|
|
|
ACGUGCAAUUUUUGGAUAAUCGCAUGAAAAGUUAUUUUUUAUGAGGAAAGUCCAUGCUAGCACUGGCUGUGAUGCCGGUAGUGUUUGUGCUAGGCGAAACAAUAAGCCUAGGGACGGAUUAUUUCGUUACGGCGGAUGAAACAGCUAAGUCUCUUGAUAUGCUGGAGUAGGCCUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGUUUUUGUGGAAACACAAAAAGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGCAACCCAAACUUUGGUCGGGGCAUGGAAUGCGUGGAAACGAACAUUGCAUUCUGACUGGAAACAGUAGACAGAUGAUUAUCGAAGGAAAUGGUACCUAGUCAUUUCUGGAACAAAACAUGGCUUAUAGAAAAUUGCAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...((((((((((((((((((.(((((((((...)))))))))....[[[.[[[[[(((((((((((......)))))).....(((((((((((..........))))))(((((((....)))))).)((.((((.....(((...(((....)))..)))......)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))))))))))))...(((...........)))...(((((((.................)))))))((((....))))........)))))))...(((((((((.....))))))))).........]]]]]]]].).))))))))))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((.(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((((..((((....(((((...........))))).))))..((.((((..((....))..)))).)).((((((((....))))...))))......((....)).....))))..))))))..))).))....)).))))))).)))))))))))) |
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................((.....)).(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).(((((.....).))))..(((((.(....((((...(((....)))..)))).....).)).......)))............((((((((....))))))))...))))))..............))))))).(((..((....))..)))...................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((.(((((((.(((((((.......))))))).......((((((((.(((((((((....(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).))))).......((((...(((....)))..)))).....))))....))))).....((((((..((((((((....)))))))).(((...(((((...........))).))...))).))....)))).)))))))).((((.............)))).((((.(((.......))).)))).)))))))...((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................(((((((((...)))))))))...........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).............((((...............))))...............................((((((((....)))))))).......................))))))).(((((...))....)))...((((((((((....).......)))))))))..............................(((((((((.....)))))))))................................ |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((.....))))))))......(.((((((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....))))))))).........))))))................. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................((((((((.....))))))))............((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((...(((....)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................))))))......................(((((((((((........))).))))))))((((....))))..................(((((((((.....)))))))))................................ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((...(.((((((((.....)))))))).)....)))).(((((((((((((......))))))..........((((((..........))))))..(((((....))))).........................(...........)..............................((((((((....)))))))).......................)))))))..(.............).....((((((((((........))).))))))).((((....))))..................(((((((((.....)))))))))....................))))))))))). |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....))))))))...........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).............((((....((....))...))))...............................((((((((....)))))))).......................))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((((........(((((((.......)))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((....)))))).)(((........((((...(((....)))..))))......))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))..).))))))))...(((...........)))...(((((((((((........)).)))))))))((((....))))..................(((((((((.....))))))))).........)))))))).).))))))))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.((((((((.....)))))))).))...)))).((((((((((((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......)))))).)))((((.........))))...((........))(((..........((((((((....)))))))))))....................))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).....(((....)))...(((((((((.....)))))))))....................))))))))))). |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....)))))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....)))))).....((((....((((....((....))...)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...(....)..)))...((((((((.((........))..))))))))(((((..)))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....))))))))...........(((((((((((((......)))))).(((((....((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......)))............((((((((....))))))))....)))))..............))))))).(((...(....)..)))...(((((((((((........))).))))))))(((((..)))))........)))))))...((((((((.......))))))))................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((.....(((((((((...)))))))))......)))).(((((((((((((......)))))).....((((.[[[[[[...))))...]]]]]].((((((....))))))..(((........((((...(((....)))..))))......)))........((((.....[[[..((((((((....))))))))))))...]]].............))))))).(((........[[[)))...(((((((((.............)))))))))((((....)))).]]]..(((.........((((((((.......)))))))).........)))........))))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((.(((((((.((((((((.....)))))))).(((...))).(((((((((((((......))))))...((((((.((((((..........))))).).))))))...((((((......)))))).((((...(((....)))..))))..((.(((((...)).))))).(((...((.((((((((....)))))))).))...)))((......))....))))))).(((..((....))..)))...((((((((((........)).)))))))).((((....))))........)))))))...((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((([[[[[.((((((((.....)))))))).......))).(((((((.((((({{....)))))...........((((((..........))))))..............................}}((.....<<<<......)).>>>>..(((........)))............((((((((....)))))))).......................)))))))......((....))........(((((((.((........))..))))))).((((....))))........]]]]].....((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.(((((((((((((((.....))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((((..)))))))..((((((((..(((((...(((....)))..)))))...))))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).)))))))...............)))))))................)))).(((((((((((........))).)))))))).(((....)))........))))))).((((((((((((.....)))))))))))).)))......................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.((((((((((((((((...)))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((....(((((..(((....))).))))).....)))).......))).........((.((((((((....)))))))).)))))))..(....).......)))))))...((.....))....))))..((((((((((........))).)))))))..((((()))))........)))))))....(((((((((.....)))))))))....)))))....................... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((.(((((((.((((((((.....)))))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))....((((((.((((((..........))))))..))))))...((((((......)))))).((((...(((....)))..))))..((.(((((...)).))))).(((...((.((((((((....)))))))).))...)))..............))))))).(((..((....))..)))...((((((((((........)).)))))))).((((....))))........)))))))...((..(((.........)))..))....................))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((..((((((.(((((((((...)))))))))......((((.[[[[[[[((((((......))))))..........((((((..........)))))))))).))))))((((((..)))))).....((((...............))))..(((((((........((((..........((((((((....))))))))))))....((((((.((((....]]]]]]]..((((...))))..))))..(((((((((.............)))))))))((((....))))..........))))))..(((((((((.....)))))))))............))))))).))))))))))). |
|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((.(((((((.......................(((...)))..((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((....))))))..(((........((((...(((....)))..))))......)))......((((...(((...((.((((((((....)))))))).))...)))))))..........))))))..(((..((....))..)))...((((((((((........)).)))))))).((((....))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))....................)))))))))... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.(((((((.......)))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((((.((((((..........))))))..(((((....)))))...(((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).......)))......))....((((((((....))))))))...))))))((....))......)))))))..((((...))))...)))).........(((........))).............................))))))).......................................................... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((((((((((((.....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....)))).)))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).......))))))))...(((((((((.....)))))))))...((.(....))...)...)))......... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.(((((((((((((((((.....))))))))......(((..(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))(((((((....)))))).).((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....))...)))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).)))...))))))))...(((((((((.....)))))))))....).........((...))))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((((((((((.....)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((....)))))).)((((((((..(((((...(((....)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).......))))))))...(((((((((.....)))))))))...((.(....))...).).)))......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((((((((((((.....))))))))......(((..(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))(((((((....)))))).).((((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....))...)))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........))).))))))))((((....)))).)))...))))))))...(((((((((.....)))))))))....))........((...))))......... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((..(((((((.((((((((.....)))))))).(((...)))..((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((....)))))).)(((((((....((((....((....))...)))).....)))).......))).).....((...((((((((....))))))))......)).((....))...)))))))))..(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))((((....))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))..............((...))))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((.(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((((...((.((..........(((..((....))..))).(((.((((..((....))..)))).)))((((((((....))))...))))........)).))......))))..))))))..))).))....)).))))))).))))))))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((.(((((((((((((((((...))))))))).(((...))).(((((((((((((......))))))..(((((((.((((((..........))))))..)))))).)(((((((......)))))))((((.(.(((....))).)))))..((.(((((...)).))))).(((......((((((((....))))))))......)))..............))))))).(((............)))..(((((((((((........)).)))))))))((((....)))).......))))))))....((((((......[[[))))))..............]]]....))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((..((((...(((((((((...)))))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((......((((.........(((((..((((((....)))))).............((((...............))))...))))).......))))............((((((((....))))))))...))))))..............)))))))..((((...))))...))))........((((................((((((((....))))...))))...........(((((((((.....))))))))).........))))..)))).))))))))))). |
|
RNASampler(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............((((((((................................(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((....))))))....(((......((((...(((....)))..))))........)))....................((((((((....))))))))...))))))..............))))))).....................((((((((...............))))))))((((....)))).......))))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))...................((.((((......((...............)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((........))...))))))).............)))....))))))).......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............(((((((.((((((((.....))))))))......(((..(((((((((((((......)))))).((((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((((.....(((...(((....)))..)))......)))).......)))......))....((((((((....))))))))...))))))((....))......))))))).(((..((....))..)))..(((((((((((........))).)))))))).............)))....)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((.(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((((..((((....(....)...(((.....)))..)))).(((.((((..((....))..)))).)))((((((((....))))...))))......((....)).....))))..))))))..))).))....)).))))))).))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.........(((((((.(((((((((...)))))))))......(((..(((((((..(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).....((.((..(((.....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))..)))..)).))....))))))).(((..((....))..)))...((((((((((........)).)))))))).((((....)))).)))....)))))))...((((((((.......)))))))).........))))((............))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((((((..(((...((.((((((((....)))))))).))...)))(((((.((((....(....)...(((.....)))..)))).(((.((((..((....))..)))).)))((((((((....))))...))))...)))))........))))))((((......)))).......)).))))))).))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((..((((((((((((((((....))))..((......))..))))(((((..((((((((((...............))((((((........))))))...(((((....))))).(((..(((.(...(((((((........))).))))....).)))..).))...)))))).((((..(((((((((..))))))))).....))).((....)).).))).))))((..(((..((........))..)))..)).((.............))..(((((((((..)))))...)))))))))))).(((((((((..((...)))))))))))(((((...)))))......))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................(...................(.(((......)).)....)......................(.......).........(...........((..)).....)...........(.(...............)...).....................(................).....).............((...(........)....))..... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.....(((((...........)))))......)))))(((((((((((((......))))))...(((....((((((..........)))))).(((((......)))))..))).(.(.....(((...(((....)))..))).......).)(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))).(((..((....))..)))..(((((((..((........))...)))))))((((....))))((....(((.((......(((((((((.....)))))))))..)).....)))..))................ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((......(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((.........................................(.((((..((....))..)))).)......((((....))))............................))..))))))..))).......)).))))))).))))))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(.(((((((.((((((((.....)))))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))...........((((((..........)))))).((((((....))))))..(((((......((((...(((....)))..)))).......)).......)))...(((...((.((((((((....)))))))).))...)))..............))))))).(((..((....))..)))...((((((((((........))).))))))).((((....))))........))))))).).((((((((.......))))))))................................ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((((((.((((..((.(((((((((...)))))))))..))..))))...((((((.(((((((..(((((............((((((..........)))))).((((((....)))))).)))))......))))))).(((....))).)))))).(((((((((...((.(((.((((((.((.((((((((....)))))))).))......((((...((.((..........(((..((....))..))).(((.((((..((....))..)))).)))((((((((....))))...))))........)).))......))))..))))))..))).))....)).)))))))..)))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...............)))).((((....)))).((((.((....)))))).....((((((......))))))...((((((.((((((..........)))))).((((((....))))))...))))))....((((((..((....)))).))))..(((((((......((((............((((((((....)))))))).........))))..((((....(((((...........))))).))))...((((((((((........)).)))))))).((((....)))).........((((((....))..))))..((((......))))..........)))))))............. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((........aaaaaa.)))))....AAAAAA.(((.....)))..((((.(((...((((((......))))))...(((....<<<<<<..))).....>>>>>>.((((((....))))))..(((((((....[[[[[[.))).((((.]].]]]]...))))........))))..))).......((((((((....)))))))).))))....(((...((((....(((((...........))))).))))...((((((((((........)).)))))))).((((....)))){{{.......(((((....))..))).)))..(((((.}}}..........)))))................. |
