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GAGGAAAGUCCGGGCUAGCACUGGCUGUGAUGCCGGUAGUGUUUGUGCUAGGUGAAUCAAUAAGCCUAGGGACAUCUUUUUGAUGUUACGGCGGGCAAAAAGGCUAAGUCUUUACGGAUAUGUCUGAAUAGCCCUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGUUCUUGGGGAAACCUAAGAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGCAACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGGAUAGUUGGAAUCCGAACAAUCUAUCCUGACUGGAAACAGUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAGAUAAGACCUAGUUAUCUCUGGAACAAAACACGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((.....)))))).)((.((((.....(((...(((....)))....)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((..................)))))))((((....))))..................(((((((((.....))))))))).........))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((..((((((((......)))))).))....)).((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))............((((((((....)))))))).))))...................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((((((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))).....)))).)))).....((((((((((....(((((.....(((((.(((.......((((((((....)))))))).(((...(((((...........))).))...))).))).))))))))))..((((((((((.........))).))))))).((((....))))...))))))..))))...((((((((.......))))))))............))))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((.................)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))..(((...........))).................................................................((((((((.......))))))))................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....))))))))).........)))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.........)..((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))......................(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....)))))))))................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))..(((..((....)).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................((((((((.......))))))))................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)...((((....((((...(((......)))..)))).....)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))..).))))))))...(((...........)))....(((((((...(........)...))))))).((((....))))..................((((((((.......)))))))).........).)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((......))))))...)).....((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...((((....))))..)))).....))))........((((..........((((((((....))))))))))))...........(((((........................)))))..(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................((((((((.......))))))))................... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.....((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))...((..(....((((((((....))))))))..)..))................))))))..(((...(....)..)))...(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................((((((((.......))))))))..............))).. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))............((((((((....)))))))).......................))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((..)))))..................((((((((.......))))))))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((..[[[[[[....)))...]]]]]].((((((.....)))))).....((((..((((((...)))))).((((....))))....))))........((((.....[[[..((((((((....))))))))))))...]]].............))))))..(((...[[[[[[[[[)))...((((((((((.........))).))))))).((((....))))..........]]]]]]]]](((((((.......))))))).................... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((..(((((....)))))..)).((((((..(((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...((((....))))..)))).....)))).......)))...(((...((.((((((((....)))))))).))...)))......(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((.........))).))))))).((((....)))).....(((....)))...((((((((.......)))))))).)))))..)).)))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................(((((......)))))...........((((((..........))))))..(((((.....)))))......((((....((((...((((....))))..)))).....))))......................((((((((....))))))))....................................................((((((((((.........))).))))))).((((....))))..................((((((((.......))))))))................... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((((((..(((((...(((......)))..)))))...))))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................)))).((((((((.((.........))..))))))))((((....))))...............((((((((((((.....))))))))))))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))...((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......))..........((.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................))))..((((((((((.........))).))))))).(((((..)))))................(((((((((..((...)))))))))))................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((....((((((......))))))...(......((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...))))...((((....))))....)))).......(((...(((...((.((((((((....)))))))).))...))))))...(((((...(((...............))))))))...((((((((((.........))).))))))).((((....)))).....((......))...((((((((.......)))))))).........)...)))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((((((((......)))))).[[[[[[...((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((..((((((...)))))).(((((..)))))....))))........((((..........((((((((....))))))))))))....[[[[[[.[[[[[...))))))...((((...)))).]]]]]..((((((((((((...)))).....))))))))((((....))))..........]]]]]]..((((((((.......))))))))......]]]]]]))))).. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...((((....))))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..((......))....))))))..(((..((....))..)))...((((((((((.........))).))))))).((((....))))..................((((((((.......))))))))...........)))))).. |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((..(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((((.....))))))..((..(((....((((...(((......)))..)))).....))).......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).)))))))))).(((..((....))..)))...............................................)))........................................................ |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((.....)))))).)((((((((..(((((...(((......)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....)))))))))...((.(....))...).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))...(...((...((((((((....))))))))......)))((....)).).)))))))))).(((..((....)).))).(.(((((((((((.........))).))))))))((((....)))).)................(((((((((.....)))))))))................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))...(...((...((((((((....))))))))......)))((....)).).)))))))))).(((..((....)).))).(.(((((((((((.........))).))))))))((((....)))).)................((((((((((...))))))))))....).............. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((....((......))...)))).....)))).......))).......((...((((((((....))))))))......)).((....)).).)))))))))..(((..((....)).))).(.(((((((((((.........))).))))))))((((....)))).)................((((((((((...))))))))))................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((([[[)))........((((((......)))))).((((((((.((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((..((((((...)))))).(((......)))....))))......((((...(((......((((((((....))))))))......)))))))..(((((........................)))))..(((((((((((.........))).))))))))((((....)))).....(((....)))...((((((((.......))))))))...))).)))))..]]].. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.((((((..((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))).................((((....))))..))))))........((((..........((((((((....))))))))))))....((((((.(((((...(((((...........))))))))))..((((((((((((...)))).....))))))))((((....))))..........))))))..((((((((.......))))))))............))))).. |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((......)))..)))).....))))........((((..........((((((((....))))))))))))................)))))))))......................((((((((................))))))))((((....))))........))))......((((((((.......))))))))................... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))....................((.((((......((.................)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((.........))...))))))).............)))........................................................ |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((..(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))....................((.((((....((((...(((......)))..)))).....))))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))....)).)))))))))).(((..((....))..)))..(((((((.(((.........)))..))))))).............)))...............((((((((.....)))))))).................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((...((((.(((((((..((((......)))))))..))))...)))).((((.((((.....))))((((.(((((((....(((((..((...(((....)))..)).))))).......)))).........((.((((((((....)))))))).))...))).))))..))))...))))))...((...(((((((((...(((.(((((((((.........))).))))))..((((....))))......))).)))))))))(((((((.......))))))).)).........)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...((((((((((((.(((((......)))))...(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...))))))).....))).))))....))))).((((((....(((((.....(((((.(((.......((((((((....)))))))).(((...(((((...........))).))...))).))).)))))))))).(((((((((((.........))).))))))))((((....))))...)))))).(((((......)))))..))).(((........))).............. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).(((((((((((.((((..(((....(((....((((((.....))))))..)))((((..((((((...)))))).((((....))))....)))))))...))))..))).)).((.((((((((....)))))))).))))))))((....))......))))))...(((..(((((((((...(((((((((((((.........))).))))))).((((....))))......))).)))))))))(((((((.......)))))))))).........)))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((((((((((((((((((((..((((......)))))))..)))))..))))((((((((((.....)))))..((((((((((((((((..)).))))((..))))))))..)))).))))).)))))((...))...))))))..)).))))))(((((((((.(((.(.((...((((((((...)))...((((...)))).)))))...(((((((((((......).))).)))))))((((((..))))))..((..)).((((((....))))))...(((((....))))).))))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................(.((.(((......))).)).......((.(((......)).)....)).....................(.......).....(...(.....(((....(...)...))).).........)...........((.......)...)....(...)..........(................)..........)..................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.......)..((((((((((((......)))))).((...(((.((((((..........)))))).((.(((.....))).)))))))((((.(..((((...(((......)))..))))...).))))(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))..(((..((....))..)))..(((((((((((.........))).))))))))(((......)))((.(.(.((.((......((((((((.......))))))))..))))...)...)))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....))((((....((((((......)))))).(((((.((.((((...................((((((.....))))))......................................................(((..........(.((((((((....)))))))).).......)))........................................((((((((((.........))).))))))).((((....)))).......................................)))).))..))))).)))).. |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(((.((((((.(((((......)))))...........((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((......)))..)))).....)))).......)))...(((...((.((((((((....)))))))).))...)))..............))))))..(((..((....))..)))...((((((((((.........))).))))))).((((....))))..................((((((((.......))))))))...........)))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((..((((((...)))))).((((....))))....)))).......))).........((.((((((((....)))))))).))))))))..............))))))...((...(((((((((......((((((((((.........))).))))))).((((....))))..........)))))))))(((((((.......))))))).)).........)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.(((...((((((......)))))))))...((((((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((..((((.......)))).((((....))))....)))).........)))).........((((((((....)))))))).))))..........(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((.........))).))))))).((((....))))..........(((((......)))))...((((......))))................. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.........[[[[[[((((((......)))))).(((((((((((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((..(((((.....))))).((((....))))....)))).........)))..........((((((((....))))))))...))))))........))))..]]]]]]...(((.....))).(((.....((((((((((...{{{...))).))))))).((((....))))..................((((((((.......))))))))}}}...........))).. |
