|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGACAGGGUGGUCGAUAACGUCGACCGGUCGUGAGAUCAGGGACAGUGCCACAGAAAACAGACCGCCGCUGCGGGCAUGAGCCCCCGUCAAGGUUUGAUUGUCUGCAUGCGGUAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGUCGAGGCGACUCGGCUGGCUAGGUAAACCCCGCCCGGAGCAAGACCAAGCAGAGAGCAUGUUGUCGGUGUCACAGCCGACAGCCGGAAUCGGUUCGGUUUCGUAUGACUCUCGGGUAGGUUGCCGGAGCUAGCGAGCAAUUGCUAGCCUAGAGAAAUGGUCGUCAGACGUUUUCGAUCCGUCGAAGAGCCCAACAGAACCCGGCUUA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((((((((((........))))))..)))))))).)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((...(((((((((......)))))))))(((((((.]]]]))))))).....))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((....))))))))))))......)))))))).
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((...)))..((((((((((.(((((((((.(..(((....((.(((....((((...........((((((((((((((((((((((........))))))..)))))))).)))))...))).....((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).))))...)))..(((((((...(((.....(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))).)))..))).)))).((((((((....))))))))...))...)))..)))).)))))).)))))).........)))).......))))))))) |
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((((((...)))))))((((....))))..((....(((...............((((((((................................))).)))))..(((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..........)))))...)))...))......................................((((((.....)))))).......................................................................................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((...)))..(((((((((((...))))))).(((.(((((((((((...(((((............(((((((((((((((((((((........))))))..)))))))).)))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))..)))))..((((.....((((.....(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))).....)))).)))).((((((((....)))))))).........))))).)))))).(((((((....))))))))))).......))))).... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..............................)))).)))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))............((((((.................................................))))))...............((((((((....))))))))............................................................ |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((.(((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((..............................)))).)))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............))))))))...((((.....((((((.............................((((.....)))).......)))))).....))))......((((((((....))))))))............................................................ |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((.....(((.(...((((((.(((((((((.((((.........((.......))..........))))(((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).(((.((((..((((................(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))))))).)))))))...((((((((....))))))))..............))).)))))).))))))))))...))))))..........)).... |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((................(((((((...)))))))((((....)))).........((.............(((((((.......................................)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))..))..................((((.....(((((...................................................))))).....))))......((((((((....))))))))...................................................))))))).. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))))((((....)))).(((...(((((............(((((((((((((((((((((........))))))..)))))))).)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((...(((((((((......)))))))))(((((((.....))))))).....))))).....))))......((((((((....))))))))..........(((.....((((.........)))).....)))........)))))))). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((.....(((.(...((((((.(((((((((((((((.....((.((.......))...))...).))))(((((((((((((((((((........))))))..)))))))).)))))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).(((.((((..((((................(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))))))).)))))))...((((((((....))))))))..........)...))).)))))).))))))))))...))))))..........)))... |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..((..................................))...)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))................((.(.....................................................).))...............((((((((....))))))))............................................................ |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((((.((..........................)).))).)))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))....(((.....(((((((............................((((.....))))).....).))))).....))).......((((((((....))))))))........................................))...)).)..))))).... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]].....(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..(((((((...(((.....(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))).)))..))).)))).((((((((....)))))))).........(((......((((.........))))...[[[[)))..........]]]]. |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..(((((((((((...))))))).(((.((((((((.((......))...........((((((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...))).....((((((.......))))))((((((((((....))))))).))).(((((.((..(((((((((((((((.(((.((......(((((((((......))))))))).....)).))).)))))....)).))).))))).))))))).(.((((((((....)))))))))........))))).))))))..((((((....)))))).)))).......)))))))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((................(([[[[.[[[[[[..))((((....))))..........................(((((((((((((((((((........))))))..)))))))).)))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............((((.........{{.....(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))))))).}}........((((((((....))))))))..................]]]]]].]]]]......................))))).... |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((........((((((((.......(((((((((((...)))))))(((......))).........(((...........(((((................(((...(.................)))).))..)).)......(((((.......)))))..(.(((((((....))))))))....))).......))))........(((......((((..(.....((.....................((((...))))..)....)))))....)..))).....(.(((((.((....)).))))))........))))))))....................................))).... |
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((............((((((...)))))).((((....))))...........................((((..........................((((.....))))))))....((((....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)...........))))....((..((((..((.(((((...........................(..(((((...)))))......).)))))..)).))))))..(.((((((((....)))))))))........)))))))).......................)..............)))). |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..(((.(((((((...)))))))((((....))))..((......))...........((((((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..((((..((..((((((((((.......((.....))..(((((((((......)))))))))((((((((...))))))))..)).))).))))).)).))))...((((((((....))))))))...........(((....))).(((((((....))))))).))).......)))))))). |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))((((((.....(((.(((((((((((...))))))((((((((................)))........)))))((((((((((((((((((........))))))..)))))))).))))...((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........))))))))).......(((((....(((((...(((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).....))))).........[[[[[.((((((((....)))))))).........)))))))).((((.........))))...))))))........]]]]]... |
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((.((..(((....((((((((...))))))))))))))))....(((................(((.......))).((((....))))((......((.((........)).)).....)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((......))..(((..(((..(((.....(((((((((..............(((((...(((....))).)))))....)))).))))).....))))))))).((((((((....)))))))).......................((((((....))))))..))).......)))))))). |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..................................)).)))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(...((((((............................(((((.....)))))......))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..). |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((((................................))).)))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.....((((((............................((((((...))))))......)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).............................................(.(....))..... |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..................................)).)))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((....((((((............................(((((.....)))))......))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...................................((.(....).)..). |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((((................................))).)))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.....((((((............................((((((...))))))......)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)....................................(.(....))..... |
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.(((((((................................))).))))...)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((.....((((((............................((((((...))))))......)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)..........................................(.(....))..... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..((((((((((.((((((((.((..(((....((.(((....((((...........((((((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..(((((((...(((.....(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))).)))..))).)))).((((((((....))))))))...))...)))..)))).)))))).)))))).........)))).......)))))))). |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..(((((((((((...)))))))((((.[[[)))).......................((((((((((((((((((((((........))))))..)))))))).)))))...))).....((((((.(....)))))))((((((((((....)))))))).)).((((.(((..((((((((((..................((((((((((...).)))))))))((((((((...))))))))..)).))).))))).)))))))((.((((((((....)))))))))).........(((.]]]))).(((((((....))))))))))).......)))))))). |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........)))).....((((((.((((((....((((....))))..........................(((((((((((((((((((........))))))..)))))))).)))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......(((((............(((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).....((((..((((...))))...((((((((....))))))))..))))...)))))....)))))).)))))).......(((((...........))))). |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).............................................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))........................................................................................(((...((....))...)))............................................................ |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((..((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((..............................)))).)))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).........)))))))))))))...............................................((((.....))))............))))............((((((((....))))))))................................................(....)...... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..((((((((((.(((((((((.(..(((....((.(((....((((...........((((((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..(((((((...(((.....(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))).)))..))).)))).((((((((....))))))))...))...)))..)))).)))))).)))))).........)))).......)))))))). |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...((((((((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...))))))))))))..((((..((.(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).)))))..)).)))).)))))((((((((....))))))))...........(((....))).)))).((....))...(((((...........))))). |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...))).....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).))))...))))))))))))...........(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).)))))((((...(((.((((((((((((....))))))))...(((((...(((....))).)))))..)))).)))...))))........))))))). |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...)))..(((((((((((...)))))))((((((((..)))).))))....((...(((.(.((((((((((((((.(.(.((((((.(.(((.......))).((((..)))).))))))).)))((((((((..)).)))))))))))).((((((.((((.(((.((.((.((...(((..)))....)).)).))))))))))..)))))(((((((......)))).))).)).))))).).)))....))(((((.((........)))))))(((((.(((..))).)).)))...((((.((((..))))))))....(((....).)))))).....).)))))))). |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................((((......................................))))........(..)......(.(.(.....).)..).......................((.......)).. |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(.((((((((.............))).................((...............((...).)((.....(((.(........(((......(.....).))...)...)....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))....)).....)).....(((.....((.(.(.............................(.((.(.........))).)...).))...)..))).(....((((((((....))))))))...).......))))))...((.(........).))........................ |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((............((((.(((((.((((((....((((....))))...(((....................(((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...........((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))...............................(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))).............(.((((((((....))))))))).............))).)))))).)))))..........)))).......)))))))). |
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..))))..))).)))))))))..((((.....(((((((.(((((((((......)))))))))((((((((...))))))))..)).))))).....))))....(.((((((((....))))))))).....................(((((((....))))))).................... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((...)))..((((((((((.((((((((.((..(((....((.(((....((((...........((((((((((((((((.(((((........)))))...)))))))).)))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))..(((((((...(((.....(((((((((((((((((......)))))))))((((((((...)))))))).))).))))).)))..))).)))).((((((((....))))))))...))...)))..)))).)))))).)))))).........)))).......)))))))). |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........)))).....((((((.....)))))).(((....))).(((..((((((...............)).)))).((((....))))..((((.....))))..))).(((((((...(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))........(((..(((.......))).((((((......)))))).((((....))))..))).))))))).(((((((........)))..((((((((....))))))))..)))).((((.........)))).((((....))))..((((...........)))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((<<<<<<....))))..(((((((((.....)))))).(((....)))..........)))............((((....))))....>>>>>>(((.((..((......{{{{)).)))))...(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......(((((.(((.......))).(((..((((...[[[))))..(((((((]]]..)))))))...))).(((.(((.....)))...((((((((....))))))))...)))...)))))...}}}}....((((....)))).(((((...........))))). |