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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00289



RNA: ASE_00289
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((((......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).))))).....(((((((((....)))))))..)).)))))..((((((.....))))))...(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....)))))))))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((......((((((((((((((.(((....))))))))))))..((((((((....)))))))).)))....)).......))))))).((((((((((...(((....(((((..(((((.(((((......(((((((((((((....)))))))...((((((..((((((((...)))))))).......((((...(((((((((.((......))))))))).))...))))..(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((...((((....))))...)))))))))))))).))))))......))))))))))).....)))))...)).)))...)))..)))).)))))).............(((............)))))))))))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((.(((((((.(((((((((................................))))))))).............((((...........((((((((((.....))))).((((....)))).......................(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))..(((((((....))))))).............))))).))))...............(((.........................................................................)))................((((((((....))))))))..........)))))))..........................................))))))))))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((...(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).))))))).........(((.(((((..............(((((.......)))))((((....)))).......................(((((((((....)))))))..)).......(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))..................)))))...(((....(((((((((.((((.......)))....))))))))))...((((((((((((((.((((((....))))).)))))))))))))))....)))......((((((((....))))))))..................(((.(((((....))))))))..........))).)).....))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((..........((..............................................)).........(..((((((..............(((((.......)))))((((....)))).........................((((..........))))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))).)................))))))..)..........................................................................................................((((((((....))))))))............................................................))))))......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((....)).......(((((((((((...........))))))))).))............(((.((((((((((..........(((((((((.......))))(((((....)))).)((...(((((...........(((((((((....)))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....))))))).)).)))..))))))))))))))...(((....(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))......((((((((....))))))))..................(((.(((((....)))))))).........))))))))....))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((...(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).)))))))........((((((((((..........(...(((((.......)))))((((....))))......................((((((((((....)))))))..)).).(...(((((((.....))))))).)(((((((....)))))))(((.((.....)).))))))))))..(((..(.((((((((((((((.......)))).)..))))))))).).((((((((((((((.((((((....))))).)))))))))))))))....)))....(.((((((((....)))))))).).....(.......)..(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..(((((((.(((((((...(((((((((.(((....))))))))))))....))))))).(((...)))[[[[..............))))))).......]]]]..(((((....)))))......(((((.........[[[[(((((((....)))))))...)))))...(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))....]]]]......((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((........(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).)))))))....(((.(((((((((...)))).....((((((((.......)))))...))).(((.((.(((((((((((..........(((((((((....)))))))..)).(((...((((((((...)))))))).)))...((((...(((((((((.((.....)).)))))).)))...))))..(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))..(((((......))))).)))).))...))))))))))............(((.(((((....)))))))).........)))))))).)).))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...........((((((...(((((((((.(((....))))))))))))..{{))))))..........}}.((((((..............(((((.......)))))((((....)))).........................(((((((....)))))))...........(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))...............<<<))))))..(((....(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))......(((((((([[[[))))))))..................(((.(((((]]]]))))))))............>>>......))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((((((((((((((((((((...........((..((............)))).....))))))............(((((...........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((..........((((((((((....)))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.(((....))).)))....))).......)))).)))))...(((........(..(((.((........(.((.............))..........).......)...........))))............)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).(((...............)))....................))))))))))...
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((.((((((..(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).))))))).............((((...)))).....))))))......(((((...(..(....)(.....).......).............(((((((....)))))))..)))))....((((((((...)))))))).((.(((((((...(((((((((.((.....)).))))))).))...)))...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))..(((((......))))).((....))........................(((.(((((....))))))))........)))).))....).))))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.......(((((........(((((((((...........)))))))))..((((((((....)))))))).((((((..[[[[[[[.(((((((((.......))))..(((((.............(((((.............((((((((..))))))))...)))))...((((((((...))))))))..(((((((....))))))))))))........))))))))))).........(((((((((......]]]]]]].......)))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))......)))))..((((((((....))))))))............(((...(((.(((((....))))))))...........))).......))))))))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((((((.((((((((..................................))))))))((((...)))..(((((...........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).)))))..((((.(......(((.........................................................(((((.....))))).)))....).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).).))))))))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((((((((((((((.((((((((..................................))))))))((((...)))...((((...........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((........(((((((((....)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))).)..)))..))))))))).))))(..(((((.......(((.........................................................(((((.....))))).)))....).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).........................((.(....).)..).).))))))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..((((.......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).))))).....(((((((((....)))))))..))..)))).(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((.((((((.((((((..(((((((((((.(((....)))))))))))).))..)))))).............((((...))))....)))))).......(((((...((((....)))).........................(((((((....)))))))..)))))....((((((((...))))))))....((((......(((((((((...........))))))).)).........(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((.((((((....))))).)))))))))))))))..(((((......)))))((([[[[))).......................(((.(((((]]]]))))))))........))))......)).))))))))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((((.....(((((((....................................................(((...)))...(((.................(((((.....))))).((((....)))).............................................(((......((...............))..((....(....)....))...........)))......)))..............................................................................................................(((...((....))...)))..........)))))))..................................((........))))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((((......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).))))).....(((((((((....)))))))..)).))))).(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))....(.((((((((....)))))))).)............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((...((......))..)).(((((((.(((((((((((.(((....)))))))))))).)).))))))).((...((((((((.((((...((......))..))))....))))..(((((....))))).))))....))..(((((((....(((((((....)))))))..((((.....(((((((.....)))))))..(((((((....))))))).........)))).((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........))))))..........)))))))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..((((.......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).)))))....((((((((((....)))))))...))))))).(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..((((...(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))....(.((((((((....)))))))).)............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((...((((..((((((((((((((((((((((.(...).))))))))))).)))))))))))...(((.(((((((((...)))..((..((.(((((((...)))))))))))((((((......).)))))((((..((...))(((((((((..)))))))))(((((.....(((((((....).))))))(((((((((...).)))))).))......))))(.(((((....))))))..((((((((((.((...............))))))))))))..((((((((((((((.(((((((..))))).))))))))))))))))))))).((..)).(((((((((..))))))).))...((........))..(((.((((((..))))))))).......).))))))))))))))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................((...(......(.(.(........).).)............................((......)).....................(....(..))................................................................((.......))....).....)).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..........((((((..(((((((((((.(((....)))))))))))).))..)))))).................................................((((....)))).........................(((((((....)))))))...........(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))...............(((((..((..((((...(((((((((.(((..(.....)....))))))))))))...((((((((((((((..(((((....)))))..))))))))))))))...))))....(.((((((((....)))))))).)............))..(((.(((((....))))))))..........)))))......))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((..(((((......(((((((((((.(((....)))))))))))).))...(((((.((...((((((((.((((...((......))..))))....))))...((((....))))..))))....)).))))).....(((((((((....)))))))..)).))))).(((((((.....)))))))..(((((((....)))))))))))).........((((((.(((..(((....(((((((((.(((.............))))))))))))...((((((((((((((...((((....))))...))))))))))))))....)))......((((((((....))))))))..............))).(((.(((((....))))))))..........)))))).....))))))))))).