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GAGGAAAGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGGUGCCAGCUAACGGCUGGGCGGGGUAACCCGACGGAAUAGUGCAACAGAGAGCAGACCGCCGCUUCGCUGCUCCGGCAGCGGGCGGUAAGGGUGAAACGGUGGGGUAAGAGCCCACCAGUGCCCCUGGAGACAGGGGGAGCUAGGUAAACCCCACCCGGUGCAAGGCCUACGUGAGGGCAUGCCCUCGCGCACCCCAGGGAGAGCUUGCCCGGCUCGCUUACCUGGAGGGAUUGGCCGCUCGAGGUCGCUGGCGACAGCGAUCCCAGAUAGAUGACCGUGGAAACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....(((((............((((((((.(((((.....))))).))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..)))))))))))))...((((..((((((((....))))))))...((((((..(((((.]]]]))))).....))))))......))))......((((((((....))))))))..........................)))))))).
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((.((((..((....(((..(((((((((((....(((((..(((.(.((((.((.(.....(((........))).(((((((((.((((((....))))))))))))...)))....).)).))))...).))).))))).((((((....)))))).)))).)))..))))..))).(.((..((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....)))))).)(.((((((((....)))))))).).............((....))))..)))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................((((((...)))))).((((....))))..((......((...............................(.(.((..)).))..(((((....((((((.......))))))..(.((((((....)))))).).............)))))...))....))...................................((.......)).................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((.(((..(((((((((((....(((((.((((....)))).((......(((........)))..((((((((.((((((....))))))))))))..))......))...((((....)))).))))).((((((....)))))).)))).)))..))))..)))(((.((.((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))..((..((((((((....))))))))...))....)))))))))).......))))).... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((........((((((((((.....))))).((((....)))).........................(((((....(((..........)))...)))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))))))..............((((((......................................))))))...................((((((((....))))))))................................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................((((.(((((.....))))).((((....))))...........................(((....(((..........)))...)))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))).......((((......((((((......................................)))))).........))))......((((((((....))))))))................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((.((........(((((.....)))))(((((....))))..........((........))...((((((((.((((((....))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((.((((((....))))))..)))............).........((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))....(.((((((((....)))))))).)..........))))))).......))))).... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((.((.............(((((.....))))).((((....)))).........................((((((((.................))))))..)).......((((((.......))))))(((.((((((....)))))).).))...............)).))..(((...................................................................)))......((((((((....))))))))................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)......((((.............(((((((.(((((((....))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((.((((((....)))))).).))..))..))..))))))).)...((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))......((((((((....))))))))................(....)....)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((((.(((((.((...((...((((((...))))))(.(((((.(((...........(((........)))..((((((((.((((((....))))))))))))..)).......((((((.......))))))(((.((((((....))))))..))).)))..))))).)))...((..((((..(((((((((())))))))))..((((((((.(((((.....))))).)...))))).))....))))))(((.((((((((....)))))))).).)).......))))))).......))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.....(.(((((((((........(((((((((((...)))))).((((....)))).........................(((((((..((((........)))).)))))..)).......((((((.......))))))...(((((((....)))))))..............)))))))))....(((.....................((((((......((((.......)))).))))).).........))).......((((((((....))))))))..........................)))))))). |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(............((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).).........................((((((.(..............)))))))..((((.....((((((.......)))))).(((((((((....))))))).)).......)))))))))))))...((((.................................(((((.....))))).................))))......((((((((....)))))))).................................). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((..[[[[....)))...]]]].....(((.[[[...)))..]]].((((.((((..........(((........)))....((((((.((((((....))))))))))))..)))).....[[[[[[[[....))))((((((.((((((....))))))..))).)))..]]]]]]]]........((((..((((((((....))))))))....(((((..(((((.....))))).....))))).......))))..(((.((((((((....))))))))[[[......)))...]]]................. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((.((.(((((..((((((...)))))).((((....)))).(((.....(((........)))..)))(((((.((((((....)))))))))))...(((((....((((((((........((((((.((((((....))))))..))).)))..)))))))).(((.....)))..((((((((....)))))))))))))..(((.(((((.....))))).))).(((.(((((.....)).))).)))((((((....)))))).))).......)).))))))).......)))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((...((((............((((.....))))(((([[[[....)).........(((........)))....((((((.((((((....))))))))))))...........((((((.......))))))....((((((....))))))...........]]]]..))........((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))......((((((((....))))))))..............)))).........))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((............((((........(((((((((((...)))))))(((......)))..........(((...........(((((((((...(..(.......).)))))))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))....))).......))))))))....(((........((((......(.((....................((...))))).)))......)..))).....(.(((((.((....)).))))))............................)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.....((.....(((((((...)))))))((((....))))..........))................((((((.((((......))))))))))...(((((....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)...........)))))))))....(((((.(..(((((((.(.(.......)...).....(((((...)))))..)....))))))..))))))....((.((((((((....)))))))).))................................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((.((...(((((((((((...)))))).((((....)))).........(((........))).(((((((((.((((((....))))))))))))...))).....((((((.......)))))).((.((((((....))))))..))...........))))).......((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))......((((((((....)))))))).(........).))))))).......)))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.(((((.(((((((...((((((...)))))).((((....)))).........(((........))).((((((....(((((((..)))))))))))))..(((((....((((((((..[[[[[(((..)))((((((....))))))...........))))))))..............(((((((((..)))))))))))))).........)))))))]]]]]...........(((((((..........(((((..)))))..)))))))............))))).......))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..................((((((...)))))).((((....))))...........................(((((.(((((((....))))))))))))..((((.....((((((.......)))))).((.((((((....))))))..)).......)))).......................((.((..((((........(((((..(((((.....))))).....)))))))))..)).))......((((((((....))))))))...........................))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))...((((.............(((((.....))))).((((....))))..........(((.............((((.............................))))....((.(((.......))).))..(((.((((....)))).)))....)))...........))))...((((.................................................................)))).((.(.((((((((....))))))))).))...................(....)...... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....((((..(.........((((((....(..............)...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((......))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.....................(((((.....)))))..)))))).........)))).(..(.((((((((....)))))))))..).................(.(....).).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....(((((.((.........(((((....(..............)...)))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..((((.(....((((((.....................(((((.....)))))..)))))).......).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)..........((.(....).)..). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....((((..(.........((((((....(..............)...)))...))))....((((((.......))))))..(((((((......))))))))).......))))))))))))))..((((......((((((.....................(((((.....)))))..)))))).........)))).)..(.((((((((....)))))))))....................(.(....).).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....((((..((.........(((((....(..............)...)))..)).))....((((((.......))))))..(((((((......))))))))).......)))))))))))))(..((((......((((((......................((((.....))))...)))))).........)))))(..(.((((((((....)))))))))..).................(.(....).).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))..((((......(((..((.(((((.....))))).((((....)))).....))..)))......))))..((((((((.(((((((....))))))))))))...))).....((((((((..[[[[[.((((((.((((((....))))))..))).)))..))))))))((((.((.((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))..((..((((((((....))))))))...))....))))))((....))......]]]]]. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((.((...((((.((((((...)))))).((((....)))).........(((........)))....((((((.((((((....))))))))))))...........((((((.......))))))(((.((((((....))))))..)))...........)))).......((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))......((((((((....))))))))............))))))).......)))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........)))).((((.((((((...)))))).((((....))))((((..............((((....((((..((((((((....))))))))......(((((....((((((.......))))))....((((((....))))))...............)))))))))...((((..((((((((....))))))))....(((((..(((((.....))))).....))))).......))))))))..((((((((....))))))))............)))).........))))...... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..........................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))..................................................................................(((...((....))...)))................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....))))).((((....))))..........................................................((((.....((.(((.......))).))..((((((((....)))))))).........))))))))))))).........................................((((.....)))).......................((.(.((((((((....))))))))).))......................)))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((....(((..(..((((((((....(((((..(((.(.((((.((.(.....(((........))).(((((((((.((((((....))))))))))))...)))....).)).))))...).))).))))).((((((....)))))).)))).))))..)))).((((((.((.((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))....(.((((((((....)))))))).).......)))))).)).....))..))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.....(((..((((....)))).)))(((.........((((((.(((((.((((..........(((........)))....((((((.((((((....))))))))))))..)))).....((((((.......)))))).((.((((((....))))))..)).......))))).))))))))).((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....)))).)).((((((((((....))))))))...............((....))...))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((....(((((..((.(((((.....))))).((((....)))).....))..)))..((..((((..((((((((.(((((((....))))))))))))..(((((....((((((.......))))))(((.((((((....))))))..))).((....)).))))))))....((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))))))(.((((((((....)))))))).).......)).)).((....))))..))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((.(((((((.(.(((((((((((...)))))).)((((((..((((((......(((........)))((((((((((.(((((((..)))))))))))))..)))).....((((((((..)).)))))).((.(((((((..)))))))))))))))..))))))..((((.(((((.((..(((((((((..)))))))))..(((..)))..)))))))))))...)))))))))).)).((.((((......))))))((((.......)..)))......((.((....).))).).)))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................(...........(.(..).))................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................................................................................................((..((...............)))........((.......(.....((....))((.....))................(...........)...........................)....))..(.(........................).).((...((((((((....))))))))..)).....)......................... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((..((.............(((...................................(((........)))....((((((.((((((....))))))))))))..................................((((((....))))))......)))..................((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))......((((((((....)))))))).......................))..))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((.((...(((..((((.((((((...)))))).((((....)))).........(((........))).(((((((((.((((((....))))))))))))...))).....((((((.......)))))).((.((((((....))))))..)).......))))..))))).))..((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))......((((((((....))))))))................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((.(((((.((((.((((.(((((.....)))))..(((((.((((..........(((........)))....((((((.((((((....))))))))))))..)))).....((((((.......)))))).((.((((((....))))))..)).......))))))))).......((((..((((((((....))))))))..(((((((..(((((.....))))).....))))).))....))))))))..((((((((....))))))))..............))))).......)))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((....))))......(((((.....))))).((((....)))).))))......................((((((.((((((....))))))))))))..((((.....((((((.......)))))).(((((.(((....)))((((...........))))....)))))...)))).((((((((....))))))))....(((((..(((((.....))))).....))))).((((((.(((......))).((((....)))))))))).............((((.......))))..... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.<<<<<....)))).((((.(((((.....))))).((((....)))).((((....{{{{......(((..[[[[[[))).((((((]]]]))))))]]))))..(((((....((((((.......))))))....((((((....))))))>>>>>..........)))))..}}}}..)))).((((((((....))))))))....(((((..(((((.....))))).....))))).((((((.(((......))).((((....)))))))))).............((((.......))))..... |
