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GAGGAAAGUCCGGGCACCACAGGGCAGGAUGCGGCUAACGGCCGGCGCCGUGAGGCGACGGAAAGUGCAACAGAAAGAUACCGCCGAUGGCCCGCGAGGGCUCAGGCAAGGGUGAAAUGGUACGGUAAGAGCGCACCGCUCCAGCGGCAACGUCUGGAGUCGGCAAACCCCAUCCGGUGCAAGACCAAAUAGGGGAGCGUUGGCGUGGCCCGCGUCGCUCCCGGGAUGGUUGCUAGAGGCUGCGGGCAACCGCGGUCCCAGAGGAAUGGCUGUCACGGCGUGAAAGCGCCGACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.(((((((((.....))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((..((((((....)))).)))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))).)))))).)))..)))))))))))))...((((......((((((...(((((.]]]]))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..................((((((....))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((.(((((.(((.((((((((((((.((.(((.((((....)))).)))...((((..((......(((((((...(((((....)))))..)))...))))...))))))......(((((.(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).)))))..))))).))))))).)))))..).))))..((.(.((((((((....))))))))).))........(((((..(((((....))))))))))..))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................(((((...))))).((((....)))).........((..............(((...................)))..(((((....(((.((.......)).))).((((((((....))).)))))...........))))).......((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))))....((((((((....))))))))................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((..(((..((((..(((((((((.((.(((...((((((..(((........)))..((........(((((...(((((....)))))..)))..))......)).))))))...(((((.(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).)))))))))))))).)))))))))((((((((((((((..........)))))))...)))))...))..)))(((((..(((((....))))))))))..))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.............................................................................................................................................................))))).............................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........(((((((((.....)))).((((....)))).......................(((((..((((((....)))).)))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...........))))))))).............((((((..................))))))...............((((((((....))))))))................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((.....)))).((((....)))).........................(((..((((((....)))).)))))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...........))))))))))...(((......((((((.....((.......))..)))))).....))).......((((((((....))))))))................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((........(((((..........(((.((((....)))).)))...................(((((...(((((....)))))..)))..))........................(((((((((((....)).))))))).)).......)))))))))...(((((.....(((((((...(((.....)))..)))))))....)))))......((((((((....))))))))............((((..((((((....))))))))))..))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((.............((((.....)))).((((....)))).........................(((...(((((....)))).).)))...........(((.((.......)).)))..(...(((....)))..)...................))))(..((((......((((((...((((((...)))))))))))).....))))).....((((((((....)))))))).........................................)))..... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((.....))))(((((....)))).)((...((((............(((((...(((((....)))))..)))..)).......(((.((.......)).)))(((((((((....)).)))))))..))..)))))))))))))...((((......(((((((.(.(((.....)))).))))))).....))))......((((((((....))))))))............(((...((((((....)))))).)))..)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((........(((((.(((.....)(((.((((....)))).))).....((............(((((...(((((....)))))..)))..))........)).((.......))..(((((((((((....)).))))))).))....)).)))))))))...(((((.....(((((((.(.(((.(()))))).)))))))....)))))....(.((((((((....)))))))).)..........((((..((((((....))))))))))..))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................((((((((((...))))).((((....)))).........................(((....(.........)....)))...........((((((.......)))))).((((((((....))).)))))...........))))).................(((((....................)))))...............((((((((....)))))))).............................................))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......(((((((((........((((((((((...)))).)((((....)))).........................(((..(...............))))...........((((((.......)))))).((((((((....)).))))))...........)))))))))(..((((...(..(((((((....((.......)).))))))).)...))))).....((((((((....))))))))...........................))))).........)).).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..[[[[....))))......(((((...))))).((((....)))).......]]]]..........(((((((...(((((....)))))..)))...[[[[.........))))......]]]].((((((.........))))))..(((((...(((((((((.....)))......(((((((...(((((...)))))))))))).)))))))))))...((((((((....))))))))(((.[[[..)))(((((..(((((....)))))))))).......]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((..(((.((((((((((((.((.(((((((......(((.......((((..((......(((((((...(((((....)))))..)))...))))...))))))........))).(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).)))))))))))).))))))).)))))....)))).......((((((((....))))))))(((......)))(((((..(((((....))))))))))..)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((...........................(((.((((....)))).))).....................(((...(((((....)))))..))).............................((((((((((....)).)))))).))..........(((........[[[[.....(((((((...((((.....))))))))))).)))]]]].......((((((((....))))))))............(((((..(((((....))))))))))..)))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((.(.(((((...))))).((((....)))).........(((..........((((((((.(...........).)))))..)).)......(((((.......)))))...(((((((....)))).)))...))).......))).)))))...(((...(..((((((....((((.....)))).))))))..)..))).....(.((((((((....))))))))).................((((.......))))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((.(.(((((...)))).).(((....)))..(((....((((..........((((((..((((.(......))))))))...))).....((((((.(...).)))))).((((((((....)))).))))..))))...)))))).))))..((.((.......(((((...((((((...))))))))))).((((.......(((.((((((((....)))))))).).)).......(((((..))..............))).)))))))).. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.((((..(((.((((((((((((.(.((((((((................((((..........(((((((...(((((....)))))..)))...)))).....))))............(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).))))))))))))).)))))).)))))....)))).......((((((((....))))))))(((......)))(((((..(((((....))))))))))..)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.................(((((...)))))(((((((((((((........................))))...(((((....)))))..........................(((((...)))))((((.......(((((.[[[[[[.....(((((((((.....)))......((((((...((((((...)))))))))))).))))))........((((((((....)))))))))))))......)))))))))))))......]]]]]]....))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.............(((((...))))).((((....)))).....................(((((((..((((((....)))).)))))...))))....(((.((.......)).))).((((((((....)).))))))................)))))..(((((.....(((((((...(((((...))))))))))))....)))))......((((((((....))))))))..................((((((....)))))).......))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........(((((((((.....))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..((((........)).)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).))))..))))))))))))))..((((.(....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)........................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((...)))))(((((....)))).)((...((((..(.........(((((..(((((......))).)))))..))..)....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).....)))))))))))))(..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).........(.................(....))..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........(((((((((.....))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..((((........)).)))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....))).))))).))))..)))))))))))))(..(((((.....((((((...(((((.....)))))))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)........................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))...((((........((((((((((...)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((..(((((......))).)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).)))))..)))..)))))))))))))(..((((..((..((((((...(((((.....)))))))))))..)).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....).........(.................(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........(((((((((.....))))(((((....)))).)((...((((..((........(((((..(((((......))).)))))..)).))....((((((.......)))))).((((((((....))).))))))).....)))))))))))))(..((((......((((((....(((.......))).)))))).....)))))(..(.((((((((....)))))))))..)...............................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((...(((.(((((((((((.(((.(((.((((....)))).)))...((((..((......(((((((...(((((....)))))..)))...))))...))))))......(((((.(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).)))))..))))))).))))).))))).))...(((.((...((((((((....))))))))....)).)))..(((((..(((((....))))))))))..)))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..(((.((((((((((((.(.(((((((((((......)))....((((..........(((((((..((((((....))))).))))...)))).....))))............(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).))))))))))))).)))))).)))))....)))).).....((((((((....))))))))(((......)))(((((..(((((....))))))))))..)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))..((((((......(((((.((((....)))).............((((......((((....(((((....)))))..........................(((((...)))))..)))).....))))..((((((...((((....................))))...)))))).)))))))))))....(((((............((((((((....))))))))............((((..((((((....))))))))))..))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............((((.....)))).((((....))))....................................................(((......((...............)).((....((....)).....)).........))).....)))..........................................................(((...((....))...)))................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........(((((((((.....)))).((((....)))).........................(((..((((((....)))).)))))..((((.....((((((.......)))))).((((((((....))).))))).......)))))))))))))..............(((((..................)))))................((((((((....))))))))........................................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((...(((.((((((((((((.((.(((.((((....)))).)))...((((..((......(((((((...(((((....)))))..)))...))))...))))))......(((((.(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).)))))..))))).))))))).))))).))...(((.((...((((((((....))))))))....)).)))..(((((..(((((....))))))))))..)))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....(((.(((((((..(((.((((((((((((....(((.((((....)))).))).....((..........(((((((...(((((....)))))..)))...))))...............(((((.(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).))))).)).))).))))))).)))))....))).))))...((((((((....)))))))).....)))....)).((.((((((....))))))...)).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((....((((((.((((((..((..(((.((((....)))).)))...))))..........(((((((...(((((....)))))..)))....(((......)))))))....))))(((((((((((....)).)))))).)))....))(((((((((.....)))......(((((((...(((.....)))..))))))).)))))).)))).(.((((((((....)))))))).)...)).....(((((..(((((....))))))))))..)))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...((((.((((((((((...))))).)))(........)((((((.............))))))((..((((((...).))).))))..(...(...)..)..(......).....(((((((((..((...)))))))).))).))).)))....))))..((((((....(((((((((..............)))))))))...))))))(....(((((((((..)))))))))(((......))).((((..(((((...).)))))))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................((((...))))..............((.......)).. |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................((..(((.......................((....))..................................................).........................(((.(....((((((((....))))))))...)......))).(((................)))....))....)). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((...(((.(((((((((((..(..(((.((((....)))).)))...((((..........(((((((...(((((....)))))..)))...)))).....))))......(((((.(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).)))))...).))).)))))).))))).....))........((((((((....))))))))............(((((..(((((....))))))))))..)))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((...))))).((((....))))..........(..........(((((((...(((((....)))))..)))...))))....(((.((.......)).))).((((((((....)).))))))...).......))))))))))..(((((.....(((((((...(((((...))))))))))))....)))))......((((((((....))))))))(((......)))(((((..(((((....))))))))))...))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((..((...(((.((((((((((((.((.(((.((((....)))).)))...((((..((......(((((((...(((((....)))))..)))...))))...))))))......(((((.(((((((((((....)).)))))).)))....((((((..(((.....)))..)).)))).)))))..))))).))))))).)))))......(((.((...((((((((....))))))))....)).)))))(((((..(((((....))))))))))..)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))....((((((.....)))..((((....)))).........)))...................(((((....)))))..(((..((((....((((..(((........))).((((((((....)).)))))).(((..........))).......)))).....(((((((...((((.....)))))))))))(((((.(((......))).((((....)))).)))))..........(((((..(((((....)))))))))).)))).))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..{{{{{{..))))....((((((.....)))..((((....)))).(((.................(((([[[[[.(((((....)))))........))))...(((...(((........))).((((((((....)).))))))]]]]].....))).)))..)))...((((.....<<<<<<)))).....((((...>>>>>>)))).}}}.}}}...(((((((((....)))).(((..........))).....((((((....)))))).........))))). |
