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UGAUAUUUCGGGUAAUCGCUAUAGCAAUAUAGAGGAAAGUCCAUGCUCACACAAUCUGAGAUGAUUGUAGUGUUCGUGCUUGAUGAAACAAUAAAUCAAGGCAUUAAUUUGACGGCAAUGAAAUAACCUAAGUCAUUGGAUAUGGUUAGAAUAGUUUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGCUUUUAUAGAAAUAUAAAAGGUGGAACGCGGUAAACCCCUCGAGUGAGCAAUCCAAAUUGGGUAGGAGCACUUGUUUAGCGGAAUUCAACGUAUAGACGAGACGAUUUUUACGCGAAAGUAAAAAUAUGUAGACAGAUGGUUACCACCGACGUACCAGUGUAACUAGUACACAUUAUGAGUACAACGGAACAGAACAUGGCUUACAGAAAUAUCAUCACUAGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((..((.(((((....)))))..))..))))........((((((......)))))).(((......((((((..........)))))).((......)).....(((.....((((...(((....)))..))))......)))......................((((((((....))))))))......))).................................................................................................................................................................................................. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((((((((...(((.............(((.(((((((((((((......)))))).)))...(((((((((..........))))).)))).........))))........((((((((((((((.(((..(((((....)))))..))))))..)))))....((((((((....)))))))).((((..((.....((.......))..))..))))..)))))).)))...(((((((((((........))).))))))))...((((((((......)))))))).)))....)).)))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((((....)))))...........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).......................(((((...............)))))..............................((((((((....)))))))).......................)))))))...........................................................................................................(((((.....)))))................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................((((((..))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((......)).....((((....((((...(((....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((..........)))...(((((((((((........))).))))))))((((((................))).)))................(((((((((........................))))))))).......))))))...................... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((..))))))............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((......)).....(((((...((((...(((....)))..))))....)))))......................((((((((....)))))))).......................))))))..(((..........)))...(((((((((((........))).))))))))((((((................))).)))........))))))).(((((((((........................)))))))))................................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((.(.(((((....))))).).......(((((((((((((((......))))))...(((.(((((((((..........)))))).))).......................(((.(((((((....(((...................)))))))))).)))((((((((....))))))))....)))................))))))).(((.....)))........(((((((((((........))).))))))))...((((((((......))))))))...............................((((.......)))).........................))..)))).)))))))))........ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................(((((....)))))............((((((((((((......)))))).))......(((((((..........)))))).)............((.......(((((...(((....)))..)))))...............)).............((((((((....)))))))).........................)))).....................(((((((((((........))).)))))))).......................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((........(((((....)))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........)))))).............((........(((((...(((....)))..))))).............(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).))))))))........(((((...(.....(((((((((((........))).))))))))...((((((((......))))))))............(((....)))..)...))))).......((((.........))))............)))))))).).)))))))))........ |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((..((((((.(((((....))))).))...(.((((((((((((((((......)))))).(((((((((((((((..........)))))).))).......................(((.(((((((....((((.................))))))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))))((((.....)))).......(((((((((((........))).)))))))).(.((((((((......))))))))..)...........(....)(((..((((..(((((.....))))).......))))..))).........)))))))).)))))))))........ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((())))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........))))))...((....))..((((((.....((((...(((....)))..))))......))).......)))............((((((((....)))))))).......................)))))...(((..........)))...((((((((..(........)...))))))))((.(((................)))..))........)))))))......((((..(((.........))).......))))........................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((......(((((....))))).......)))...((((.[[[[[[))))..]]]]]]....(((...[[[[[[))).......]]]]]]...............((((((..[[[[[....)))))).....]]]]]................((((.[[[......((((((((....))))))))))))..]]].......(((............[[[.....)))..]]]...(((((((((((........))).))))))))(((((((((((......)))))))).))).......(((((((..[[[..........)))))))((((.........))))..]]]..................)))))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).((..(((((((((((..........))))).))))......))..))...........(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))......((.((......)).)).)))))))(((((...))))).......(((((((((((........))).))))))))(((((((((((......)))))))).)))........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.........(((((....)))))........(((((...((((((((......)))))).))....(((((((((..........)))))).)))...........................(((((((.....((...................)).)))))))....((((((((....))))))))..((.((((((...........((((.....(((.....)))......)))).((((.(((........)))..))))......((((((((......))))))))....................))).))).)).......................................)))))......)))))))))........ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((.(((((((((((((()))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((()))))..((((((((...((((...(((....)))..))))...)).))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).))))))))..............)))))))...............))))..((((((((((........))).)))))))..((((..................)).))........))))))).((.((((.(((((.................))).)).)))).)).).))............................. |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((..(((((((((((((..))))))......((((..((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((()))))...((((((...(((((.(.((((..)))).))))))....)))).......))..........((.((((((((....)))))))).))))))))..............))))))...(((....)))...))))..((((((((((........))).))))))).((((((.((..........)).))).))).......)))))))..(((((((((...((.........))........)))))))))..................)))).))))........ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).((((((.((((((((..........))))).)))........................(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))...))))))((......))....)))))).(((((...))))).......(((((((((((........))).)))))))).((((((((((......)))))))).)).........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((((((((....))))).......(((.(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........))))))(((((..((((((..((((((...........))))))......))))))..........)))))(((..........((((((((....)))))))))))))))))(((..)))......)))))))(((((...))))).)))...((((((((...............))))))))...((((((((......))))))))...........)))))))).(((..((((..(((((.....))))).......))))..)))..................)))))))))........ |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((((((((....))))).......(((...(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((((()))))..((.((((....((((...(((....)))..)))).....))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))....)).))))))))...(((..........))).............)))......................................................)))))))).............................................................................. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((((((((((..)))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((.(((((((..........))))))(((......)).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....)))).)))))))))..((((.......).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((..................)).))).......)))))))).(((((((((........................))))))))).((.(....))...)...))).............. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..((((((((((((((..)))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((......)).)(((((((...(((((...(((....)))..)))))....)))).......))).))....((...((((((((....))))))))......)).((....))...)))))))))).(((..........)))...(((((((.(((........)))..)))))))(((((..................)).))).......)))))))).(((((((((........................)))))))))..((.....))........)).............. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((((((((..)))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((......)).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((.......).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((..................)).))).......)))))))).(((((((((........................))))))))).((.(....))...).).))).............. |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.((((((((((((((..)))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((......)).).((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....)).).)))))))))).(((..........)))...(((((((.(((........)))..)))))))(((((..................)).))).......)))))))).(((((((((........................)))))))))..((.....)).......))).............. |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((..(((((((.((((((..)))))).(((...)))...(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((......)).)(((((((....((((....((....))...)))).....)))).......))).))(...((...((((((((....))))))))......)).((....)).).))))))))...(((..........)))...(((((((.(((........)))..)))))))(((((..................)).)))........))))))).(((((((((........................)))))))))..((.....)).(.....))).............. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).......(((..((((((.(((((......)))))..((((((.((((((((..........)))))).))........................(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))).((((.....)))).)))...(((((((((((........))).))))))))...((((((((......))))))))............))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((((((((....))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).(((((((((((((((..........))))).))))....(((....))).........(((.((((((((.(((..(((((....)))))..))))..))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))))(((((...))))).......(((((((((((........))).))))))))(((((((((((......)))))))).))).......)))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((((.((((((..))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).............((.((((......((...............)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((...))..)))..(((((((..((........))...)))))))..............................)))....))))))).............................................................................. |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((((..))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).((......))..((.((((....((((...(((....)))..)))).....))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))....)).))))))))...(((..........)))...(((((((.(((........)))..)))))))..............................)))...)))))))).((...((((........................))))...))................................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.((((((((.((((....))))........(((..((((((.(((((......)))))..((((((.((((((((..........))))).)))........................(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))).((((.....)))).)))...(((((((((((........))).))))))))...((((((((......))))))))...........)))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................))))))))((.....)) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).......(((.(((((((((((((......)))))).(((((((((((((((..........)))))).)))..........((...........(((.((((((((.(((..(((((....)))))..))).).))))))).)))((((((((....)))))))))).))))))((....))......)))))))((((.....)))).)))((((((((((((((........))).))))))))...((((((((......)))))))).)))........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.....((((((....))))))...(((.((((((.(((((((((......)))))).)))....(((((((((........))))))).))..(((((((......)))))))..(((((((((((((..(................)..).)))..))))))))).((((((((..))))))))..((((((((((((...(((...((((.((((.(((...))).))..))))))(((....(..)..((........))((..((.((((((((......))))))))))..))))).).))....))))).))))))).(((..(..((((.((...)).))))...)..))).).))))))))))))))))))))........ |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................((..............((.(((......)).)....)).....................(.......)......(((...........(((.)))......)))........(...((........)).)..................(..........)...........((............)).........................)).......(............).................... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((........)....(((((((((((((......))))))...(((....((((((..........)))))).((......))..)))((...(..((((...(((....)))..))))....)..))(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))).(((..........)))...(((((((((((........))).))))))))(((.(................)....))).......(((...((((((..((((.....((..............)).))))..))).........))).)))........).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.((((((..(((((....)))))..................((((((......))))))........((.(((((..........)))))..))............................(((((((..(((..(((((....)))))..)))...)))))))....((((((((....))))))))..............................((((.....)))).......(((((((((((........))).))))))))...((((((((......)))))))).............)))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((.(((((((.(((((....))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((......))..((((......(((((...(((....)))..)))))..............))))..........(.((((((((....)))))))).).))))))..............))))))).(((..........)))...(((((((((((........))).)))))))).(.((((((((......))))))))..).........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................))))))))......... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((.(((((((.(((((....))))).......(((..((((((((((((......)))))).((((((.((((((((..........))))).)))........................(((.(((((((..(((..(((((....)))))..)))...))))))).)))((((((((....))))))))...))))))..............)))))).((((.....)))).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((((((((......)))))))).)))........))))))).(((..(((((((((((.....)))))....)).))))..)))..................)))))))))........ |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.....)).)))...(((....))).((((...(((((.(((...((((((......))))))..(((((((.....))).)))).....(((((.......))))).)))..(((...........))).))))).((((.................))))...........((((((((....)))))))).................)))).(((((...((((.....))))..((((.((((((((.((........))..))))))))...((((((((......)))))))).(((.......((((....))))..(((((((((((.....)))))....)).))))...........)))..))))............)))))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.....{{{..))))(((((....))))).......}}}.((((...((((((aaaa..))))))....AAAA....((((..........)))).))))..........((((((((..[[[[[....))))).(((((]]]]]..)).))).......)))..(((((.....((((((((....)))))))).........((((.....((((.(((....((((.....)))).....)))....(((.((........))..))).))))...((((((((......))))))))..(((.......<<<))).>>>....)))).(((((.....)))))....(((((.((.............)))))))...........)))))... |
