|
|
|
GAAAGAGUAAGCGAGCAGUUGCGAAAUUAGUCUUAAAGUAUAAUGAAAAUUUGCUUUAAGUACGGAUUUUGAGGAAAGUCCGGGCUUCCAAGAAGAUCAGGCUGCUGGAUAACGCCCAGUGCGAGCAAUCGUGAGGAUAGUGCCACAGAAAGAUACCGCCUAACUUCGGUUAGGUAAGGGUGCAAAGGUGUGUUAAGAGCGCACCAGCAGGGUCGUGAGGCUCUGGCUCGGUAAACCCCAGUCGGAAGCAAGGCGAGAGGAAAUAAGCGUUGCGAUCUUCAAUAGACCUUAUUUCCGUGACUUAACUGCGUUUAGUGCGCGAAAGCGUGGCAAGCGUAGUUAAGUGUGUGCCGCAAGAGGUAUUUGGUAACAAAUAUCCCAGAUAGAUAACCGCUAGGGCAGUUGUUAUCAACUCCCAAAACAGAACCCGGCUUAUGUCUUACUCUUUCU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((....)))))))))))).))))))))))....[[[.[[[[[(((((..{{{{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((....((((((((..((((.}}}}}}}...)))).))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))......((((((((....))))))))..........)))))))((((.(((((....)))))))))........]]]]]]]].)).)))))))))...
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..(((((......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).))))).....(((((((((....)))))))..)).)))))..((((((.....))))))...(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....)))))))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((......((((((((((((((.(((....))))))))))))..((((((((....)))))))).)))....)).......))))))).((((((((((...(((....(((((..(((((.(((((......(((((((((((((....)))))))...((((((..((((((((...)))))))).......((((...(((((((((.((......))))))))).))...))))..(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((...((((....))))...)))))))))))))).))))))......))))))))))).....)))))...)).)))...)))..)))).)))))).............(((............)))))))))))))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.(((((((.(((((((((................................))))))))).............((((...........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).))))...............(((.........................................................................)))................((((((((....))))))))..........)))))))..........................................))))))))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....((...(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).))))))).........(((.(((((..............(((((.......)))))((((....)))).......................(((((((((....)))))))..)).......(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))..................)))))...(((....(((((((((.((((.......)))....))))))))))...((((((((((((((.((((((....))))).)))))))))))))))....)))......((((((((....))))))))..................(((.(((((....))))))))..........))).)).....))))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..........((..............................................)).........(..((((((..............(((((.......)))))((((....)))).........................((((..........))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))))..)..........................................................................................................((((((((....))))))))............................................................))))))...... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...((....)).......(((((((((((...........))))))))).))............(((.((((((((((..........(((((((((.......))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((....(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))......((((((((....))))))))..................(((.(((((....)))))))).........))))))))....))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....((...(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).)))))))........((((((((((..........(...(((((.......)))))((((....))))......................((((((((((....)))))))..)).).(...(((((((.....))))))).)(((((((....)))))))(((.((.....)).))))))))))..(((..(.((((((((((((((.......)))).)..))))))))).).((((((((((((((.((((((....))))).)))))))))))))))....)))....(.((((((((....)))))))).).....(.......)..(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..(((((((.(((((((...(((((((((.(((....))))))))))))....))))))).(((...)))[[[[..............))))))).......]]]]..(((((....)))))......(((((.........[[[[(((((((....)))))))...)))))...(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))....]]]]......((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((........(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).)))))))....(((.(((((((((...)))).....((((((((.......)))))...))).(((.((.(((((((((((..........(((((((((....)))))))..)).(((...((((((((...)))))))).)))...((((...(((((((((.((.....)).)))))).)))...))))..(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))..(((((......))))).)))).))...))))))))))............(((.(((((....)))))))).........)))))))).)).))))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...........((((((...(((((((((.(((....))))))))))))..{{))))))..........}}.((((((..............(((((.......)))))((((....)))).........................(((((((....)))))))...........(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))...............<<<))))))..(((....(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))......(((((((([[[[))))))))..................(((.(((((]]]]))))))))............>>>......))))))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...(((((((((((((((((((((...........((..((............)))).....))))))............(((((...........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((((((....)))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.(((....))).)))....))).......)))).)))))...(((........(..(((.((........(.((.............))..........).......)...........))))............)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).(((...............)))....................))))))))))... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).))))))).............((((...)))).....))))))......(((((...(..(....)(.....).......).............(((((((....)))))))..)))))....((((((((...)))))))).((.(((((((...(((((((((.((.....)).))))))).))...)))...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))..(((((......))))).((....))........................(((.(((((....))))))))........)))).))....).))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.......(((((........(((((((((...........)))))))))..((((((((....)))))))).((((((..[[[[[[[.(((((((((.......))))..(((((.............(((((.............((((((((..))))))))...)))))...((((((((...))))))))..(((((((....))))))))))))........))))))))))).........(((((((((......]]]]]]].......)))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))......)))))..((((((((....))))))))............(((...(((.(((((....))))))))...........))).......))))))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((((.((((((((..................................))))))))((((...)))..(((((...........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((.(......(((.........................................................(((((.....))))).)))....).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).).))))))))))... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((((((((.((((((((..................................))))))))((((...)))...((((...........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((((.......(((.........................................................(((((.....))))).)))....).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).).))))))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..((((.......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).))))).....(((((((((....)))))))..))..)))).(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((.((((((.((((((..(((((((((((.(((....)))))))))))).))..)))))).............((((...))))....)))))).......(((((...((((....)))).........................(((((((....)))))))..)))))....((((((((...))))))))....((((......(((((((((...........))))))).)).........(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((.((((((....))))).)))))))))))))))..(((((......)))))((([[[[))).......................(((.(((((]]]]))))))))........))))......)).))))))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.....(((((((....................................................(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....)))).............................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))..............................................................................................................(((...((....))...)))..........)))))))..................................((........))))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..(((((......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).))))).....(((((((((....)))))))..)).))))).(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))....(.((((((((....)))))))).)............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((...((......))..)).(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).))))))).((...((((((((.((((...((......))..))))....))))..(((((....))))).))))....))..(((((((....(((((((....)))))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........))))))..........))))))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..((((.......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).)))))....((((((((((....)))))))...))))))).(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))....(.((((((((....)))))))).)............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((...((((..((((((((((((((((((((((.(...).))))))))))).)))))))))))...(((.(((((((((...)))..((..((.(((((((...)))))))))))((((((......).)))))((((..((...))(((((((((..)))))))))(((((.....(((((((....).))))))(((((((((...).)))))).))......))))(.(((((....))))))..((((((((((.((...............))))))))))))..((((((((((((((.(((((((..))))).))))))))))))))))))))).((..)).(((((((((..))))))).))...((........))..(((.((((((..))))))))).......).))))))))))))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................((...(......(.(.(........).).)............................((......)).....................(....(..))................................................................((.......))....).....))..... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..........((((((..(((((((((((.(((....)))))))))))).))..)))))).................................................((((....)))).........................(((((((....)))))))...........(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))...............(((((..((..((((...(((((((((.(((..(.....)....))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))....(.((((((((....)))))))).)............))..(((.(((((....))))))))..........)))))......))))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((..(((((......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).))))).....(((((((((....)))))))..)).))))).(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..(((....(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((...((((....))))...))))))))))))))....)))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))). |