|
|
|
UUGAGGAAAGUCCGGGCUCCUAUUUGGCCAGGCUUGCUGGGUAAUUCCCAGUGCGGGUGACCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAACACACCGCCUAAUGCUUAAUGGGGAAAUCCCAACAAGCGCGGCAAGGGUGCAAAGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGCAGCAUCGAGAGGUGCUGGCUAGGUAAACCCCGGCUAGGAGCAAGGUGAGGGACGCUGGAGGCCAUAGACCGUGUCCCUAAGUAGAGCCGCUUGAGGCUAUCGGCAACGCUAGUCCCAGAUAGAUGAUUACCCAUUCACUUUCUAAAGAAAGAAGAAAGAACAGAACCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.......(((.((((((((((...[[[[[.(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((..(((((((((((((...))))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((..((((((..(((]]]]]...))).))))))........)))......((((((((....)))))))).................(((((((((.(.....)))))).)))).......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(......(((.(((((.((((((((((...(((((.(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).)))....((..(((((..(((((..(((((...)))))........(((..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..)))..))))))))))((((((((.((..........))))))))))..)).)))))......(((((.((....)).)))))))))))))...............((((((.........))))))....)).)))))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................((((((.....))))))((((....)))).........((..............(((............((((..)))).........)))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))......)))).........))..(((.(((((((.....(.(....).)..))))))).......)))......(((((.((....)).)))))............................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.((((((((((.(((((..(((.((((..(((....((((....))))..)))...))))......((....(((((..(((((..(((((...)))))........(((..((((((...((((((.......))))))..(((((((....))))))).....))..))))..)))..))))))))))((((((((.((..........))))))))))..))..))).))))).(((((.((....)).))))))))))))).(((........)))((((((.........))))))....)).)))))..... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................(((((....)))))............................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..............((((..........(((.(((((((.....))))).((((....)))).......................(((((..((((((.................)))))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).)))).......((((((...................))))))................((((((((....))))))))..........))................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.............(((((...............((((((.....))))))((((....)))).........................(((..((((((.................)))))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))...................)))))......((((((...................))))))................((((((((....))))))))..........))................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.(((((((((((....(((..(((((.((((...((((((..((((....)...........................)))...........))))))...)))).)))))..)))..((((.....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))......))))....)))))))......((((((((....((.......))))))))))................(((((.((....)).))))).......................(((((....)))))...............))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..............((((((.....))))))((((....)))).........................(((...((((...................)))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))))........((.(...................)..))...............(.(((((.((....)).))))).)...............(.........................)........))))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.((((((((((.........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((...(((((..((((.....))))..))))).)))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((..(((((((.(...........).)))))))........)))......(((((.((....)).))))).................(.((..(((((....)))))...)).).......)))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((((((((.((((((..(((((.((((...((((((..(((((((...((..((......)))).....))).))))...........))))))...)))).)))))..)))..((((((...((((((.......))))))(((((((((....))))))).))..))..))))))).)))))))..(((.((((((((....((.......)))))))))).......)))...((.(((((.((....)).))))).))................(((.(((((....)))))..)))..........))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((.((((((((...)))))).((((....)))).........................(((....((.....((.......)).....))..)))...........((((((.......))))))..(((((((....))))))).............)))))..............(((((.................)))))..................((((((((....))))))))............................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(.....(((...(((((...............((((((.....))))))((((....))))..........................((....((.....................))..))(..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........)))).)....)))))..))).(((((((.................)))))))................((((((((....)))))))).........................................................)... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((...((((((((...(((((.(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).))).....((((......(((((..(((((...)))))..))))).(((..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..)))........))))(((((((((((...)))......)))))))).....)))))(((...[[[....)))...]]]....))))))))...........(((.[[[[[[...)))...]]]]]].......)))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((.((((((((((...((((((((((....((((.(((..((((.(((.((.((......)).))......(((((((...(((((..(((((...)))))..))))).)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))).))..)))..))))..))).)))).......((((((((.((..........))))))))))......((((......)))).))))))).)))....))))))))..((........)).((((((.........))))))....)).)))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((((((((({{{{{{........((((((.....))))))((((....)))).........................(((....((((..(((((...)))))..))))..)))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..................))))))......((((((((.((..........))))))))))......[[[.......(((((.((....)).)))))}}}}}}.................((((((.........))))))........)))]]]... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((..........((.(((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((..(.((.(.................).)).))))..)).)......(((((.......)))))..(.((.(((....))).)))....))).......)).)))))))...(((..(..((.((.(......).......))))....)..))).....(.((((((((....))))))))).................(((.((.............)).))).................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((................((((((...)))))).((((....))))..........................((..((((.....................))))))...((((.....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).).......))))......))))....((((((((((..((((......)))).)))))))......)))..((.(.((((((((....))))))))).))..............((.........)).............................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((.((((((((((....(...((((((.....))))))((((....))))..((......)).........(((((((...(((((..(((((...)))))..))))).)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).).............((.....))......((((((((.((..........))))))))))........).......(((((.((....)).)))))))))))))..((........)).((((((.........))))))....)).)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((...((((((((...(((...(((((.....)))))(((((....)))))........)))...........((((.....((((..(((((...)))))..))))))))...((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........)))).((((((..........(((((((((((...)))......)))))))).......((((...........))))....))))))))))))))...............((((((..))))))..............)))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((......)))))........((((((.....))))))((((....)))).....................(((((((...(((((..(((((...)))))..))))).)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))(((.((.....)).)))...((((..(((.((((((((.((..........)))))))))).......)))))))..(((((.((....)).)))))......................)))))))................................ |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.{{{{{{{{{{{(hhhhhh(((((((((((((<<<<<<<..((((((.ii(fffff(..eeee.eeeeeee(..........[[.[[[[[..[[[[[..)))))).ggg.))).)GGGbb(((...(((((...(((((()E.....)))))).)II)))))....cccc>>>>>>>))))...)))))aaa.]]]]]]]]]]aaaaaaaa.))))hh(...ddd.)AAAAAAA...AAA.ABB))(((..EEEEEE)HH..CCCC.DDD...HHH...]].)FFFFF.(((HHH}}}}..............)))))).}}}}}}}EEEE |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..((((.....................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..(((.((((((.....(((((...))))).)))))).......))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))).................................((.(....).)..).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((.......................))))))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))).)))))..(((.((((((.....(((((...))))).)))))).......))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))..................................(.(....))...... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((((...)))...((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..((((.....................)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((.((((((.....(((((...))))).)))))).......))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))).................................((.(....).)..).. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((...)))..(((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(........((((((..(((.......................))))))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))))..)))))))).)))))..(((.((((((.....(((((...))))).)))))).......))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))..................................(.(....))...... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((...)))...((((..........(((.(((((((.....)))))(((((....)))).)((...((.((.((........(((((..(((.......................))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).))...))))))))).))(((..(((.((((((.....(((((...))))).)))))).......)))))).(.((((((((....))))))))).))......))..................................(.(....).)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((.((((((((((...(((((.(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).))).....((((.(((...((((..((((.....))))..))))..(((..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..)))))).....))))((((((((.((..........)))))))))).....)))))......(((((.((....)).)))))))))))))...............((((((.........))))))....)).)))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((...((((((((........((((((.....))))))((((....)))).....................(((((((...(((((..(((((...)))))..))))).)))...))))....((((((.(....)))))))(((((((((....))))))).))...........................((((((((.((..........))))))))))................(((((..........))))))))))))).(((........)))((((((.........)))))).......)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((..((((.......)))).)))))(((((((.........(((((....))))).((((..((((............(((((..(((((..(((((............((((.......))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))..........))))).....))))))))))((((((((...............))))))))......((((......))))...))))......))))......((((......))))..((((((.........))))))......))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))................................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))......................................................(((...((....))...)))..........))................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((((..........(((..((((((.....))))))((((....))))................................................................((((........(((.......))).....(((..((....))..))).........))))..))).)))))......((((((...................))))))........))).....((((((((....))))))))...)))...)))....................................(....)....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((.((((((((((...(((((.(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).))).....((((.(((...((((..((((.....))))..))))..(((..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..)))))).....)))).(((((((.((..........)))))))))......)))))......(((((.((....)).)))))))))))))...............((((((.........))))))....)).)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((..((((..(((((.(((((.(((..((((((((((....(((...(((((....))))).)))...((((.........(((((((...(((((..((((.....))))..))))).)))...))))....((((((.......))))))..(((((((....)))))))....))))...))))))...))))..))).((((((((.((..........))))))))))))))))))))..(((.(((((.((....)).))))).)))......))))..)).....((((((.........))))))..)).((......)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((.((((((((((...(((((.(((((((..(((...(((((....))))).)))...)))).)))..((.((((.(((..(((((..((((.....))))..))))).(((..((((.....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))......))))..)))))).....))))((((((((.((..........))))))))))..)).)))))......(((((.((....)).)))))))))))))...............((((((.........))))))....)).)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..).(((((.((((((..(((((((.((.((((((..(((.(.(((((((.(((((((.((..................).)))).))))))...........))))).))))..))))).))))))((((...(.((((((((..)).)))))).(((((((((..)))))))).).)....).))).((((((.(((((..((.(((((((.(((......)..))))))))).)).(((..((..(..))))))..)).).))))))))(..)))))((((........))))(((((........).))))......).)))))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................................................................................................................................................................(.......)..................................................................((.......))... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................((....))........(...)............(......................)..................(((.......................))).((...((((..((....))..))))..))...............((..(............)....)).................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((.((((((((((...(((((.(((((((..(((....((((....))))..)))...)))).)))........(((((.........((((.....))))........(((..((((.....((((((.......))))))(((((((((....))))))).))......))))..))).......)))))((((((((.((..........)))))))))).....)))))......(((((.((....)).)))))))))))))...............(((((....)))))...........)).)))))))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((...)))..((((((....((((.((...((((((.....))))))((((....))))..((......)).........(((((((...(((((..(((((...)))))..))))).)))...))))....((((((.......)))))).((((((((....))))))).).........)).))))))))))..((..((((((((.((..........))))))))))........))...((.(((((.((....)).))))).)).......................................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((.((((((((((...(((((.(((((((..(((....((((....))))..)))...)))).)))..((....(((((..(((((..(((((...)))))........(((..((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..)))..)))))))))).(((((((.((..........)))))))))...)).)))))......(((((.((....)).)))))))))))))...........(((.(((((....)))))..)))......)).)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((.......))))......((((((.....))))))((((....))))..))))...............((((.(((..(((....((((.....))))....((((.......))))...((((((.......)))))).)))(((((....)))))..(((.((......))))).))).....)))).(((((((.((..........))))))))).((((...(((......))).(((((..((....)).)).))).((((......))))..(((((....)))))..................)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....{{{{{.)))).}}}}}..((((..((((((.....))))))((((....)))).........................))))...((....((((.....))))....((((.......))))...((((((.......)))))).)).(((((....))))).((((.((......))))))..((((..((...(((((((.((..........)))))))))(((((...[[[))))).]]].(((((..((....)).)).))).((((......))))..(((((....)))))...............)).)))).. |
