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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00316

RNA: ASE_00316
Rfam family: RNaseP_nuc

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((.(((((((..((((.....(((....)))...(((((...(((....)))...)))))...)))).....)))))))..((((((...(((...(((((.....((((((....))))))((((((..((((...((....((((((((((((((..(((((.((((......)))).)))))...))))).....((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....)))))).......)))))))))..)).........(((.((((..((((...))))..)))).)))..))))...))))))...)))))....((((((((((.(((.......)))))))).)))))......)))...(((.....(((((((.......)))))))....)))))))))....)))))))))))))).
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ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((((((...(....(((((..........(((((.(.(((....))).).))))).........)))))......................((((((...........((((.........(((((((..(.(...((((...))))...).).))))).))................(((....))).....(((..(((((((((.......(((((....))))).......))))))).))..))).......))))..((((((.............(((.((((..((((...))))..)))).))).........)))))))..)))))....((((((((((..............))))))).)))........)....)))))))(((((((.......))))))).................)))))))))))))).
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((.......(((((((..(((((..(((......((((((((((...(((....)))...)))))......(((.((((((((..(((((((...)))..))))..((((.((((((....)))))).))))...))))...)))).))).....)))))......)))..)))))((((........(((....)))((((.((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))))...))))))))....((((((((...((((((.((((..((((...))))..)))).)))...(((((..........)))))...)))((((((((.(((.......))))))))))).)))))))).......)))))))(((((((.......))))))).....(((....))).......))))))))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((((((........(((((..........(((((...(((....)))...))))).........)))))(((...((((.((.....)).))))..((((.((((((....)))))).)))))))((((.((.((((((.((.....)).))))))((((.((.......)).)))).(((....)))...(((((..(((((((((.......(((((....))))).......))))))).))..))))).....)))))).((..((((((((....(((((.((((..((((...))))..)))).))).))(((((.((....)).)))))......((((((((.(((.......))))))))))).))))))))..))...)))))))(((((((.......)))))))....((....)).....)))))))))))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((((((.........((((..........(((((...(((....)))...))))).........))))............................((((.((((((....)))))).))))...........(((({{{............))...[[.......}}}..)).]]..(((....))).....(((...((((((((.......(((((....))))).......))))))))....)))................................(((.((((..((((...))))..)))).))).............................((((((((..............))))))))................)))))))(((((((.......))))))).................)))))))))))))).
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.....(((((..........((.......((((...........((.(..((......))...))).........).))).)).....(((((((.....(((.(........)....)))................((...((.....)).))................................................................................................................................((.........((((..(.((.((((.(......).)))))))))))..)..).........................................................................((.....((.......)).)).......))))))).....)...)))))).).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((((((.........(((...................(((....)))...(((((((..........))))))).((((.((.....)).))))..((((.((((((....)))))).))))...........(((.((...........)).))))))...................(((....)))...(((((..(((((((((.......(((((....))))).......)))))))).)..)))))............((..((((((((....(((((.((((..((((...))))..)))).))).))(((((.((....)).)))))......((((((((.(((.......))))))))))).))))))))..))...)))))))(((((((.......)))))))....((....)).....)))))))))))))).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((((((........(((((...[[[[[..(((((...((((..))))...)))))........[[[[[[[[[[..(((((((...)))..))))...........[[[[[.....[[[[[[[..((((.....((((((...........)))))).))))........)))))..(((((((.((((....(((((((((((((((.......(((((....))))).......)))))))........((((((...................))))))..((((..))))..)))))))).....)))).)))))))]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]((((((((..............)))))))).]]]]]..........)))))))(((((((.......))))))).................)))))))))))))).
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((........................(((((..........(((((................))))).........)))))(((.((.((((((.....................................................................................................................................................................................(((((((.(((........(((.........................))).)))....))))))).....................................................((............((((((.........)))))).)).)...))))))).)..)))))...)))).
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..(((((((..(((((..(((...................(((....)))...(((((((.[[[......))))))).((((...........))))..((((.((((((....)))))).)))).....{{{{.........................)))..)))))............(((....)))...(((((..(((((((((.......(((((....))))).......)))))))).)..)))))..]]].}}}}......((((((((....(((((.((((..((((...))))..)))).))).))(((((..........)))))......((((((((.(((.......))))))))))).)))))))).......)))))))(((((((.......))))))).................)))))))))))))).
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.........................((((.............................................)))).................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))...)))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((..(((((((....(((.(((((..........(((((...(((....)))...)))))...(((((((.((.(((...((((.((.....)).))))..((((.((((((....)))))).))))))).)).....((((((.((.....)).))))))..)))))))....))))).)))(((....)))((((.((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))))...))))....((..((((((((......(((.((((..((((...))))..)))).)))...(((((.((....)).)))))......((((((((.(((.......))))))))))).))))))))..))...)))))))(((((((.......))))))).................)))..))))))))).
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((..(((((((..(((((..(((.((...((((((((((...(((....)))...)))))......((..((((((((..((((.((.....)).))))..((((.((((((....)))))).))))...))))...))))..)).....)))))...)).)))..)))))((((........(((....)))((((.((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))))...))))))))((..((((((((...((((((.((((..((((...))))..)))).)))...(((((.((....)).)))))...)))((((((((.(((.......))))))))))).))))))))..))...)))))))(((((((.......))))))).................)))..))))))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((..((((((((((....)).((((..))))..(((((....((((..))))..((((((..............))))))...(((....(...)(..))))..((((..(.(((..))))..)))).))))).((((.((((..(.(....))..)))(((((((((.......))))))))).(((.((((((((((((((((.((.....((..)).(((.((((.(..((((.(((((((...(((.............)))....)))))))))))).)))))))(((..)))))))))))))))))))))((.(....))))))(((..)))..((..)))))))(((.((((.(...).)))))))..((((((..))))))...))))))))(((((((..(...)))))))).((((.......)).)))))))))))))))).
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((..((((((...........(((....)))...(((((...(((....)))...)))))............))))))....((((...............((((.((((((....)))))).))))........................................................(((....)))....((((...((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))..................(((((((......(((.((((..((((...))))..)))).)))...(((((..(....)..)))))......((((((((.(((.......))))))))))).)))))))...............(((((((.......)))))))........)))).....)))..))))))))).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((..(((.(((((((...........(((....)))...(((((...(((....)))...)))))............)))))))..((((((..((.(((((((..(((......(((((.....((((((((((..(((((((((.(((...(.((((((....)))))))....))).)))).((.(((....))).))..((((((((((((((.......(((((....))))).......))))))))....))))))....)))))....................(((.((((..((((...))))..)))).)))..)))..))))))))))))......))).((((((((.(((.......))))))))))).))))))).))....(((..((.(((((((.......)))))))..)))))))))))....)))..))))))))).

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