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CACAGAGCAGGGUGGUGGGUAACGCCCACCCGGGGUGACCCGCGGGCCAGUGCCACAGAGAACAGACCGCCCCGAUGCGCCGGUUCGCCGACGUGCCGGGGUAAGGGUGAAACGGCGGUGUAAGAGACCACCGGCACCGUGAGCGAUCACGGUGGCCAGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGACCAGACAGCAGGCGGGUUGCUCGCCCUUGCCUGCGGGUAGGUCGCUGGAGGCCGUCAGCAAUGACGGUCCGAGAUGGAUGACCGUCCCACG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................(((((((((((............)))))))))))..........(((((((.......))))))).((((((((....))))))))...................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((................)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................(((((..((.......))....)))))...............((((((((....))))))))...................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....))))))((((....))))..........(...............(((((((((................)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).....)........))))........(((.....(((((.((((.....))))...))))).....))).......((((((((....))))))))...................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((............((((((((......................))))))..)).......((.(((.......))).))((((((((((....)))))))).)).))).......))))...((..((((.....((((((((((.....))))..)))))).....))))))....((((((((....))))))))...................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))))))((((....))))..(((....)))............((((((((.((((.(((....))).)))).))))))..))(.........((((........))))((((((((((....)))))))).)).......)...))))..(((..((((.(.(.((((((((((.....))))..)))))).).).)))))))...((((((((....))))))))...(((((....)))))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((............((((((((.(......(.......)...).))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))).......))))...)...((((......(((((((((.....))))..)))))......))))......((((((((....))))))))...................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((((((...)))))))((((....))))...)))..)))............(((((((((..(((.(((....))).)))..))))))..[[[[[....(((((((........))))..((((((((....))))))))))).)))......]]]]].((((((.........[[[[[[...))))))......]]]]]](((..((((((((..((((((((....)))))))).....))).)))))..)))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.......((.((((((((...)))))))(((......))).........(((...........((((((((...........((..(.....))))))))..)).)......(((((.......)))))..(.(((((((....))))))))....))).......)...........(((.....(((((((((((...))).).))))).)...).))).....(.((((((((....)))))))))........).....))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(......(((((((...))))))).(((....)))...(((....))).............(((((...(((.(((((.((....)).))))).))).)))))...(((.(((.......))).))).((((((((....))))))))....((.........)).....((((...........((((((...)))))))))))))..(((..((.(((((..((((((((....)))))))).....))).)).))..)))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((((...))))))).(((((.[[[[[[[[[[.....................((((((..((((((((..))))..))))))))))[[[[[[[[.....(((((........))))).((((((((....)))))))).........)))))(((((....................)))))...]]]]]]]]]]]]]]]]]].(((((.....((((((((....)))))))).........)))))..)))... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((((...)))).((((.((....)).)))).....................(((((...(((.(((((.((....)).))))).))).)))))...(((.(((.......))).))).((((((((....))))))))....((......))..((..(((..((((..((.((((((((((.....))))..))))))..)).))))))))).((((((((....))))))))...........)))).)))... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((....................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))...(..(((((....((((((((((.....)))))..)))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..)..........(....).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((....................)))))))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))..))))))))))...(..((((.....(((((.((((.....))))...))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..).................. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((((((....................))))))...)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))..((..((((.....(((((.((((.....))))...))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))..................... |
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PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((..(((((.....))))).((((....))))..............................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).))...........................................................(((...((....))...)))...................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((((((((...)))))))((((....))))..((....((((............((((((((((..................))))))))..)).......((.(((.......))).))..((((((((....))))))))....))))....))))))................(((((.((((.....))))...))))))..............((((((((....))))))))...................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((((((((((.....))))))..(((..((((((.(((....)))............((((((((..(((.(((....))).)))..))))))..(((((....(((((((........))))..((((((((....))))))))))).((....)).)))))))..................))))))..)))))))).))))).(((..(((((((.(.((((((((....))))))))).)).....)))))..)))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.(((((..((((((((((.((((((((((.((((((..((((..)).))..).).)))).))((((((((((((.((((..)))).)))))))))))))))))).(((((.(((((..))...((((((((((((((....)))))))).)).)))).))))))))(........)((........)).)))))))))))))))))))).(((((((((((....((((((((....))))))))(..)....)))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................(((..........(....(........(.......)...................).)...........)))..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................(...(.(................).).....................((......)).(.....)....................................................................((...((((((((....))))))))..)).....)............ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.((((((.....)))))).(((....)))...........................((((((..(((.(((....))).)))..))))))...........((.(((.......))).))..((((((((....))))))))...............))).......((((.....((((((...............)))))).....))))......((((((((....))))))))...................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........(((((((((..(((.(((....))).)))..))))))...)))....(((.(((.......))).))).((((((((....))))))))....))))...))).)))..(((..((((.....((((((((((.....))))..)))))).....)))))))...((((((((....))))))))...(((((....)))))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((.((.((((((.((.....((((...((((....)))).))))...((((..............((((((..(((.(((....))).)))..))))))...(((....(((.(((.......))).))).((((((((....))))))))))).))))..))))))))...))..((((..((.((((((((((.....))))..))))))..)).)))).)))..((((((((....))))))))...(((((....)))))..... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....)))))).(((....)))...((((...(((..........((((((........)).)))).((((...((((........))))...)))).(((........))).))).(((((......))))).))))......))))...((((.....((((........(((((.....)))))...(((....))).)))).)))).((((((((....))))))))...(((((....)))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((.....)))))).(((....))).{{{{{{..((((..............((((....(((....[[[[[[..))).aaa]]]]...]])))).AAA(((((........))))).((((((((....))))))))....)))).)))).(((((..<<<<........<<<...))))).>>>.((((>>>>....)))).((((......)))).(((....))).}}}}}}.(((((....)))))..... |
