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UUGAGGAAAGUCCGGGCUCCCACAUGGUCAGGCUUGCUGGGUAAUUCCCAGUGCGGGCAACCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAACAUACCGCCUAAUACUUUAUGUAUGGCAAGGGUGCAAGGGUGUGGUAAGAGCGCACCAGCAACAUUGAGAAGUGUUGGCUAGGUAAACCCCGGCUGGGAGCAAGGCUUAGUAGAUUUAUGACCAUUAAAUAAUCUACUUUUAAGCGCCGCUUGAGACUUUGAAGUAAUUCCAGUCCUAGAUAGAUGAUUGCCCAUCUUAUUAAUUAAGGAGAACAGAACCCGGCUUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((.............................(((((....)))))................................................................................................................)))))))............................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.............(((((.....((((......((((((.....))))))((((....)))).........................(((..((((.....)))))))...........((((((.......))))))..(((((((....)))))))..............)))).)))))..........(((..................)))...................((((.((((....))))))))..........))......................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((.(((((((((((...((((((((((.....)))))))..))).))))))..................(((.(((((..((((.....)))))))..)))))....((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).((.....))....))))(((..(((((((((((((.((.........))))))))))...))))..))))...((((..(((....))).))))(.....(((((......)))))..........)........).)))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....((.((((((((((..............((((((.....))))))((((....)))).......................(((((..(((((...))))))))...))......((((((.......))))))(((((((((....))))))).))...............))))).........(((((..................))))).................(((((.(((....))))))))...........................................))))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((.((((.((((((...((((((((((.....))))..)))))).)))))).))....(((((((......(((((((..((((.....)))))))...))))......))))))).(((((.((((((((((((....))))))).)).)))....(((....)))......((((((((((((.((.........))))))))))...))))..)))))...((...(((....)))..))(...((((((((......))))).))).......)......)).)))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((((((...(((((((....(((((((.....))))))).[[[[[[............(((((.....(((((.............))))).))))).((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........)))).[[[[[[[[.[[[[[...[[[[[[[[..))))))).....]]]]]]]](((((((...))))))).]]]]]......]]]]]]]]............]]]]]]..............)))).......)))))..... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((......((((((...((((((((((.....))))..)))))).)))))).......(((((((......(((((((..((((.....)))))))...))))......))))))).(((((.((((((((((((....))))))).)).)))....(((....)))......((((((((((((.((.........))))))))))...))))..)))))...(((..(((....))).)))(((.((((((((......))))).))).....))).........)))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((.......(((((((...(((((((((..((((((((.((((..............(((((.......(((((...............))))).....)))))...((((((.......))))))..(((((((....)))))))...........))))))))))))....))))))))).....)))))))............((((((((...))))))))...........((((..........(((((......)))))..........)))).......)))))..... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....))))................................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))......................................................(((....((....))...)))..........))......................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......((((((.((((..........(((..((((((.....))))))((((....))))..((....((((.....................................(((((.................)))))(((((((((....)))))).))).))))....)).))).))))..............................................))).....((((.((((....))))))))...)))...)))............................(....)....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((((((...(((((((...(((((((((..((((((((.((((...((....))....(((((((......(((((((..((((.....)))))))...))))......))))))).......((((((((((((....)))))).))).)))....))))))))))))....))))))))).....)))))))......(((((...((((((...))))))((((..(((....))).)))).))))).((((......))))...........)))).......)))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((((((...(((((((...(((((((((..((((((((.((((...((....))....((((..........((((((..((((.....)))))))...)))((...((((((.......))))))..(((((((....)))))))))..))))...))))))))))))....))))))))).....)))))))..(((((((((...((((((...))))))((((..(((....))).)))).)))))(((((......)))))))))......)))).......)))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................................................................................(...................................(...............)............................)...................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................((.(((.................).......(...).......................((.............))................(...((((.........))))...)...((...((((..(.(....))..))))......)).))....))......................((.......))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((..(((((((....(((......((((((.....))))))((((....))))..((......)).........(((((((..((((.....)))))))...))))....((((((.......))))))..(((((((....))))))).....(......).))))))))))..(((..((((((((..............)))))))).......)))......((((..(((....))).))))....................((((.....)))).............))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((((((...(((((((...(((((..((..((((((((.((((...((....))....(((((((......(((((((..((((.....)))))))...))))......))))))).......((((((((((((....)))))).))).)))....))))))))))))....))..))))).....)))))))......(((((...((((((...))))))((((..(((....))).)))).))))).((((......))))...........)))).......)))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.((((.((....))...)))).((((((.....))))))((((....))))..))))..(((((.....(((((.............))))).))))).((((.....((((((.......))))))..(((((((....))))))).........))))..((((((.......))))))..(((((.......)))))..((((....((((.....)))).((((.............)))).)))).(((((......)))))........(((...............))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((........((((((...(((..((((..((((((.....))))))((((....))))........[[[[.........[[[[)))).........(((((]]]]...)))))...((((]]]]...)))).)))..((((((....)))))).(((.((......))))).))))))...(((.((((((((..............)))))))).(((((.....)))))........)))........)))).((((((((......)))).))))...((((...............)))). |
