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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00259



RNA: ASE_00259
Rfam family: RNaseP_bact_a

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((....((.((((((...........)))))).)).....(((((((((....(((((......(((((.......))))).(((((((((((((((((.((.((.............(((((((((.....))))..)))))..((((((...((((((((...))))))))..(((((((....))))))).....))..)))).......)).))...((((.............)))).))))))).))))))..))))......(((((((((((((((....))))))))...(((((.......)))))........))))))).)))))..)))).......))))).))))))...))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((...........)))))).................(((((.....)))))(((((.......)))))((((....)))).......................(((((((((((.....))))..)))))..)).......(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))..............................(((((((........................))))))).....(((((((((.((((((((....))))))))......((.......))(((((((.(((((....)).))))))))))..............))))))))).......
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ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...........((.((((((...........)))))).)).(((.(((((((((................((((.......))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((...............)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))..)))).......))))......(((((((........................)))))))...............((((((((....))))))))...(((((.......)))))(..(((((.........)))))..).........))))))))......)))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(....)(.((((((...........)))))).)....(((())))(((((((((...))))))(((((.......)))))((((....))))..((......))...........(((((((((((.....))))..)))))..))(......(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))..........).........))).......((((((((......................)))))))).....((((((((((((((((((....))))))))......((.((()))))(((((((.((((((()))).)))))))))).............)))))))))).......
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DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((((((((((............(((((...(((...)))..(((((((((((((....((((((((.......)))))((((....)))).....)))....((((......((((((((((((.....))))..)))))...))).....(((((((.....))))))).......))))...))))))))..................))))).....))))).........)))))(((((((.((((((((...)))...)))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))(((((((.(((.........))))))))))..............)))))..)))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((....((.((((((...........)))))).)).....(((((.(((((((((...)))))))((((.......)))).((((....))))..((......)).............(((((((((.....))))..)))))..((((((((.((((((((...))))))))..(((((((....)))))))....((....))((......)).((...))...............)))))))).((((((((............))))).)))((((((((....)))))))).(((........)))..(((((((.(((.........))))))))))....)).))))).))))))..)))))....
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MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((((((..(((((((((((((((.((...)).)))))))............(((((.........((..(((((((((...)))))))((((....))))..........((..........((((((.((((.......).).)).)))..)).).....((((((.......)))))).(.((.(((....))).)))....))........))..)))))))...(...((...(.(.((..(......).......))..).....)..))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))................................................))))))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((((.....((.((((((...........)))))).)).....(((((((((((((((...)))))))((((.......)))).((((....))))..((......))...........(((((((((((.....))))..)))))...))......((((((((...))))))))..(((((((....))))))).............(......))))...............................(.(((((............)))))..).((((((((....)))))))).................((((((.((((.........)))))))))).......)))))..)))))..)))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((((((((((((...........))))))........[[[[[((((((((((...)))))))((((.......))))...................(((((............(((((((...............))))...((((.....((((((((...))))))))..(((((((....))))))).........))))......)))........((((((((......................)))))))).........))))).((((((((....))))))))...)))...))))))))(((((((................))))))).......]]]]]..)))))..)))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.........))..)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))..)))))..((..(.....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...............................((.(....).)..).).))))))))....
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((..((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.........))..)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))..)))))..((..(.....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...............................((.(....).)..).).))))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((..((((((.(((((...((((((...(((((...((.....))..(((((.........((((.((.(((......((...(((((....))))).))......))))).)))).....(((((.(((.....)))...)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....)))))..)))))).)))))(((((((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))))))).))))))...))...)))))((((.(((((.((((..........))))..))))).))))......
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.((((((.......((((((...........))))))........(((((((((...((((((..((((((..((((((......(((((....)))))...........(((((((......(((((((((.....))))..)))))..((((.....((((((((...))))))))..(((((((....))))))).........)))).............................))))))).)))))).(((((............)))))....((((((((....))))))))...(((((.......)))))..........)))))))))))).)))).......))))).))))))..)))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.......(((((((.........................(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))....................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).......)))...........................................................(((...((....))...)))..........)))))))........................................((........))))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..((..((((((.(((((...((((((...(((((...((.....))..(((((.........((((.((.(((......((...(((((....))))).))......))))).)))).....(((((.(((.....)))...)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....)))))..)))))).)))))(((((((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))))))).))))))...))...)))))((((.(((((.((((..........))))..))))).))))......
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.......((((((((((((...((((((...(((((...(((...)))..(((((.........((((.((.(((......((...(((((....))))).))......))))).)))).....(((((((((.....))))..)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....)))))..)))))).)))))(((((((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))(((((((.(((.........))))))))))...........))).((...))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((((((((((...((((((...(((((...((.....))..(((((((((((((.......(((((.......)))))((((....))))..((......))((((......((((((((.(((.....)))...)))))...))).....(((((((.....))))))).......))))...))))))))..((......))......))))).....)))))..)))))).)))))(((((((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))(((((.(((((.........))))))))))..............)))))..)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..))(.(((..)).).)(((..))).(.............)(((((((((((((..((((((.....))))))((((((..)).))))..((((..))))..((((..((....(((.(....(((((((((((((...)))))..)))))..)))......((((((.((..))))))))..((((((((..))))))))(((((((((((.(((((((.....(((((((((......)))))))))..))))).)..))))))).)))))..))))....((((((((((..))))))))))((......))))..)))).((.((((((((..))).)))))))........).)))))..........))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((............................................................................................................................................................................................................................................................(....................................................................................................((.......))......)..)))....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.((((.(((((((((((.................((((..(..((((..(((((................((((.......)))).((((....)))).........................(((((((((.....))))..)))))...........(((((((.....)))))))...((((((....)))))).....................)))))...).)))..................)..)))).................))))....((((((((....))))))))..........)))))))(((((...(((.........)))..)))))...............))))..)))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((((((((.(((((...((((((...(((((...((.....))..(((((...............(((((.......)))))((((....))))..((....((((..........((((((((((((.....))))..)))))...))).....(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))....))))....))......))))).....)))))..)))))).)))))(((..((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))..))).))))))(((((((.(((.........))))))))))..............)))))..)))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((....)))).(((((..((((........))))..)))))...(((((.((((.....)))).(((((.......))))).(((....)))..........................(((((.(((.....)))...)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....((((((((((.....))).(((....)))..))))))).....(((((((((.((((((((....))))))))...(((((.......))))).....(((.........))).((((..........))))..))))))))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((....)))((((((.[[[[[.....))))))....]]]]]...(((((.((((.....)))).(((((.......))))).(((....)))..........................(((((.(((.....)))...)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....(((((((.......))).(((......))).{{.))))..}}.(((((((((.((((((((....))))))))...(((((.......))))).....(((.........))).((((..........))))..))))))))).......