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GAGGAAAGUGCGGGCUCCACGGAAGCAUGGUGCCGGGUAACGCCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGACAGCGCCACAGAGAACAGACCGCCCGCCUACGCGCUAACGCGCUUUAAGCGGGUAAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGUUCUCGGCAACGAGAGCGGCACGGCAAGCCCCGCCAGGAGCAAGACCAAAUAGGGACGGCGCUAUGGGCUGCUUCAGGCUCGCCGUCCGGGUAGGUCGCGCGAGGCGUCCGGCGACGGACGUCCCAGAGGAAUGGUCAUCCAGUCCGCAAGGAUGGACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((....[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((((....)))).)..))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((.....(((((.]]]]))))).))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((....))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................((((((....((((....)))).....))))))..........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))......................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((...............)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.......................))))))...............((((((((....))))))))................)............................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((...............)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))...((((......((((((.......................)))))).....))))......((((((((....))))))))................)............................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((((...)))))))((((....))))........................((((((((.((.((((....))))..)).))))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).....................((..((((......((((((((...(((......)))....)))))))).....))))..))..((((((((....)))))))).........(((....))).(((....)))(.......)......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............(((((((...)))))))((((....)))).........(((............((((((((.....................))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))...........)))))..((((......(((((((.....................))))))).....))))......((((((((....))))))))................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....((((....)))).....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((.....(((((......)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(.((((....)))).)......)))).))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((.(((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)........................(((.(..((..............).)..).)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))((..((((......((((((......((((........)))).)))))).....))))))....((((((((....)))))))).......................................)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............(((((((...)))))))((((....)))).........(((............((((((((....((((....)))).....))))))..))......(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))...........)))))..((((......((((((((.....((((......)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))................((..(((....))).))............... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((.(((........))).(((((((...)))))))((((....)))).((.......))..............((((((....((((....)))).....))))))..((((((..(((((((.......)))))))((((((((....))))))))((.((((..((((.((.....))............((((((((....((.((.....)).))))))))))))))..)))).))..((((((((....))))))))(((......))))))))).))))))).((((.......))))...... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((...(((........((((((((...))))))))..((((.(((..)))....))))............)))(((((....((((....)))).....)))))...((((((..(((((((.......)))))))((((((((....))))))))...((((..((((.(((.((((((...(((.....[[[[[[[[...)))..)))))).))).]]]]]]]]))))..)))).....((((((((....))))))))(((......))))))))))))))))).((((.......))))...... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((.((((.............(((((((...)))))))((((....)))).......................(((((((((.((.((((....))))..)).))))))...)))....(((.(((.......))).)))((((((((....))))))))....(((.......))).))))...((((......((((((((....((.(((...))).)))))))))).....))))......((((((((....))))))))...............((((.(((....)))))))......))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...(...).((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((((.......................)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))).................................................(((...((......((((((((....))))))))......))...))).........................)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((......((((........)))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..(.........(((((((((((.................))))))))...))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((......((((........)))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............).................(.(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((((((((((.................))))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((......((((........)))).)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))...............).................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((((((((........))).(((((((...)))))))((((....))))..........................((((((....((((....)))).....))))))..((((((..(((((((.(....))))))))((((((((....))))))))...((((..((((...................((([[[[[[[[)))....(((...)))...]]]]]]]]))))..)))).....((((((((....))))))))(((......))))))))))))))))).((((.......))))...... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((...........(((((..((((..(((((...((((....))))..........................((((((....((((....)))).....))))))..)))))...(((((((.......)))))))((((((((....)))))))).........))))))))).......(((((.....((((((((...................))))))))...............((((((((....)))))))).........)))))....)))))))).((((.......))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((............................(((((.....))))).((((....))))..........................................................................................((....((....))....))............)).......................................................................(((...((....))...)))................)............................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((..........((((((((((.....))))).((((....)))).............................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))((.((..((((......((((((.......................)))))).....))))))....((((((((....))))))))............))......................)).)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((((.(((........)))...((((((...(((((((((((((.(((..)))(((((.(((.............(((((((((...((.(((.(((((.((......))))))))))(((((((((..)).))))))).(((((.((...((..))(((...(((..)))))))).)))))...).)...))))..))).))..))))))))...)).))).))).)))))...))).).)).(((((((......)))))))((...))..(((((((((.........))))))))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..((((((((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(..(....)....)...))(((...........................)))..((((.....((((((.......))))))((((..(((....)))..)).)).......)))))))))))))....(((......((((.(......((......))........))))).))).((((.(....((((((((....))))))))...)......)))).((...................)).)))).))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..(((((..........((.((((((.....))))))....((..((....)).....(((..............((((((....((((....)))).....))))))..........(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))..))....)).)))))..((((......((((((((...................)))))))).....))))))))..((((((((....))))))))...............((((.(((....))))))).............. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((.............(((((((...)))))))((((....)))).((......(((...........(((((((((....((((....)))).....))))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....))).....))....)))))..((((......((((((((.....((((......)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....)))))))......)))..... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..((((..(((((..((.........((((((.....)))))).(((((..((....)).....(((...........(((((((((.((.((((....))))..)).))))))...)))....(((((((.......)))))))((((((((....))))))))....)))..))))).)).)))))..((((..((..((((((((....((.(((...))).))))))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))(((......)))...((((.(((....))))))).....)))...... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((.(((((.........((((((((((.....))))..((((....)))).......)))))).............((((((....((((....)))).....))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))).....)))))..((((......((((((((.....((((......)))))))))))).....)))).)))..((((((((....))))))))..........(((.......(((....))).(((.....))).))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.............))).(((((((((.....))))..((((....)))).......)))))..........((((((((((....((((....)))).....))))))..........(((((((.......))))))).(((((((....)))..((((.{{{{{.....))))...))))..((((...(((....[[[.))).(((((]]]...)))))}}}}}.......))))......((((((((....))))))))..........)))).((((.(((....))))))).............. |
