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| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((................................))))))).............................((((((((...))))))))...............................................................................................................................................................................................................................................)))))))))......................................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((............................))))))))).............((((.........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((((((...))))))))..)........((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............)))))))))...((((......((((((.........................(((((....))))).)))))).....).)))......((((((((....))))))))..........))))))).......................................................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((.(((((((.(((((....................................)))))............(((((.............(((((((...)))))))((((....)))).........(((............((((((((.......))))))..)).......((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))....)))...........))))).....(......(((((((..(((............))).....(........)...))))))).....)..........((((((((....))))))))..........))))))).......................................................))))).)))).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((((((.))))))))))..)....)))))).................((((((((...)))))))).))))))(((())))....))..)).))))))...(((((((((.....)))))))..))(......((((((.......))))))((((.((((....))))..))))........)((....))..((..((((......(((((((..(((((((....)))))))..)((((((....)))))))))))).....).))))())(.((((((((....)))))))).)........)))))))).((((((((.(((((....))))).)))).)))).((.......))........))))).)))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((................................))))))).(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((((...))))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.........................((((((..)))))).))))))..)).).)))....(.((((((((....)))))))))........))))))))..(......................................(....)).....).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((................................))))))).(((...)))..(((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........((((((((((...))))))))..)).))....((((((.......))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((..((..((((((.........................(((((....))))).))))))..)).).))).(..(.((((((((....)))))))))..).....))))))))..(......................................(....)).....).)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((................................))))))).(((...)))...((((.........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.(((((((...)))))))...)).))....((((((.......)))))).((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((.........................(((((....))))).)))))).....).)))))..(.((((((((....))))))))).........))))))).......................................(.(....).)....).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((.....((((.....((((.(((((.(((((((((...)))))))))..((.....)).)))))...))))..)))).(((((((....(((((.((((....((....))....(((((..........((((((((((.....)))))))...))).....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))...)))))..)))).))))).((............(((((((..(((((((....)))))))....(((((....)))))))))))).(((.(((((.(((((((((((((....)))))).....((((.((((......)))))))).....))))))).))))).))).)).........))))))).....)))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((.(((((.[[[........((((...(((((((((...)))))))))........)))).[[[[[.[[[.........(((((((...)))))))((((....)))).[[[....[[[[[..)))))...((((((((((.....)))))))...))).....((((((.(....)))))))((((.((((....)))).))).).]]]]]...]]].]]]]]]]]............(((((....(((((((....)))))))..(((((((....)))))))))))).....(((((.(((((((((((((....)))))).....((((..(((......))).)))).....))))))).)))))..........]]]...............)))))))))).... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((................................................(((...)))...(((...............(((((.....))))).((((....))))...............................................(((......((...............)).((....((....))....))...........))).....))).................................................................................(((...((....))...)))..........)))))))...............................................((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.(((((((((............................))))))))).)).(((.(((((.((..........((((((((((.....))))).((((....))))...............................................((((.....((((((.......)))))).(((..(((....)))..))).........)))))))))((.((..(((...((..((((((........................................))))))..))...)))))....((((((((....))))))))............))............................................)).))))))))...)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((.....((((.....((((.(((((.(((((((((...)))))))))..((.....)).)))))...))))..)))).(((((((....(((((.((((....((....))....(((((..........((((((((((.....)))))))...))).....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))...)))))..)))).))))).((............(((((((..(((((((....)))))))....(((((....)))))))))))).(((.(((((.(((((((.(.((((..(((((.(..(((......)))....))))))..))).).)))))))).))))).))).)).........))))))).....))))))))))).). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((((((((.((..(((((((((((((.(((((((((...)))))))))..((.....)).))).)).((......))..((((((.....))))))))))))))((....))........)).))))))...(((((((((.....)))))))...((((....((((((.......))))))((((.((((....))))..))))..((....)).))))))((((............(((((((..(((((((....)))))))....(((((....))))))))))))((((.((.((((((..((((((((....)))))(((((.((((.((((......))))))))(((.....))))))))...))).))))))))...)))).))))...))))))))))).). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((((.((((((.......(((((((((.(((((.((((....(((((.((..)).)))))...)))))))).).).))).)))))..((((((((((((((((((((((......((((........))))((((((((.((....)))))))..)))....((((((((((..)).))))))))((((((((....(((((..((..))..).)))).)))))..)).)......)))))(((((..((((((((..))))))))..))..))).).))).)).))).)))))).))...))).))(((((((((..))))))))).((..)))))))))))))(((((.................).))))(((((........)..))))......))))).)))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((................................................................................................................................................................................................................................................................................((........(.(((....))).)..............................................(((......................))).(......)...................................)).)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.(((((((((((.....((((.....((((..((((.(((((((((...)))))))))..((.....)).))))....))))..)))).(((((((....(((((.((((....(((...........................(((((((.....)))))))..)))......((((((.......))))))((((.((((....))))..))))........)))).)))))...............(((((((..(((((((....)))))))....((((......))))))))))).(((.(((((.(((((((.(.((((..(((((....(((......))).....)))))..))).).)))))))).))))).)))............))))))).....))))))))))).). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((....((((((((((((.....((((.((((.....))))..))))...))))))).(((...)))..(((((.(((.........(((((((...))))))).(((....)))..(((....(((((..........((((((((((.....)))))))...))).....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))...)))))...))).))))))))..(((.......(((((((..(((((((....)))))))....(((((....)))))))))))).......)))......((((((((....))))))))(((......)))...(((.((((((((.(((((....))))).))).))))).))).......)))))....))))).)))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((.....((((.....((((.(((((.(((((((((...)))))))))..((.....)).)))))...))))..)))).(((((((....(((((.((((...(((((.((.....(((........)))..))(((((((.....))))))).))))).....((((((.......)))))).(((.((((....)))).)))..........)))).))))).((............(((((((..(((((((....)))))))....(((((....)))))))))))).((..(((((.(((((((((((((....)))))).....(((((.(((......)))))))).....))))))).)))))..)).)).........))))))).....)))))))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((....))))...((((.......((((.......((((((((.....))))))))........((((.......))))........((((((.....)))))).(((....)))..))))...((((..............(((((((.....)))))))..((((.....((((((.......)))))))))).((((....))))...)))).(((.......))).)))).............(((((((..(((((((....)))))))..((((.....))))...)))))))..(((.....((((((((((((((....))))))))...((((......))))....))).))).((((....))))....(((((.((.......))))))).)))...(((.....))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((....)))))...(((.aaaaa.aaaa.(((((.<<<<<<<<)))..>>>>>>>>........{{{{)))))..}}}}........((((((.....)))))).(((....)))..AAAA..................((((((((((.....)))))))...AAAAA....[[[[)))....]]]]...((((.((((....))))..)))).((((.......)))).........(((.....(((((((..(((((((....)))))))..((((.....))))...)))))))..........((((((((((((((....))))))))...((((......))))....))).))).((((....))))...((((((.((.......))))))))..(((.....))).))). |
