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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAAACGACGGUGCCGGAUAAUGUCCGGCGAGGGUGACCUUAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAAACCGCCGAUGGUCCUUUAAGGGACACAGGCAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGAGCGCACCGCGCGACCGGUAACGGAAGCGGCAAGGCAAACCCCACCCGGAGCAAGACCGAAUAGGGACUGCGCGCCCGCAAGGGCAGGCCUGUUUCGGGCCGGCAGUCCGGGUUGGUCGCUUGAGCGCGCCCGGCAACGGGCCGCCUAGAGGAAUGGCUGCCGGUGCGGAUACGGUCGACUUGUGCGAUACCGUCCGCGCCACAGAACCCGGCUAA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.....[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((....))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((....)))).(((((.]]]]))))).))))))).....))))......(((.(((((....)))))))).................(((((((..(((((((.......)))..)))))))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((.(((((.(((.((....))..((.(((((((...))))))).(((....)))..(((....((((...........((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......))))))((((..(((....)))..)).))..))))...)))..)).((((..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...))))))))))..(((.(((((....)))))))).....)))....(((..(((((((((...((((.(....)))))...))))))))).)))..))))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(.((....).).)......(((((((...)))))))((((....)))).......................((((((....((((......))))...)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))........................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..(((((.............((((((((...)))))))).(((((......(((....((((............(((((..(((((((....))))).)))))..)).((....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).)).))))..)))))))))))))..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...)))))).((...(((.(((((....))))))))..)).))).((((((..((((((((..((((((.......)))..)))))))))))........)))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((((...)))))))).............................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((..........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...((((((....))))))..)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.................................))))))...............(((.(((((....))))))))....................................................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((..........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((...(((((......)))))..)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))............((((((................(((((.....)))))..))))))...............(((.(((((....))))))))....................................................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.................((((((((...))))))))(((....))).........................(((((..(((((((....))))).)))))..)).(.....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...................((((..((((((....(((((((..(((((....((((....)))).)))))..)))))))...))))))))))..(((.(((((....)))))))).................(((((((((..(((((.......))))..)))))))))).....)))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((..............(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............(((((.....................)))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...)))....)))))..((((((....(((((((..((((....)))).((((.......)))).)))))))...))))))......(...(((((....)))))..)....................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((..((..........((((((.....)))))).(((....)))..(((...(((((............(((((..(((((((....))))).)))))..)).......((((((.......))))))((((..(((....)))..))).)..)))..))))).)).))))...((((......(((((((..((((....)))).(((((.....))))).))))))).....))))......(((.(((((....)))))))).................((((((((..((((((.......)))..)))))))))))......))))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..((.((....))..))((((((((...))))))))(((....)))..((.......))............(((((..((((((((())))))).)))))..))(((....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....((....)).)))...((((..((((((.(..(((((((..(((((...((((((())))))))))))..)))))))..)))))))))))..(((.(((((....))))))))............(((..(((((((((..(((((.......))))..)))))))))).)))..))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.....................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((((....((......))...................))))))...............(((.(((((....))))))))....................................................................... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........(((((.........(.((((((((((...)))))).((((....))))........................((((((...(((........)))..))))..))(......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........)..))))))))))..((((......((((((................(((((.....)))))..)))))).....))))......(((.(((((....))))))))....................(((.............)))........................).)).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[[[..)))...............]]]]]].......(((((((....)))).(((.....((((....((((.....(((....(((((....)))))...)))..(((((....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).............))))).......((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...))))))))))..(((.(((((....)))))))).........))))....(((((((((...((((.......))))...)))))))))......))).))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((..((.((....))..)).(((((((...)))))))..(((((......(((....((((...........((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))..)))))))).((((..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...))))))))))..(((.(((((....))))))))(((......)))(((..(((((((((...((((.......))))...))))))))).)))..))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((...((.((....))..)).((((((.....))))))((((....))))........((((..............(((....(((((....)))))...)))....[[.....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))[[..))))............(((..((((((....(((((((..((((....)))).(((((.....))))).)))))))...)))))))))...(((.(((((....))))))))..............]].((((((((..((((((.......)))..))))))))))).....]])))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........(((((..........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((.(((.((......))))).))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..(((((((.....((...(......((.......))))))))))))..)).))).....(.(((.(((((....)))))))))................................................................)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((............((((.(.........(((.((((((...)))))).((((....))))........................((((((...((((......))))..))))...))......((((((.(...).))))))..(((((((....)))))))...............))))))))...(.((......((((((................((((((...))))))..))))))((((......((.(.(((.(((((....))))))))).))........(((((.(...)))..................))).))))..))).........)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((.((....)).....(((((((...)))))))..(((((......(((....((((............(((((....(((((....)))))...)))...))......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))..))))))))))))(..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...)))))))((...(((.(((((....))))))))....))......(((..(((((((((...((((.......))))...))))))))).)))..))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.....(((......(((((((((((...))))))).((((...))))........(((........))).)))))))...((((((..))))))...((((.(((((....((((((.......))))))((((..(((....)))(((((((......(((((....(((.......))).....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))))))).)))))))..))))(((((....))))))))))...........))))(((((((..(((((.............))))))))))))......))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((..............(((((((...)))))))((((....))))..((.....(((............(((((....(((((....)))))...)))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....)))....)).....))))...((((......(((((((..(((((.(((((....))).)).)))))..))))))).....)))).....((.(((((((....)))).)))))..........(((..(((((((((...((((.......))))...))))))))).)))..))))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....))..(((((...............(((((.....))))).((((....)))).......(((................((((((...............))))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))..)))))..(((.......((((.....................................))))......)))......((..(((((....))))).))..................................................(.)............)).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((..........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........))))..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((................(((((.....)))))..))))))...).)))).(..(.(((.(((((....)))))))))..).....)..............................................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((..........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........(((((...((((........))))..)))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((..((..((((((................((((((...))))))..))))))..)).)))).)..(.(((.(((((....))))))))).........................................................((..(...))).. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((..........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........))))..)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((................(((((.....)))))..))))))...).)))))(..(.(((.(((((....)))))))))..).....)..............................................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((..........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((...((((........))))..)))..)))).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))..))))))))))))))..((((..((..((((((................(((((.....)))))..))))))..)).)))).)..(.(((.(((((....))))))))).........................................................((..(...))).. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((..........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((...((((........))))..))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((................(((((.....)))))..)))))).....)))).)..(.(((.(((((....))))))))).........................................................((..(...))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....(((..(((((.((....))..((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...))).)).)))))..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...))))))......(((.(((((....)))))))).....))).[[[[[[))(((((((((...((((.......))))...)))))))))........]]]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((.............((((((((...)))))))).(((((......(((....((((...........((((((..(((((((....))))).)))))...))).....((((((.(....))))))).(((..(((....)))..)))....))))..))))))))))))...((((((.(..(((((((.(((((....)))).((((((...))))))))))))))..))))))).....((((.(((((....)))))))).)..........(((..(((((((((...((((.......))))...))))))))).)))..))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((....((((.......))))........((((((((...)))))))).......))))........((((.....................(((((....)))))...)))).((((.....(((((((......(((((....((((((..........(((((((((............((((..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...))))))))))......(((((....))))).))))...........))))).........))))))....))))).......))))))).....))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((................(((((.....))))).((((....)))).......................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..................................................................................................................................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......(((..(((((..........((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((...(((..........)))..)))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))))))))............((((((.................((((.....))))...)))))))))............(((.(((((....)))))))).........).................................................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((.((....)).....(((((((...)))))))((((....))))..)))....((((......((.....(((....(((((....)))))...)))..(((((....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).............)))))...))..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...)))))).(((..(((.(((((....))))))))...)))...))))....(((((((((...((((.(....)))))...)))))))))......))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((........(((.((.((....))..)).))).(((..((((((..((((....)))).(((....((((...........((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...)))..(((((((..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...)))))).(((..(((.(((((....))))))))...))).....))).))))..))))))..)))..))).((((........))))................. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((.((....))..((((((((((...)))))))((((....)))).(((....((((.......((..((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......))))))))((..(((....)))..)).....))))...)))))).)))))..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...)))))).(((..(((.(((((....))))))))...)))......(((..(((((((((...((((.(....)))))...))))))))).)))...)))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.((.((((((..(((((((.((..((((((...............)..)).)))..)).))))))).(...)..(((((((((((((((.(((((..))))))))))))(((((((.(((((((((((..)).)))))).))..(((........).))(((......).))))))))))(((..(((((....(((((((((.(((((...((((((..))))))))))))).)))))))...))))))))..((((.((((((..))))))))))...).)))))))((.((((((((...((((((((..)).)))..))).)))))))))).).))))))).) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................................................................................................(((.(..............((..................(..)..............))............................................)..)))..................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................((((((((((...))))))(((((....)))).)((....((((.((.........((.((....((.(.......)..)).))...)).))....((((((.......))))))((((..(((....)))..))).)..))))...)))).)).......(((........(((((............(.(.(...)......).)...))))).......)))..(...(((.(((((....))))))))..)..............((((...............................))))............... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((....)).....(((((((...)))))))((((....))))..........................(((....(((((....)))))...)))..((((.....(((((((......(((((....(((((......................................((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...)))))).((...(((.(((((....))))))))....))......................)))))....))))).......))))))).....))))...... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((..............(((((((...))))))).(((....)))..(((....((((...........((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...)))....)))))..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...)))))).((...(((.(((((....))))))))....))...........(((((((((...((((.......))))...)))))))))............... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((.((....))..((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((....(((((....)))))...)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...))).)).)))))..((((((....(((((((..((((....)))).((((((...)))))).)))))))...)))))).(((..(((.(((((....))))))))...)))......(((..(((((((((...((((.......))))...))))))))).)))...)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.......)))).....((((((((((.....)))))).(((....)))...........................))))...(((((....)))))..((((..(((((.....((((.......)))).((((................))))............))))).......((((((....(((((((..((((....)))).(((((.....))))).)))))))...))))))..........(((((....))))).))))........((((((((.........))))......(((((........)))))..........)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.[[[[[.)))).....((((((((((.....)))))).(((....))).........((((............(((....))).(((....))).....)))).((((....(((((((.......))).((((................))))........)))).))))]]]]]...))))..((((((((((..((((....)))).(((((.....))))).))))))).(((.....))).......(((((....)))))...)))...........(((((.((((((...((((...{{{{))))...))))))..}}}}....)))))... |
