|
|
|
GAGGAAAGUCCGGGCUCCACGGAACGCGGUGCCGGGUAACGCCCGGCGGGGGCGACCCCAGGGAAAGUGCCACAGAGAGCAGACCGCCGAUGGCUCCGAAAGGACCACAGGCAAGGGUGAAAGGGUGCGGCAAGAGCGCACCGCGCAGCGGGCAACCGAAGCGGCACGGCAAACCCCACCGGGAGCAAGACCGAAUAGGCACGCGAUGGGCUUAGGCCCGGGGCAGGAACCGGCCCUUUUCGCGUGCGGGUUGGUUGGUUGAGGCCGUCGGCAACGCCGGUGGUAGAGGAAUGAUCGUCACUGUCCUUCGGGGCAGAACAGAACCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..[[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..(((((((....)))).))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((((.((((....))))((((((.]]]]]))))))..)))))))).....))))......((((((((....)))))))).................(((((((....)))))))......)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.(((((((((.(((........((((((.....)))))).((((...((....))...(((((.......((..((((((..(((.(((....))))))..)))...))).....((((((.(....)))))))..))..(((....)))....)))))......)))).))))))))..((((((....((((((((.((((....)))).((((.(....).))))...))))))))...))))))..(((..(((..((((...))))..)))................((((((....))))))..)))...)))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................((......))((.((((....)))).(((....(((............((((((.....................)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))))))........))).))..((.(..((((......((...(......(((.(...))))...).................)..).....))))).))...((((.((....)).))))................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((.......(((..((((((((...))))))))...))).(((((((((...((((((.....((.....((((((((((.......((((....((...((((...((((((.((....))...((((....(((....)))..))))....))..))))))))....))..((((((....((((((((.((((....)))).((((........))))...))))))))...))))))))))..))))))))))...))..)))))).((((.......)).)).))))).)))).......)).))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((...................................................................................................................................................................))))).................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.....................................))))))...............((((((((....)))))))).................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((.........)))))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))))..((((......((((((......................((((.....))))..)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.(((((................(((((((...)))))))((((....)))).......((((.............(((((..(((.(((....))))))..)))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..))))))).....................(((((.....((((((((.((((....))))(((((.(....).)))))..))))))))....))))).......(((((((((...)))))))))................((((((....)))))).......))))))... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((.(..........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............(((((.....................)))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...)))...))))))..((((......(((((.......................................))))).....)))).......((((.((....)).))))................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((..((..(((....)))...)))))..)).......((((((.......))))))((((..(((....)))..))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((((.((((....))))(((((........)))))..)))))))).....))))........(((.((....)).)))....................((((((....)))))).......)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).((....((((.............(((((..(((.(((....))))))..)))..)).......((((((.(....))))))).(((..(((....)))..))))))).......))..)))))))...((((((.(..((((((((.(((((())))))(((((.(....).)))))..))))))))..))))))).......(((((((((...))))))))).((.......))....((((((....)))))).......))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.......................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((..((..............).))))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((((...(((......................).)).....)))))).................((((((.......))))))............................(.....)..........))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..........(((((........(((((((((((...)))))).((((....))))........................(((((...((.(........)))...)))..))(......((((((.......)))))).((((((((....))))))))..........)..))))))))))..((((......((((((....((((...................))))......)))))).....))))......((((((((....))))))))..................((.(((....))).))............))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((..............(((..(((.(((....))))))..)))....(((....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).)))))))...))).))))))))..((((((....((((((((.((((....))))(((((........)))))..))))))))[[[[[..))))))...(((..((((...))))..)))................((((((....)))))).....]]]]]...... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((..(((.(((....))))))..)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...))).)))))))(((((((((....((((((((.((((....)))).((((........))))...))))))))...))))))..)))..(((((((((...))))))))).((.((....)).)).((((((....)))))).......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((...(([[[............(((((..(((.(((....))))))..)))..)).......((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))..))]]]....))).))))))))..((((((....((((((((.((((....)))).((((........))))...))))))))...)))))).......(((((((((...)))))))))................((((((....))))))........))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((..............)).))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((..((..(((((((....(.....(.............(.(...)))).)))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))................................................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((...((((............((((((((((...((....))..)))))))..)).).....((((((.(...).))))))..(((((((....))))))).)))).......))))))))))))..(((((.((..(((((((.(((((....)))))......(....(...).)..)))))))..))))))).......(((((((....))))))).............(((((..(((((....)))).))))))...))...... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((..(((.(((....))))))..)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...))).)))))))...((((((....((((((((.((((....)))).((((........))))...))))))))...)))))).......(((((((((...))))))))).((.((....)).)).((((((....)))))).......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((..)))..((([[[[[[.....))).((((((.((((.(((..)))....))))............))))))...((((((.((((((..........(((((...((((((.......))))))..........(((((((..]]]]]]....(((((...(((........))).....((((((((.(((((..)))))(((((........)))))..)))))))))))))..)))))))..(((((((((...))))))))).............))))))))))))))))).........))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....)))).......(((((...........((((((..(((.(((....))))))..)))...))).....((((((.......))))))..((..(((....)))..))))))).........)))))))))...((((......((((((((.(((....(((.(((........))))))))).)))))))).....)))).......((((.((((...)))).))))..................(((......))).........)))))))). |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....((((((((((.hhh..hhhh(((((((((...))))))))((((<<.)))).bb....bbbbb.......bb...))ccccccca(()B....)B.c[.c(.BB..eeee.....((((((ff.....))))))BBB..eeee.cccccccc((BBHHH.FF...HHggggggg..))....HH).....ddddddd(iiiiiiii)))))))).....((((((((()CCC)))))))))IIIIIIICCCCC.)]ACCCCCCC..>>GGGGGGGID..)E..)E.EEEE..((((((({{)))))))....}}EECCDDDDDD |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.....................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.(..........(((((.((((...........)))).)))..)))((....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....................(((((.....))))).))))))..)).)))).((...((((((((....))))))))..)).....).........(..................(...).)..... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((.............)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..(((((.....((((((.....................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).........................((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((.((((...........)))).)))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.....................(((((.....))))).))))))..)).)))).((.(.((((((((....))))))))).)).....).........(..................(...).)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........((.((.((((...........)))).))...)))))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)...))..))))))))))))))..((((......((((((.....................(((((.....))))).)))))).....)))).((...((((((((....))))))))..))................................(.(...).)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..(((((.(((........((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........((((((..(((.(((....))))))..)))...))).....(((((.((....))))))).(((..(((....)))..)))....))))...))).))))))))..((((((....((((((((.((((....)))).((((........))))...)))))))).[[[[[[))))))...(((..((((...))))..))).((.((....)).)).((((((....))))))........]]]]]].. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((..(((.(((....))))))..)))...))).....((((((.(....)))))))((((..(((....)))..))).)..))))...))).)))))))...((((((.(..((((((((.((((....))))(((((........)))))..))))))))..))))))).......(((((((((...)))))))))................((((((....)))))).......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.......)))).......(((((((....(((((.((((...............(((((............((((.....((((..................)))).....((((((.......)))))).....))))...........)))))......)))).))))).....((((((....((((((((.(((((...................)))))...))))))))...)))))).......(((((((((...)))))))))................((((((....))))))......)))))))... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....)))).......................................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).............................................................................(((...((....))...))).................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((.....))..((((.........((((((((((.....))))).((((....)))).......................................................((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))).))))..((((......((((((.....................................)))))).....))))......((((((((....)))))))).........)............................(....)...... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((........((((((.....))))))((((....)))).(((....((((..............(((..(((.(((....))))))..)))....(((....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).)))))))...))).))))))))..((((((....((((((((.((((....)))).((((.(....).))))...))))))))...))))))..(((..(((..((((...))))..))).((.((....)).)).((((((....))))))..)))...))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.((.((..(((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((..(((.(((....))))))..)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...))).))))))))..((((((....((((((((.((((....)))).((((........))))...))))))))...))))))))))((.(((..((((...))))..))).((.......)).))....)))).((((...........))))..... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((........((((((.....))))))((((....)))).(((....((((............(((((..(((.(((....))))))..)))..))(((....(((((.((....))))))).(((..(((....)))..))).)))))))...))).))))))))..((((((....((((((((.((((....))))(((((.(....).)))))..))))))))...)))))).(((...(((..((((...))))..))).((.((....)).)).((((((....))))))))).....))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((..)))((((((((((((((.((((((((.(((((...(((..)))...(((((.((..((..(((((((((((((.((((..))))))))))))..)))))..))..)).)))))....(.(((((...))))))..(((........)))...))))).))))))..(((((((((....((((((..(((((..((.((........)))))))))....))))))...)))))))))...)))))..)))))))).)))(((......((........))((((((..))))))..))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................................................................................................(..(....)....(....((.(.().............................))))...........................)........................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................(.((.(..((................))......(.(..(........).((....)).........((.......................))...((((.........))))...).)............................................((.(.((....)).).))...........).)).)..(..(.......)...)................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((..............(((..(((.(((....))))))..)))...........((((((.(....))))))).(((..(((....)))..)))....))))...))).))))))))..((((((....((((((((.((((....))))(((((.(....).)))))..))))))))...)))))).......(((..((((...))))..))).((.((....)).)).((((((....))))))........))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((((((.(((........(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((...........((((((..(((.(((....))))))..)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...))).))))))))..((((((....((((((((.((((....)))).((((........))))...))))))))...)))))).......((((.((....)).))))....((.(......).)).((((((....))))))........)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.(((((.(((........((((((.....))))))((((....)))).(((....((((...........((((((..(((.(((....))))))..)))...))).....((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....))))...))).))))))))..((((((....((((((((.((((....)))).((((........))))...))))))))...))))))((((...(((..((((...))))..))).((.((....)).)).((((((....)))))).....)))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.......))))...((((((((((.....))))))((((....))))........((((.....((((............)))).............)))).((((......((((.......)))).((((................))))........)))).)))).........((((....((((((((.((((....)))).((((........))))...)))))))).....((((......)))).))))....(((((.(((.........)))....((((((....))))))........)))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.[[[[[.))))....(((((((((.....))))).((((....))))........)))).....((((.....{{{{...))))..................((((......((((.......)))).((((................))))..}}}}..)))).....]]]]]............((((((((.((((....)))).((((........))))...)))))))).((((((..(((....))).((((.....)))).(((.........)))....((((((....))))))........)))))).. |
