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GAGGAAAGUCCGGGCUCGCACAGGCUGUGAUGCCUGUAGUGUUCGUGCUUAGCGAAACAAUAAGCUAAGGUGCUCUAUUAGAGUAACGGCAGGAAAACAAGCUAAGGUUUUUAACUAUGCUUAAGUAUCCUUGAAAGUGCCACAGUGACGAAGCGGAUAGGGAAACUUAUUCGGUGGAACGCGGUAAACCCCUCGAGCGAGCAACCCAAACAAUGGUAGGGGCGCUUUUUGUUGGGAAUUAAGAACGAGACAAAAAGGCAGGUUAACUGCAGAUAGAUGGUUACCACAUUGCUUUUUCUCCCUGGAAAGUAGUGUACAGAACACGGCUUAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((...)))))).)((.((((.....(((...(((.....)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((...................)))))))((((.....))))...............((((((((((((......))))))))))))......))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((....((((....(((((((((......)))))).)))......((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((...(((.....)))..)))).....)))).......)))............((((((((....)))))))).))))....((....))))........................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(((((...((((...))))..)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((...((((...))))..)))).....))).......))))...(((((....((((((((....)))))))).......(((((..((((((.((((..((..(((...........)))))))))((((((...............)))))).)))..)))..))))).........))))).((((((((((((......))))))))))))...)))))).)))).. |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((................)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))......................(((((((((...............))))))))).......................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((...(((.....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))................(((((((((..........))))))))).......)))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((...(((.....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))......................((((((((.((..........))..))))))))((((.....))))................(((((((((..........)))))))))................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(..((((((......)))))).).)))))..((((((..........))))))..(((((...)))))................((................)).................................((((((((....))))))))...............................(((...........)))...(((((((((...............)))))))))((((.....))))...................(((((((........)))))))((((.....))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((.....)))))......(((....((((...(((.....)))..)))).....))).......................((((((((....)))))))).......................))))))..(((...(....)..)))...((((((((.................))))))))((((.....)))).................((((((..............)))))).................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((.(((.((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((...)))))).)((..(((....((((...((((...))))..)))).....)))......(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).))))))))...(((...........)))...(((((((((...............)))))))))((((.....))))...............(((((((((((........)))))))))))......).)))))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.(..((((((......)))))).).)))))..((((((..........))))))(((((((...)))))).)...((((....((((....(.......)...)))).....))))........((((..........((((((((....))))))))))))........................(..(((...(....)..)))..)(((((((((...............)))))))))((((.....))))........(.......)..((((((((......))))))))((((.....))))....... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((.....)))))..(((((((....((((...((.......))..)))).....)))).......)))...((..(....((((((((....))))))))..)..))................)))))...(((...(....)..)))...(((((((((.((.........)).)))))))))(((((...)))))..................((((((((........))))))))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).....(((((((((......)))))).)))(((...[[[[[[))).......]]]]]].((((((...))))))..(((..[[[[[[..)))...]]]]]].(((....(((((....))))).....[[[[))).......((((((((....))))))))]]]]..(((......[[[[[...)))....(((........)))]]]]]..(((((((((...[[[[[.......)))))))))((((.....)))).......]]]]]...((((((((((((......))))))))))))................ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.....((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((..((........))..)))).....))).......))))............((((((((....))))))))...))))))......(((..((((.((((..(((..((....)).)))..))))))))..)))..........((((...((((((((((.(((((........))))))))....))))))))))))))))).(((.((((.....)))).)))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((......))))))..........((((((..........))))))..((((.....)))).......((.....((((................))))......)).......................((((((((....))))))))...................................................(((((((((...............)))))))))((([[..[[[))).........]]].]](((((((((((........)))))))))))................ |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..((((((((..(((((...(((.....)))..)))))...))))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................)))).(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))...............(((((((((.((.......)))))))))))................ |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........))))))..((((((.))))))....((((((...(((((...(((.(..))))..)))))....)))).......))........(..(.((((((((....)))))))).))))))))..............)))))).(.(((.....))))..)))..(((((((((((..........)).)))))))))((((((.))))))................(((((((.((((.....)))))))))))................. |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((.(.........((((((......)))))).(((((....((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((..((........))..)))).....)))).......)))............((((((((....))))))))....................(....)(((..(((..((....))..))).)))(((((((...............)))))))..((((.....))))...............((((((((((((......))))))))))))....))))).)))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((...((((((((((((......)))))).[[[[[[...((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((................)))).....))))........((((..........((((((((....)))))))))))).....[[[[[.[[[[[...))))))...(((.....))).]]]]]..(((((((((...............)))))))))((((.....))))..........]]]]]((((((((((((......))))))))))))...]]]]]]))))).. |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))........((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((...(((.....)))..)))).....))))......((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))..(((((..........(((........))))))))..(((((((((...............)))))))))((((.....))))...............(((((((((((........)))))))))))...))))))....... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........)))))).(((((.....)))))..((.((((....((((...((((...))))..)))).....))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))....)).))))))))...(((..((....))..))).................................................)))......................................................... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((...)))))).)((((((((..(((((...(((.....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))................(((((((((..........))))))))).((.(....))...).. |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((...))))))...((((((....((((...(((.....)))..)))).....)))).....((.((((.(...)....((((((((....)))))))))))).))))((....)))))))))))))...(((..((....)).))).))(((((((((((..........))).))))))))((((.....))))................(((((((((..........)))))))))..)....(...)..... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((...)))))).((((((((....((((....((.....))...)))).....)))).......))(((.(...)....((((((((....)))))))))))...)).((....)))).)))))))....(((...........))))))(((((((((((..........))).))))))))((((.....)))).................((((((((..........))))))))........(...)..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((....((((((......)))))).((((((...((((((..........(((....(((((.....)))))..)))..........)))))).....(((((((.(((((...((((.(((((((((...((..((...((((((((....))))))))......((.((......)).))..)).))...(((.....)))....)))))))))....)))).)))))..............((((.....))))......)))))))..((((((((((((......))))))))))))...)))))).)))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((..((((.....((((((......))))))..........((((((..........))))))(((((((...)))))).)(((((((....((((.(((.((...)))).))))).....)))).......)))............((((((((....))))))))...............(((.............(((............)))..{{{{{{{{{)))............}}}}}}}}}((((<.<<<))))..........>>>>.[[[[[[[[[[[....))))]]]]]]]]]]]...........))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((.....))))).)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((...)))))).....((((....((((...((((...))))..)))).....)))).......((((...........((((((((....)))))))).......(((((.((((((((........................))))..(((((((((...............)))))))))...)))).))))).......))))....((((((((((((......))))))))))))...))))))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))..................((.((((......((................)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((..........))...)))))))..............)))......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...((((...))))....((.((((....((((...(((.....)))..)))).....))))......((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))....)).))))))))...(((..((....))..)))..(((((((.(((..........)))..)))))))((((.....)))).)))............(((((((((..........)))))))))................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.....)).(((....((((((......)))))).((((((...((((((..........(((....(((((.....)))))..)))..........)))))).....(((((((.(((((...((((.(((((((((...(((....(.((((((((....)))))))).)....)))......((.(((....)))..(((........))).)))))))))))....)))).)))))..............((((.....))))......)))))))..((((((((((((......))))))))))))...)))))).)))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((((.....))))).)))))..((((((...((((((..........(((....(((((.....)))))..))).(.....)..)))))).....(((((((.(((((...((((.(((((((((((.(((....(.((((((((....)))))))).)....))).))...((.(((....)))..(((........))).)))))))))))....)))).)))))..............((((.....))))......)))))))..((((((((((((......))))))))))))...))))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................(....(......)......(...(......).......).((.........)).....(..(........)..)....(.(((........(....).......)))....).......((..............)).................(((............)))............).......(((.............).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.......)..((((((((((((......)))))).....((((.((((((..........)))))).((((.......)))))))).((((....((((...(((.....)))..)))).....))))(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))..(((..((....))..)))..(.((((((((...........)))..))))).)((((.....))))......((((...((....(((.(((..........)))..)))..........)).)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((......))))))............((((..........))))...((((((...))))))....................................................................((((((((....))))))))................................................................................................................((((((((((..........))))))))))................ |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((...)))..((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).((((((...))))))..(((((((....((((..((........))..)))).....)))).......)))............((((((((....))))))))...))))))..............))))))..(((..((....))..)))..(((((((((...............)))))))))((((.....))))...............(((((((((((........)))))))))))................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((...(((..((((((((((((......)))))).)))......((((((..........)))))).(((((.....)))))..))).)))....((((..((........))..)))).....)))))......(((...(((((....((((((((....)))))))).......(((((.((((.(((....)))...(((...........)))((.(((((((((...............))))))))))).)))).))))).........))))).(((((((((((........))))))))))).........))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((...((((((......))))))..(((((((.....))).))))...))))....(((((.....)))))..((((........(((..((........))..))).(((....))).....))))............((((((((....))))))))..))).............((((.(((.....((............))..))).(((((........))))).))))........((((.....)))).....((((.......))))...(((((.....)))))...((((.....))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((...(((.(((((((((......))))))....(((...{{{{{{))).......}}}}}}.(((((.....)))))..((((........(((..((........))..))).(((....))).....))))............((((((((....)))))))).......))).....((((............[[[......[[[[[))))..(((((((((]]]............)))))))))((((.....)))).....((((..]]]]]))))))).(((((....)))))...((((.....)))).)))).. |
