|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAUAACCACGGUGCCGGGUAACGCCCGGCGGUCGCGCCUCGGGACUGCGCUAUUGCGUGCGAUAGGGGAAGCCAGACAAGCGCGGCAAGGGACAGUGCCACAGAGAGCAGACCGCCUAUGGCCGUCGUCCGUUUACGGAUACGUGGCCAGGCAAGGGUGAAAGGGUGCGGCAAGAGCGCACCGCGCGAUGGGUAACCGGAGCGGCAUGGCAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGACGGCGCGGACUCGCAAGGGUUCAGGGCGUGGUUGUCGCCCAGUCGUCCGGGUUGGUUGCUAGAGCCGGUCAGCAAUGGCCGGCGUAGAGGAAUGGUCGCCCAUCUGCUGAAAGGCAGUGGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((....[[[[.((((((((((.....)))))((((((((((((((((((((((.............)))).))))))))..))))))))).)((...(((((............(((((..(((((((((((((....))))).)))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((((....)))))).((((((.]]]])))))).))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((....))))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((......((.(((((..((((..((((((((((((..(((((((.((((..((.((((((((.....((....))......)))).)))).)).)))).))...))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..)))))))).....)))))....((((((.(....)))))))((((..(((....)))..)).)).......))))))))))).....((((((....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))...)))))).(((..((((((((....)))))))).))).)))......(.(((.(((((....)))))))).)....))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((((((.....)))))))(.(..).).................................((.(.......)))..........(((.............(((((.................................)))...))......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))))).((....)).........((..((((......((((((....(..(.........................)..)..)))))).....))))))....((((((((....)))))))).................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((....((.....(((((((...))))))).(((((((.((((..((...((((((....))))))....)))).))...)))))))..)).....((((......((((((..(((..((((((.((((((....))))..)))))))))))..((((((...((((((.......))))))...((..((((..(((........)))...))))..((...((((..(((((....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))...)))))))))...((((((((....)))))))).....))..)).)))))).))))))....))))))))).....))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((.........((((((((((.....))))).((((..................................................))))........................(((((..((((((...................)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.......................................))))))...............((((((((....))))))))................)................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.........((((((((((.....))))).((((..................................................))))..........................(((..((((((...................)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))...((((......((((((.....................(((((.....)))))...)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((..........................((((((((((((((..(((((.((((..((.((((((((....((.....))......))))).)))))..)))).))...))).)).)))))))..(((((((.(((((....)))))..))))))).....)))))....((((((.......)))))).....((((((.(((...........................((...((((.....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))....)))).))....((((((((....))))))))..........))).))))))(((((....))))).........))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((((...))))))).(......................................................).........((((............(((((.................................)))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....)))).............((..((((((....(((((((..((((((....))))))...................)))))))...))))))))....((((((((....)))))))).................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))..(((((((.((.((..(.(.((((((....)))))))..)..)).))...)))))))...((...(((((............(((((..(((((((.(((((....)))))..))))))))))..)).......((((((.......))))))((((...((....))...))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).))))))).....))))......((((((((....))))))))................((((.((((....))))))))......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.((((.....................((((((((((((((..(((((.((((..((.((((((((....((.....))......))))).)))))..)))).))...))).)).)))))))..(((((((.(((((....)))))..))))))).....)))))....((((((.(....))))))).....((((((.((((...............(((....)))(((..((((((....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))...)))))))))(..((((((((....)))))))).).......)))).))))))(((((....))))))))....).))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((..(.(((((((.(.(.((....)))..).........................(((((.(((....)))......((((....))))......................................(((..((((.......................)))))))...........((((((.......)))))).(((.((((....)))).))).............))))).................(((((.........................................)))))...............((((((((....))))))))..........)))))))..............................).))) |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((.(.((.........((((((((((.....)))))((((...)).).).......................(((......((((...........................................................)))).........)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))))..(..((((......((((((.....(.((....)).)...(((((.......)))))..)))))).....))))).....((((((((....))))))))........................................)...))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....[[[...))).........]]].(((((((..((((((((((((....(((...((((.....((((((((...................)))).))))....))))......)))....)))))))..((((((..(((((....)))))...)))))).....)))))....((((((.......)))))).(((((((((..((((.((((((......(((((...(((........))).....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))))))).))))))...((((((((....)))))))).........))))..))))))((((....)))))))......)))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((....((.(((((..((((...(((.(((((((..(((((((.((((..((.((((((((.....((....))......)))).))))))..)))).))...))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..)))))))).((....)).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....)))..)))))))))))((((..(((((....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))...)))))))))...(((..((((((((((.((((...........)))).)))).))))))..))).))))).....)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((((...........((((((.....))))))((((..(((((.((((((.....((((((((.....((....))......)))).))))....)))).))...))).)).))))(((..((((((.((((((....)))))..))))))))))...........((((((.......))))))....(((((((.(((...........................((....(((.....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))....)))..))....((((((((....))))))))..........))).)))))))((((....))))))))......)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..........((((((((.((...........(((((.............)))))))(((......))).............................................(((...........((((((..(.(((.......(...........).))).))))..)).).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))...................(((..((..((((.........((...........((((.........))))..))))))..)).))).....(.(((((.((....)).))))))........))))))))..............................).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((...(((((..((.(((..((((((...))))))))).))...))))..(((...((.....((((.(((.((....))))).(((....))).......((((............((((((..((((.(....................))))))))...))).....((((((.(...).))))))..(((((((....))))))).))))..........)))))))))...((((.((..(((((((...(((((....)))))..(((..((.....))))).)))))))..)))))).....(.((((((((....))))))))).......................................)..))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((....((.(((((..((((...(((.(((((((..(((((((.((((..((.((((((((.....((....))......))))).)))))..)))).))...))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..))))))))......))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).........)))))))))))((((..(((((....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))...)))))))))...(((..((((((((((.((((...........)))).)))).))))))..))).))))).....)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((..........((((((((...))))))))(((((((.......(((..(((((((..))))))).......)))....))))))).........((((......((((((..(((..(((((((.((((((..))))))..))))))))))..((((((...((((((.......))))))........(((((((..............(((((...(((........))).....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))))))))))))))...((((((((....))))))))............)))))).))))))....))))))))).....))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...........(((((((...))))))).(((...((((......((((....))))......))))..(((..........)))....)))..................((.....(((((...(((((....)))))....))))).....)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....((......))......(((..((((((....((((((((..(((((((...........))).))))..)))).....))))...)))))))))...((((((((....))))))))..............(((............))).))))).....)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((..................................................)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.......................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.....................(((((.....)))))...))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((..................................................)))).)((...((((..((.........(((((...((((.....................)))).)))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((.....................(((((.....)))))...))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............).......................(.......)... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((..................................................)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.......................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.....................(((((.....)))))...))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)....................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((..................................................)))).)((...(((((.((.........(((((...((((.....................)))).)))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....................(((((.....)))))...))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............).......................(.......)... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((..................................................)))).)((...((((..((.........(((((...((((.....................)))).)))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.....................(((((.....)))))...)))))).....)))).(..(.((((((((....)))))))))..)............).......................(.......)... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...(((.((....)))))..((((((((((((..(((((.((((((..((.((((((((.....((....))......))))).))).)).)))).))...))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..)))))))).....)))))....(((((.((....)))))))....((((((..(((..((((((......(((((...(((........))).....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))))))).))))))...((((((((....))))))))..........)))..)))))).(((....))).))))).....)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((....((.(((((..((((.......(((((((..(((((...((((..((.((((((((...................)))).))))))..))))......))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..))))))))..............((((((.(....))))))).(((..(((....)))..))).........)))))))))))((((..(((((.(..(((((((..((((((....)))))).((((((....).))))).)))))))..))))))))))...(((..((((((((((.((((.((......)))))).)))).))))))..))).))))).....)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((..........((((......((((((((((((...((((.....(((((....))))).....))))...............((((........))))..........)))))))..(((((((.(((((....)))))..))))))).....)))))....((((((.......))))))....(((((((.((((....((((.....(((((......................(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).))))))))))))...))))...((((((((....)))))))).........)))).)))))))........))))))))).....))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((..................................................))))...................................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))...............................................................................(((...((....))...)))................)................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..(((((.........((((((((((.....))))).((((..................................................))))...................................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))))..(((...((..((((((....(...........)....(((((.....)))))...))))))..))..)))......((((((((....))))))))................).......................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...(((.((....)))))..((((((((((((..(((((.((((((..((.((((((((.....((....))......)))).)))).)).)))).))...))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..)))))))).....)))))....((((((.......))))))....((((((..(((..((((((......(((((...(((........))).....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))))))).))))))...((((((((....))))))))..........)))..)))))).(((....))).))))).....)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((......((.(((.((..........)).))).))...((((((((((((..(((((((.((((..((.((((((((.....((....))......)))).)))).)).)))).))...))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..)))))))).....)))))....((((((.......))))))....((((((..(((..((((((......(((((...(((........))).....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))))))).))))))...((((((((....))))))))..........)))..))))))..)).((..((...((......))..)))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((...(((....(((((((.....)))(((((((..(((((.((((((..((.((((((((.....((....))......))))).))).)).)))).))...))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..))))))))))))..))).....(((((.((....)))))))....((((((..((((.((((((......(((((...(((........))).....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))))))).))))))...((((((((....)))))))).........))))..))))))((((....))))))))).....)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((..((..)).((((..(((((((...((((((((((((((..(((((((((((.((.((((((((((((...........))))))))).)))))).)))).)).).)))..))))))).((.(((((.((((((((..)))))..)))))))))).)))))))(.((((((((((..)).)))))).))((((((((((((((.(((((.((((....(((...))).((((...(........).((..(..)))(((.............))).)))))..)))))))))))))......((((...(((((((....)))))))..))))........)))))))).))..)))))))))))....).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................(....)....................((......(..).......)).......................................................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................................................................(((.(((.(.((...)).).).......................................(....................................).....(..)..............(.((..(...........(.....).)....))...)......((...((((((((....))))))))..)).....)).)))........................((.......)).. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((.........................(((((((..(((((((.((((.....(((.((((.....((....))......))))..)))....)))).))...))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..))))))))..............((((((.(....)))))))..((..(((....)))..))............................((......(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).))))))).....))........((((((((....))))))))......................(((....))).))))).....)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.............(((.(((((((...))))))).(((((((..........(((....))).......((.....))......)))))))..(((....(((((..........(((((((..(((((.((((((....))))..)))))))))))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).)))..(((..((((((....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))...)))))))))...((((((((....))))))))................(((.(((((....))))))))......))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((......((.(((((..((((..((((((((((((..(((((((.((((..(..((((((((.....((....))......)))).))))..).)))).))...))).)).)))))))..((((((.((((((....))))..)))))))).....)))))....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).........)))))))))))((((..(((((....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))...)))))))))...((((((((....)))))))).....)))........(((.(((((....))))))))......)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((...((..........))..)))))...(((((((((((.((((.........))))...(((.(((...................))).((((........)))).......))).))))))..((((((..(((((....)))))...)))))).....)))))...(((((((.......))).((((................))))........))))..(((((.....(((((.....(((((((..((((((....)))))).(((((.......))))).)))))))...............((((((((....)))))))).........)))))..(((.(((((....))))))))......))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((...{{{{............(((((((.....)))))))...{{{{....)))))}}}}.((((....)))).}}}}..(((.......(((((((........)))).............(((((.((((((..(((((....)))))...)))))).....)))))....(((((.((....)))))))..)))..((((..((((........[[[.....[[[)))).......(((((....(((((((..((((((....)))))).(((((]]]....))))).)))))))...))))).]]]...((((((((....)))))))).........(((....))).(((((....)))))........)))))))... |
