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GCGGAAGACCGGAUGACCGCGGCGGCCCAUAGCUCCGUUUUUCGGAUAGCUGGGCCUCCGAGGAAAGUCCGGACUCCAUGAAGCAACGGUGCCGGGUAACGCCCGGCGGGGGCAACCCCAGGGAAAGCGCCACAGAGAACAGACCGCCCCGCUUGCGGGGUGAGGGUGAAACGGUGGGGUAAGAGCCCACCGCGGGACUGGCAACAGGACCGGCACGGCAAGCCCCACCGGGAGCAACGCCGAAUAGGGAUGCCGCGCCGCAACCGGAAACGGGGGACGGCAGGGGAGCUUCGCCCCGAGGUGUCCGGGUUGGCGGCUUGAGGCUGCGGGUGACCGCAGACCCAGAGGAAUGGUCAUCCAGGGGGCAACCCCGGACAAAAUCCGGCUUACAGGUCUUCCGCGCGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((((((((((((.....))))))))))))))))))....[[[.[[[[[((((..{{{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((..((((((((((....))))).))))).((((.}}}}}}))))..))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))((((((....))))))......]]]]]]]].).))))))))))....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((.((((((..((.(((..........................(((.)))..))).))...)))))).))..........................(((((.((((....)))).(((.....(((..............((((((....))))))...........((((((.......)))))).(((..(((....)))..)))....)))....))).)))))......(((......(((((((..(((.....(......)......))).((((.......))))..))))))).....)))........................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.....((((((..((((((.....)))..))))))))).....))...))))))...((.((((((..(((.(((((((...))))))).((((...((((..(((....((((............(((((((....))))))).((((....(((((((((....(((..(((.....(((....)))...)))...)))..))))))))).((((..((((((....(((((((..((((...(((....)))....)))).((((.......))))..)))))))...))))))))))....((((((....)))))))))).......))))..)))..))))...)))).........))))))).)))))))))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((.....................)))))))))).............................((((((((...))))))))....................................(((((((....))))))).........(((((((.......)))))))..............................................................................................................................................................)))))))))................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((.......................))))))))).............((((.........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((..)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((...............................................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((.......................)))))))))..........................((((((((((.....))))))((((....)))).........(((.............((((((((..)))))))..)........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......)))).......((((......((((((...(((((...............))))).(((((.....)))))...)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))).................................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((.((((((..((((((.....))))..)))))))).)))......((((((((.((.............(((((((...)))))))((((....)))).........................(((((((....))))))).........(((((((((....(((.....(((..(((....)))..)))....)))..)))))))))..........................((((...(((....)))....)))).((((.......))))..)).)))))))).........(.((((((((....)))))).)))........)))))))).((((....))))(((.....)))........)))))))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(.((((((...................................)))..............................(((((((...)))))))((((....))))..........................((((((....))))))..........(((((((((....(((...(.(((..(((....)))..))))...)))..))))))))).((((..((((((....(((((((..(.......................)..((.........))...)))))))...))))))))))..(.((((((....)))))).)...................((((....))))..........))).)....)))))))))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....((.(((.((((((..((((((.....)))..))))))))).))).)).(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((((((....))))))..)).......((((((.......))))))((((..(((....)))..))).)..)))..)))))))))))))....(((.........(((((..(.....(((....))).)..)))))((((.......))))..)))(((((((...((.........((((((....)))))).(((...(((.......)))..)))))...)))))))....)))))))).).)))))))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((.((((((..((((((.....))))..)))))))).))).....(((((((((.((.............(((((((...)))))))((((....)))).((.......))............((((((((....)))))))..)......(((((((((....(((.....(((..(((....)))..)))....)))..)))))))))(........)(.....).........((((...(((....)))....)))).((((.......))))..)).))))))))).....((((.((((((((....)))))).))).)))...))))))))).((((....))))(((.....)))........)))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((((((((((...........................)))))))..............(((.........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((............(((((((((..)))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......))))))))((..((((.(....(((((((..(.((....(.......)....)).).((((.......))))..)))))))...).))))))....((((((((....)))))))).........)))))))..(((((....)))))..................)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.....(((.((((((..((((((.....)))..))))))))).)))......))))....(((..........[[[(((((((...)))))))((((....))))..)))....]]].............(((((((....))))))).((((....(((((((((....(((.....(((..(((....)))..)))....)))..))))))))).((((..((((((....(((((((..((((...(((....)))....)))).((((.......))))..)))))))...))))))))))....((((((....))))))))))...(((..[[[[.))).((((....))))(((.....)))]]]]....)))))))))).... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.(((.((((((..((((((.....))))..)))))))).))).))...))))))...((.((((((..(((.(((((((...)))))))((((....)))).((.......)).............(((((((....))))))).((((((..(((((((.......)))))))(((..(((....)))..)))...(((((..(((...(((........)))....))).))))).((((((((((((..(((((((.(((......))))).))))).....))).)))).)))))(((.((((((((....)))))).)))))........)))))).((((....)))).........))))))).)))))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((.((((((..((((((.....))))..)))))))).)))........((....................(((((((...)))))))((((....)))).........................(((((((....))))))).........(((((((((....(((.....(((..(((....)))..)))....)))..))))))))).......[[[[[[....(((((((..((((...(((....)))....)))).((((.......))))..))))))))).]]]]]]......((((((((....)))))).)).........)))))))).((((....))))(((.....)))........)))))))))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((((((((........((.........))......))))))).............((((.........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((....))))))..)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((..((..(((((((.............................((.((...)).))...)))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).(((.(....).)))..................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.(((.((....(..((.(..........))).)...)).))).))...))))...((((.........(((((((((((...))))))).(((....)))..(((....(((((..........(((((((((....))))))..)).)......(((((.(...).)))))..((((((((....))))))))...)))))...)))))))))))..((.((.......((((((.(.((((((.((....)))).).)))..((((((...))))))).)))))).((((......((((.((((((((....)))))).))).)))........((...((((....))))..))...))))))))....)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((.(((.((((((..((((((.....))))..)))))))).))).))...))))............((......(((((((...)))))))((((....)))).((.......)).............(((((((....))))))).(((((...(((((((.......)))))))(((..(((....)))..)))...(((((..(((...(((........)))....))).))))).(((((..(((((..(((((((.(((......))))).))))).....)))))....))))).((.((((((((....)))))).))))..........))))).((((....))))(((.....))).)).....)))))))))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((....((((.....))))....))))))((((.........))))((((...........(((((((....(((((((((((((...))))........)))).............((((((((..)))))))).)))))...(((((((.......))))))).....(((....)))..))))))).....[[[[[....)))).................)))))(((((..(((((..(((((..................))))).....)))))....)))))......((((((....))))))............))))))))..]]]]]....(((((.....)))))......)))))))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((.(((((.......................))))).))).......(((((...((..........)).(((((((...)))))))((((....)))).(((.....(((...........(((((((((....))))))...)))....(((((((.......)))))))(((..(((....)))..)))....)))....))).))))).....((((((....(((((((..((((...(((....)))....)))).((((.......))))..)))))))...)))))).(((..((((((((....)))))).))..)))....)))))))).((((....))))...................)))))))))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((.........................................((.....))...((((..........(((((((((.....)))))....(((...............)))............).)))..........((...((((.....((((((.......)))))).(((...((....))...))).........))))..)).))))...((((......(((((.................................................))))).....))))))........((((....))))..............)))))))......................(...)......)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((.........................))))))))((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.............................(((((.....)))))...))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))................((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.............................)))))).(((...)))((.((((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((..)))))))..))))(....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((..(...(((((((............................(((((.....)))))..)))))))...).))))).....((((((((....)))))))))).......)))))))).........(....).........)).((...))))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((.........................))))))))((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((..)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.............................(((((.....)))))...))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))................((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((.............................)))))).(((...)))((.((((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((..)))))))..))))(....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((((....(((((((............................((((.......))))..)))))))...))))))).....((((((((....)))))))))).......))))))))........................)).((...))))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((.............................)))))).(((...)))((.((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((((..........(((((((((..)))))))..)))))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......))))))))))))((..((((......((((((..............................(((.......)))....)))))).....))))))..).((((((((....))))))))))........))))))(...................)...))).((...))))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.(((.(((((..(((((((.....))))..)))))))).))).)).(((.(((((..((((...((..(((.((((((.....)))))).(((((..((....)).....(((.............(((((((....)))))))...(((...(((((((.......)))))))(((..(((....)))..))).))))))..))))).)))...))..((((((....(((((((..((((...(((....)))....)))).((((.......))))..)))))))...)))))).(((..((((((((....)))))).))..)))..))))...(((.((((....))))))).....))))))))...)))))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((.....(((.((((((....((((.....))))....)))))).)))......))))........((((((......(((((((...)))))))((((....)))).........................(((((((....))))))).........(((((((.......)))))))(((..(((....)))..)))...(((((..(((...(((........)))....))).))))).((((((((((((..(((((((.(((......))))).))))).....))))).)).))))).((.((((((((....)))))).))))................((((....))))(((.....))).)))).)))))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((...........................................(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....))))............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).......................................................................................(((...((....))...)))..........))))))).........................((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((.......................))))))))).((....(((((.((((.........((((((((((.....))))).((((....))))..((......))................................((((.....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).........))))))))))))).....))......((((((...((((.................))))..(((.......)))....)))))))))............((((((((....))))))))))........))))))).........................(.....).)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.(((.((((((..((((((.....))))..)))))))).))).)).(((.(((((..((((...((..(((.((((((.....)))))).(((((..((....)).....(((........((..((((((((....))))))).)..))...(((((((.......)))))))(((..(((....)))..)))....)))..))))).)))...))..((((((....(((((((..(((((..(((....)))..).)))).((((.......))))..)))))))...)))))).(((..((((((((....)))))).))..)))..))))...(((.((((....))))))).....))))))))...)))))))))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((((.....((.(((.((((((..((((((.....))))..)))))))).))).))....(((...(((..((..((......((((((.....))))))((((....)))).......))..))..))).......(((((((....))))))).((((....(((((((((....(((.....(((..(((....)))..)))....)))..))))))))).((((..((((((....(((((((..((((...(((....)))....)))).((((.......))))..)))))))...))))))))))....((((((....))))))))))...))).))))).(((.((((....))))))).....)))).((....))............ |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((.((((((...((((((((((..(((...((((((.((....))..))))))..)))..)))))..((((((((((.....))))))((((....)))).(((...(((((.............(((((((....)))))))...(((...(((((((.......)))))))(((..(((....)))..))).))))))..))))))))))))))............(((((((.((((((..(((....)))..).)))).((((.......))))).))))))))))))).)).(((..((((((((....)))))).))..)))....)))))))).((((....))))(((.....)))........)))))))))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.(.(((..))..(((((((.((((((...))))).)))))))))(((..)))(((.(((((((.(..)((..))((.(........))).(((.(((((((((((((.((..(.(.((((...(.(.((...((((((((..))))))))....))...(((((((((..)).)))))))(((..((((..))))..)).)..(((((...((((((.............))).))).)))))..((((((((((((((((((.((........)))))))..((..))))))).))))).))))(((.(((((((((..))))))).)))).))...))))).))).))))))))))))).).))))))))))))))))))))))))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...........................................................................................................................................................................................................................................................................((.....................(.....(.................................)).........................((.(...))).....(.........)......))..)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((........(....((..........................................((.............................................................................................)))))......)....(....................((..(....(.....(.(..........).).......)..).................)).....).......(((((.(.(((..((...)))))..).)))))..........((..........(....).........))..(...((((...(..............).........))))..).)))))))))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.(((.((((((..((((((.....))))..)))))))).))).)).(((.(((((.................(((((((...)))))))((((....))))....................((..((((((((....))))))).)..))...(((((((((....(((.....(((..(((....)))..)))....)))..))))))))).......((((((....(((((((..(((((..(((....)))..).)))).((((.......))))..)))))))...))))))......((((((((....)))))).))..............(((.((((....))))))).....))))))))...)))))))))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.(((.((((((..((((((.....))))..)))))))).))).(((...)))...((((.........(((((((((((...)))))).((((....)))).(((.....(((...........(((((((((....))))))...)))....(((((((.......)))))))(((..(((....)))..)))....)))...))))))))))))...((((((....(((((((..((((...(((....)))....)))).((((.......))))..)))))))...)))))).(((..((((((((....)))))).))..)))....)))))))).((((....))))((.......))........)))))))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.(((.((((((..((((((.....))))..)))))))).))).)).(((.((((((((..((..((......((((((.....))))))((((....)))).......))..))..))).......(((((((....))))))).((((((..(((((((((....(((.....(((..(((....)))..)))....)))..))))))))).......((((((....(((..((..((((...(((....)))....)))).((((.......))))..))..)))...)))))).(((..((((((((....)))))).))..)))......)))))).((((....))))........))))))))...)))))))))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((((((.((((((....((((.....))))....)))))).(((.((....))))).(((...........(((((((((.....))))..((((....)))).......))))).............(((((((....))))))).)))..........((((....)))).))))))..((((........))))..((((...................)))).....(((((((..((((.................)))).((((.......))))..)))))))....(((.(((.....)))((((....)))).(((.((......)))))..))).(((....))).(((.....)))........)))))))))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
