|
|
|
UUAGAGCAGUAGCAACUCCUACGAUUUUAACCUGCUUACGAACUAUUAGUCUGAUCUAAUAAUACAUGCAGGUGGGAAAUUCGGUGAAACACAACAAAUGAGGUUUCAGUUAUUUGGGCUCGUGAGAGCAGCCUGGGGAACCUGGUUAUAAUAGCGGCGCUAUCAGAAAUUCAACGCUAUCAAAUUUUGAUGGUGAUGGGAACGGCGCUAGCAACAAACAUAUUUUAUGUACCUCACGUGUUUGACUUAAUCAUUUACUGGUUAAAGUCUGUUCAGUGCAAUCGUAGGACUUCUAAGCAAUUAGUUGCACCCGAUACCGAUCAAUGGUACUGUUCUAAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((((((((((..(((((((......(((((.........((((((......)))))).......)))))....[[[.[[[[[............((((((.............((((....))))(((((((....))))))).......(((((((.............(((((((((...)))))))))........)))))))....................)))))).......((((((((((.....))))))).))).............)))))))(((((((....))))))).......]]]]]]]]..)))))))))))))..
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))...........((((....((((..((((((.((((...((((((((.((....))))))))))....))))........((((((((........(((..(((((((((...)))))))))...)))..)))))).)).....(((((...)))))))))))..)))).((((((((((.....))))))).)))..))))....))))))))))...((((....)))).)))....(((....))).....))))))))))). |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...((...(((((.............((((..........(((((......)))))........))))...................................((((.....(((((....)))))((((((....))))))........(((((((..........................................)))))))..))))....................................................................)))))(((((((....)))))))......................))...)))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))..............(((((......((((((.............((((....))))((((.((....)).))))......((((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....)))))).))..................)))))).))))).((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))....(((....))))))))....(((....))).....))))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(.((((((...(.((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))..........................((((...............((.((....))))((.((....)).))..........((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....))))))......................))))........((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))(..((((....))))..).............)......)))))).).... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(....((((((((....((((((........((((((......))))))......)))))).............((((((......((((((....((((((...((((....))))((((.((....)).))))..)))))).(((((.............(((((((.......)))))))........))))).........(((((...))))))))))).))))))((((((((((.....))))))).)))...........)))))))).(..((((....))))..)..................).))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((.((((((....(.(.((((((......)))))).).)..)))))).))..........((((((......((((((..((.........((((....))))((((.((....)).))))......((((((((........((((.(((((((((...))))))))).))))...)))))).))...............)).)))))).))))))((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))....(((....)))))))).((.(((....)))...))))))))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((...................................(((((........))))).......................................................((((.(......)))))........(((.......)))................................................................................................................................................................................))).....) |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((((.(((((........((((((......))))))......)))))))).........((((....((((..((((((....((((((...((((....))))((((.(((...)))))))..))))))((((((........((((.(((((((((...))))))))).))))...))))))........(((((...)))))))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..))))....))))))))))....(((....))))))))....(((....))).....))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......)))))).((....)).(((...)))..(((((((........))))))).((((....))))((((.((....)).))))......((((((((.((......(((.(((((((((...))))))))).)))))..)))))).)).....(((((...)))))....(((.((...((((((((((.....))))).)))))....))))).)))))))))).......((((....))))....(((....)))..)).))))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((.((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))............(((..........[[[[[[))).....((((((((({{..))}}.)))))))..................((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....)))))).....................]]]]]].......((((((((((.....)))))).))))..........))))))))))...((((....))))))))...................))))))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((...((...((..........((.....(((.........((..............)).......))).)).....(((((((...............(((((.........)))))........................................((......................((...(((.(......).)))..))..)......)......................................................................((.((((....)))).)).......)))))))........).))).))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......)))))).((....))..((...)..((((..(((((...(((....))).((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((..(......(((.(((((((((...))))))))).))))...)))))).)).....(((((...))))).)))))..)))).((((((((((.....)))))).)))).....)....)))))))))).......((((....))))....((......))..)).))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((...((((((........((((((......))))))......)))))).......[[[[[.((((((......((((((....((((((...((((....))))...(((((...)))))....))))))((((((.............(((((((((...)))))))))........))))))........(((((...))))))))))).))))))((((((((((.....))))))).)))..........))))))))))..............))))).......]]]]].......))))))))))). |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((...................(((((..........(((((......)))))........))))).((.((.((((((.....................((((.....(((((....)))))((((((....))))))........(((((((..((.......(((.................))).)).....)))))))..))))...........................................................((............((((((......)))))).)).)...))))))).)...))))...)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((...................(((((..........(((((......)))))........))))).(..((.((((((.....................((((.....(((((....)))))((((((....))))))........(((((((.(((.......(((.................))).)))....)))))))..))))...........................................................((............((((((......)))))).)).)...))))))).....))))...)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((....((((..((((((..((...((.((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((........((((.((((((((.....)))))))).))))...)))))).))......)).))....)).))))))..)))).((((((((((.....))))))).)))..)))).)).)))))))))).......((((....))))....(((....)))..)).))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.....((((((((((...((((((........(((((((...).))))))......))))))...........(((.....((((..((((((.((((....))))((((....))))((((..........))))......((((((((.........(((.(((((((((...))))))))).)))....)))))).)).....(((((...)))))))))))..)))).((((((((((.....)))))).))))...)))....))))))))))...(((([[[[))))]]]]....(((....))).....))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((....((((...((((((.((((((........((((((......))))))......))))))..))))))...((((((............)))))).........((((....)))).....))))............((((((..................))))))......(((((((((.((((....(((((((((.(((((((................)))))))..(((((((.....)))))))....)))).))))).................((((....)))).)))).))))).))))...))))))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((....................((((..................................))))...................................((((.....(((((....))))).(((((....)))))...................................................................))))................................................................................................................)))...)))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((....((((..((((((..((...((.((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((........((((.((((((((.....)))))))).))))...)))))).))......)).))....)).))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..)))).)).)))))))))).......((((....))))....(((....)))..)).))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((....((((..((((((..........((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((........((((.(((((((((...))))))))).))))...)))))).))......))..........))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..)))).)).)))))))))......((....))))))))........(((.....)))))))))))))). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((((..((((((........((((((......))))))......))))))..)))...((.((.((((.((((..((((((..((((((((...((((....))))((((.((....)).))))..))))))((((((.............((((((((.....))))))))..(....)))))))..................)).))))))..)))).((((((((((.....))))))).))))))))).))...))))))))....(((....))))))))....(((....))).....))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((.(((((((((((..((((((..(.(((((((((((...).)))))))))).)))))))...((...(..((((((((..((..)))))))))))...)).((.(((....)))))..(((.((..(((.((((...)))))).)..))))))))))((.(((((((((...))))))))).)).((.(.(((((((((.(((((((................)))))))((((((....)))..))).......)))).)))))).)))))))).))((((....))))..(((.(.((......))).)))))))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.(......................................................................................................................................................................................................................................................................(((...(.......................)............................))).......).). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..(((((((((....((((((........((((((......))))))......))))))........((.((((.(..((((..((((((.............((((....))))((((.((....)).))))......((((((((..........((.(((((((((...))))))))).)).....)))))).))......(((.....))).))))))..)))).((((((((((.....)))))).)))).))))).))..))))))))).......(((......)))....(........)..)).))))))))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((..((((((((((...((((((........((((((......))))))......))))))...........((((....((((..((((((..((...((.((.((((....)))).(((.((....)).))).......((((((((.((......(((.(((((((((...))))))))).)))))..)))))).))......)).))....)).))))))..)))).((((((((((.....))))).)))))..))))....)))))))))).......((((....))))................)).))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((......))))..((((.((((((........((((((......))))))......))))))..)))).(((.((........))..)))(((..(((....))).((((....)))).))).((((...((((......(((.....))))))).........(((.(((.....))).(((..((....))..)))))).....((((.....)))).))))..((((..((((((((((.....))))).))))).((((............))))..((((....))))..))))....((((.......)))).......... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |