RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00294

RNA: ASE_00294
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((((((.(((((((..(.(((....)))))))))))....[[[.[[[[[((((.{{{{{{{.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............(((((((((((((((((...)))))((((((((((((((((....))))))))))))))))((((....))))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...(((((..((((((((....)))))..)))))))).((((.}}}}}}}))))))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))(((((((((((((....)))))))))))..))......]]]]]]]].).))))))))))
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.(((((((..(.(((....))))))))))).))...))))..(((((.............(((((((...))))))).(((....)))..(((....(((((............((((((((((((((((...)))))...((((((((.((((....)))).))))))))...((((....))))))))))......)))))....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))...)))))...)))....)))))....(((.....(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........))))))))))).....((((....(.((((((((....)))))))).).((((....((....))(((((((.(((....))).)))))))))))....)))))))......))))))))))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((..((.(((((((....(((....))).))))))).))...))))))..................(((((((...)))))))((((....))))..........................((...........)).............................................................................((((((.......)))))).((((.(((....))).))))......................................................................................................................................................................................................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((....((((....((((....))))...))))((((((((((...((((((....(((((.....)))))))))))..(((((.((((((((((((((........((((...........((((((((((((.(((((...)))))...((((((((..(((....)))..))))))))..........))))))..)))).))...(((((...((((((.......))))))...)))))))))..))))...(((((((.((((((..(((........))).....(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........))))))))))).))..)))).(((..((((((((....))))))))...))).....))))).))...))))))))))..))..)))....))))......)))))).....))))))))))
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((((...............))))))).................................................................................................................................................................................((((((.......)))))).((((((((....))))))))...................................................................................................................................................)))))))).................................................))))))))))
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.(((((((..(.(((....))))))))))).))...)))).......((((.....))))(((((((...)))))))((((....))))..........................((.((((((((((((...)))))...((((((((.((((....)))).))))))))...((((....))))))))))).))....((((...((((((.......))))))...))))((....))..((((((.................((((..((((......(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........))))))))))).....))))))))(.((((((((....)))))))).).........))))))..(((((((.(((....))).))))))).....................))))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.(((((((....(((....))).)))))))..............(((.............(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((............((((.(((.....................................................................))).))..)).......((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))))...)))....)))((...(((......(((((((...((((.....((((........)))).....)))).((((........))))))))))).....))).))..(.((((((((....)))))))).)........)))))))..(((((((.(((....))).))))))).....................))))))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.....((.(((((((....(((....))).))))))).)).(((.(((((((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((............((((.((((((((((((...)))))...((((((((.((((....)))).))))))))...((((....))))))))))).))..)).......((((((.......))))))(((((.(((....))).)))).)..)))..)))))))))))))...((((......(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........))))))))))).....)))).(((..((((((((....)))))).))..))).............(((((((.(((....))).)))))))..........)))))))).).))))))))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.(((((((..(.(((....))))))))))).))...))))(((....((((.....))))(((((((...)))))))((((....)))).((.......))............((((.((((((((((((...)))))...((((((((.(((((..))))).))))))))...((((....))))))))))).))..))((((...((((((.......))))))...))))((....))..((((((..((......)).....((((..((((..((..(((((((...(((((....(((((((..)))))))....))))).((((........)))))))))))..)).))))))))(.((((((((....)))))))).).........))))))..(((((((.(((....))).)))))))..........)))........))))))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((..((((((.((.((((..(..((....)).))))).))............(((((.........(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((..............((.(.(((............................(((....)))...........................))).).))...........((((((.......)))))).((((((((....))))))))....)))......))))))))))..((((......((((((................(........).............((((........)))).)))))).....))))......((((((((....))))))))..........))))))..................................................))))))))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((....(((((((....(((....))).))))))).(((..[[[[[[..)))((((.....)))).]]]]]]..)))))(((((((....)))).[[[.....)))...............]]]........(((.[[[[.)))..((((((((.((((....)))).))))))))...((((....))))....]]]].....((((....((((((.......)))))).((((.(((....))).)))).............))))..(((((..(((......(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))...((((...[[[[[....(((((((.(((....))).)))))))))))........]]]]]....))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((....((((..((.(((....)))))..))))((((((((((...((.((..((((((((.....)))))((((((...)))))).((((....)))).((.......))...)))..)).))((((((((((((((((...)))))...((((((((.((((....)))).))))))))...((((....))))))))))......)))))....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))...(((......))).(((........))).....(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........))))))))))).(((..(((.(((..((((((((....)))))).))..))).))).))).....(((((((.(((....))).)))))))))))......)))))).....))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((([[((.(((((((....(((....))).))))))).))...))))....................(((((((...)))))))((((....)))).........(((.................((((((((((((...)))))...((((((((.((((....)))).))))))))...((((....)))))))))))..............((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....)))............(((((..(((......(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........))))))))))).....))))))))..((((((((....))))))))............]].....(((((((.(((....))).))))))).....................))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((.((((((((((((((.(.(........))...)))))).............((((.........(((((((((((...)))))))((((....)))).........(((...........(((((((((..............................(.............((............))........)))))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......))))))))....(((...(..(((((((.........((.............................((((...)).)))))))))))..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).(((.(.(....(....)....)..)))..)..................))))))))).
MXScarna(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((.(((((((...((((....))))))))))).))...))))..(((((.........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((...........(((((....(((((...(......................((....))......)..........)........))))....))..)).).....((((((.(...).)))))).((((((((....))))))))....))))...))))))))))))..((((.......((((((...((((.....((((........)))).....)))).(((((......)))))))))))..(((..(((.((((.((((((((....)))))))).).)))....))).(((..(((((((((((....)))))))))))...)))...))).))))....))))))))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((...(((((..(.((((....)))))..)))))(((((..(.......)..(((((.........(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((............((((((((((((((((...)))))...((((((((.((((....)))).))))))))...((((....))))))))))......)))))....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))...)))))...))).))))))))...(((......(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........))))))))))).....)))..(((..((((((((....))))))))...))).............(((((((.(((....))).)))))))..........)))))......))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((....((((....(((((..)))))...))))((((((((((...((((((....(((((.....)))))))))))....(((.(((((((((((((..)))...((((.........((((((((.((((((((((((...)))))...((((((((.(((((..))))).))))))))...((((....))))))))))).................)))))......[[[[[[[.)))(((....))).((((((.((((.......)))).((((((.(((......(((((((...(((((....(((((((..)))))))....))))).((((........))))))))))).)))...))))))..((((((((....))))))))...........)))))))))).))))))))))..))).]]]]]]]))))......)))))).....))))))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.(((((((....(((....))).))))))).)).(((.(((((.................(((((((...)))))))((((....)))).(((....((((..................((((((((..............((((((((.((((....)))).)))))))).............))))))))...............((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....))))...))).....((((..((((......(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).................))))))).....))))))))..((((((((....))))))))(((......)))...........(((.(((....))).)))..............))))))))...))))))))))
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((...................))))).((....((((((((((...(...).(((((((((((...))))))...............((....((((..........................................................................................................((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))))...)))))))))))).....(.....)..................................................................)))))............((((((((....)))))))))).......)))))))).........................................(.....).))))))))))
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((((((((((..mmmmm(...fff.))))))).((..((((((((.jjj.jj(...kkkkkkkkjjjjj(lllll(.bbbbbbbbbb..)).jjj....jjjjj....j(()F..iiFFMiiiiiiii(ee(.ggggggg)))jjjjjjj(.dddd)))))))).JJJJJJJJ.{(<<<<<<..<()GGGGGGGE.<<<<<<<<<<(..((((((oo.....))))))ccccccc(hhhhhhEIhhhhhhh.)))JJ...JJJ.{{{{{.OO....JH...JH(((((nnnnnnnn)BBB..)HHHHH)II.IIIIIII)B..BBBHH..)HHHHCCC..DDDD.CCCC>>>>>>>..>>>>>>JBBBLLLLLJJJ......JJ))))).aaa...))))))))MMMM.KKKKKKKKJJ..JJJ.NNNNNNNNAAA......}}}}}>>>>}.))))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((((.............))))))))((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((...................................................................)))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(.(..((((((.......................................(((((......))))).))))))..)).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))................................((.(....).)..).).))))))))))
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PPfold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((.............)))))))).(((...)))..(((((.........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((((...............................................................)))))))))...))))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((......((((((.......................................((((........)))).)))))).....)))).)..(.((((((((....))))))))).........))))))).................................(.......).....).))))))))))
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((((((..((.(((((((....(((....))).))))))).))...))))))(((((.(((.....))).(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((............((((((((((((((((...)))))...((((((((.((((....)))).))))))))...((((....))))))))))......)))))....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))...)))))...)))....)))))....))))....(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........))))))))))).(((..(((.(((..((((((((....))))))))...))).))).)))..........((.(((....))).))..)).((...........((((....))))))....
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((..(((((((((.(((....))))))))))))(........)(((.((((((..(...).((..(((((((((((...)))))).(((((((((((..))).)))).))))......((..(.((((((((((((.((((.((((((((((((((((..((((..))))..))))))))...(((((..))))))))).).)))))))))))..))))).))))..))..)))))..).).(((((((((((.(..(......))))))(((((((.......(........).(((((.(((((((...((((((..))))))...)))))))......))))).(((..))))))))))...))))).)).((((((((...).)))))))(((......))).((((..(((((((.((((..))))).)))))..)..))))).))))))))..)))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(..........(.(.........................(..)...................).)..............((....(....)))..................................((.......)).........)))))
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Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.(((((((..(.(((....))))))))))).)).......................(((((((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((............((((((((((((((((...)))))...((((((((.((((....)))).))))))))...((((....)))))))))))......))))....((((((.......))))))(((((.(((....))).)))).).)))))...))))))).((((...(((...(..(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........)))))))))))..)..))).))))..((((((((....))))))))...................(((((((.(((....))).))))))).....................))))))))))
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UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((......((.(((((((....(((....))).))))))).)).(((.(((((.((...((((...(((.(((((((...)))))))((((....)))).(((....(((((............((((((((((((((((...)))))...((((((((.((((....)))).))))))))...((((....))))))))))......)))))....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))...)))))...))).))).(((((..(((..((..(((((((...(((((....((((((....))))))....))))).((((........)))))))))))..)).))))))))..((((((((....))))))))(((......)))..)))).(((((((.(((....))).))))))).......)).))))))))...))))))))))

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