|
|
|
CCAUGCUGGACGUACGGGCGAACGCCGCACUUCCUCAAAUUCAAACGCGUUGAAAAGCGCACAGCUCGUUGAGGGGGUAAGGUCGGAGAAACAUCUUCGUUGCGUGCUCGUGAGGAGCGAAGAACGAACGUUCUGCCGAAUGUACCAGAAAUUCAAUCAGUAUGGCCUCGUUUGUCGUACCUGAUUUUGAAACGCAUUCGAGAAGAUUUAUUUUAGUGCAAUGUGUGGCACCUGUUUGUCAGGUAACUCGAUUCCGACUAAUCUUGUCUGUAUGUCUGGUGUGGUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
........(((((((((((((..((((((..(((((..........(((((....)))))..........))))).............((((.(((((......................(((........)))...((((((............(((((((((((.......)))))).)))))........))))))..))))))))).............))))))(((((.....)))))...................)))))))))))))..........
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.......((((((((((........(((((....)))))........))))))))))..(((((((.....(((...(((((.(((((.....)))))....(((((((...(((((..(((((...((((...(((.(((((((.......)))))))....((((((.......)))))).)))..))))..))))).....)))))..)))))))...)))))..))))))))))....))))))))))))))))))))).. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...(((((......................((((..........(((((....)))))..........))))....................((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((....................................................)))))))))))...................)))))(((((.....))))).................................))....... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((....(..((((((((((........(((((....)))))........))))))))))..)((((((.....((((((.......((((.....))))..................(((((((...........((((((((((((.......))))))).))))).......))))))).))))))......................(((((.....)))))........)))))).....))))))))))))))))))))).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((....(..((((((((((........(((((....)))))........))))))))))..)((((((......(((((......(((((....).)))).(((((....)))))..(((((((.........((((((((((((((.......)))))).))))))..))...))))))).))))).......................(((((.....)))))........)))))).....))))))))))))))))))))).. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((((((((((((..((((((((((((((.........(((((....))))).........)))))))........(((((....)))))(((((..((((.....))))..(((((....)))))..(((((((............(((((((((((.......))))))).))))........))))))).................))))))))))))(((((.....)))))...................))))))))))))))))))))... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((....(..((((((((((........(((((....)))))........))))))))))..)(((((((....((((((......(((((.....))))).(((((....)))))..(((((((........(((((((((((((((.......))))))).)))))..)))..))))))).))))))..........((........))(((((.....))))).......))))))).....))))))))))))))))))))).. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((.............................(((((....)))))............................................(((((....).))))....................................................................................................................................................))))).............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((........(((((....)))))........)))))))((((...((((((((.....((((((...(((((.....)))))...))))))..)))).))))...)))).....(((((((((((((((.......)))))).))))..)))))..(((((..((((......)))))))))...)))))))(((((.....)))))...(((....)))......))))))))))))))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((........(((((....)))))........)))))))((((...((((((((.(...((((((...(((((.....)))))...)))))).))))).))))...)))).....(((((((((((((((.......)))))).)))))..))))..(((((..((((......)))))))))...)))))))(((((.....)))))...(((....)))......))))))))))))))))))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((..(((((((((((((((........(((((....)))))........)))))))))((..[[[[[[........((((((....(((.......)))....))))))..............))........((((((((((((((.......))))))).)))))..)).................................))))))(((((.....)))))........]]]]]].....))))))))))))))))))))).. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(.((...........(((((.........((((((..........((..........))..........)))))).....(((((((........................................................(((.....(..(.((......)))).)))........................................................((((((..).))))).......))))))).....))).............)).))). |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((........(((((....)))))........)))))))((((...((((((((.(...((((((...(((((.....)))))...)))))).))))).))))...)))).....(((((((((((((((.......))))))).))))..))))..(((((..((((......)))))))))...))))))).((((.....))))....(((....)))......))))))))))))))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.......((((((((((........(((((....)))))........))))))))))..((((((((.........((((((((((((.....))))).((((((..))))))..(((((((...........((((((((((((.......)))))).)))))).......)))))))................)))))))......(((((.....))))).......))))))))....))))))))))))))))))))).. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((............................(((((..........(((((....)))))..........)))))(((.((.((((((......((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((...((.......(((..........................))).)).....)))))))))))..........((............(((((.....))))).)).)...))))))).).............)))))....... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((............................(((((..........(((((....)))))..........)))))((..((.((((((......((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((..(((.......(((..........................))).)))....)))))))))))..........((............(((((.....))))).)).)...)))))))...............)))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((((((((((..(((((((..((((((........(((((....)))))........)))))).((((...((((((((.....((((((...(((((.....)))))...))))))..)))).))))...)))).....(((((((((((((((.......))))))).))))..))))..((((...((((......)))).))))...)))))))(((((.....)))))...(((....)))......)))))))))))))..)))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((..(((((((((((((((.(((....{{{{{))).}}}}}........)))))))((((..(((((((((.(...((((((...(((((.....)))))...)))))).))))).)))).).)))).....(((((((((((((((.......))))))).))))..))))..(((((..((((......))))))))).).)))))))(((((.....)))))...((([[[.)))..]]].))))))))))))))))))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((.......((((((((((........(((((....)))))........))))))))))..((((((((....((((((......(((((.....))))).(((((....)))))..(((((((...........((((((((((((.......))))))).))))).......))))))).))))))......................(((((.....))))).......))))))))....))))))))))))))))))))).. |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.............................((((..................................))))....................((((......(((((.....))))).(((((....)))))...................................................................)))).......................................................................)))....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((((((((((..(((((((..((((((........(((((....)))))........)))))).((((...((((((((.....((((((...(((((.....)))))...))))))..)))).))))...)))).....(((((((((((((((.......)))))).)))))..))))..((((...((((......)))).))))...)))))))(((((.....)))))...(((....)))......)))))))))))))..)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((........(((((....)))))........)))))))((((...((((((((.....((((((...(((((.....)))))...))))))..)))).))))...)))).....(((((((((((((((.......)))))).)))))..))))..((((...((((......)))).))))...)))))))..(((.....))))).....((((......))))))))))))))))))))))))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((((((((((..(((((((.(((((((........(((((....)))))........)))))))((((...((((((((.....((((((...(((((.....)))))...))))))..)))).))))...)))).....(((((((((((((((.......))))))).))))..))))..((((...((((......)))).))))...)))))))(((((.....)))))...(((....)))......)))))))))))))..)))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((.((((((((..(((((((((((((((.((((.......))))..............)))))))))))))))...(.(((((((((((......((((...))))....((((((..))))))..(((((((((((((((..(((...............)))...))))))(..)....))))))))))))))))..))))..((((((...))).)))((((...))))....)...((....)).....)))))))).)))))))))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((..(((((((((((((..(((((((..((((((........(((((....)))))........)))))).((((...((((((.......((((((...((((.......))))...))))))....)).))))...))))......(((((((.((((((.......))))))..))))..)))...((((..................))))...)))))))(((((.....)))))...................)))))))))))))..)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..(..(((((((((((((..(((((((..((((((........(((((....)))))........)))))).((((...((((((((.....((((((...(((((.....)))))...))))))..)))).))))...)))).....(((((((((((((((.......)))))).)))))..))))..(((((.((((.......)))))))))...)))))))(((((.....)))))...(((....)))......)))))))))))))..)..))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((......)).)))..(((...((((((((((........(((((....)))))........)))))))))).....((((((....))))))..))).((((.....))))..(((((....)))))...((((.........)))).(((((((((((.......)))))).))))).(((((.....))))).((((....))))...(((.........(((((.....))))).....((((......)))).)))...(((.......)))... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((......)).)))......(((...((((((........(((((....)))))...<<<..)))))).>>>.....((((((....)))))).))).(((((.....))))).(((((....)))))...((((...[[[[[.))))..((((((((((.......)))))).)))).((((((..{{{)))))).((((.........(((..}}})))..(((((.....))))).....((((......))))..)))).....]]]]]....... |
