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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAACGCGGUGCCGGGUAACACCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGACAGUGCCACAGAGAGCAGACCGCCGAUCGGCGUUUCGACGUCGAGGCAAGGGUGAAAGGGUGCGGCAAGAGCGCACCGCGCGACGGGUAACCGAAGCGGCAUGGCAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGGGCGGCACGAGCCUCGUGCGCAAGCAUGGAGUUCCGGGCAGGAACCGGCCCAGCCGCCCGGGUUGGUUGCUUGAGGCGUCCGGUGACGGGCGUCCUAGAGGAAUGAUCGUCGCCGGCUUUCGGGCCGGGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((....))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((..(((((((((((....))))))))))).((((..]]]]]])))).))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((....)))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((.(((((((((.(((........((((((.....)))))).(((....)))..(((....(((((..........((((((..(((((((....))))))))))...))).....((((((.(....))))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))..(((.((....(((((((..((((..(((((....)))))..)))).((((.(....).)))).)))))))......(((.(((.(((((((((....)))))).))).))).)))..))))).))))))))).(((((((......))))))).) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((.....))))))((((....)))).........((...............(((.......((....)).....)))...((((....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....((....)).))))....))....((......))............................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((..(((...((((..(((..((((((((...))))))))...)))..((..(((((..(((((...........(((((..(((((((....))))))))))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...)))))..((((((((((((((..(((((....(((((((..((((..(((((....)))))..)))).((((........)))).)))))))...))))))))).......)))))))..))).)))))...)).....)))).)))))))))).(((((((......))))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((...((((((....)))))).)))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((................................................))))))...............((((((((....))))))))................)................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((............((((((((((.....))))).((((....))))..........................(((...((((((....)))))).)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))...(...((((......((((((................................................)))))).....)))).)....((((((((....)))))))).........................................))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.......(((............(((((((...)))))))((((....)))).........(((............(((((..(((((((....))))))))))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....)))...........)))((..(((((.....(((((((....(((((((((....)))))).(((((.....))))).)))...)))))))....)))))))....((((((((....))))))))(....)................)))))((((((((......)))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((............(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............(((((....................)))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...)))....)))))..((((((....(((((((..............................................)))))))...))))))......((((((((....))))))))....................(..........).................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((....))))))))))..)).......((((((.......))))))((((..(((....)))..))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((.((((((....)))))).)))).((((........)))).))))))).....))))......((((((((....))))))))..................((((((....)))))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.((((.((((.((.......(.(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((...........(((((..(((((((....))))))))))..)).......((((((.(....))))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).)))))))(..((((((....(((((((..(.(((((((((....)))))).(((((.....))))).))).).)))))))...)))))))(((..((((((((....))))))))...)))............)))))))))((((((((......)))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((....(((........)))..)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((..................................................)))))...............((((((((....)))))))).................................................. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((........(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..((...(......)...)))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))((..((((......((((((................................................)))))).....))))))....((((((((....)))))))).................))))))))......................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((....)))((((((....))))))...))).....((((((.......))))))......(((....)))........)))))...))).))))))))..(((.......(((((((..((((..(((((....)))))..)))).((((........)))).))))))).(((((....(((.(((((((((....)))))).))).)))...)))))))).)))))))))((((((((......)))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((..(((((((....))))))))))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))..((((((....(((((((..((((.((((((....)))))).)))).((((........)))).)))))))...)))))).....(((((((((....)))))).))).((.((....)).)).))))))))).(((((((......))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((...........(((((..(((((((....))))))))))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))..((((((....(((((((...(((.((((((....)))))).)))(([[[[.)).....]]]].)))))))...)))))).((..(((((((((....))))))).))..))............)))))))))((((((((......)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((.............)).))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..(((((((.................................(..(..)..)...)))))))..)).))).....(.((((((((....))))))))).................((...........).)...........).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.........(((.((((((...))))))..(((....)))..........)))...............((..(....(........)..)))...(((((....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)...........))))))))))...(((((....(((((((.............................((((..(....))))).)))))))...)))))........(((((((....)))))))...................((((((....))))))................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((..(((((((....))))))))))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))..((((((....(((((((..((((.((((((....)))))).)))).((((........)))).)))))))...)))))).....(((((((((....)))))).))).((.((....)).)).))))))))).(((((((......))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((........(((((((((((...))))))).((((...(((..)))....(((((............(((((..)))))......(((((...............((((((.......))))))...))))).....(((...)))..)))))..)))))))))))))....))).....(((((((((((...)))))).((((((......((((((.......((((...)))))))))).....))))))...)))))((((((((...((((..))))....)))))))))))))))((((((((......)))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((.((...)).)).(((((((...)))))))((((....)))).((.......))..............(((..(((((((....))))))))))...........((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))..........(((....))).((..((((((....(((((((....(((((.(((...(((.....)))....))).))...)))...)))))))...))))))))....((((((((....))))))))..............(((.((((((....)))))))))....)))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)))).)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.............................(((((........))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)..................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((...((((........)))).)))..)))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((.............................(((((........))))).)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))...............)...................(.......)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((...((((........)))).)))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.............................(((((........))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)......)..................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((...((((........)))).)))..)))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((.............................(((((........))))).)))))).....))))....(.((((((((....)))))))))...............)...................(.......)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........((.((...((((........)))).))...)))).....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((......((((((.............................(((((........))))).)))))).....)))))...(.((((((((....)))))))))...............)...................(........).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........((((((.....))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((..(((((((....))))))))))...))).....(((((.((....))))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))..((.(((....(((((((..((((..(((((....)))))..)))).((((........)))).)))))))......(((.(((.(((((((((....)))))).))).))).)))..))))).))))))))).(((((((......))))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((..(((((((....))))))))))...))).....((((((.(....)))))))((((..(((....)))..))).).)))))...))).))))))))..((((((.(..(((((((..((((.((((((....)))))).)))).((((........)))).)))))))..))))))).....(((((((((....)))))).)))................)))))))))((((((((......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.......)))).......(((((((...(((((..((((....)))).......((((..............((((..(((((((....)))))))......))))....((((((.......))))))))))..)))))........((((.............((((((((..((((((....(((((((..((((.((((((....)))))).)))).((((........)))).)))))))...))))))......((((((((....)))))))).....................)))))))))))).......)))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))......................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))........................................................................................(((...((....))...)))................)................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))......................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))))))...((((.......(((((................................................)))))(..)..))))......((((((((....)))))))).........................................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........((((((.....))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((..(((((((....))))))))))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))..(((.((....(((((((..((((..(((((....)))))..)))).((((.(....).)))).)))))))......(((.(((.(((((((((....)))))).))).))).)))..))))).))))))))).(((((((......))))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((....(((((.(((........((((((.....))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((..(((((((....))))))))))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))...(((((....(((((((..((((..(((((....)))))..)))).((((........)))).)))))))...))))).)))).(((((((((....)))))).))).((.((....)).))......))).((((((((......)))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........((((((.....))))))((((....)))).(((....(((((......((..((((((....)))((((((....))))))...))).....(((((.((....)))))))))((..(((....)))..))....)))))...))).))))))))..(((.......(((((((..((((..(((((....)))))..)))).((((.(....).)))).))))))).((((.(((.(((.(((((((((....)))))).))).))).)))))))))).)))))))))((((((((......)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(.((((((((....((((.((((((((((...(((((.(((((..((((..))))..((((((..............((((((((((...((.(((((.............))((((((((..)).)))))))))))....).).))))).)))..))))))))))).)))))....))))))....(((((......).))))))))))))...))))))))(((((((((((((((((........))))))))).)))))).))..((((((((((((((((..))))).)))))))))))))))))((((((((.(...))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................................................................................................................(...).......................................................(................)......................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................(...........)...................(..(((....)))....(.)..((....(.((....................(.((.(.......).)).)..........)).)..)).).......(.......)................((...((((((((....))))))))..)).....(........((((........))))...)............ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((.............(((..(((((((....))))))))))...........((((((.(....))))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))..((........(((((((..((((..(((((....)))))..)))).((((.(....).)))).)))))))......(((.(((.(((((((((....)))))).))).))).))).....)).)))))))))((((((((......)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((..(((((((....))))))))))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))..((((((....(((((((..((((.((((((....)))))).)))).((((........)))).)))))))...)))))).(((..((((((((....)))))).))..)))........(((.((((((....))))))))).....))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.(((((((((.(((........((((((.....))))))((((....)))).(((....(((((..........((((((..(((((((....))))))))))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))...)))))...))).))))))))..(((..(((..(((((((..((((..(((((....)))))..)))).((((........)))).)))))))..))).(((.((..(((((((((....)))))).)))..)).)))....))).))))))))).(((((((......))))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.......))))...((((((((((.....))))))((((....))))........((((.............((((....))))..(((....))))))).((((......((((.......)))).((((................))))........)))).)))).((((...........(((((.......))))).(((....)))..((((.((((.......)))).((((((.....))))))..))))..((((.(((....)))(((((..........)).))))))).))))...(((((((......))))))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....((((.{{{{{.))))...((((((((((.....))))))((((....))))........((((.............((((....))))..(((....)))))))..((((....(((((.((....)))))))..<<<<<((((.......aaaaa.......)))))))).AAAAA...))))....(((((.......))))).(((....)))....((((.[[[[..))))..]]]].>>>>>.(((((.....)))))..(((((((....)))))))))).(((........}}}}}...)))..((((((((......)))))))). |
