RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00270

RNA: ASE_00270
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCAUAGGGCAGGGCGCUCGUCGAGACUGGCGGCGGAAGUUCGCCAGUCAAGGCGAGGGAGUUGCUCCGGCGAGAUGCUGGGGCAACUUCGGAAAGUGCCACAGAAACCAUACCGCCGUCGGGCUAAGCGGCACUGUGGCUUCCGCUGCCAGCCGCUGCAGUGUUCGCGUUUCCCGGCGGUAAGGGUGAAAUGGUGGGGUAAGAGCCCACCAGCACGACCGCGAGGUCGUGGCUGGGCAAACCCCGCCCGGAGCAAGACCAAAUAGGGGGCGCUAUCAGGUUGCCCGCCGAUGCCCCCGGGUCGGUCGCUUAGAGAAAUGGUCGCCAGCGUCAGGGCUAAAACCUGACGCCACAGAACCCGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[.(((((((((((..(((((((((.......)))))))))..)))).))((((((((((((((...))))))))))))).)((...(((((............(((((((((((((((((((((((((((((...(((...))))))))))))).)))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....((((((....((.(((.]]]]))))).)))))).....))))...................(((((((((.......)))))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((..((((.((((.(((..((((((..((((((((((....).)))))))))..))))))..((((((((((((.....))))))))))))........((((.(((......(((((((((((((....(((((((((..((....((.....)).))..))))).))))....)))))))))...))))...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).)))))))..))).)))).((((..((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).....))))))))......))))......((((((((.......)))))))).......)))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................(((((.....)))))..........(....(((...............((((((((...................................................))))))))..(((((....((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))))...)))...)......((((((.......(((.....)))...))))))....................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((.((.....(((..((((((((((..(((((((((.......)))))))))..))))..(((((((((((((((...)))))))))))))))....))))))......(((((.(((((((((((....((((((((((((((.........))))...))))))).)))....)))))))))..)).......((((((((....(((((....(((((((....)))))))..)))))..))))))))..((((..((((.....(((((((...................))))))).....))))))))......))))).))).((((((((.......))))))))....)).)))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................(((((((((((((((...)))))))))))))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........(((((...........................(((((.....))))).((((.....................))))........................(((((((((((.................................................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))))))))............((((((.....................))))))...............(....)...............................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((........(((((...........................(((((.....))))).((((.....................))))..........................(((((((((.................................................)))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))))))))...((((.....((((((.....................)))))).....))))......(....)...............................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((..((...((((......((((((..((((((((((....).)))))))))..))))))((((((((((((((.....)))))))))))))).................((.(...(((((((((....(((((((((((((..............)))))))))).)))....)))))))))).))..........(((((....(((((...((((((((....))))))).))))))..)))))))))))(((..((((.....(((((((...((.(((.....)))))))))))).....))))))).................((((((((.......)))))))).......)))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................(.............((((((((.......................................................))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)...)...................((((......(((((.......(((.....)))...)))))......))))...........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((........(((((((((((..(((((((((.......)))))))))..))))))((((((((((((((.....))))))))))))))((...(((((............(((((((((((..(.(((((((((((((..............))))))))).)))).)..)))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..)))))))))))))...((((.....(((((((......(((.....)))..))))))).....))))....................((((((((.......)))))))).......)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.(((...((((..(((.((((((..((((((((((....).)))))))))..))))))((((((((((((((.....)))))))))))))).......)))......(((.(...(((((((((....(((((((((((((....((.....)).)))))))))).)))....)))))))))).)).)........(((((....(((((...((((((((....))))))).))))))..)))))))))))(((..((((.....(((((((...((.(((.....)))))))))))).....)))))))............(....((((((((.......))))))))....)).)))))))).
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(............((..((((.((....)).))))..))........(((((((........(((((.....(((((.....)))))(....).........................((((((..............((..........................))...............))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))).)...........))))))))).....((.....((((((.....(.(((.....))))..)))))).....))...((.(.(((..(((...))))))).))........................))))))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((...((((..((((((((((..(((((((((.......)))))))))..))))).(((((((((((((((...))))))))))))))).....)))))......(((((((((((((((((....(((((((((((((....(((...))).))))))))).))))....)))))))))...)))...)))))(((((....(((((....(((((((....)))))))..)))))..))))))))))))))..(((((....(((((((......(((.....)))..)))))))[[[[[[[.............)))))....((((((((.......))))))))........]]]]]]].
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...((((.(((..((((((..((((((((((....).)))))))))..))))))((((((((((((((.....))))))))))))))......((((.(((......(((((((((((((....(((((((((((((....(((...))).))))))))).))))....)))))))))...))))...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).)))))))..))).))))))))...((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).....))))............((...)).((((((((.......)))))))).......)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...((((.((...((((((..((((((((((....)).))))))))..))))))((((((((((((((.....))))))))))))))......((((.(((..........(((((((((....(((((((((((((..............)))))))))).)))....)))))))))..........((((((([[.....))))))).(((((((....))))))).))))))).]])).)))))))))..((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).))..{{)).................}}.((((((((.......))))))))........))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((.....................(((((((((((...)))).................................)))((......)).........(((...........(((((((((..............................................(.(....))))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.(((....))).)))....))).......))))))).....(((.....((((.((....((((((...)))).))))))....)).))).....(...(((((....))))).)............))))...................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................((..(..(((.....)))))).............(((..(.......................((((....((....))...........................(((((((................(.................................))))))))...((((......(((((.(...).)))))..((((((((....))))))).).......)))).))))))))....(((...(.((((((....((.((((...)))))).))))))..)..))).........(..((....)).)((((.............)))).................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...((((.(((..((((((..((((((((((....).)))))))))..))))))((((((((((((((.....))))))))))))))......((((.(((.......((((((((((((....(((((((((((((....(((...))).)))))))))).)))....)))))))))...)))....(((((((.......))))))).(((((((....))))))).)))))))..))).))))))))...((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).....))))............((...)).((((((((.......)))))))).......)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((........((((((((...))).((((((((((((.((((((......))))))(((((((((((((((...))))))))))))))).......(((((((..........((((([[[[[...))))).)))))))))))))))))))((((((................))))))...((((....(((((((.......))))))).(((((((....))))))).........)))))))))))))...(((((....(((((((..........]]]]]....)))))))....................)))))....((((((((.......)))))))).......)))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((............(((.((((......))))))).....(((((......)))))....(((((((((((.....)))))))))))...((......)).............((((..........(((((((((((((..............)))))))))).)))................))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))((.((((.......))))...))..((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).))))(((.(((.........))).))).((((((((.......))))))))....)).)))))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................((.((...........)).))....(((.(((((((((.......((..(((((....))...))).((((....))))......................))((((((.......................................................))))))..(((((....((((((.......))))))..(((.(((....))).))).............)))))))))........................................................(.(.(((((((....)))))))).).......................)))))))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((....(((fffff(.<<([[[[[[[[[[[(..bbb...bbbbbbbbbbbbbb(jjjj..j(..ggggg.(((((((((((((((ii.)))))))))))))))))).)GGGGG((.)J..hhhh.hhhhhhhhhh(aaaaaaaaa((((()JJJJBBBBBBBBBBkkkII)))))))ff((cccc)AAAAAAAA...BBBB....llllllll..)BBB]].))((((((((())FF))))))ddddddd...LLLLLLLLKKK.((..{{{{CCCC.{{{{{{{.)]]..AH]]]]]]))]>>}}}}}}}.}}}}.HHHHHHHHH....HHHHFFFFF.eeeeeeee)))....EEEEEEEE.......DDDDDDD..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........(((((...........................(((((.....)))))(((((.....................)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((.(...((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.(....).....)..)(....).................((.(....).)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........(((((...........................(((((.....)))))(((((.....................)))).)((...(((((.((.........((((((((.......................................................))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((...(.((((((.....(((((.....))))).))))))..)..)))).((.(.(....).....).))(....)..................(.(....)).....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........(((((...........................(((((.....)))))(((((.....................)))).)((...(((((.((.........(((((((((.....................................................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((....((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.(....).....)..)(....).................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((........(((((...........................(((((.....)))))(((((.....................)))).)((...(((((.((.........((((((((.......................................................))))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))))))))..((((...(.((((((.....(((((.....))))).))))))..)..)))).((.(.(....).....).))(....)...(................(....)).....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((........(((((...........................(((((.....)))))(((((.....................)))).)((...(((((.((.........((.(((((.......................................................)))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((.....((((((......((((.....))))..)))))).....)))))((.(.(....).....).))(....)..................(.(....)).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((..((((((((((..((((((((((....)).))))))))..))))..((((((((((((((.....))))))))))))))....))))))......(((((...(((((((((....(((((((((..((....((.....)).))..)))))).)))....)))))))))..((((((...((((((((....(((((....(((((((....)))))))..)))))..))))))))........((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).))))..))))))......))))).))).((((((((.......))))))))....)).)))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...((((.(((..((((((..((((((((((....).)))))))))..))))))(((((((((((((((...)))))))))))))))......((((.(((......(((((((((((((..(((((((((((((((....(((...))).)))))))))).))).)).)))))))))...))))...(((((((.(....)))))))).(((((((....))))))).)))))))..))).))))))))...((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).....))))...........(((...)))((((((((.......)))))))).......)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..((((....)))).)))).((((((..(((((((((.......)))))))))..))))))(((((((((((((((...)))))))))))))))....................((((((((.(((((..((((((...(((((....)))))..)))))).....))))).......))))))))..(((((...((((((((....(((((....(((((((....)))))))..)))))..))))))))..((((..((((.....(((((((...................))))))).....))))))))..........))))).((((((((.......))))))))................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((.........................................(((((.....))))).((((.....................))))...............................................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........))).....)))............................................................(....)...............................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.......((((..((((.........((((...........................(((((.....)))))(((((.....................)))).).......................))))..................................................................(((((....((((((.......))))))..(((..((....))..))).............)))))))))........................((((.....)))).......)))).......((.(.(....).....).)).....)....................(....)......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((..((((((((((..((((((((((....).)))))))))..))))..((((((((((((((.....))))))))))))))....))))))......(((((...(((((((((....(((((((((..((....((.....)).))..))))).))))....)))))))))..((((((...((((((((....(((((....(((((((....)))))))..)))))..))))))))........((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).))))..))))))......))))).))).((((((((.......))))))))....)).)))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((......((((...(((..(((.(((((.(((((..((((((((((....)).))))))))..))))).((((((((((((((.....)))))))))))))).((.((((((.......((.(((((((((((((....(((((((((..((....((.....)).))..))))).))))....)))))))))...))))....((((((((....(((((....(((((((....)))))))..)))))..)))))))).)).......((.....)).)))))).))....)))))))).)))..))))((....)).))).(((...(((((....((((((((.......))))))))....))..))).))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...((((.(((..((((((..((((((((((....)).))))))))..))))))((((((((((((((.....))))))))))))))......((((.(((......(((((((((((((....(((((((((..((....((.....)).))..)))))).)))....)))))))))...))))...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).)))))))..))).)))))))))..((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).))))(((.(((.........))).))).((((((((.......))))))))........))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((.((........))....((((((((((((((((((..))).)))))))))))))))(((((((((((((((...)..))))))))))).(..)((..(((.((...(((.(((((((...(((..((((((((((((....................))))))..).))))))))))))))).))).....(((((((((..)).)))))))((((((((...).)))))).))))))..)))))(((((((((..)))((...(((((((((((..)))).)))).))).))...))))))((.(((...))).)).(((...)))((((((((((...))))))))))(...)).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(..)..((......................))...................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................(.(...)..).......((........((...((...)).(........)(.((.(.........((.(...((...(.......))).)...))..)....((((((.......))))))..(((..((....))..)))....)).)......))..)).....(((.....((.(.((........(........)...)).).)...)..))).((...(....).............))...................((.......))..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((..(((((.((((..((((((((((....)).))))))))..))))..(((((((((((((((...))))))))))))))).....)))))......((((.((((((((((((....(((((((((..((....(((...))).))..)))))).)))....)))))))))...))).....((((((((....(((((....(((((((....)))))))..)))))..))))))))..((((..((((.....(((((((...((.(((.....)))))))))))).....)))))))).......)))).))).((((((((.......))))))))....)).)))))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.......((((.....)))).....((((((((((....).)))))))))..((((.(((.(((((((((((.....))))))))))).........((((.(((......(((((((((((((....(((((((((((((..............)))))))))).)))....)))))))))...))))...(((((((.......))))))).(((((((....))))))).)))))))..)))))))..((((..((((.....(((((((...((.(((.....)))))))))))).....))))))))........(.....).((((((((.......)))))))).......)))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((.....(((..((((((((((..((((((((((....).)))))))))..))))..((((((((((((((.....))))))))))))))....))))))......(((((((((((((((((....(((((((((..((....((.....)).))..))))).))))....)))))))))...))).....((((((((....(((((....(((((((....)))))))..)))))..))))))))..((((..((((.....((((((...(((.(((.....)))))))))))).....))))))))......))))).))).((((((((.......))))))))....)).)))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..((((....)))).))))..(((((..(((((((((.......)))))))))..))))).((((((((((((((.....)))))))))))))).......(((((((..........(((((........))))).)))))))...((((((........)))))).((((........))))...((((....(((((((.......))))))).(((((((....))))))).((((((.......)))))).....(((((......(((((((....)).))))).(((((........))))).............)))))....((((((((.......))))))))......))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((..((((....)))).)))).((((((..((((((((((....)).))))))))..)))))).(((((((((((((.....))))))))))))).(((.[[[[[....[[[[[......(((((..{{{{{.)))))....}}}}}))).((((..]].]]]))))....(((]]]]]...)))....((((....(((((((.......))))))).(((((((....))))))).((((((.......)))))).....(((((......(((((((....)).)))))..(((((((....)).)).)))..........)))))....((((((((.......))))))))......))))......

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