RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00258

RNA: ASE_00258
Rfam family: RNaseP_nuc

			UGGACCUGCCCACAAAAGGAGCUCCGUGCUCAGAAUUACGCAGGUGGGAAAUUCGGUGGUUCACGCUGUCCAACAUUACCCUUUCUCUUGAGAGAUCCUGGCGAGGAAUCGCUGGGUGCGGCCAUAAGAAAUCAGCCCCCUAAAAAGGGCAUGGGAGGCUGCACGGACAGUUGGUCCUUGGAAAGAGGGCUAUUGAGUGCAAUAUACAGACUGGGGGCUUUGGCCCCUGGAA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(..(((((..........((((.....)))).........)))))....................((((((............((((....))))..(((((((....))))))).(((((((...........((((((....))))))......))))))).))))))...((((((.....)))))).............)......((((((((....))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..((((((.........((((.....))))........)))))).....((((((((((((..(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..))(((((((........(((((((........)))).)))..))))))).)))))))...((....))....))))))))))))............((((((((....)))))))).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((.((.......)))).)))((((((((((((((................)))))))..(((((((......((((..((((....))))....(((((....)))))))))((((((........(((((((........)))).)))..))))))..)))))))((((((((.....)))))))).)))))))..........((((((((....))))))))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..........((((.....)))).........)))).......................((((...........(((((....)))))...(((((....)))))..(((((((...................................)))))))))))..........................................(((((((......)))))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........((((.....))))........))))))...................(((((((............((((....)))).((((((((....))))))))(((((((........(((((((........)))).)))..))))))).)))))))((((((((.....))))))))..................((((((((....))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........((((.....))))........))))))....................((((((.............(((....)))...(((((((....)))))))((((((((.........((((((........)))).))...))))))))))))))..(((((((.....)))))))...................((((((((....))))))))..
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((((.....((((.....))))............))))).........)))))).(((((((............((((....)))).((((((((....))))))))(((((((...........((((........))))......))))))).))))))).(((((((.....)))))))...................((((((((....))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........((((.....))))........))))))...................(((((((............(((((()))))).((((((((....))))))))(((((((........(((((((..(....))))).)))..))))))).)))))))((((((((.....))))))))..................((((((((....))))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.(..............................((((................))))........................((((....))))............................................................................................((..........)).............................))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........((((.....))))........))))))(((.......(((...)))[[[[[[[.......)))..((((....))))..(((((((....)))))))((((((((........(((((((........)))).)))..))))))))]]]]]]]((((((((.....))))))))..................((((((((....))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........((((.....))))........)))))).....((((((((((((...((.((((........(((((....)))))...(((((((....)))))))((((((((........(((((((........)))).)))..))))))))((((.....)))).)))).)).))))))))))))............((((((((....))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........((((...[[))))........))))))...................(((((((.........................((((((((....))))))))(((((((...........((((........))))......))))))).))))))).(((((((.....))))))).......]]..........((((((((....))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((........((((.....)))).......)))).........((((.....((.(((.)))))........((((((..)))))).............................(...........).........................................................................((....))...))))..)).)).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((.....)))).(((((((................)))))))..(((((((.........(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((........(((((((........)))).)))..))))))).))))))).(((((((.....)))))))...................((((((((....))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((..(((((.....((((.....))))............))))).........)))))).(((((((..........((((((..)))))).((((((((....))))))))(((((((...........((((........))))......))))))).)))))))((((((((.....))))))))..................(((((((((..)))))))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........((((.....)))).........)))))......................((((...........(((((....)))))...(((((....)))))..(((((((...((.......(((..........))).))....))))))))))).............................(............((((((........)))))).)
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..........((((.....)))).........)))))......................((((...........(((((....)))))...(((((....)))))..(((((((..(((.......(((..........))).)))...))))))))))).............................(............((((((........)))))).)
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.[[[[[)))......((((.....))))........]]]]].((((.{{{{{{{{{{{{..(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..)).((((((........(((((((........)))).)))..))))))..)))))))...))))........}}}}}}}}}}}}............((((((((....))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((([[[[[.........[[[[)))..]]]].(((((((]]]]]...........)))))))..(((((((.........(((((....)))))..((((((((....))))))))(((((((........(((((((........)))).)))..))))))).)))))))((((((((.....))))))))..................((((((((....))))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........((((.....))))........)))))).....((((((((((((..(((((...........(((((....)))))..((((((((....)))))))).)))))..........(((((.((((.........)))).)))))...((((.....)))).........))))))))))))............((((((((....))))))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((................................)))).......................((((...........(((((....)))))...(((((....)))))...................................................))))................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........((((.....))))........)))))).....((((((((((((..(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..)).((((((....(....).((((........))))......))))))..)))))))...((....))....))))))))))))............(..(((((....)))))..)..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.(((((.........((((.....))))........)))))......((((((((((((..(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..)).((((((........(((((((........)))).)))..))))))..)))))))...((....))....))))))))))))............)).(((((....))))).....
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...((((......)).)))))(..(((((((((((.(..((.....))..))))))))..(((((((.........(((((....)))))...(..((((....))))..)((((((((....(....).((((........))))......)))))))))))))))((((((((.....)))))))).))))..)..........(..(((((....)))))..)..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((...((......))(((((((((((((((.....((((((((((.((...)).)))))).)))).........((((.(((((..)))))((((..(((....)))(((..(.............).)))(((........)))...))))(((((..(..))))))(((((..))))).))))..))))))..))).).).)))).((((((...).)))))..))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................((((.....)))).................................(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..))(((((((...........((((........))))......))))))).))))))).(((((((.....)))))))...................(..(((((....)))))..)..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.........((((.....))))........)))))).....((((..(((..(..(((((((.........(((((....)))))..((..((((....))))..)).((((((........(((((((........)))).)))..))))))..)))))))...((....))....)..)))..))))............(..(((((....)))))..)..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((......((((.....)))).......(((.(((((......(((((.....))))).......)))))...((((....)))).((((((((....)))))))).)))..............((((........)))).)))).(((((......))))).(((((.......))))).((((....)))).......(((((((......)))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...[[[[.......[[[.))))..]]]....((((....))))......(((((.....))))).(((......(((..((((....)))).....((((....)))).))){{{{{{{...........((((........)))).)))..}}}}}}}.((((.....)))).........]]]].((((....)))).......((((((((....))))))))..

---