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GAAAGCAGGAGAGGUGAUCGCAAUCGAGAUUUAUCGCGUUUCCGCAAUAAACUCUCGGUUGAGGAAAGUCCGGGCUCCCAGAUGGUCCAACUUGCUGGGUAACUCCCAGUGCGGGUGACCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAACACACCGCCGAUGUCUCAUAGAGCACAGGCAAGGGUGCAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGUAUCGAGAGGUACUGGCUUGGUAAACCCCGGUUGGGUGCAAGGCAAAGGUUUUAGGAUGACCAUUUUGCCUAUUUCCUAUUUAAAGCCGCUCGAGGCUGUUGGAGACAACAGUCCCAGAUAGAUGAUCACCCACUAACCAAUUUUGGAUAGUGAACAGAACCCGGCUUACUUCCUGCUUUC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((.........................))))))))((((...)))..(((((...........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..((((........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((......((((((.....(..(.....)).))))))....)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).......................((.(....).)..).).)))))))))) |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(.(((((((((((((((((.......................))))))))).(((...)))((((((((..........(((.((((((.....))))))((((....))))..((...(((((............((((..((((((....)))))))))..)(((.....((((((.......))))))..(((((((....)))))))))).))))..).)).)))))))))..((((......((((((.....(..((...))).))))))....))))......((((((((....)))))))))).......))))))))).........................(.......)......))))))))) |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((............((((((((.........................))))))))....(((.(((((.((.........((.....((((((.....))))))((((....))))..))...((................(((....((((....))))..)))..(((((.......(((((....((..((((((((((((....)))))).))).)))....((......)).)).............(((((.................)))))......)))))..(.((((((((....)))))))).)...........)))))......................)).)).)))))))).....)))))))) |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.......((((((((((((((.(((....))).))))).))))))))).(((..(((.((....)).)))..)))......))(((.....))).((((((....)))).((((..(((((.(((.........(((..((.(((...)))))..)))..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))...)))))))).(((((((((((.......))))..)))))))...)))).....((((((.((..((((((((....))))))))...))............(((((.(((....))).))))).........))))))))))))))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((((((((.(((....))).))))).)))))))))((((((......((.(((((.((((((.....((((((.....))))))((((....))))..)))...(((((.((.....(((((((..((.(((...)))))..)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))).)))))))....))).))))).)).(((((((((((.......))))..))))))).))))))...........((.(.((((((((....))))))))).))......)))))))(((((.(((....))).))))).................))))))))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...............................(...).............................((.......))........).)))) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((.........................................................................................................................................................(....)........((............................((((.(.(..................).).......)))).......................))...((................))..((.(.((((((((....))))))))).....)).........(((................)))...((.......))......)))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.((((((((((((((.(((....))).))))).)))))))))((((((......((.((((.............((((((.....))))))((((....))))........(((((............(((..((.(((...)))))..)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).).))))).........)))).)).(((((((((((.......))))..))))))).))))))................((((((((....))))))))..........)))))))(((((.(((....))).))))).................))))))))))) |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..(((((((.((((((((((((((.(((....))).))))).))))))))).(((...)))..((.(((((............((((((.....))))))((((....))))..((......)).........(((((((..((.(((...)))))..)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......))).))))).))..(((..(((...((((............))))...))).......)))......((((((((....))))))))..........)))))))(((((.(((....))).)))))..................)))))))))) |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((....((((((((((((((.(((....))).))))).))))))))).(((..(((.((....)).)))..)))......(((((((..(((....((((....))))..)))...)))).))).....))))((((.(((((....((((...(((..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))....((((....(((((((((((.......))))..)))))))....))))......)))))))..((((((((....))))))))..)))))..........(((((.(((....))).))))).........))))....))))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((..((((((....)))....(((((..((....))..))))).((((....))))...(((((((((.......))))).....((((((.....))))))((((....))))..))))...))).............((((............((((........))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))...(((......)))..((((((..(((((((((((.......))))..))))))).....(((((....(((......))).((((....)))).......))))).....))))))........(((((.........)))))..)))).....)))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((..((((((....)))....(((((..((....))..))))).((((....))))...(((((((((.......))))).....((((((.....))))))((((....))))..))))...))).............((((.(((((......aaaa)))))...AAAA...((((((....[[[))))))...((((((....)))))).((((bbbbb((((.....))))...))))...((((.<<<<<.))))...>>>>>....BBBBB.(((..(((.]]]..))).((((....))))....{{{{{))).........(((((......}}}}}.))))).........)))).....)))))).... |
