RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00279

RNA: ASE_00279
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCACGAAACAACGGUGCCGGAUAAUGCCCGGCGGGGGUGACCCCAGGGAAAGUGCCACACAGAGAGCAGACCGCCCCGGCGCAAGCCAAGGGUAAGGGUGAAAGGGUGCGGCAAGAGCGCACCGCGCGGCUGGUAACAGGCGCGGCACGGCAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGGCGGCGUGAGGUUUCGGCCUCAGGGCACGUUUCGGCCCGUCGCCCGGGUUGGUUGCUUGAGCCGUUCCGCAAGGAUCGGCCUAGAGGAAUGGUCGCCUAUCCCCGCUUGGGGUGGACAGAAUCCGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((...[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((..............((((((((((....)))).))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((.((((((....))))))(((((.]]]]])))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((....)))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((((((.((..........(((((.......))))).(((....)))..(((....((((.............(((((((.(((....)))..))))...))).....((((((.(....)))))))(((((.(((....))).))).))..))))...)))..)))))))..((((.(((..(((((((.((((((....))))))((((.((...)))))))))))))..))).(((.(((..((((.(((....))).))))...))).)))))))(.(((((((.....))))))).).....))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(......(((((.......)))))((((....)))).........)..................((((..((....))...))))...........((((((.......)))))).((((.(((....))).)))).......................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((...............))).(((((((..((((((((((((((.((((..(((....(((..........))).....))).(((....)))..))))..((((((...((((((.......))))))....(((((((.....(((....(((((...(((....)))((((..(((((....(((((((.((((((....))))))((((........)))))))))))...)))))))))...)))))..)))....)))))))...........)))))))))))))))..)))....))..)))))))...
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................((((((.......))))))............................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..........................((((((((((....))).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((...................................))))))...............((((((((....))))))))..................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.........((((((((((.....))))))((((....)))).........(((................((((((((....))).)))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......))))))))...((((......((((((.....(........)...((((.(.....))))).)))))).....))))......((((((((....))))))))..................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((....))................(((((((...(((((((((((((.............((((...............((((((.(((....)))..))))..)).......((((((.......)))))).((((.(((....))).))))))))................(((..(((((.....(((((((.((((((....))))))((((.((...)))))))))))))....))))))))...((((.(((....))).))))..................)))))))))..)))).......)))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((.............(((((.(...).)))))((((....)))).(((....((((..............((((((.............))))..)).......((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))))...)))....)))((..((((((....(((((((..(((........)))...((........))..)))))))...))))))))....((((.(((....))).))))....................(..........)..................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........(((((((((.......))))(((((....)))).)((...(((((..............((((((.(((....)))..))))..)).......((((((.......))))))(((((.(((....))).)))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((((((((((....)))))).(((........))))))))))).....))))......((((.(((....))).))))...............(....((((....)))).).......)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..((((())))))).............(((((((..(((((((((((((((((((..(((...((((...............((((((.(((....)))..))))..)).......((((((.(....))))))).((((.(((....))).)))))))).......)))....)((((..((((((.(..(((((((.((((((....))))))((((.((...)))))))))))))..)))))))))))..((((.(((....))).))))..........))))....)))))))))..))))....)..)))))))...
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)........................(((((.((((....))).).)))..))(......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........)..))))))))((..((((......((((((...................(((........)))..)))))).....))))))....((((((((....))))))))..................................................
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((............(((.........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((..............((((((((((....))).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......))))))))((..((((......(((((((.....((....)).....(((.(.....)))).))))))).....))))))....((((((((....))))))))...................(...........)..............))).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((....[[[...))).........]]].(((((((....(((((.((((....)))).(((...(((((.............(((((((.(((....)))..))))...))).....((((((.......))))))..(((.(((....))).)))))))).......))).))))).....((((......(((((((.((((((....))))))((((........)))))))))))..........(((..((((.(((....))).))))...)))....))))..(((((((.....))))))).....)))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((...............))).(((((((..(((((((.((((....)))).(((....((((.............(((((((.(((....)))..))))...))).....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))))...))).)))))((((..(((((....(((((((..(((((....))))).((((.((...)))))))))))))...))))))))).((.(((((((...(((.....)))...)))))))))..(((((((.....))))))).))..)))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((..................(((((.......)))))((((....)))).......((([[..............((((((.(((....)))..))))..)).......((((((.......)))))).((((.(((....))).)))).)))]]..............((((..(((((....(((((((.((((((....))))))((((........)))))))))))...)))))))))...((((.(((....))).))))..........................................))))....
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((.........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((.............(((((((.((......))..))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..(((((((..................(((........))).)))))))..)).))).....(.((((((((....))))))))).................((((.(...)..))))................
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((.........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((.............(((((((((((....))).)))))..)).)......(((((.(...).))))).(((((((((....)))))))).)..))))...))))))))))))...((((.((..(((((((..((((......)))).((((.((...)))))))))))))..))))))..(((.(((((((((....)))))))).).))).............((((.(...))).))................
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((.................)).(((((((..(((((((.((((....)))).(((....((((.............(((((((.(((....)))..))))...))).....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))))...))).)))))((((..(((((....(((((((..(((((....))))).((((.((...)))))))))))))...))))))))).(.((((((((...(((.....)))...)))))))))..(((((((.....))))))).))..)))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((((((((....((((((....(((((........(((((..(((((..(((..)))...(((((..............[[[[[[[.((((.((((.................((((((.......))))))....))))........))))))))).....))))).)))))..............]]]]]]]..(((((((..))))))).))))))))))).......))))))))).......(((((((.(((....))).(((((.........))))).(((((((.....)))))))........)))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........(((((((((.......)))))((((....)))).(((....((((.............(((((((.(((....)))..))))...))).....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))))..))).))))))))...((((((....(((((((..(((((....))))).((((........)))))))))))...)))))).(((..((((.(((....))).))))...)))..........(((((((.....)))))))......)))))))).
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((..............(((((.....))))).((((....))))..((........................((((.............))))..((((.....((((((.......)))))).((((.(((....))).)))).........))))..)).))))...((((......((((((...................................)))))).....))))......((((((((....))))))))..................................................
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...<<<<<<<))).((((((..((((ccccccc..cccc(bbbbbbbbb(ffffff......(((((.........ee...eeeeeee)))))..(((..aaaa..aaa(gg.....((((hh.....))))((((((ddddddd.....))))))...)))..)AAA.)))).[[[[[[..[[[[...EEEEEEE..(((((((GG))))))))BBBB.))))))AAAA(((>>>>>>>]]]]]]]]]]..((((((((EE....DDDDDDD{{{.)))))))).HH.)BBBBBCCCCFFFFFF.)))...CCCCCCC}}}
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(..(.........((((((((........).)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((..................((((.(.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...((((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.(..(.........((((((((........).)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((...(..((((((..................((((.(.....))))).))))))..)..))))))..(.((((((((....)))))))))...................................(.......).....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(..(.........((((((((........).)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((..................((((.(.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.(..(.........((((((((........).)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((..................((((.(.....))))).)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)..........................(.......).....
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(..(.........((((((((........).)))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((..................((((.(.....))))).)))))).....))))))..(.((((((((....)))))))))...................................(.......).....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...[[[[[[[))).........(((.((((((.....(((...((((....)))).)))...(((((..............((((((((((....)))..((((....(((....(((((.((....))))))).((((.(((....))).)))).))).....))))...(((........)))....)))))))..((((((....)))))).)))))..)))))))))..]]]]]]]...(((.(((..((((.(((....))).))))...))).)))....(((...((((....)))).(((.....))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((...............))).(((((((....(((((.((((....)))).(((....((((.............(((((((.(((....)))..))))...))).....((((((.(....))))))).((((.(((....))).))))....))))...))).)))))((((..(((((.(..(((((((.((((((....))))))((((.((...)))))))))))))..))))))))))((.((((((((...(((.....)))...)))))))))).(((((((.....))))))).....)))))))...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(((((((..((((....((((....)))).......(((((...............(((((...................)))))....((((((.......))))))...............))))).....))))....(((((..((((...........((((((((.((((((....))))))(((((....((((((((.....)))))))).)))))..))))))))....(((((((((.........)))))...))))..))))..))))).....)))))))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....))))...................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))...........................................................................(((...((....))...)))..................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........((((((((((.....))))).((((....))))............................((((((((....))).)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))).....(.......((((((...................................))))))...............((((((((....))))))))...........).............................)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.((..........(((((.......)))))((((....)))).(((....((((.............(((((((.(((....)))..))))...))).....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))))...)))..)))))))..((((......(((((((..(((((....))))).((((.((...)))))))))))))......(((.(((..((((.(((....))).))))...))).)))))))..(((((((.....))))))).......))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((.(((((((...........((((.((((((.....(((...((((....)))).)))...(((((..............((((((((((....)))..((((....(((....((((((.......)))))).((((.(((....))).)))).))).....))))...(((........)))....)))))))..((((((....)))))).)))))..)))))))))).))))))))).(((.(((..((((.(((....))).))))...))).)))...............))).((.((((.....)))).))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((..(...)..(((((((((.......)))))((((....)))).(((....((((..............((((((.(((....)))..))))..))(((....(((((.((....))))))).((((.(((....))).)))).)))))))...))))))))))))..((((.(((..(((((((.((((((....))))))((((.((...)))))))))))))..))).(((.(((..((((.(((....))).))))...))).)))))))(.(((((((.....))))))).).....))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((..((((((..))).))).(((.(..(((((((.(((((...(((..)))...(((((.((((...((((..(.(((((((((..)))).))))))..))))....)))).))))).......((((((..((((..))))))))))........))))).)))))..))..)))).(((((..((((((((((((..)))))))((((..))))((((((.......))))))....((..))(((..(((..)))..))).((...)).)..)))))))))..(((((...)))))....).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................(..................(.....)............)..................................................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))..(((((.........(((((((((.(...).)))).((((....)))).(((....((((...((.........((.((...............))...)).))....((((((.......))))))((((..(((....)))..))).)..))))..)))))))))))))..((((.(....................((...)..).........................).)))).((...((.(.(((....))))..))...).)...........(..(.(.......))..)...............
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................((((....)))).(((....((((................((((.(((....)))..))))...........((((((.(....))))))).((((.(((....))).))))....))))...))).............((......(((((((..(((((....))))).((((.(.....)))))))))))).....))........((((.(((....))).))))..................................................
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.........(((((((((.......)))))((((....)))).(((....((((.............(((((((.(((....)))..))))...))).....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))))..))).)))))))))..((((((....(((((((..(((((....))))).((((........)))))))))))...)))))).(((..((((.(((....))).))))...)))..........(((.((((....))))))).......))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.((..........(((((.......)))))((((....)))).(((....((((.............(((((((.(((....)))..))))...))).....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))))...)))..)))))))..((((......(((((((..(((((....))))).((((.((...)))))))))))))......(((.(((..((((.(((....))).))))...))).)))))))..(((((((.....))))))).......))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((...((..........))..))))))..(((((...((((....)))).......(((((.....................))))).......))))).((((((...((((((.......)))))).(((.((((((.....)).))))........((((....................))))..))).(((((....))))).((((........)))).)))))).(((.((((.....)))).(((.....)))...(((.........))).)))...((((....)))).(((.....)))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((...............aaaa.......)))))).((((....)))).......(((((................{{{{.))))).......}}}}..((((((....((((AAAA...)))).((((((.[[[[.......))))))..]]]]...((((...........<<<<<....)))).((((((((((....))))).bbbb)))))...BBBB.))))))((((.....))))..((((..((....))..)))).........>>>>>......((((....)))).(((.....))).)))).

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