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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGGUGCCAGAUAACGUCUGGGAGGCGCGAGCCUACGACAAGUGCAGCAGAGAGUAAACCGCCGAUGGCCUGUUUACAGGAUCAGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCACAGCUGGUAACAGUUUGUGGCAAGGUAAACUCCACCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGUUCUUAUGGUGCGGCCCGCAUUGAACCCGGGUAGGUUGCUGGAGCCAGCGCGCAAGUUCUGGCCUAGAUGAAUGGUUGUCCACGACAGAACACGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((....)))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..((((((.....(((..((.((((((...)))))).((((....))))...))...))).......(((.(((((((....(((((.((....)).)))))..((((((..(((((((((((((((...(((((.(((((....))))))))))...(((...((((....))))....)))........))))))))..))).))))...))..)))).))).))))))))))))).........((((((.....(((((....))))).....))))))..))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((....))))..................................((((....))))..................((((((.......))))))............................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...(.((((....))))..).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))).............((((((...................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.(.......((((((....((((((...)))))).((((....))))..........................(((...(.((((....))))..).)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))..............))))..(((..((((......((((((.....(((((...))))).)))))).....))))))).(.(((((.((....)).))))))...........)))))).........).)))))). |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((..(((((((....)))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).))))).)...))..)))))))))))))...((((......((((((....(((((.....))))))))))).....))))......(((((.((....)).)))))...........((.....)).......).)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.......(((((((((((...)))))).((((....)))).................((((..((((((....(((((.((....)).)))))...))).....((((((.......)))))).((((((((....))))).)))....)))..)))))))))...((..((((......((((((....(((((((.))))))))))))).....))))))))))))).(.().)..((((((.....(((((....))))).....))))))........ |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(........(((((.(((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)......................((((((((.(.((......)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).............))))))))((..((((......((((((.....((((.....)))).)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))..........................)))))..). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.(((((.((((.(..((((((((((...)))))).((((....)))).........((........))....))))...).))))..(((........))).(((((....((((((.......)))))).((((((((....)))).))))....(.....)..))))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).((((.(((((.((....)).))))))))).........((((...)))).....)))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((((((...((((...))))......[[[[[[[[..[[[[[(((((((.................((((((.(((...)))..)))))).......(((..(((((.....(((((((........)))))))(((((....))))).................)))))........)))......((((((....((((((...))))))))))))..)))))))..)))))))..]]]]].........]]]]]]]].....(((((...)))))....))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.(((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........................((((....(((((.((....)).)))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............))))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....))))......(((((.((....)).)))))(((......))).((((...)))).....)))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...))))))...............((....(((.....................................................((((((.......)))))).((((.(((....)))..)))).....)))...)))))))))))...(((...((..((((.......................))))..))..)))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(.((........))..).)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((....(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((...(.(((......)))..).)))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((....(((((.....)))))))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).......................... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((....((((((((((...)))))).((((....))))........(((...[[[..)))...)))).....)))))................(((((....((((((.(....))))))).((((((((....)))).)))).............))))))))))..((((......((((((]].]((((((...)))))))))))).....)))).((((.(((((..........)))))))))........(((((...)))))....)))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((..(((((((..((((......((((((...)))))).((((....)))).........................((((....(((((..........)))))...)))).....((((.((((((((...(((((.(((((....)))))))))).........((((....))))...............)))))))).)))).))))......((((......))))..))))))).........((((((.....(((((....))))).....))))))..))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).......................................................(((......((...............)).((....((....)).....))...........))).....)))...........................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((.........(((((((((((...)))))).((((....))))..((....(((.............(((((.....((((....))))....)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).))))).....)))...)))))))..(((..(((...((..((((((...................))))))..))..))))))...((((((((....))))))))........................)).)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.(((.(((..(((.....))).......(((.(..((((....)))).))))..))).)))........(((((((..(((((((....)))).))).....((((....((((((.((((((((.(.(((((.(((((....))))))))))...(((...((((....))))....)))......).)))))))).))...)))).......)))).))).)))).((((.(((((.((....)).))))))))).......((((....))))......)))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((.((.((((((((((...)))))).((((....)))).........................))))..)).)))))((((........))))(((((....((((((.......))))))(((((((((....))))).))).)...........))))))))))..(((((.....((((((....((((((...))))))))))))..........((((.(((((.((....)).))))))))).....)))))(((...)))......)))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((........))...(((((...(((((..(.(((...).)).)..))((((((((((((..((..((((((..((((((((..)))))).)))))..)))...((((((((((..........))))))..))))..))..))))))))))))....((((....))))..(((((.((..(((((((...................)))))))..)))))))((((..)))).)))....).)))).((.(.(...((((..))))..))))).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................(...)..........((................))....................(....)...((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................(......).........(....).(..(............(.((......))..........................((((((.......)))))).(((.((((....)))..)))).............)....)..)...((((....(..(.((.....((((((...)))))))).).....).)))).((...(((((.((....)).)))))..))...................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))..................................((((....)))).........(((((....((((((.......))))))..((.((((....))))..))..............)))))..........................................................((((.(((((.((....)).)))))))))................................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((.(((((...(((..((((.((((((...)))))).((((....)))).......................((((((.....((((....))))....)))...))).....((((((.......)))))).((((((((....)))).)))).........))))..))))))))..((((......((((((....((((((...)))))))))))).....)))).((((.(((((.((....)).))))))))).........((((...)))).....))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((....((((...((.((((((...)))))).((((....))))...))....(((.((..(((..((((.((..(((((((....)))).)))(((..(((((....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).............)))))........))).....))))))))).)).))).)))).....)).))))).((((..(((((.(((((..(....)..))))))))).......((((....))))......)..)))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).)))..(((((.....))))).((((....)))).......(((...............((((....(((((((.....)).)))))...))))....((((((.......)))))).))).((((....))))..(((..........((((....)))).((((((.......))).)))..(((((.....))))).((((......)))).((((.(((((.((....)).))))))))).......((((....))))....)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((....)))).)))..(((((.....))))).((((....)))).......((((........(((((.{{{{....{{{{{))))).....}}}}}...}}}}....((((((.......)))))))))).((((....)))).((((..((((....((((....))))....(((.......))))))).....((.[[[[)).....(((.]]]].))).((((....)))).)))).(((((((((..<<<....))).>>>.....))))))........ |
