RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00295

RNA: ASE_00295
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((....))))))....{{{.{{{{{((((.[[[[[[[.((((((((((.....)))))(((((((....)))))).)((...(((((............((((((((...))))))..)).......((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))...((((......((((((((((((((((((....))))))))))(((((.]]]]]]].)))))..)))))))).....))))......((((((((....))))))))..........)))))))((((((....))))))......}}}}}}}}.).))))))))))....
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...(((((.........((((((....))))))....(((.(((((.((((........(((((..(((((((...(((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...)))((((.(((....))).)))).....))))))).)))))..(((..((((..((..((((((((((((((((((....)))))))))).((((.....)))).......))))))))..)).)))))))...((((((((....)))))))).)))).......(((..((((((....)))))).)))..))))))))...))))).......))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.((((((((((((((....)))))).....(((((((......((((((((.((((((.((((((..((((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...))))...)))))).....(((.....((((.......))))..)))...........)))))).((((((((((((....))))))))).)))...)))))))).))))))).....((((.....))))...(((((((((....)))))).))).......))))))))((((((....))))))...))..)))((((((.......))))))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((((((....)))))).............((((.........((((((((((.....))))).((((........))))........................((((((((...))))))..)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))))))).............((((((.................................................))))))...............((((((((....))))))))..........))))))).................................))))))))))....
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((..(((((.........((((((....))))))......(.(((((................((((((.......))))))(((........)))..(((.....(((...........(((((((.......))))...))).....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....)))....))).......((..((((......(((((((...............................................))))))).....))))))....((((((((....))))))))..................((((......)))).......)))))).....)))))..)).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((...(.((((((....)))))).)..(((.(((((((((.........(((((((((.......))))..(((((....)))))...((...(((((............(((((((.....)))))..)).......((((((.......)))))).((((.(((....))).))))....)))..)))))))))))))...((((......((((((((((((((((((....))))))))))((((...........))))..)))))))).....))))......((((((((....)))))))).................((((((....))))))......)))))))).............))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((.((((((....))))))......(((())))(((())))((((...((((((.......))))))(((((....))))).........))))...........(((((((((...))))))..)).).....((((((.......)))))).((((.(((....))).))))...((((.......)))).((((..((((..((..((((((((((((((((((....))))))))))((.(((((....)))))))..))))))))..)).)))))))).(((((((((....)))))))).)........)))))))((((((....))))))..........((((((.......))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((((.((.((((..)))).))..........................(((((((((((...)))))).((((........))))..........................(((.((...)).)))...........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................(((((...................................................)))))...............((((((((....))))))))..........))))))).........................(.....).))))))))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........((((((....))))))........(((((.....((((((((((((((((((((((...(((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...)))((((.(((....))).)))).....)))))))......................)))))))..((((((((((....))))))))))......)))))))).......((((.(((((....(((.....(((((((((....)))))).))).)))......))))).(((((....)))))))))...)))))......))))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((((((((((....))))))........(((..(((....)))...))).(((((.......)))))((((((....)))))).(((((..(((((((.......(((((((((.....)))))...))))......)))))))..)))...)).((((.(((....))).))))...((((.......)))).((((..((((......((((((((((((((((((....)))))))))).((((.....)))).......)))))))).....)))))))).(((((((((....)))))).))).......))))))).((((((....))))))..........((((((.......))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.(((((((.((((((....))))))........<<<<<..........(((...((((((.......)))))).{{))).....}}.....(((..((((..............(((((.....)))))...........[[[[[))))..)))]]]]].((((.(((....))).))))...................((((..((((......((((((((((((((((((....)))))))))).....................)))))))).....))))))))..((((((((....))))))))..........)))))))((((((....))))))......>>>>>......))))).........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.((((((((((((((....))))))............(((((.........(((((((((((...)))))))((.((......)).)).........(((...........(((((((.(...).))))..)).)......(((((.......)))))..((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..(((((((...................(((....((.............))))).)))))))..)..))).....(..(((((((....))))))).)........)))))))).................................))))))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..((((((.((((((....)))))).((.....))...(((....))).......(((((.......))))).(((((....)))))....(((..(((((((.......(((((((((.....)))))...))))......)))))))..)))......((((.(((....))).))))...((((.......)))).((((..((((......(((((((.((((((((((....))))))))))..((.......)).........))))))).....)))))))).(((((((((....)))))).)))........)))))).((((((....)))))).................))))).........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.((((((((((((((....)))))).....(((((((......((((((((((((((((((((((..((((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...))))........................)))))))......................)))))))..(((((((((((..)))))))))))......)))))))).))))))).....((((.....))))....((((((((....)))))))).........))))))))((((((....)))))).................))))).........
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((..iiiii.iiiiii((((((((.aaa.aaaaa(.....[[(((((hhh(.llllllllll.llllllll(.{{)))))..ffffffffffffffffffff(..(((((((((...)Ljjj(((((((<<<)))))).kkkkkkkk.kkk))))))))HHH...LLLLLLLbbbbbb...LL.))))))))((((eeeeee.))))..)FF..cccc...)))((((((((((((((((((())))))))))))KKKEEEELLLLLLLL.)AA..)))))))))..(((CCCC.FFFFFFFFFF..)KKK...KKKKKJJJ..>>>..EEIIIIII.AAAddFFFFFFFF.)))...DDBBBBBBAAA.IIIII..}}.]]..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((....))))))((((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((........)))).)((...(((((.((.........((((((((...))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((.(....((((((.................................(((((.....))))).))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))................((.(....).)..).).))))))))))....
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((.((((((....))))))((((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((........)))).)((...(((((.((.........((((((((...))))))..)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((.....((((((.................................(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))................((.(....).)..).).))))))))))....
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.[[[.....((((((....))))))....(((.(((((.(((.(((((((((((((..(((((((...(((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...)))((((.(((....))).)))).....))))))).))))).......................((((((((((((....)))))))))).))...))))))))............(((((.((.(((.....(((((((((....)))))).))).)))...)).)))))((((((....))))))..))).))))))))...))))).....]]].
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.((((((((((((((....)))))).(((...))){{{((([[[[))).]]]]..(((((aaa....)))))((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))......((((.(((....))).))))...((((AAA....)))).((((..((((......((((((((((((((((((....)))))))))).((((.....)))).......)))))))).....)))))))).(((((((((....)))))).))).......))))))))((((((....))))))......}}}.<<<<<<.))))).>>>>>>..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.((((((((((((((....)))))).....(((((((......((((((((((((((((((((((.......((((((....))))))...((((((.............((((((((((...))))))...))))....((((((.......)))))).....))))))...............)))))))......................)))))))..((((((((((....))))))))))......)))))))).)))))))......(((((.....))))).((((((((....)))))))).........))))))))((((((....)))))).................))))).........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((.....(((((((..................(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((........))))...........................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).........................................................................................(((...((....))...)))..........))))))).........................((........))))))))....
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........((((((....))))))....(((.(((((.(((.(((((((((((((..(((((((...(((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...)))((((.(((....))).)))).....))))))).))))).......................((((((((((((....))))))))).)))...))))))))............(((((.((.(((.....(((((((((....)))))).))).)))...)).)))))((((((....))))))..))).))))))))...))))).........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.....(((((((((((((((((....)))))).(((...)))...(((....)))...(((((..(((((((...(((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...)))((((.(((....))).)))).....))))))).))))).((((..((((..((..((((((((((((((((((....))))))))))...(((((....)))))....))))))))..)).)))))))).(((((((((....)))))).))).......))))))).)))).....)).((.....)).....((((((.......))))))..
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...(((((.........((((((....))))))....(((.(((((.(((.((((((((((((((((((((((...(((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...)))((((.(((....))).)))).....))))))).......((......)).....)))))))((((((((((((....)))))))))).))...))))))))........(((.(((((.((.(((.....(((((((((....)))))).))).)))...)).))))).(((((....))))))))))).))))))))...)))))....))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((((..((((((..((((...))))..).)))))..))))..(..)((((..))))..((((((.(((((((((.(((..((((((....))))))))).(((((((((((.(((((...((((((((...))))))..))...))))).)))))))))))......(((((.((((..)))).)))).).).))))))))))))))((((..((((.((..((((((((((((((((((((..)))))))))))(((.............)))..)))))))))..))))))))))(((((((((((..))))))).)))).....(((((((.((((((......)))))))))))))(.........).((..)))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................(..(..(((........))))).......((........(.......)....(.(......))...................).)..............(..............)................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((.........((((((....))))))....(((.(((((.((..((((((((.((((..(((((((...(((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...)))((((.(((....))).)))).....))))))).))))........................((((((((((((....)))))))))).))...)))))))).............((((.............((((((((....))))))))............))))..(((((....)))))....)).))))))))...))))).........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...(((((.........((((((....))))))....(((.(((((.(((.........(((((..(((((((...(((.((((((....))))))...(((..(((((((.......((((((((((...))))))...))))......)))))))..)))...)))((((.(((....))).)))).....))))))).)))))...(((.((((..((..((((((((((((((((((....)))))))))).((((.....)))).......))))))))..)).)))).....(((((((((....)))))).)))...........))).((((((....))))))..))).))))))))...)))))....))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((..(((....))).(((....)))........(((((.....(((((....))))).(((((.......))))).(((((....)))))..)))))...)))).........((((((((.......))))...))))....((((((.......)))))).((((..((((.....))))....((((.......))))....................)))).((((((((((....)))))))))).((((.....))))...((((.(((..((((.....))))....((((((((....)))))))).............))).((((((....)))))).....)))).((((((.......))))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((..(((....))).(((....)))........(((((.....(((((....))))).(((((.......))))).(((((....)))))..)))))...)))).............(((((.....))))).(((((((...((((((.......)))))).((((..((....))..))))...((((.......))))....................)))).((((((((((....))))))))))..[[[[.((((((((.....)))....((((.....))))..)))))..(((....))).[[[)))..]]]..........((((((....)))))).....]]]].((((((.......))))))..

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