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GAGGAAAGUCCGGGCACCGCAGGGCAGGAUGCCAGCUAACGGCUGGUCGGCGAGUCGAGCACCCGCACGCGCGCCUUGGCGUGUAGGAAGCGGCGAAGCCGAAGGAAAGUGCCACAGAAACCAGACCGCCAUUCCCGGACAGCCCCGGCGCGGGCGGGAGUGGUCAGGGUGAAACGGUGCGGUAAGAGCGCACCAGGCUCCCCGGAGACGGCGAGCGCUGGUAAACCCCAUCCGGUGCAAGACCCGACAGUGCGGUAUGGAACGGCCCGUUCCUUUGACCGCCAGGAUGGUCGCUAGAGGCGCGCGGCGACGUGCGUCCCAGAGAGAUGACCGUGACCCCACGCGAGUGGGCCACAGAAUCCGGCUUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((...[[[[.((((((((((.....)))))(((((...(((.....((((.(((((((....)))))))....))))))).)))).)((...(((((............((((((((((((......((((...))))))))))))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)))))..)))))))))))))...((((.......(((((..(((((.]]]])))))....)))))......))))......((((((((....)))))))).................(((((((....))))))).....))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................((((((.....))))))((((..))))......................................................................(((.((((((.................)))))).)))..(((((....((((((.......))))))..((((.(((....))).))))............)))))...((..((((.......(.......(((((...))))).......)........))))))....((((((((....)))))))).................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((........((((((((((.....))))).((((..............................................))))........................(((((((((((...................)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))............))))))))).............((((((.....................))))))...............((((((((....)))))))).................................................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............(((((........((((.(((((.....))))).((((..............................................))))..........................(((((((((...................)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))..((((......((((((...((((.....)))).....)))))).....))))......((((((((....)))))))).................................................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................(((((((...)))))))...........((((.(((.((((((((((((((..........((((..(.((((((((.(.(((.......(((.(((((((((((((....((......))...))))))))(((.((((.....((((((.......))))))..((((.(((....))).))))(((((..........))))).....)))))))...))))).)))...))).).)))))))).)))))........)))).)))))))))))))..)))).................(((..(((((....))))).)))............. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((.............(((((.....)))))..(..................................................)...........................((((((.........................))))))...........((((((.......))))))..((((.(((....))).)))).................))))...((((.......(((.........................)))......))))....(.((((((((....)))))))).)................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((((((((........((((((((((.....)))))(((((..(((..((..((((((((........)))))).))..)))))...))))).((...(((((............((((((((((((....((....)).....))))))))))..)).......((((((.......))))))..((((.(((....))).))))...)))..)))))))))))))...((((.......(((((..(((((.....)))))....)))))......))))......((((((((....))))))))...................(((((....)))))........)))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..(((......((((((...........((((..((((....((.((((((........)))))).))...))))...))))..........................((((((((((.................))))))))))...........((((((.......))))))..((((.(((....))).))))))))))....)))...))))))..((((.......(((((..((((((...))))))....)))))......))))......((((((((....))))))))..............(((..(((((....))))).))).....))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........((((((((.((..........(((((...)))))))(((................................................)))..........((...........(((((.((((.......................)))).))..)).).....((((((.......)))))).(.((.((((....)))).)))...))....................(((..((..((((((...(((((...))))....).))))))..)).))).....(.(((((.((....)).))))))........))))))))...........................)).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.........((((((((((((...........((.....))))))............(((((..............(...((...)))((((...))))...........................((((((.(.....((....))......).))))))...(((((....((((((.(...).))))))..((((((((....))))))))............))))))))))...(((...(..(((((((..((((.(..)))))...)).)))))...).)))..((((.((((((((....)))))))).)).))...))))))))....(((....))).............)).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..(((.....(((((((...((((((((((((..((((....((.((((((........)))))).))...))))...))))).((......)).......)))).)))(((((((((.....(((......))))))))))))............((((((.......))))))..((((.(((....))).)))))))))))...)))...))))))...(((.......(((((..((((((...))))))....)))))......)))((.....((((((((....)))))))).........))...(((..(((((....))))).))).....))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((((((..(((...)))(((((...)))))(((((.(((((...(((((...[[[[[[[[[((((((........((((...)))).......)))))).............((((((((((......((((...))))))))))))))..)))))....((((((.......)))))).))))).(((((..(((((..)))))..........)))))........)))))..)))))).......((((((((((((((.......((((((((((...]]]]]]]]])))))...)))))))))).......((((....)))).)))))))))......))))).... |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.(((....((..((((...)))).))...(((((........))))).((((.((.((((((......))))))......((((...))))..........................(((((((((.....((((......)))))))))))))...........((((((.......))))))..((((.(((....))).))))...((......))...))))))..((((......((((((..((((((...))))))....)))).))....))))......((((((((....))))))))..............(((..(((((....))))).)))....)))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((..............................................)))).)((...(((((((..........((((((((((.....................))))))))..)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))......))))))))))))))..((((......((((((..((((((...))))))....)))))).....)))).)..(.((((((((....)))))))))...................................(.(....))..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...)))..(((((........((((((((((.....)))))(((((..............................................)))).)((...(((((((..........((((((((((.....................))))))))..)))))....((((((.......))))))..((((((((....))))))))))......))))))))))))))..((((......((((((..((((((...))))))....)))))).....)))).)..(.((((((((....)))))))))...................................(.(....))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((..(((.....(((((((...((((((((((((..((((.......((((((.((...))))))))......))))...)))))..................)))).)))(((((((((.....(((.(...)))))))))))))............((((((.......))))))..((((.(((....))).)))))))))))...)))...))))))............(((((((.((((((...))))))..).))))).)....(((((((...((((((((....))))))))......)).)))))(((..(((((....))))).))).....))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((..........(((((((.....((((.((((.(((((...(((((....((((((....))))))......((((...))))..................((((..(((((....((((......))))....)))))...))))..)))))....((((((.......)))))).))))).))))...))))....))))))).........)))))).............(((((..((((((...))))))....)))))....(((((((.....((((((((....)))))))).........)))))))...(((((....)))))...........))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((..............................................)))).................................................................(((......((...............))..((....((....))....))..........))).....))).............................................................(((...((....))...))).................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.((....(((..(((((........((((((((((.....))))).((((..............................................))))..........................(((((((((...................)))))))))..((((.....((((((.......))))))..((((((((....))))))))........))))))))))))))............((((((...((((.....)))).....)))))))))............((((((((....)))))))))).......)........................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...((((....((((((.....))))))((((..((((....((..(((((........)))))..))...))))...))))........))))......(((.....((((((((((..(.((....))..)..))))))))))...)))....))))))......((((.(((((((((.(((....))).)))).))))).....(((((((((.....))).....(.(((((..((((((...))))))....)))))).)))))).)))).(.((((((((....)))))))).)............(((..(((((....))))).))).....))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((....((((..((.((...)))).))))((((((.....))))))((((..((((....((..(((((........)))))..))...))))...)))).......(((((......((((..(((((....((((......))))....)))))...))))..((((......((((.......))))(((((((((.(((....))).)))).)))))..)))).....)))))..((((.......(((((..((((((...))))))....)))))......)))).)).((((((((((....))))))))..............(((..(((((....))))).)))....))....... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...((((.....(((((.....)))))(((((..((((....((..(((((........)))))..))...))))...))))).......))))......(((.....((((((((((..(.((....))..)..))))))))))...)))....))))))(((...((((.(((((((((.(((....))).)))).))))).....(((((((((.....))).....(.(((((..((((((...))))))....)))))).)))))).)))).(.((((((((....)))))))).).........)))(((..(((((....))))).))).....))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..(((((((........))((((((...))))))(((((..)))))(((((((((((((((((..))))))).)).((((((...........)))))).(..........)...((((((((((..(...........)..))))))))))))))))))..))))))))(((.(((.(((((((((((((....).)).)))).))))).))))((((.(........).(((.(...)))).))))(((((((((((((((..)..((((...))))......))).).)))).((((..)))).((......))..((((.((((((....))))))))).).).)))))))) |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................................................................................................................................................(..(...)..)...(..................................)................................................ |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............................................................................................................................................(.(((....(.((..(.(.....)..)....)).)..(.(...).)...((.......((......))...............................................))....(.(......................).).(....((((((((....))))))))...)........))).)..((..........))................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((....((((.....(((((.....))))).((((..((((....((..(((((........)))))..))...))))...))))........))))..............((((((((((..(.((....))..)..))))))))))...........((((((.......))))))..((((.(((....))).)))).................))))............(.(((((..((((((...))))))....)))))).....((((......((((((((....))))))))..........))))(((..(((((....))))).)))............. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((..................((((((...))))))..(......)..(((((.((((((........))))))......((((...))))..((......))...........(((((((((((((.....(((......)))))))))))))...))).....((((((.......))))))..((((.(((....))).))))...((......))....)))))..((((.......(((((..((((((...))))))....)))))......))))......((((((((....))))))))............))).)))(((((....)))))................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((...((((....((((((.....))))))((((..((((....((..(((((........)))))..))...))))...))))........))))......(((.....(((((((((.....((((......)))))))))))))...)))....))))))(((...((((.(((((((((.(((....))).)))).))))).....(((((((((.....))).......(((((..((((((...))))))....)))))..)))))).))))...((((((((....))))))))...........)))(((..(((((....))))).))).....))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((..........))))......(((((.....)))))((((....))))......((((((........)))))).......((((..............))))......((((..(((((....((((......))))....)))))...))))..((((.....((((((.......))))))..((((((.......)).)))).((((..........))))......))))......(((((..(((((.....)))))....)))))..(((.(((((((...(((((((......)))))))......)).))))).....(((((....)))))........)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.[[[[[[...)))).]].]]]](((.....)))..((((....)))).(((((((((((((((....))))))......(((.....))).......)))).......((((..(((((....((((......))))....)))))...))))..)))))....((((((.......))))))..((((..((....))..)))).((((..........)))).(((...........)))(((..(((((.....)))))....)))....(((((((((((...((((((((....))))))))......)).))))).....(((((....))))).......))))...... |
