RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00330

RNA: ASE_00330
Rfam family: RNaseP_nuc

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((.(((((((((((((.((((....))))......((((((...(((.....)))...)))))).........))))))))..((((((....((.((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))(((((((.....)))))))..)))(((((((.((....((...((((((....))))))))..)).)))))))..))))))))..(((((((((..((....)))))))).)))........)).......((.((((((....))))))...))..))))))....))))).))))))).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((((((((((.......(((....)))..((((((...(((.....)))...)))))).........))))))))..(((((.(((((((((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))((((((.......))))))..)))(((((((............((((((....)))))).......)))))))..))))))).....)))))))).(((((((((((....))).)))))).)).((((.....((((((....))))))....)))))))))....))))..)))))))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....((...(((((.......((((..........(((((...................))))).......)))).........................((((..............................(((((....)))))((((((.......)))))).....(((((((...................................)))))))..))))..................................................)))))((((((....))))))...................))....))))...
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((....(((((.....(((((..............................................)))))..............(........................((((........)))).....(((....)))......(.........).........(((((((............(((((......))))).......))))))).....)........((((((...((....)).)))))).................))))).((((((....))))))...................))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((.........(..((((((.........((((((.((((....))))....))))))......))))))..).(((.(((((.......((((((((..........(((((((....)))))))..(((((....)))))((((((.......)))))).....(((((((............((((((....)))))).......)))))))..))))))))....(((((((..((....)))))))))((((................))))(((((....)))))........))))))))..))))).)))))))..
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((((.......((((((.........(((((((((((....)))).)..))))))......)))))))))))..(((((.......(((((((((.(....(((.(((((((....)))))))...((((....))))((((((((.....)))))))).)))(((((((.((.......((((((((....)))))).)).)).)))))))).))))))))).(((((((((..((....))))))))).))...........((((..((.((((((....))))))..)))))))))))....))))).)))))))..
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.................................(((((...................)))))......................................................(((....))).............................................................................................................................................................(........)..........................))).....)
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((((((((((.((((....))))......((((((.((((....))))....)))))).........))))))))..((((((...((((((((((((......(((((((((((....))))))...(((((....)))))...................)))))(((((((.(((........((((((....)))))).)))...)))))))..)))))))))...(((((((..........))))))).........)))...(((.....((((((....))))))....)))))))))....))))).)))))))..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((.((((.......((((((.......((.((.(((((((....)))).))))).)).......))))))))))...(((((.(((((((((((((((......(((.(((((((....)))))))....(((....))).((((((((.....)))))))).)))(((((((.((....((...((((((....))))))))..)).)))))))..))))))).....)))))))).(((((((((((....))).)))))).))..(((..((.((((((....))))))..))))).)))))....))))).)))))))..
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((.((((.......((((((.........((((((...(((.....)))...))))))......))))))))))...(((((.......(((((((((......(((.(((((((....)))))))...((((....))))((((((((.....)))))))).)))(((((((.((.........((((((....))))))....)).)))))))..)))))))))...(((((((..((....)))))))))....................((.((((((....))))))..))....)))))....))))).)))))))..
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(....((((((((.........(....(((.(.........((((........)))...........).......))))..).....(((((((..............................(...).........................................................(.....(((((..(........)).)))).)......................................................................((((((....)))))).......))))))).....)))...)))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((.((((.......((((((.........(((((((((((....)))).)))..))))......))))))))))...(((((.(((((((((((((((.......((.(((((((....)))))))....(((....))).((((((((.....)))))))).)).(((((((.((.........((((((....))))))....)).)))))))..))))))).....)))))))).(((((((((((....))).)))))).))..(((..((.((((((....))))))..))))).)))))....))))).)))))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((((((((.......((((([[[[[[...((((((.((((....))))....))))))......)))))))))))..(((((((((((((((((((((......(((((((((((....)))))))...((((....))))(((((((((...)))))))))))))(((((((............((((((....)))))).......)))))))..))))))).....))))))))....(((((((((......))))).]]]]]]........((((((....))))))...))))))))))....))))).)))))))..
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....(((.............(((((..........(((((...................))))).......))))).((.((.((((((...........((((..............................(((((....)))))((((((.......)))))).....(((((((..((........(((..........))).))....)))))))..)))).........................................((............((((((....)))))).)).)...))))))).)))))....))))...
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((((((((((.((((....))))......(((((((((((....)))).)))..)))).........))))))))..((((((....((.((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))(((((((.....)))))))..)))(((((((.((.......((((((((....)))))).)).)).)))))))..))))))))..(((((((((..((....))))))))).))........)).......((.((((((....))))))...))..))))))....))))).)))))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.((((((((((....((([[[[[[)))......(((((((((((....)))).)))..))))......]]]]]])))))(.(((((((((((((((((((((......(((.(((((((....)))))))...((((....))))(((((((((...))))))))).)))(((((((..........((((((((....)))))).))....)))))))..))))))).....)))))))).(((((((((((....))).)))))).))..(((.....((((((....))))))....))))))))))...))))).)))))))..
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((.((((((...........((((((...((((((.((((....))))....)))))).......((((((..((((((....((((((..(((((.......)))))(((((((....)))))))..(((((....))))))))))).))))))...))))))...((((((............((((((....))))))........((((((((((...)))))).))))..........)))))).............))))))..))))))((((((....)))))).................))))).)))))))..
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....(((..............((((..............................................)))).........................((((..............................(((((....))))).(((((.......))))).........................................................)))).........................................................................................)))....))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((((((((((.((((....))))......((((((...(((.....)))...)))))).........))))))))..((((((....((.((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))(((((((.....)))))))..)))(((((((.((.......((((((((....)))))).)).)).)))))))..))))))))..(((((((((..((....)))))))).)))........)).......((.((((((....))))))...))..))))))....))))).)))))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((....((((((.....(((.((((((((((.....((((((...(((.....)))...))))))..((((((((..........((......)).(((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))(((((((.....)))))))..)))(((((((.((.......((((((((....)))))).)).)).)))))))..)))))))))...)))))))).......)))).)))))).))).))))))....))....((((((....))))))...))).(((((........))))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((((((((((.((((....))))......(((((((((((....)))).)))..)))).........))))))))..(((((.....(((((((((((......(((.(((((((....)))))))....(((....)))(((((((((.....))))))))))))(((((((.(((....).((((((((....)))))).)).)).)))))))..))))))))).(((((((((..((....))))))))).))........)).((((..((.((((((....))))))..)))))))))))....))))).)))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(((((((((((..(((((..)))))..((((((..((((((((..))))).)))(((..)))....((.((((..((.(((..(((...........(((((.....(((((((((((..)))))))...(((((...).)))).(((((.((..))))))).))))..)))))..)))))).)))))))))).)))).....)))))))((.(((..)..)))).....((((((((..(((..)))))))))))(((..))).....((((..(((((((((....))))))).))))))....(...))))).))))))))..
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................(((........................................................................)))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((.(((((((((((((...................((((..(((((....)))).)....)))).........))))))))..((((((.......((((((((......(((.(((((((....)))))))...((((....)))).((((((((...))))))))..)))(((((((.((.........((((((....))))))....)).)))))))..))))))))..(((((((((..((....))))))))).)).............((.....((((((....))))))....)).))))))....))))).)))))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((..((((((((((((.((((....))))......((((((...(((.....)))...)))))).........))))))))..((((((....((.((((((((......(((.(((((((....)))))))..(((((....)))))(((((((.....)))))))..)))(((((((.((....((...((((((....))))))))..)).)))))))..))))))))..(((((((((..((....)))))))).)))........))..(((..((.((((((....))))))..)))))))))))....))))..)))))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((.....)))))......((((((.......))))))..(((....))).(((.(((..........))))))........(((((.((((...((((.......)))).(((((((....)))))))...((((....)))).))))..........((((......)))).))))).........((((((....))))))..(((.(((.(((((.....)))))...(((((((..........))))))).))).(((....)))........((((((....))))))..))).((((((........))))))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((..(((((.....))))).((((....))))......((((((.((((....)))){{{{)))))).........}}}}.....)))))......(((((((((.......)))).(((((((....)))))))....(((....))).((((((((.....))))))))[[...)))))...]]........((((((....))))))..(((.((((.((((.....))))....(((((((..((....))))))))))))).(((....)))........((((((....))))))..))).((((((........))))))......

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