RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00285

RNA: ASE_00285
Rfam family: RNaseP_bact_a

			GAGGAAAGUCCGGGCUCCACGAAACAAGGGUGGCGGGUAACGCCCGCCGGCGUUCCUUCGGGGGCGCAAGGGAAAGUGCCACAGAGAGUAUACCGCCGAUGAUCCCGGACUUGAUCCGGGAACAGGCAAGGGUGAAAGGGUGCGGUAAGGGCGCACCGGGGGGCUGGCAACAGCCACCGCAUGGCAAACCCCACCCGGAGCAAGGCCGAAUAGGGGCCGCGUGCCCAUCAGCAAUGGUGGGUAGGGGAGUUUCGCCCCGAGCGGCCCGGGUUGGCUGCUAAAGCGCCGGAGCAAUCCGGCGACCAGAUGAAUGGCUGCCACCGCAGGCCCGUCCCGCAAGGGAUACCGCCUGAGGAGACAGAACCCGGCUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.....(((.(((((((((..[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((((((....)))))))).)((...(((((............(((((..((((((((((.....)))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((.(((((((((....)))))))))((((.]]]]]]))))..))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((((((((((((....)))))).)).))))))))......)))))))).
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....(((.(((((.((..........(((.((((((.....))))))..((((((....))))))...(((....(((((.........(((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))))....((((((.......))))))((..(((((....))))).))...)))))...))).)))..((((..(((((....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))...)))))))))....(((((((....))))))).(((......)))......((.(((((..(((((....)))))...))))).)).....)).)))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(((((((((.....))))))((....)).....................)))............(((((........((((.....))))......)))..)).......((((((.......)))))).((.(((((....))))).))..................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((..........((((((((....(((((((((....(((((((..(((((........)))))............(((((.....(((((((.....)))))))...)))..)).)))).)))..))))..)))))..(((((.(((((....)))))......(((......))))))))((((..(((((....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))...)))))))))....(((((((....))))))).(((......))))))))))).(((((..(((((....)))))...))))).))))......)))))....
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................((((((((...))))))))(((((((....)))))))...................................(((((((.....))))))).................((((((.......)))))).((((((((....))))))))..................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............((((.........((((((((((.....))))).((((............))))........................(((((..((((((.............)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((..........................................))))))...............((((((((....))))))))......................................................................
CentroidAlifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((.........((((((((((.....))))).((((............)))).........(((..............(((..((((((.............)))))))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((((....((((((....((..............))..(((((.....)))))...))))))...))))))......((((((((....))))))))......................................................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.........(((((((((((...))))))).(((((((....))))))).........(((((...........(((((..((.(((((((.....))))))).)))))..)).......((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...)))))......))))))))(..((((((....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))...)))))))......(((((((....))))))).............(((.(.((.(((((..(((((....)))))...))))).)).).)))..)))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................(((((((...))))))).((..............))...((....((((............(((((...........................)))..)).......((((((.......)))))).((.(((((....))))).))....))))...)).......(((..((((((....(((((((..((................)).((((.......))))..)))))))...)))))))))....(((((((....))))))).......................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))).(((((((....)))))))..(((...(((((............(((((..((.(((((((.....))))))).)))))..)).......((((((.......))))))(((.(((((....))))).)).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...(((((((....)))))))..((((.......))))..))))))).....))))........((((((....))))))....................((.(((((..(((((....)))))...))))).))........)))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((.(((((((((.........(((((((((((...))))))).(((((((....)))))))..(((....(((((..........((((((..((.(((((((.....))))))).)))))..)).).....((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...)))))...)))))))))))(..((((((....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.(...).))))..)))))))...)))))))(.....(((((((....)))))))..((......)))(((.(.((.(((((..(((((....)))))...))))).)).).)))..)))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......................(((((((((((...))))))....((((......)))).............................(((...........................)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((..........................(((.......))).....)))))...............((((((((....))))))))..............................................................))))....
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((.(.(((..((.........(((((((((((...))))))(((((............)))).)........................(((..((.(...(((.....)))..)..)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))))(((..((((......((((((.........(...........)..((((.......))))...)))))).....)))))))...((((((((....))))))))....................(....)................))))).).............))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((.(((..........[[[(((((((...))))))).(((((((....)))))))...)))....]]]........(((...[[[.))).(((((((.....)))))))...]]]...(((.....((((((.......))))))[[[[(((((....))))))))..........]]]].))))))...(((((......(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))((((((((.((((...(((((((....)))))))..........)))).)))....(((((..(((((....)))))...))))).........)))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((((((.........(((((((((((...))))))).(((((((....)))))))..(((....(((((.........(((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...)))))..))).))))))))...((((((....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))...)))))).......(((((((....))))))).(((......)))(((...((.(((((..(((((....)))))...))))).))...)))..)))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.............(((((((((((...))))))).(((((((....)))))))..(((....(((((..........((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))).....((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...)))))...)))))))...((..((((((....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))...)))))))).....(((((((....)))))))..((......)).(((...((.(((((..(((((....)))))...))))).))...)))..)))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.......(((((.........(((((((((((..)))))))(((...............))).........(((...........((((((((.(.........((.....)).).)))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..(((((((..........(........(......(((...)))))...)))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))...........................................................))))))....
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((...)))..(((((.......................((((....((..............))..(((....(((((..........((((((..(((.(((...........)))).)))))...)))......(((((.(...).)))))...(((((((....))))).))...)))))...))))))))))))..((((((.(..(((((((..(((.((((....)))).))).((((((...))))))..)))))))..))))))).......(((((((....))))))).................((.(.)))........................................))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((..........(((.(((((((...))))))).(((((((....)))))))..(((....(((((.........(((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...)))))...))).))).))((..((((((....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))...)))))))).....(((((((....))))))).(((......)))(((...((.(((((..(((((....)))))...))))).))...)))..)))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........(((((((((.((((((...[[[[[[[[..((((((....)))))).((((((((((((........)))))..........(((((((.....(((((((.....)))))))...)))...))))....((((((.......))))))(((((((((....))))).............)))).)))))))...[[[[[[....[[[[[[[.(((((((((....)))))))))[[[[.))))))]]]]..]]]]]]]...]]]]]].......(((((((....))))))).(((......)))]]]]]]]].(((((..(((((....)))))...))))).))))......)))))....
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((((............(((((((((((...))))))).(((((((....))))))).........((((...........((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))).....((((((.......))))))..(((((((....))))).))....))))......))))..((((..(((((....(((((((.((...............((((.(((....))))))))).)))))))...)))))))))....(((((((....)))))))...........((((.........))))...(((....))).....)))))....................
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((.(((((((..........(((((((((.....)))))..............(((.))).........................))))...........................((...((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))..)).))))...((((......(((((............................................))))).....))))......((((((((....))))))))..........................................))).........)))))...))))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.(((((((((dddd.d(.......{{((((((((...)))))))){{{{{{{{))}}}}}}}}..hh.....hhh(......hhh.hhhh(hh..h(ff)))))))))..(((((j..((<<<..<<<<<<<<..<<<<<<(..eeeee...))J.ccccccc)>.cccccH>>>>>)HH)H..[[[(.)))))Fii..((((((.]H.(((((((.(((((((((aa..)))))))))]]HH..>>>>>>>>H}.))))))).FH))))))HHH....(((((((....))))))).))...H>.HHCCCCC)).}DII..>>).(((((AA..)))))..EEEEE..DDDD.......CCCCCCC.
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((............)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((........................(((((.....)))))...))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).............................................((.(....).)..).
PETfold_2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((............)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.................)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((........................((((((...))))))...))))))..)).)))).((...((((((((....))))))))..)).....)................................................(.......)...
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((............)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((........................(((((.....)))))...))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).............................................((.(....).)..).
PETfold_pre2.0(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((............)))).)((...(((((.((.........(((((..((((.................)))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((........................((((((...))))))...)))))).....)))).((...((((((((....))))))))..)).....)................................................(.......)...
PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((............)))).)((...((((..((.........((.((..((((.................))))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((........................((((.......))))...)))))).....)))))((...((((((((....))))))))..))......................................................(.......)...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...[[[[[[.))).........((((((((((.....)))))).(((..((....))..))).........(((((.........(((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...))))).))))..]]]]]]...((((((.....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..))))))).(((((((.((((...(((((((....)))))))..........)))).))).((.(((((..(((((....)))))...))))).))......)))))))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.............(((((((((((...))))))).(((((((....)))))))..(((....(((((.........(((((((.....(((((((.....)))))))...)))...))))....((((((.(....)))))))....(((((....)))))......)))))...)))))))..(((..((((((.(..(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))..))))))))))....(((((((....))))))).(((......)))(((......(((((..(((((....)))))...)))))......)))..)))))))).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((................((((((((...))))))))(((((((....))))))).........(((((............((((.....(((((((.....))))))).........))))....((((((.......))))))....(((((....)))))......))))).......))))))...((((((.....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))....((((.((((...(((((((....)))))))..........)))).))))...(((((..(((((....)))))...))))).............)))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((............)))).............................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....)))..................................................................................(((...((....))...)))......................................................................
RNAalifold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.(((((.((..........((((((((((.....))))).((((............)))).............................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........)))))))))((.....(((...((..((((((....(................)..(((((.....)))))...))))))..))..)))......((((((((....))))))))))........................................................)).)))))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((.........(((.((((((.....)))))).(((((((....)))))))..(((....(((((.........(((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...)))))...))).)))))))).((((((.....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..))))))).(((((((.((((...(((((((....)))))))..(....)..)))).))).((.(((((..(((((....)))))...))))).))......)))))))))).
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.......................(((.((((((.....)))))).(((((((....)))))))..(((....(((((.........(((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...)))))...))).)))((.....((((......(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..))))))).(((.(((.((((...(((((((....)))))))..........)))).))))))...)))).(((((....))))).)).))).(((.............))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((..(...)..((((((((((.....)))))).(((..((....))..)))..(((....(((((.........(((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))))....((((((.......))))))(.(((((((....))))).)).).)))))...)))))))))))).(((((......(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..)))))))((((((((.((((...(((((((....)))))))..(....)..)))).))).((.(((((..(((((....)))))...))))).))......)))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((.((((((..(((((.(((.(((((((.(((((.((((.((((((((((((.((((.(((........))))))).)))...((((((((..(((((((((.((..)))))))))))))((.((((..)))).)))))))))))))..))))))).).))))).).))))).).)))....((((.(((((.((..))))).).))))).).)))).(((.......)))..((((((((..(...))))).(((((((..))))))).((..))((((((((....))))))).)((..)).(((((((.(...)))).))))(((((..)))))))))..((((..)..)))).)))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................((..)).......................................((......))....(.)...................................................(.)...................
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................(....((....)..(...).((.....(.((.(...)..(....)...((..((............))............((((((.......))))))((...((((....))))..))...........)).)).))).....((((((....(((((((..((((.((......)).)))).((((.......))))..)))))))...)))))).(...........................).....)....)....(.(...............).)..............................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((.........(((((((((((...))))))).(((((((....)))))))..(((....(((((.........(((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))))....((((((.......))))))(.(((((((....))))).)).).)))))...)))))))))))).(((((......(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..))))))).....(((.((((...(((((((....)))))))..........)))).))).((.(((((..(((((....)))))...))))).))...........))))).
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((.........(((.(((((((...))))))).(((((((....)))))))..(((....(((((.........(((((((...(.(((((((.....))))))).).)))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...)))))...))).))))))))..((((((....(((((((..((((((((....)))))))).((((.......))))..)))))))...)))))).......(((((((....))))))).(((......)))......((.(((((..(((((....)))))...))))).)).................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((.....))..(((((.........((((((((((.....)))))).(((..((....))..)))..(((....(((((.........(((((((..((.(((((((.....))))))).)))))...))))....((((((.......)))))).((.(((((....))))).))...)))))..))).))))))))).((((((.....(((((((.(((((((((....)))))))))((((.......))))..))))))).(((((((.((((...(((((((....)))))))..........)))).))).((.(((((..(((((....)))))...))))).))......)))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((................))).((((((.....)))))).(((((((....)))))))........((((........))))...((((....(((((((.....))))))).(((((...........((((((.......)))))).((((.(((....)))(((.....)))....))))...........((((.......))))....((((((((....)))))))).((((.......)))).(((((((......)))))))....(((((((....)))))))...........((((((....))).))).(((((....)))))...))))).............))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((.........)))).(((..<<<))).((((>>>....)))).(((((........)))))......))).....((((....(((((((.....))))))).(((((..((((.....((((((.......))))))....(((((....)))))............)))).[[[[[......((((.......))))....((((((((....)))))))).((((.{{{{{.)))).((((((.}}}}}..))))))....(((((((....)))))))...........((((((....))).))).(((((....)))))...)))))..]]]]]......))))...

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