|
|
|
AAGUAAACGUAGAUAGCUGCAGAUUUGAUUUAAUAUAGUCUGAGGAAAGUCCGGGCUCCACAAAUACAAUUUGUGCUGGAAAAACCCCAGUGUAGGAAACUAUGAGGAACGUGCCACAGAAAUAAACCGCCAGAACAAAUUAUGUUAGCUGGUAAGGGUGCAAAGGUAAGUUAAAAGCUUACCAAAAAUACUGUAAAGUAUUUGUUAGGUAAACCCCAAAAACGGAGCAAAGCGACUAAAUAAAUUUUUUGUAUUUUUCAGUAGUUUAGUCUAAAAUACUGCAUGAAGUUAUUGGCAACAAUAACUCUAGAGGAAUAGCUAUCCUUCGAAAUACUUGUGCAAUGUAUUCGGAGAACAGAACCCGGCUUAUGUAGUACUUUUUA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((.((((((((((.((((((((......)).)))))).....{{.{{{{{((((...[[[[[[.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((....(((...)))..)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))..))))...((((......(((((((((]]]]]]....)))))))))........))))......((((((((....))))))))..........)))))))((((..(((((((....)).)))))..)))).......}}}}}}}.))))))))))....
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((....((.((((((...........)))))).)).....(((((((((....(((((......(((((.......))))).(((((((((((((((((.((.((.............(((((((((.....))))..)))))..((((((...((((((((...))))))))..(((((((....))))))).....))..)))).......)).))...((((.............)))).))))))).))))))..))))......(((((((((((((((....))))))))...(((((.......)))))........))))))).)))))..)))).......))))).))))))...)))).... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((...........)))))).................(((((.....)))))(((((.......)))))((((....)))).......................(((((((((((.....))))..)))))..)).......(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))..............................(((((((........................))))))).....(((((((((.((((((((....))))))))......((.......))(((((((.(((((....)).))))))))))..............)))))))))....... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..............((((...............)))).........((((((((...............(((((.......)))))((((....)))).......................(((((((...............)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))....................)))))..........................................................((((((((....)))))))).......................................................)))..........))))..... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...........((.((((((...........)))))).)).(((.(((((((((................((((.......))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((...............)))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....)))))))....)))..)))).......))))......(((((((........................)))))))...............((((((((....))))))))...(((((.......)))))(..(((((.........)))))..).........))))))))......))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(....)(.((((((...........)))))).)....(((())))(((((((((...))))))(((((.......)))))((((....))))..((......))...........(((((((((((.....))))..)))))..))(......(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))..........).........))).......((((((((......................)))))))).....((((((((((((((((((....))))))))......((.((()))))(((((((.((((((()))).)))))))))).............))))))))))....... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.((.(((...........))).))..........................((..(((((((((...)))))).((((....)))).........................(((((.(.........)...)))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))..))................(((..........(........)....))...)..............((((((((....))))))))..........)))))))..............................................)))))))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((((((((............(((((...(((...)))..(((((((((((((....((((((((.......)))))((((....)))).....)))....((((......((((((((((((.....))))..)))))...))).....(((((((.....))))))).......))))...))))))))..................))))).....))))).........)))))(((((((.((((((((...)))...)))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))(((((((.(((.........))))))))))..............)))))..))))).... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((....((.((((((...........)))))).)).....(((((.(((((((((...)))))))((((.......)))).((((....))))..((......)).............(((((((((.....))))..)))))..((((((((.((((((((...))))))))..(((((((....)))))))....((....))((......)).((...))...............)))))))).((((((((............))))).)))((((((((....)))))))).(((........)))..(((((((.(((.........))))))))))....)).))))).))))))..))))).... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......((((((..(((((.............)))))........[[[[(((((...............(((((.......)))))((((....)))).........................(((((((((.....))))..)))))...........(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))....................)))))..........................................................((((((((....))))))))...........))))))(((((...(((.........)))..)))))........]]]]..........)))..... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((((..(((((((((((((((.((...)).)))))))............(((((.........((..(((((((((...)))))))((((....))))..........((..........((((((.((((.......).).)).)))..)).).....((((((.......)))))).(.((.(((....))).)))....))........))..)))))))...(...((...(.(.((..(......).......))..).....)..))).....(.((((((((....)))))))))........))))))))................................................)))))))).... |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.....((.((((((...........)))))).)).....(((((((((((((((...)))))))((((.......)))).((((....))))..((......))...........(((((((((((.....))))..)))))...))......((((((((...))))))))..(((((((....))))))).............(......))))...............................(.(((((............)))))..).((((((((....)))))))).................((((((.((((.........)))))))))).......)))))..)))))..))))..... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((((((((((...........))))))........[[[[[((((((((((...)))))))((((.......))))...................(((((............(((((((...............))))...((((.....((((((((...))))))))..(((((((....))))))).........))))......)))........((((((((......................)))))))).........))))).((((((((....))))))))...)))...))))))))(((((((................))))))).......]]]]]..)))))..))))).... |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.........))..)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))..)))))..((..(.....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...............................((.(....).)..).).)))))))).... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((..((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((.........))..)))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))..)))))..((..(.....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))...............................((.(....).)..).).)))))))).... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((..((((((.(((((...((((((...(((((...((.....))..(((((.........((((.((.(((......((...(((((....))))).))......))))).)))).....(((((.(((.....)))...)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....)))))..)))))).)))))(((((((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))))))).))))))...))...)))))((((.(((((.((((..........))))..))))).))))...... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((((((((.(((((((.((...))).)))))).....[[.[[[[[...(((((((...)))))))((((.......)))).((((....))))......................((((((((((((.....))))..)))))...)))((((.((((((((...))))))))..(((((((....)))))))..............................{{{{...........)))).....((((((((..}}}}......))))).)))((((((((....))))))))..........)))))))((((((.((((.........)))))))))).......]]]]]]])))))..))))).... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.((((((.......((((((...........))))))........(((((((((...((((((..((((((..((((((......(((((....)))))...........(((((((......(((((((((.....))))..)))))..((((.....((((((((...))))))))..(((((((....))))))).........)))).............................))))))).)))))).(((((............)))))....((((((((....))))))))...(((((.......)))))..........)))))))))))).)))).......))))).))))))..))))).... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.......(((((((.........................(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))....................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).......)))...........................................................(((...((....))...)))..........)))))))........................................((........)))))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..((..((((((.(((((...((((((...(((((...((.....))..(((((.........((((.((.(((......((...(((((....))))).))......))))).)))).....(((((.(((.....)))...)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....)))))..)))))).)))))(((((((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))))))).))))))...))...)))))((((.(((((.((((..........))))..))))).))))...... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......((((((((((((...((((((...(((((...(((...)))..(((((.........((((.((.(((......((...(((((....))))).))......))))).)))).....(((((((((.....))))..)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....)))))..)))))).)))))(((((((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))(((((((.(((.........))))))))))...........))).((...))........ |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((((((((...((((((...(((((...((.....))..(((((((((((((.......(((((.......)))))((((....))))..((......))((((......((((((((.(((.....)))...)))))...))).....(((((((.....))))))).......))))...))))))))..((......))......))))).....)))))..)))))).)))))(((((((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))))))))))))))(((((.(((((.........))))))))))..............)))))..))))).... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..))(.(((..)).).)(((..))).(.............)(((((((((((((..((((((.....))))))((((((..)).))))..((((..))))..((((..((....(((.(....(((((((((((((...)))))..)))))..)))......((((((.((..))))))))..((((((((..))))))))(((((((((((.(((((((.....(((((((((......)))))))))..))))).)..))))))).)))))..))))....((((((((((..))))))))))((......))))..)))).((.((((((((..))).)))))))........).)))))..........))))))). |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((............................................................................................................................................................................................................................................................(....................................................................................................((.......))......)..))).... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((((.(((((((((((.................((((..(..((((..(((((................((((.......)))).((((....)))).........................(((((((((.....))))..)))))...........(((((((.....)))))))...((((((....)))))).....................)))))...).)))..................)..)))).................))))....((((((((....))))))))..........)))))))(((((...(((.........)))..)))))...............))))..))))..... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((((((((((.(((((...((((((...(((((...((.....))..(((((...............(((((.......)))))((((....))))..((....((((..........((((((((((((.....))))..)))))...))).....(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))....))))....))......))))).....)))))..)))))).)))))(((..((.(((((............)))))....((((((((....))))))))...))..))).))))))(((((((.(((.........))))))))))..............)))))..))))).... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((....)))).(((((..((((........))))..)))))...(((((.((((.....)))).(((((.......))))).(((....)))..........................(((((.(((.....)))...)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....((((((((((.....))).(((....)))..))))))).....(((((((((.((((((((....))))))))...(((((.......))))).....(((.........))).((((..........))))..)))))))))....... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((....)))((((((.[[[[[.....))))))....]]]]]...(((((.((((.....)))).(((((.......))))).(((....)))..........................(((((.(((.....)))...)))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).......))))).....(((((((.......))).(((......))).{{.))))..}}.(((((((((.((((((((....))))))))...(((((.......))))).....(((.........))).((((..........))))..)))))))))....... |