|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCCCCACAGAGCAGGAUGCCGGCUAACGGCCGGGCGCCGCGAGGCGACAGACAGUGCAACAGAAAACAUACCGCCGAUGGCUCCGCAAGGAGAUCAGGCAAGGGCGAACCGGUGGAGUAAGAGCCCACCGCGGACGUGGCAACACGGACGGCACGGCAAACCUCAUCCGGGGCAAGGCCAAAUAGGGGAGCAUUGACGUGGCUCGCGUCGCUCCCGGGUAGGCUGCUAGAGGCCGUCGGCAACGGCGGUCCCAGAUGAAUGACUGUCCACGACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((....)))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))).
|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...........))............(.(((((.....))).))((((....)))).........)..............(((((......(((....))).....)))..))......((((((.........))))))((..((((....))))..))........................................................................................................................................ |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((.((((......(((.....((((((...)))))).((((....))))........)))...............(((..(((((((....)))).))))))..))))....((((((.........)))))))))))..........((((((...((....))(((((.(((((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))).......(((((.....))))).))))).)))))....)))))).........)))...... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...))))))............................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...(.((((....)))).)..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))))((((....))))........................(((((...(.((((....)))).)..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..............)))))))).............((((((...(((((.....)))))))))))...............((((((((....)))))))).................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((....))))........................(((((..(((((((....)))).))))))..))......((((((.((....))))))))((..((((....))))..))............(((((.((.((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....)))))))))).)))))....((((.....))))........... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((.............(((((.....))))).((((....))))..........................(((.....((((....))))....)))...........(((((.........))))).((..((((....))))..))..................)))((..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))))....((((((((....))))))))...........................))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((.............(((((..(((((((....)))).))))))..)).......(((((.........)))))(((..((((....))))..)).)...))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((..()...........(((.(((((((...)))))).((((....)))).......(................(((((..(((((((....)))).))))))..))......((((((.((....))))))))((..((((....))))..))...)..).....(((((.(((((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....)))))))...((((((((....)))))))))).)))))....(((((...)))))..))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.(..(...(........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.....................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((((..................))))))...............((((((((....))))))))..............))..............)))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((((.((((......))))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))...((((......((((((.(...((.......)).))))))).....))))......((((((((....))))))))..............(((...)))....)))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.((((......(((.....((((((...)))))).((((....))))........)))...............(((..(((((((....)))).))))))..))))....((((((.........)))))))))))(((....)))....(((.(((......(((((.(((((..((((...(((((((((...((((((...))))))))))))..........)))..))))((((....)))).))))).)))))....(((((...)))))...)))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......((((..............((((..(((((((....)))).)))......))))...((((((.((....))))))))((..((((....))))..))))))((....)).))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).((......)).(((((...)))))...))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.............(((((.....))))).((((....)))).......((((.............(((((...((((((....)))).)).)))..))......((((((.((....))))))))((..((((....))))..))))))..............)))))..((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...)))))...))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........((((((.(.................).)))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....)))))))..)..))).......))))))))....(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))................................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....(((((..........(((((((..(((((......))).))))))..)).).....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))))...)))))...))))))))))))...(((((.(..((((((.....((((...))))..))))))..)))))).......((((((((....))))))))..............((((.))))............. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((..(((.((((((((...)))))).((((....)))).......((((..............((((..(((((((....)))).)))......))))...((((((.((....))))))))((..((((....))))..))))))..))..)))..)).)))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).((......)).(((((...)))))...))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).......((((..............((((.....((((....))))..........))))...((((((.........))))))....((((....))))....)))).........))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...)))))...)))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((..(((((((....)))).))))))..)).......(((((.((....))))))).((..((((....))))..))....((....)).))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...)))))........... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))...((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......((....(..........(((((((.................)))))..)).......((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))....)....))..)))))))))...((((......(((((....................))))).....))))........((((((....))))))...................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(.((........)).)..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.(..........(((((...(.((........)).)..)))..))..)....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))..)))))))))))))(..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).))))))..(.((((((((....))))))))).....................(.(....))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...(.((........)).)..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)...........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.(..........(((((...(.((........)).)..)))..))..)....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((.(....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))...(.((((((((....)))))))))........)............(.(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..(..........(((((...(.((........)).)..)))..))..)....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((...((((.......)))))))))).....))))))..(.((((((((....))))))))).....................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........(((((..((((.......((((..((.(((.((((.........((((..............((((..(((((((....)))).)))......))))...((((((.((....))))))))((..((((....))))..))))))......))))...))).))..))))......((((((...((((((...)))))))))))).))))..)))))...((((((((....))))))))............(((((...)))))..)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.......(((...((((((...)))))).((((....)))).......((((..............((((..(((((((....)))).)))......))))...((((((.((....))))))))....((((....))))....))))......))).....)))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((((...)))))...))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((........(((((..((((.......((((...((((....)))).......((((..............((((.....((((....))))..........))))...((((((.........))))))....((((....))))....))))......((((....))))...))))......(((((...(((((((...)))))))))))).))))..)))))...((((((((....))))))))............(((((...)))))..))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).......................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..........................................................(((...((....))...))).................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..((....................(((((.....(((......)))....)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))...........)))))))))))...((((.......(((((..................)))))(.)...))))......((((((((....))))))))...........................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(.(((.((((......(((.....(((((.....))))).((((....))))........)))...............(((.....((((....))))....)))..))))....((((((.((....))))))))((..((((....))))..))...))))...))))..((((.(((..(((..((..((((((...((((((...))))))))))))..)).))))))..(.((((((((....)))))))).)..........(((((...)))))...)))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......(((.((((......(((.....((((((...)))))).((((....))))........)))...............(((..(((((((....)))).))))))..))))....((((((.((....))))))))((..((((....))))..))...)))......(((((.(((((..((((......((((((...((((((...)))))))))))).(((.....)))...))))((((....)))).))))).)))))....)).((.......)).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..(((((.((((......((((..(((((((.....))))).((((....)))).))..)..)))...............(((.....((((....))))....)))..))))....((((((.((....)))))))))))))(((....)))((((((((.((....))(((((.(((((..((((...(((((((((...((((((...)))))))))))).((....)).)))..))))((((....)))).))))).))))).)).)))))).........)))...... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........))(((((((((...)))))).)))(........)..((((((.(((((((.(.((....(((..((((((((..)))))).)))))...))...((((..((((((.....((((.((..))))))..(..(..)(((((((((((..(((.(((((((........))))))))))..)))))))).).))..))))))))))).).))))(..(.(((((((((..))))))))))((..))))))))))))..((..)))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................................................................................................................................................(.......)..........................................((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................................(...............)..................((......))..(((....))).........(.....((.............)))...............................................((....((..(((....)))..))...))................................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((.....))))).((((....))))..........................(((.....((((....))))....)))..........((((((.((....))))))))((..((((....))))..))..........................(((......((((((...((((((...)))))))))))).....))).......((((((((....))))))))............(((((...)))))........... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.....((((....))))....)))..........((((((.((....))))))))((..((((....))))..))....((....)).))))))))))..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))......((((((((....)))))))).(........).(((((...)))))...)))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((........(((((..((((.......((((..((.(((.((((.........((((..............((((..(((((((....)))).)))......))))...((((((.((....))))))))((..((((....))))..))))))......))))...))).))..))))......((((((...((((((...)))))))))))).))))..)))))...((((((((....))))))))............(((((...)))))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((...............)))).(((((.....))))).((((....)))).......((((..............((((.....((((....))))..........))))...((((((.((....))))))))....((((....))))....))))......((((....))))...((((......((((((...(((((.....))))))))))).....))))......((((((((....))))))))............((((.....))))........... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((((...............)))).(((((.....))))).((((....)))).......((((..............((((.....((((....))))..........))))...((((((.((....))))))))....((((....))))....))))......))))..(((((((..............((((...[[[[[.))))]]]]])))....(((.....)))...((((((((....))))))))............((((.....))))...)))).... |
