))........(((.((((..(((((....))))).))))..))).)))))))...))))).))))))).....))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...((((((((((((((..((((((....))))))...((((((((((....((((((((((..............(((((((...)))))))((((....))))..))).((((((.............(((((((((((((((((((((((..((((((....(((((...)))))...))))))...))))))))).....))))))))))))))...(((((...((((((.......))))))....)))))....)))))))))))))...((((...(((((((.......((((((((((....))))..)))))))))))))....))))...))))))))))....))))))....)))))....(((((((....)))))))))).((((...(((((.((((...((((....))))..)))).........)))))..))))..))))))))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......(((((((.(((((((((............))))))))).............((((..........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((((......................................................................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).))))......((((((....................................................)))))).............((((((((....))))))))..........)))))))..............................................))))))))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((...(((((..(((((((((((((...)))).)))))))))......((....))..................(((((((...)))))))((((....)))).......................(((((((((((((((((((((((((.(((((((.((.(((((...))))))).)))))))..))))))))).....))))))))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).................................(((((..(((...........))))))))....((.(((((((....))))))).))((((....))))..(.((((((((....)))))))))..........)))))((((..(((((....))))).)))).................).)).))))))))))....
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((.((...........((((((..................))))))......(.((..((.(((..............(((((((...)))))))((((....)))).......................(((((((..............................................................................)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))).))..)).)...(((((...((...........)).)))))............................................((((((((....)))))))).................((....................))...................)).)))...........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((.......(((((.......))))).....................(((.(((((.((((....((((.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........((((((((((((((..(((((((((.(((((((....(((((...)))))...)))))))..))))))))).......))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))........))))...))))...(((...........)))...((...(((.(((((((....))))))).))).)).............(((((((....)))))))..................(((..(((((....)))))..))).......))))))))....)).))))))))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((..(((((((.(((((((((((((...)))).))))))))).(((.((((())))))))....((((......(((((((...)))))))((((....))))..........((.(........((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((.((((((.)))))))).)))))))..))))))))).....))))))))))))))..)).).(...((((((.......)))))).)(((((((....))))))).....(......)..).)).......))))...(((((..(((...........))))))))....((.(((((((....))))))).))(((((())))))..(.((((((((....))))))))).........))))))((((..(((((....))))).)))).............)...).)).))))))))))....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((..[[[.))).(((((((((((((...)))).)))))))))......]]](((....))).(((..[[[.)))(((((((...)))))))((((....)))).......]]]...............(((((((((((((((((((((....((((((....(((((...)))))...)))))).....))))))).....))))))))))))))..((((.....(((((.....[[[[)))))..(((((((....)))))))]]]].....))))...(((((((.....[[[..((((..(((.....)))..)))))))))))..(((.(((((((....))))))).)))(((....)))......(((((((....))))))).]]].......(((((.((((..(((((....))))).)))).[[[.....)))))..]]]...))))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((......))).(((((((((((((...)))).)))))))))........(((((...((((..(.(((((((.(((((((...)))))))((((....))))...((((.(((..........(((((((((((((((((((((((((((...(((((.((.(((((...))))))).)))))....))))))))).....))))))))))))))...))))....((((((.......)))))).))).))))....)))).)))))))).....)))))..(((((..(((((((.(((((..(((..........))).)))))...(((.(((((((....))))))).)))(((....)))((.(((.((((((....))))))))).))........(((.((((..(((((....))))).))))..)))...))))))).))))).))))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((...........(((((((((((((...)))).)))))))))................................((((((.....))))))((((....)))).........................(((((((((((((((((((((((.(((((((....(((((...)))))...)))))))..))))))))).....))))))))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).................................(((((..(((...........))))))))...(((.(((((((....))))))).)))...............((((((((....))))))))............(((.((((..(((((....))))).))))..)))..............)).))))))))))....
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((....(.(((((((.((((((((((((((((..((.......)).))))))))............(((((..........(..(((((((((...))))))).(((....)))...........((..........((((((((...................................(((........(.......................)...))).)))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.(((....))).)))....))........)).)))).))...(((...(...((((((...(........(((...)..)))......))))))..............)..))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))..........................................))))))))....))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((......))).(((((((((((((...)))).)))))))))........(((((...((((..(.(((((((.(((((((...)))))))((((....))))...((((.(((..........(((((((((((((((((((((((((((...(((((..(.(((((...))))))..)))))....))))))))).....))))))))))))))...))))....((((((.......)))))).))).))))....)))).)))))))).....)))))..(((((..(((((((.(((((..(((..........))).)))))...(((.(((((((....))))))).)))(((....)))...((.(((((((....)))))))))...........(((.((((..(((((....))))).))))..)))...))))))).))))).))))))))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......(((((((((((((((((((((...)))).)))))))))....(((((..))))).((((..(((((((.((((((((...))))))))(((((..))))).....[[[[[[[........[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[[)))))))(((...(((((...)))))..........)))]]]]]]]].....]]]]]]]]]]]]]............((((((.......))))))..(((((((....)))))))...]]]]]...((((((((((((.......(((((((............)))))))))))))))..............)))).]]]]]]](((((..)))))......((((((....)))))))))).......))))))))..((((((.............(((.......)))))))))......))))))))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......(((((((.((((((((..............))))))))((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((..........................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..(((((((((....................................(((((....)))))..))))))....))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).......))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((......(((((((.((((((((..............))))))))((((...)))...((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((..........................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((((((((....................................(((((....)))))..))))))....))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).......))))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((..((((...(((((((((((((...)))).))))))))).((((((.((((.(((((....((((......((((((.....))))))((((....)))).......((.((((...........((((..(((((((((((((((((..((((((.((.(((((...))))))).))))))..)).))))))).....))))))))..))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..)))).))....))))...)))....)).)))).)))))).))))..)))..((.(((((((....))))))).))((((....))))..((.(((((((....)))))))))..((((...(((((.((((..(((((....))))).)))).........)))))..))))..))))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((......))).(((((((((((((...)))).)))))))))........(((((.((((((..(.(((((((((((((((...)))))))((((....))))...((((.(((..........(((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((.(((((...))))))).)))))))..))))))))).....))))))))))))))...))))....((((((.(....))))))).))).))))...))))).)))))))).))..)))))..(((((..(((((((.(((((..(((..........))).)))))...(((.(((((((....))))))).)))(((....)))...((.(((((((....)))))))))...........(((.((((..(((((....))))).))))..)))...))))))).))))).))))))))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((..........(((((((................................(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))...................................................................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))...................................................................................(((...((....))...)))..........)))))))..................................((............))))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((((.((((.(((((((((((((...)))).))))))))).((((.((....))))))...)).)).).))))))(((.....)))...((((....))))..(((((..(((.............((((..(((((((((((((((((..((((((.((.(((((...))))))).))))))..)).))))))).....))))))))..))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((((...((((..((((.((((.........(((((..(((...........))))))))...(((.(((((((....))))))).)))..)))).))))..).)))(((((....)))))..))))).......))...((((..(((((....))))).))))......)))))))...))))).))))))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((((((((.(((((((((((((...)))).))))))))).....)))).(..(((((((....((.(((..((((((.....))))))..((....))))).))...((.((((.......((((((((..(((((((((((((((((..((((((.((.(((((...))))))).))))))..)).))))))).....))))))))..))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))))))))))).......)))).))......)))))))..)..(((((.((((.((((...........((.(((((((....))))))).))((((....))))..((.(((((((....))))))))))))).))))..(((.((((..(((((....))))).))))..)))))))).)))).)).)).))))))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.(((((.......(((((((((.(..........)).))))))))...(((.((((((...((..))(((((.((.(((((((...)))))))((((...).))).(((.((...((.((((((((((((((((((..(((.((((((((.(((((.(((.(.((((..))))..(((((((((((((((((.(.(.((..............)).).))))).))))))))))))).).))))))))(((((((.((..)).))))).))....))))))))...(((((..)))))..)))..).))))).))))))))))(((........)))((((((((..))))))))..)).))..)))).)...)))))))(((...(((.((((((....))))))))).((((.(..((((..))))..))))).))).).))))))))))).)).))))))))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(........)...............................................((...........))................)....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((..(((((..(((..(((((((((((((...)))).))))))))).((...((....))..))....).))...)))))(((((...)))))..((((....))))..(((((..(((.............((((..(((((((((((((((((..((((((.((.(((((...))))))).))))))..)).))))))).....))))))))..))))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((((....(((..((((.((((................(((....)))...............(((.(((((((....))))))).)))..)))).))))..).)).(((((....)))))..)))))........(((.((((..(((((....))))).))))..))).)))))))...))))).))))))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((.((((((..((((.(((((((((((((...)))).))))))))).((((.((....))))))...)).))...))))))(((.....)))...((((....))))..(((((..(((.............((((..(((((((((((((((((.(..((((.((.(((((...))))))).))))..)..))))))))).....))))))))..))))..((((((...((((((.......))))))..(((((((....))))))).(((((...(((..(((((.((((..((.(((.((((..((((....)))))))))))..))...(((.(((((((....))))))).)))..)))).)))))...)))(((((....)))))..))))).......))...((((..(((((....))))).))))......)))))))...))))).))))))))))....