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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCACGGUGGUGGGUAACGCCCACCGUCCGCGAGGACAGGGAAAGUGCAACAGAAAGUAAACCGCCGGGCCAGUUCGCUGGCCAGGUAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGACCGGGUGACCGGUCUGGCUAGGUAAACCCCACCGGGUGCAAGACCAAGCAGGGAGCAGUUCUGGUUCGCCAGAACACGGAUCGGCCCGAUCCGUUACGACUUCCGGGUCGGUCGCGCGAGGCUGCAGGCAACUGCGGUCCCAGAUAAAUGGCCACUCUCGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((((((....))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((..(((((((....)))))))(((((((.]]]]))))))).....))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((....))))..((....(((...............(((..(((((....)))))..)))...((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))....)))...))...........................(((...(((((...))))).)))................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((.((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))..............(((((..........................................).))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((.((((((....)))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))..(((..((((......(((((..........................................).)))).....)))))))...((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....)))).....(((((((...)))))))((((....))))........................(((((.((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......((((....))))....((((.....(((((..(((((((....)))))))((((((((...)))))))).....))))).....))))......((((((((....)))))))).(........).................)))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.((((((.((............(((((((...)))))))((((....))))........................(((((.((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...............)).)...((((.....((........................((((((.....)))))).........)).....))))......((((((((....))))))))...........................))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((.((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..))..))))))))))).)...((((.....(((((..(((((((....)))))))(((((((.....))))))).....))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((....)))).(...(((((((...)))))))((((....)))).......)................(((((.((((((....)))))).)))..))((.....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))((....))((((..((((...(.(((((..(((((((....)))))))(((((((((.))))))))).....))))).)...)))))))...((((((((....))))))))(((......)))...............))))))... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((.((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))....(((.....((((((.....................((((((...)))))).....).))))).....))).......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]].(((((((((((...)))))))((((....)))).......................[[[))))((((((....)))))).]]]..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))..((((((....((((.....(((((..(((((((....)))))))((((((((...)))))))).....))))).)))).((((.....((((((((....))))))))(((......))).......))))...)))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((....((.(((((((((.....)).)))))))))....))).........(((........))).((((((.((((((....)))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((..((((....)))).....))).))).(((((..(((((((....))))))).((((((((((((...............)))))))))).))...((((((((....))))))))(((......)))...))))).......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((................((((((.....))))))((((....))))..........................(((.((((((....)))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........................................(((((((....)))))))((((((([[[[[)))))))..........]]]]]..........((((((((....))))))))...........................))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((.((..........)).))))..)).)......(((((.......)))))...((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((...(.(((((((.........................(.(........)..))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.....(((....(((((((...)))))))((((....))))........)))...............(((((((((((..)))))))))))...((((....((((((.(...).))))))(.((((((((....)))))))).)...........)))).))))).....(.....((((((......(...................(((((...)))))).).))))).(((.......(.(.((((((((....))))))))).).........((((.....)))).))).)..... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...(((((.....((((...(((((((...)))))))((((....)))).......))))............((((((.((((((....)))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((..((((....)))).....))).)))..))))).(((((((....))))))).(((((((...)))))))....)))..(((((.(.((((.....((((((((....))))))))(((......))).......)))).)..))))).).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...(((((.....((((((((((((((...))))))))))................))))..............((((.(((((((..))))))).......))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((..((((....)))).....))).)))..))))).((((((((..))))))))((((((((...))))))))...)))))((((((..((((.....((((((((....))))))))(((......))).......))))...)))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((............((((((((((.....))))).((((....)))).......................((((((.((((((....)))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))).((((..((((.....(((((..((..(((.(((((............)))..)).)))..))..))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))....(((....))).)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((......(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))...............((........................((((.....((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).........)))).((((((.......((.....))..........................((((.....))))...........)))))).....))....((((((((....))))))))........................)).)))))))). |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((.(((((......))))).)))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((..((..(((((.....................((((((...))))))......).))))..)).))))))..(.((((((((....)))))))))...........(.................)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((.(((((......))))).)))..)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..(((((.....................((((((...))))))......).))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)..(.................)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((.(((((......))))).))...)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......(((((.....................((((((...))))))......).)))).....))))))..(.((((((((....))))))))).....................(.......)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....(((...(((((((((.....))))))((((....)))).(((...((((.((...........((((.((((((....)))))).(((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).))).))))...((((.....(((((..(((((((....))))))).(((((((...)))))))......))))).)))).)).))))...(((((((....)))))))))).........)))...)))....)).)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....((((...(((((((...)))))))((((....)))).......))))............((((((.((((((....)))))).)))...))).....((((((.(....)))))))..((((((((....))))))))(((.(((..((((....)))).....))).)))..))))).(((((((....)))))))((((((((...))))))))................((((.....((((((((....))))))))(((......))).......)))).....))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.........((((..(((((((...(((((...((((....))))..............................((((((....))))))......)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))...........))))))).))))...........(((((..(((((((....)))))))...((((((((((...............))))))))))......((((((((....))))))))...............))))).......))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))....................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....))).................................................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.....(((.((((((((((.....))))).((((....))))....................................................((((.....((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).........))))))))).......(((...((..(((((..(..................)((((.....)))).......).))))..))..))))))...((((((((....))))))))........................)).)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((....(((...(((((((((.....))))))((((....)))).(((...((((.((...........((((.((((((....)))))).(((..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))).))).))))...((((.....((((((.(((((((....))))))).(((((((...)))))))....).))))).)))).)).))))...(((((((....)))))))))).........)))...)))....)).)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...(((((.(((((.....((((...(((((((...)))))))((((....)))).......)))).............(((((.((((((....)))))).)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((..((((....)))).....))).)))..))))).(((((((....))))))).))))).((((...(((((..(((((....)))))...))).))((((((((....))))))))..........))))..))).((...........)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(((((...(((((.....((((...((((((.....))))))((((....)))).......))))........((..((((((.((((((....)))))).)))...)))...))((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((..((((....)))).....))).)))..))))).(((((((....)))))))((((((((...))))))))...)))))(((((((.((((.(.(.((((((((....))))))))(((......)))...).).)))).)).)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((...)).((((((((.(((((((((((.(.((((...).)))(.((.......)).)((((..))))((((((((((((..))))))))))))))))))))).((((((((..)).)))))).((((((((((..))))))))).).......))))))))..)))(........).((((((..((((((((..)))))))).((.(.(((((((....((....))...))))))).))).....(((((((((..)))))))))(((......)))...))))))....).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................()............(...)...........(....)...............................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................((((..(................)...)))).(((..((..................(.(..).)....(.....)..........((.............................(........)......(..((((......)).))..).))..(...)...............(.(((......(......))..)).).((....)).)..).))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................((((...((((((.....))))))((((....)))).......))))...............(((.((((((....)))))).)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........................................(((((((....)))))))((((((((...)))))))).........................((((((((....)))))))).................................... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((....)))).(((((((((((...)))))).((((....)))).......................((((((.((((((....)))))).)))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((....)).))))).((((..((((.....(((((..(((((((....)))))).((((((((...))))))))..)..))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))................)))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((......((((...((((((.....))))))((((....)))).......))))........((.....(((.((((((....)))))).))).((((((....((((((.......))))))..((((((((....))))))))(((.(((..((((....)))).....))).))).(((.((.(((((((....)))))))...((((((((((...............))))))))))..))...(((((((....))))))))))...........))))))..)).)).)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................((((...((((((.....))))))((((....)))).......))))..............((((.((((((....)))))).......))))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........((((....)))).............((((...(((((((....))))))).((((((.....))))))....((((....)))).(((......))).((((....))))..))))........((((................)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..<<<<<...)))).....((((((.....))))))((((....)))).((((...(((...................((((((.[[[)))))).........]]]...((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........((((....))))))).((((......>>>>>.(((((((....))))))).((((((.{{{.))))))....((((....))))))))......}}}.((((....))))..))))........((((................)))).. |
