RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00299

RNA: ASE_00299
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((..(((....))).(((....))).))))))).((((...((((((......((.((((.(..((((...((((((....)).)))).......(((((((((((((.(((....)))......((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))))))))..).))))))))))))..(((.....(((((((..((((......)))).)))))))..(((..((....))..)))..............))).))))..))))))))))))))..)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((((..(((((...))))).(((...))).)))))).(((((..((((((........(((((((((((((....)))))).)))))..))..(((..(((((((((((((.(((....)))..((((((((((((((((....))))))))))))..)))).))))))))))))).....)))......))))))..(((..(((...(((((....(((((...)))))..(((((((....)))))..))...)))))...)))....))))))))..))))))))))))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((.(((((...(((((...))))).............((((........((((((((((....))))).((((....))))......................(((((((((((...................)))))))))..))......(((((........)))))..((....(....)))..........)))))))))......((((((...................))))))..................)))))......................))))))))))......
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((((((.......((((.((((..........(((..(((((.((((((..........(((((((((((....)))))).)))))...........(((((((((((((.............((..((((((((((((....)))))))))))))).....)))))))))))))..............)))))).)))...))..)))(((..(((((....))))).))))))).))))......))))...))))).....................))))))))))))))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((....................(((....)))................(((((((((......))))(((((....))))).....((((...(...(....(((((((((((((..................(((((((((((....)))))))))))........)))))))))))))..)...).))))...)))))..........(((((((.................)))))))............................................)))))))))))).....
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.(((............))).....(((.(((((((((........(((((((((......)))((((((....))))))...(((((............(((((((((((((............(((((..((((((((((....)))))))))))))))....)))))))))))))........))))).)))))))))).......((((((...((((....))))..))))))...(((............)))..............)))))))).)))))))))))))))...
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((((((.((....((((.((((..........(((..(((((.(((((((.((....(((((((((((((....)))))).)))))..)).)(((..(((((((((((((............(((..((((((((((((....)))))))))))))))....))))))))))))).....))).).)..)))))).)))...))..)))(((..(((((....))))).))))))).))))..))..))))...)))))...((.(.......).))...))))))))))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((((..((((...))))(((....))).))))))).((((........((((......)))).......[[[[...))))...]]]]............(((((((((((.(((....)))..((((((((((((((((....)))))))))))..))))).))))))))))).((((...)))).((((.[[[[[.........(((((((..((((......)))).)))))))..)))).....(((.............))).....]]]]]....))))))))))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.(((((((..(((....))).(((....))).)))))))..((.((.(((((((((......)))((((((....))))))((....))............(((((((((((((.(((....)))......((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))))(((......)))..)))))).)))).....(((((((..((((......)))).)))))))..(((..((....))..)))(((..............))).....)))))))))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((...............(((....)))............(((.((((((.((......))(((.((((((....))))))[[)))............(((((((((((((..((....)).......((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))))...........]].)))))).)))......(((((((..(((((....))))).)))))))..................))))).....................))))))))))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((.(((((..(((....((.....)))).............((((........(((((((((((..)))))))(.((...).).)........((...........(..(((((..)))))..)......((........))((.((((....)))).))..)...............................)......))))))))...(............)......(((....))).....................))).))).....................)))))))))..)....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.(((((((.(((((...))))).(((...))))))))))..(.(((.(((((((((......)))...(((((....((((((....)).))))....)))))(((((((((((.................((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))(((((......))))))))))).)))).....(((((((..((((......)))).)))))))..(((..((....))..)))(((..............))).....)))))))))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((((.(((((...)))))...[[[[[[.))))))).((((.....((((((...................))))))))))(((((.......(((..(((((((((((((..........]]]]]].((((((((((((....)))))))))))).......))))))))))))).....))))))))...(((((.............((((((.....((((......))))(((((....)))))....)))))).............)))))....))))))))))))))...
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((((((...(((((...)))))((((...)))...((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.((.........(((((((((.......................)))))))..))))....(((((..(...).)))))..((....(....)))...)))).)))))))))))(..(..((((((......((((.....)))))))))).....))(......)..)))))).....((.(....).)..).).))))))))))......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((((((((...(((((...)))))((((...)))...((((........((((((((((....)))))(((((....)))))((...((((.((.........(((((((((.......................)))))))..))))....(((((..(...).)))))..((....(....)))...)))).)))))))))))(..(..((((((......((((.....)))))))))).....))(......)..)))))).....((.(....).)..).).))))))))))......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((((((.((.....)).(((....))).(((.(((..((.((.((((((......((.((((....((((...((((((....)).)))).......(((((((((((((.(((....)))......((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))))))))....)))))))))))).)))).....(((((((..((((......)))).)))))))..))).)))..))))...)))))..((..((.....))..))..))))))))))))))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((.(((((...))))).(((...))))))))))..(.(((.(((((((((......)))...(((((((..((((((....)).)))).)).)))))(((((((((((.((([[[.)))..]]].((((((((((((....)))))))))))).......))))))))))).((((......)))).)))))).)))).....(((((((..(((((....))))).)))))))..(((............)))(((.(...........))))....)))))))))))))).).
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((.......(((((...))))).......((((((.((((.......)))).((((......)))).(((((..((((((....(((((............(((((((((((((.................((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))))........))))).......))))))....(((((((..(((((....))))).)))))))...............)))))..............))))))...)))))))))))))))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.....(((((.................(((...)))...(((..............(((((....))))).((((....))))...............................................................((......((..............))..((....(....))).........)).....))).......................................................)))))..............((........))))))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((((((.((.....)).(((....))).(((.(((..((..(.((((((......((.((((.(..((((...((((((....)).)))).......(((((((((((((.(((....)))......((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))))))))..).)))))))))))))..)).....(((((((..((((......)))).)))))))..))).)))..))))...)))))..((..((.....))..))..))))))))))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.....((.....)).(((....))).(((.(((..((.((.((((((......((.((((....((((...((((((....)).)))).......(((((((((((((.(((....)))......((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))))))))....)))))))))))).)))).....(((((((..((((......)))).)))))))..))).)))..........))))(((...((.....))..))))))))))))).)))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((((((((((((((.....)))(((....))).(((.(((..((..(.(((((((((......))))..(((((((..((((((....)).)))).)).)))))(((((((((((.(((....)))......((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))(((((......))))).))))))..)).....(((((((..((((......)))).)))))))..))).)))..))))...)))))).((..((.....))..))...)))))))))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((.((((((((((((..(((((((.(((((((...((((((((((((((((((((((((...).)))...(((((..((((((((....)).))))))..)))))(((((((((((.(((..))....((((.(((((((((((((..))))))))))))).)))).))))))))))))(((((......)))))))))))))))...))))))))))....)))).((((...))))))).)))))))))).)))..).)))))......................)))))))))))))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................(.(..(....(....................(.).....................)................).).).....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((((((((..........((.....)).(((....)))..((.(((..(.....((((((......((.((((.(..((((...((((((....)).)))).......(((((((((((((.(((....)))......((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))))))))..).))))))))))))....).....(((((((..((((......)))).)))))))..))).))....................................))))))))))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((((..(((....))).(((....))).))))))).((((...((((((......((.((((....((((...((((((....)).)))).......(((((((((((((.(((....)))......((((((((((((....)))))))))))).......)))))))))))))))))....))))))))))))..(((.....(((((((..((((......)))).)))))))..(((..((....))..)))..............))).))))..))))))))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((.(((((......))))).((((.....))))...((((((.((((((((.......)))..((((......)))).))))).....((((((....)).))))..(((..((.........))..))).....)))))).((((((((((((....)))))))))))).((((......))))...(((((......)))))..))).(((((......((((((..((((......)))).)))))).(((....))).....(((((..((.........))..)))))........)))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((....))))...((((....((((.....))))......)))).(((((((.......)))..((((......))))..(((((((..((((((....)).)))).)).)))))(((((((((((....(((......))).((((((((((((....)))))))))))).......))))))))))).(((.....)))..(((.....)))....[[[[[[.((((((..((((.....))))....(((((....)))))....))))))......((((...........)))).))))...]]]]]]

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