RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00303

RNA: ASE_00303
Rfam family: RNaseP_nuc

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.(((((((((((((..((((((.........(((((..........((((((((....)))..)))))............))))).............((((.....(((((..........((((((((((((....)))))))))))).............(((......(((((....))))))))........((((((............(((((((((((....)))))))))))........))))))....)))))))))((((((.(((.(((......))).))).))).)))..............))))))(((((....))))).................)))))))))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((.......((((.......))))..((((((((((....))))))))))..((.(((....))).))......(((((....))))).))))))))((((((((........(((((((((((((((....))))))))))).))))...))))))))...)))))..)))((((.(((((((....))).).))).)))))))))........))))))))))....(((.(((.((....)).))).)))...)))..)))))))).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..(((((((((......((((((((((...(((.......))).(((((((((.....((((...((((((((((...((((((((...((..(((((..........((((((((((((....))))))))))))..))))))).............(((((....))))).))))))))(((((((..((......((((((((((((((....))))))))))).)))))...)))))))...))))))))))..))))))))))).))..))))))....))))............)))))))))(((((....))))).................)))))))))))))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......((...(((((...........((((..........(((((.............))..))).........))))..............((((.................................................(((((....)))))......((((((....)))))).........(((((((..............................................)))))))...)))).......................................................)))))(((((....))))).....................)).....))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..((((((((((........................(((((((........................))))))).........((((....((((((.......))))((((((((((((....))))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))....))(((((((((((.........((((((((((((((....))))))))))).)))....)))))))))))))))....((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....))))).................)))))))))))))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((((((((((((((((.....(((((............................................)))))......................(((.........)))(((((((((((......)))))))))))......................(((((....))))).......((((((((((............(((((((((((....)))))))))))........)))))))))).........((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....)))))............)))))))))...).......
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..(((((((((.......(((.........))).(.((((((..(((..................))))))))).).....(((((((.....((((.......))))(((((((((((......)))))))))))...(((....))).........(((((....))))).......((((((((((............(((((((((((....)))))))))))........)))))))))))))))))..((((((.(((.(((....)))...))).))).)))...........)))))))))(((((....))))).................)))))))))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((((...................(((..(((((((..(....................))))))))...)))((((((((...((((((.......))))((((((((((((....))))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))....)).((((((((((.........(((((((((((((((())))))))))))).)))....)))))))))))))))))).((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....)))))....((....))))...))))))))))))).)
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(...((((....................................(((((............)))))...........................................................(((((........))))).....................................................................................................................................................................................................................))))...)...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..((((((((((....((((((((((..........[[[[[[[.)))))))))).............]]]]]]].........(((.......[[[[[.......)))((((((((((((....))))))))))))..]]]]].....(((((......((((....)))))))))..(((((((((((.[[[[[..(((((((((((((((....))))))))))).))))...))))))))))).....]]]]]((((.(((.(((....)))...))).)))).............))))))))))(((((....))))).................)))))))))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..((((((((((......(((.........))).((((.((((((((...((...)).....)))).))))))))...((((((((.......((((.......))))(((((((((((......)))))))))))((.(((....))).))......(((((....))))).))))))))(((((.(((((..........((((((((((....))))))))))))))).))))).(((((.....))))).((((((.(((.(((....)))...))).))).)))..........))))))))))(((((....)))))....((....)).....)))))))))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..((((((((((.....(((((((............[[[[[[[...)))))))..............]]]]]]]...................((((.......))))((((((((((((....))))))))))))......................(((((....))))).......((((((((((.........((((((((((((((....))))))))))).)))....))))))))))...........((((.(((.(((....)))...))).)))).............))))))))))(((((....))))).................)))))))))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....(((((((..........((.......(((.(........(((((............)))))..........).))).)).....(((((((......................((((............)))).............................................................(((......(((.(.((.((((.(......).))))))))))...)..)).........................................................................((((....))))........))))))).....).))))..)))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))....((........(((........(((.(((..........(.......)...(((((((((((......)))))))))))((.(((....))).))......(((((....))))).))).)))))).......)).......(((((((((((((....))))))))))).))((((((((....))))))))....((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....)))))....((....)).....)))))))))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..((((((((((.......((((..)))).......(((((((.....[[[[[[.............)))))))..((((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....)))))......(((((((((((............((((((((((((..))))))))))))........))))))))))).....((((((....((((......)))).....)))))).))))))))))..))))))))))((((((..))))))]]]]]]...........)))))))))))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......(((.................(((((..........(((((.............))..))).........)))))(((.((.((((((((((.................................................(((((....)))))......((((((....)))))).........(((((((..((........(((....................))).)).....)))))))...))))..............................................((............(((((....))))).)).)...))))))).).))))).....))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......(((.................(((((..........(((((.............))..))).........)))))((..((.((((((((((.................................................(((((....)))))......((((((....)))))).........(((((((.(((........(((....................))).)))....)))))))...))))..............................................((............(((((....))))).)).)...)))))))...))))).....))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..(((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).))))))))((((((((........(((((((((((((((....))))))))))).))))...))))))))...)))))..)))((((.(((.(((....)))...))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).................)))..))))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((((((((..((((((((((((..................)))))))))).)).((((......(((........(((((((.((.((.....).)))......((((((((((((....))))))))))))...(((....))).........(((((....))))).)))))))))).....)))).......(((((((((((((....))))))))))).))((((((((....))))))))....((((((.(((.(((....)))...))).)))).))..........))))))))))(((((....))))).................))))))))))))).)
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((..((((((((((....((((((((((..................))))))))))..(((((.......((((((....((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).)))))))).........(((((......(((((((((((....)))))))))))...((((((((....)))))))).))))).......))))))..((((....))))...)))))........))))))))))(((((....))))).................)))))))))))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.......(((..................((((............................................))))..............((((.................................................(((((....))))).......(((((....))))).........................................................................))))..............................................................................................))).....))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..(((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).))))))))(((((((..(......(((((((((((((((....))))))))))).)))).)..)))))))...)))))..)))((((.(((((((....))).).))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).................)))..))))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((....((((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).))))))))((((((((........(((((((((((((((....))))))))))).))))...))))))))...)))))..)))((((.(((.(((....)))...))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).......))))..)).)))).((((...))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..(((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((...((((((((...(((.((((.......))))((((((((((((....)))))))))))))))(((....))).........(((((....))))).))))))))((((((((............(((((((((((....)))))))))))..(....)))))))))...)))))..)))((((.(((((((....))).).))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).................)))..))))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((((((((((.....((((..))))(((....(((((((((...(..........)....)).)))))))((.((((((((...)))..((((((..)).))))((((((((((..(....)))))))))))((.(((..)))))))))).)).((((((..)))))))))...((((((((((...(..(....(..(((((((((((..))))))))))))...))....))))))))))..((..(((((....(((..(((..))))))...)))))))(((..)))..))))))))))))...((..)).(((.......)..)).)))))..).))))))))).)
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..(((..((((((((((....((((((((((.((..((....))..)).))))))))))..(((((....(((..(((((....(((((((.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).))))))).(((((((.............(((((((((((....))))))))))).........)))))))...)))))..)))((((.(((((((....))).).))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).................)))..))))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((..(((..((((((((((....(((((((..(.((..((....))..)).)..)))))))..(((((....(((..(((((...(((((..(.......(((((..........((((((((((((....))))))))))))..)))))...............(((((....))))).)..)))))(((((((.............(((((((((((....)))))))))))..(....).)))))))...)))))..)))((((.(((.(((....)))...))).)))))))))........))))))))))(((((....))))).................)))..))))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((......))))...((((.......))))....(((((.((((....)))).((((.(((...........))).......(((.((.....)).))).)))).)))))..((((((((((((....)))))))))))).....((((.............(((((....))))).......((((..................(((((((((((....)))))))))))...((((((((....))))))))...((((....((((......)))).....)))).)))).((((....))))..)))).(((((....)))))...................(((......))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.....((((......))))........((((((((((..........[[[[[[[.)))))))))).............]]]]]]]....(((((..........((((.......))))((((((((((((....)))))))))))).....(((..............(((((....))))).......((((..................(((((((((((....)))))))))))...((((((((....))))))))...(((.....((((.{{{..))))..}}}.))).)))).((((....))))...))).(((((....)))))........))))).))).((((......))))

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