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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00313



RNA: ASE_00313
Rfam family: RNaseP_nuc

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((..((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).....((((((((((((((..(((((.......)))))..((((((..((((((....)))))).(((((..(((((..(((..(((....)))...))))))))))))))))))).(((((((........(((((((((....))))).))))..))))))).)))))))))..((((((((..(((....)))..))))).)))...)))))....))))))))((.(((....))).)).................))))..))).)))))....
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((...(((((....................((((..........(((((..)))))..........)))).................(((.........................................................(((((....)))))....(((((.....)))))........(((((((.................................))))))).)))......................................................)))))((((((....))))))..........................)).....)).
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.....(.((((((())))))).).....))))))).........((((((((((.((((((.......)))))(((((((((.((((((....))))))..)))))))))((((((.(((.((((((....((((((((())))..)))))..)))))).)))......(((((((....))))).))))))))...)..)))))))))).((((((((.((((....)))).))))).)))............))))))))((.((((())))).))....((....)).....)))).)))).)))))....
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((.(.....................................(((((......)))))........................................................((.(((..........)))..))......................................................................................................................................................................................................)))..........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((...........(((...[[[....)))(((((((.......(((((....))))).......))))))).......]]](((...)))..(((((.......)))))(((((((((.((((((....))))))..)))))))))...(((....)))...(((.[[[[)))..]]]]....(((..[[[[[[[..)))....((((((((....))))).)))...]]]]]]]............((((((((.((((.[[[)))).))))).)))......]]].(((((.[[[[[..(((....))).............)))))...]]]]]....)))))....
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.((((..((((((((((((...(((((((.......(((((....))))).......))))))).((....))((((((((((...((((.......)))).(((((((((.((((((....))))))..)))))))))...(((....)))....((((.((((......)))).)))).(((((((.((......((((((((....))))).))))).))))))).)))))))))).((((((((.((((....)))).))))).)))...)))).....))))))))((.(((....))).))....((....)).....)))).)))).)))))....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((......((((..((((((((.......(((((((.......((((((..)))))).......))))))).......[[[[..((((((...((((...)))).(((((((((((((.(((((((..)))))))..))))))))....(((....)))(((....(((((...)))))))).)))))(((((((............(((((....))))).......))))))).))))))(((((((((((((.((((....))))......)))))))))))))...))))))))...((((..))))......]]]]..........))))......)))))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((..........................(((((..........(((((..)))))..........)))))(((.((.((((((...(((.........................................................(((((....)))))....(((((.....)))))........(((((((..((........(((........))).))....))))))).))).............................................((............((((((....)))))).)).)...))))))).)......))))).....)).
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RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.((((..(((((((((((((..(((((((.......(((((....))))).......))))))).........((((((((((..(((((.......)))))(((((((((.((((((....))))))..)))))))))((((((.....((((((((((.((((......)))).))))..))))))............(((((....)))))...))))))......))))))))))....(((((.((((....)))).)))))......)))))).....))))))).................................)))).)))).)))))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..(((...........................((((................................)))).................(((.........................................................(((((....))))).....((((.....)))).........................................................)))....................................................................................................))).....)).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).....((((.(((((((((...........(((...(((.((((.(((((((((....))))))..((((.(((.((.(((....))).))))))))).))).)))).)))...)))(((((((.((......((((((((....))))).))))).))))))).)))))))))..((((((((.((((....)))).))))).)))....))))....))))))))((.(((....))).)).................)))).)))).)))))....
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((......(((..........)))..)))).........(((((......)))))..))))).(((((((....((((((..(((.((((((.(((((......(((((((((.((((((....))))))..)))))))))((((((.(((.((((((....(((((((....))..)))))..)))))).)))........(((((....)))))...))))))....)))))))))))..((((((((.((((....)))).))))).)))......)))..((((..((.((.(((....))).))..)))))).....))))))......)))).)))...
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).....((((((((((((((...........(((...(((.((((.(((((((((....))))))..((((.(((.((.(((....))).))))))))).))).)))).)))...)))(((((((.((.(.....).(((((....)))))....)).))))))).)))))))))).(((((((..((((....))))..)))).)))....))))....))))))))((.(((....))).)).................)))).)))).)))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((((.(.(..(((..........))))))))))...(((((((((((((.(..((.....((((((((((((.((.(.(((((((((...((((...)))).(((((((((((((.(((((((..)))))))..))))))))).....(......)((((((........)..)).)))..))))(((((((.((..(....(((..........)))...))).)))))))(((((........))..))).)))))).)))))).)))))).))))))(.(...).).((((((..))))))(((..(..)))).).)..).))))))))))))).)))))....
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((......))............)).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((.((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......)))))))......(((.(((((((((...(((.....)))......((((((((.((((((....))))))..))))))))....(((....))).............................(((((((.((.........(((((....)))))....)).))))))).)))))))))..(((((((..((((....))))..)))).)))....))).....))))))))((.(((....))).)).................)))).)))).)))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((..((((..((((((((.......(((((((.......(((((....))))).......))))))).....((((.(((((((((...........(((...(((.((((.(((((((((....))))))..((((.(((.((.(((....))).))))))))).))).)))).)))...)))(((((((.((......((((((((....))))).))))).))))))).)))))))))..(((((((..((((....))))..)))).)))....))))....))))))))((.(((....))).)).................))))..))).)))))....
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.........))))..................(((((......(((((....)))))((((.((....))))))..........)))))...(((((.......)))))...((((...((((((....)))))).((((..(((.((..((....))..))))).((((.....))))..)))).(((.......(((((...((((((((....))))).))).((((((.....)))))).))))).((((..((((....))))..)))).))).((((....))))...(((......))).((((...((..((....)).))...))))....))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((([[[[[[...)))))...(((((........)))))]......(((((....)))))((((.((....))))))...................(((.....))).((.{{{{{.))...((((((....)))))).}}}}}.(((.((..((....))..))))).((((.....))))....(((...]]]]]...))).......(((((....))))).(((((......(((((.....)))))..((((..((((....))))..((((.....((((....))))....))))..)))).(((((.....................)))))..)))))......