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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00327



RNA: ASE_00327
Rfam family: RNaseP_nuc

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))...........((((....((((..((((((.((((...((((((((.((....))))))))))....))))........((((((((........(((..(((((((((...)))))))))...)))..)))))).)).....(((((...)))))))))))..)))).((((((((((.....))))))).)))..))))....))))))))))...((((....)))).)))....(((....))).....))))))))))).
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((...(((((.............((((..........(((((......)))))........))))...................................((((.....(((((....)))))((((((....))))))........(((((((..........................................)))))))..))))....................................................................)))))(((((((....)))))))......................))...)))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))..............(((((......((((((.............((((....))))((((.((....)).))))......((((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....)))))).))..................)))))).))))).((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))....(((....))))))))....(((....))).....))))))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(.((((((...(.((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))..........................((((...............((.((....))))((.((....)).))..........((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....))))))......................))))........((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))(..((((....))))..).............)......)))))).)....
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.(....((((((((....((((((........((((((......))))))......)))))).............((((((......((((((....((((((...((((....))))((((.((....)).))))..)))))).(((((.............(((((((.......)))))))........))))).........(((((...))))))))))).))))))((((((((((.....))))))).)))...........)))))))).(..((((....))))..)..................).))))))))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((((.((((((....(.(.((((((......)))))).).)..)))))).))..........((((((......((((((..((.........((((....))))((((.((....)).))))......((((((((........((((.(((((((((...))))))))).))))...)))))).))...............)).)))))).))))))((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))....(((....)))))))).((.(((....)))...))))))))))))).
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] (....(((...................................(((((........))))).......................................................((((.(......)))))........(((.......)))................................................................................................................................................................................))).....)
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((((.(((((........((((((......))))))......)))))))).........((((....((((..((((((....((((((...((((....))))((((.(((...)))))))..))))))((((((........((((.(((((((((...))))))))).))))...))))))........(((((...)))))))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..))))....))))))))))....(((....))))))))....(((....))).....))))))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......)))))).((....)).(((...)))..(((((((........))))))).((((....))))((((.((....)).))))......((((((((.((......(((.(((((((((...))))))))).)))))..)))))).)).....(((((...)))))....(((.((...((((((((((.....))))).)))))....))))).)))))))))).......((((....))))....(((....)))..)).))))))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((.((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))............(((..........[[[[[[))).....((((((((({{..))}}.)))))))..................((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....)))))).....................]]]]]].......((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))...((((....))))))))...................))))))))))).
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((...((...((..........((.....(((.........((..............)).......))).)).....(((((((...............(((((.........)))))........................................((......................((...(((.(......).)))..))..)......)......................................................................((.((((....)))).)).......)))))))........).))).))).
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......)))))).((....))..((...)..((((..(((((...(((....))).((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((..(......(((.(((((((((...))))))))).))))...)))))).)).....(((((...))))).)))))..)))).((((((((((.....)))))).)))).....)....)))))))))).......((((....))))....((......))..)).))))))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((...((((((........((((((......))))))......)))))).......[[[[[.((((((......((((((....((((((...((((....))))...(((((...)))))....))))))((((((.............(((((((((...)))))))))........))))))........(((((...))))))))))).))))))((((((((((.....))))))).)))..........))))))))))..............))))).......]]]]].......))))))))))).
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((...................(((((..........(((((......)))))........))))).((.((.((((((.....................((((.....(((((....)))))((((((....))))))........(((((((..((.......(((.................))).)).....)))))))..))))...........................................................((............((((((......)))))).)).)...))))))).)...))))...)))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((...................(((((..........(((((......)))))........))))).(..((.((((((.....................((((.....(((((....)))))((((((....))))))........(((((((.(((.......(((.................))).)))....)))))))..))))...........................................................((............((((((......)))))).)).)...))))))).....))))...)))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((....((((..((((((..((...((.((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((........((((.((((((((.....)))))))).))))...)))))).))......)).))....)).))))))..)))).((((((((((.....))))))).)))..)))).)).)))))))))).......((((....))))....(((....)))..)).))))))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.....((((((((((...((((((........(((((((...).))))))......))))))...........(((.....((((..((((((.((((....))))((((....))))((((..........))))......((((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....)))))).)).....(((((...)))))))))))..)))).((((((((((.....)))))).))))...)))....))))))))))...(((([[[[))))]]]]....(((....))).....))))))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((....((((...((((((.((((((........((((((......))))))......))))))..))))))...((((((............)))))).........((((....)))).....))))............((((((..................))))))......(((((((((.((((....(((((((((.(((((((................)))))))..(((((((.....)))))))....)))).))))).................((((....)))).)))).))))).))))...))))))))))).
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...(((....................((((..................................))))...................................((((.....(((((....))))).(((((....)))))...................................................................))))................................................................................................................)))...)))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((....((((..((((((..((...((.((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((........((((.((((((((.....)))))))).))))...)))))).))......)).))....)).))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..)))).)).)))))))))).......((((....))))....(((....)))..)).))))))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((((((((((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((....((((..((((((..........((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((........((((.(((((((((...))))))))).))))...)))))).))......))..........))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..)))).)).)))))))))......((....))))))))........(((.....)))))))))))))).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((((((((((((..((((((........((((((......))))))......))))))..)))...((.((.((((.((((..((((((..((((((((...((((....))))((((.((....)).))))..))))))((((((.............((((((((.....))))))))..(....)))))))..................)).))))))..)))).((((((((((.....))))))).))))))))).))...))))))))....(((....))))))))....(((....))).....))))))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((..((.(((((((((((..((((((..(.(((((((((((...).)))))))))).)))))))...((...(..((((((((..((..)))))))))))...)).((.(((....)))))..(((.((..(((.((((...)))))).)..))))))))))((.(((((((((...))))))))).)).((.(.(((((((((.(((((((................)))))))((((((....)))..))).......)))).)))))).)))))))).))((((....))))..(((.(.((......))).)))))))))))))).
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.(......................................................................................................................................................................................................................................................................(((...(.......................)............................))).......).).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((..(((((((((....((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((.(..((((..((((((.............((((....))))((((.((....)).))))......((((((((..........((.(((((((((...))))))))).)).....)))))).))......(((.....))).))))))..)))).((((((((((.....)))))).)))).))))).))..))))))))).......(((......)))....(........)..)).))))))))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))...........((((....((((..((((((..((...((.((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((.((......(((.(((((((((...))))))))).)))))..)))))).))......)).))....)).))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..))))....)))))))))).......((((....))))................)).))))))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((......))))..((((.((((((........((((((......))))))......))))))..)))).(((.((........))..)))(((..(((....))).((((....)))).))).((((...((((......(((.....))))))).........(((.(((.....))).(((..((....))..)))))).....((((.....)))).))))..((((..((((((((((.....))))).))))).((((............))))..((((....))))..))))....((((.......))))..........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................