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CGAGCCGGGCGGGCGGCCGCGUGGAGUCCCUCACGGGACUUCCCGAGGAACGUCCGGGCUCCACAGGGCAGGGUGAUGGCUAACGGCCACCCGGGGUGACCCGCGGGACAGUGCCACAGAAAGCAGACCGCCGGAGGCUUCGGCCCCCGGUAAGGGUGAAACGGUGGUGUAAGAGACCACCAGUGCCCAGGGCGACCUGGGCAGCUAGGUAAACCCCACCCGGAGCAAGGUCAAGAAGGAAGCGCCCCGGUGCUUCCUGCGCGGACGUUCGAGGGCUGCCCGCCCGAGUCCGCGGGUAGACCGCUGGAGGCCGGUGGCAACGCCGGUCCUAGAUGGAUGGCCGUCGCCGACGGGACCCGCGAGGCCCCGUCGGAACAGAACCCGGCGUACAGCCCGACUCGUCUG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................(((.((((((....)))).)).......................(((((.(((....))).)))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).......................................................................................................................................................................................................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((............((((((((....)))))))).............................((...(((((...)))))))((((....))))..........................(((((((((....)))))))))................................................................................................................................................................................................................................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((........))))))))).............((((........((((((((((.....))))).((((....))))........................(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............)))))))))...................................((((((.....................))))))...............((((((((....))))))))..........)))))))..............................................)))))))))).... |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((.(((((((((........)))))))))............(((((........((((.(((((.....))))).((((....))))..........................(((((((((....)))))))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..............)))))))))...................................................((...((..........))...)).......((((((((....))))))))..........)))))))..............................................)))))))))).... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((.((.((((((((....)))))))).))..(((((((((.(((((........(((((..(((.....)))..(((((....)))).)((...(((((............(((((((.(((....))).)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).)))..))))))))))))))...........((((((((....))))))))....)))))))))...)))))))))))))((.(.((((((....((((((.((((((((....))))))))..................((((((((..((....)).))))))))........))))))....))))).)..).)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((.((((((((....)))))))).))..(((((((((.(((((...(((..((((..(((((...)))))((((((....))))..))....(((........)))..(((((((.(((....))).)))))..)).......((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))..))))))))........(.((((((((((..)))))))))).).)))))))))...))))))))))))).)(...(((((.(..((((((.((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((.((.....)).))))))))........))))))..).)))))))))).... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((..((((((.((.((((...........))))..)).........................(((((((((((...)))))).((((....))))..........................(((.(............).)))...........((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......................................((((((.....................))))))...............((((((((....))))))))..........)))))).......................................(.....).)))))))))).... |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.......(.((.(((((((......))))))).)).)..(((.(((((((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)......((((............(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))).....)))))))))....((..............................(((((...(..((((.....))))).))))).......)).......((((((((....))))))))..................((((......((....)).....)))).......))))))))...)))))))))).... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((....)))))))).....(((((((((.(((......((((......(((((...)))))..((((....))))........))))......))).(((((((((.(((....))).)))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((((....)))))))))...)))))))))...)))))))))))))....(((((((...(((((((.((((((((....)))))))))))).)))..[[[[[[[[[[[[[[[[)))))))....]]]]]]]].........]]]]]....]]]........... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((((((((((((((.((.((((((((....)))))))).))..(((((((((.(((((...(((..((((...((((...)))).((((.((....)).))))....(((........))).((((((((.(((....))).)))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).......))))..))))))))..........(((((((((....)))))))))...)))))))))...))))))))))))).)).))(((((....((((((.((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((.((.....)).))))))))........))))))....)))))......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((((((((....((((((((....)))))))).....(((((((((.(((((...(((..(((...((((.....))))((((((....)))).)).......................(((((.(((....))).)))))...........((((((.......))))))..((((((((....))))))))..........)))..))))))))..........(((((((((....)))))))))...)))))))))...)))))))))))))......(((((....((((((.((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((..((....)).))))))))........))))))....)))))......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.((((((((((((((((..(.....).))))))))............(((((........(((((((((((...))))))).(((....)))..........(((...........(((((((((((......))))))))..)).)......(((((.......)))))...((((((((....))))))))....))).......)))))))))...(((...(..(((..(((..........................(((((...))))).))))).)..)..))).....(.((((((((....)))))))))........)))))))).(((((.................)))))..................)))))))))).... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((....(((((((((((((((......))))))))))............(((((........((((.((((((...))))))..(((....)))..(((....((((............((((((((((((..))))))))))..))........(((((.(...).)))))..(((((((((....)))))))).)..))))...))))))))))))...((((..(.(.((((.(.....))).)))..(((((((.....((((((...)))))).))))))).).)))).....(.((((((((....)))))))))........)))...))..(((((((..((....)).)))))))...................)))))))))).... |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((.((.((((((((....)))))))).))..(((((((((.(((((...(((..((((...((((...)))).((((.((....)).))))....(((........))).((((((((.(((....))).)))))...))).....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).).......))))..))))))))..........(((((((((....)))))))))...)))))))))...)))))))))))))......(((((....((((((.((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((.((.....)).))))))))........))))))....))))).)))).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Multilign(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((....((((.(((((......................(((...)))...((((..............(((((...)))))..((((....)))).......................((((((((.(((....))).)))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....((......))....))))................(((((((((.((.(((.....))).))))).)))).)).........(((((((.....)))).)))((((((((....))))))))............................))))).))))..(((((........))))).....))))).)))).... |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.(((((((((..........................(((...)))...((((.....((......(((((.....))))).((((....)))).........))...............((((((..........))))))..((((.....((((((.......))))))..(((.((((....)))).))).........)))).....))))...((((........................................((((.....)))).......(.)...))))))....((((((((....))))))))..........)))))))................................(....)........)))))))))).... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((..............)))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).))...(((((((.......)))))).)((((((((....))))))))....)))..))))))))))))))..((((............................((((((.....(((((.....))))).)))))).....)))).(....((((((((....))))))))...)......))))))).((.............................(...).))....).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((.((((((((..........))))))))((((...)))...((((........((((((((((.....)))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.(...).)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..)))))))))))))(..(((((...........................((((((.....(((((.....))))).))))))...).)))))(..(.((((((((....)))))))))..).....)))))))).............................((.(....).)..).).)))))))))).... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..............)))))).(((...)))..(((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...(((((.((.........(((((((((........)))))))..)).))....((((((.......)))))).(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))))))))..((((............................((((((.....(((((.....))))).)))))).....)))).((...((((((((....))))))))..)).....)))))))).((.............................(...).))....).)))))))))).... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((((((((..............)))))).(((...)))...((((........(((((((((((...))))))(((((....)))).)((...((((..((.........((.((((((........))))))...)).))....((((((.......))))))..((((((((....)))))))))).......)))))))))))))(..((((............................((((((.....(((((.....))))).)))))).....))))))....((((((((....))))))))..........)))))))..............................(.(...)..)....).)))))))))).... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((.((.((((((((....)))))))).))..(((((((((.((.......((((..((..((((.....))))((((((....)))).)).))..))))..........(((((((((.(((....))).)))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((((....))))))))))).)))))))))...)))))))))))))......(((((...(((((((.((((((((....)))))))))))).)))...((((((.((((((((..((....)).))))))))....))...)))).....))))).)))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((((((((((....((((((((....)))))))).....(((((((((.(((((...(((..((((..(((((...)))))((((..........))))....(((........))).((((((((.(((....))).)))))...))).....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).))......))))..))))))))..........(((((((((....)))))))))...)))))))))...))))))))))))).)....(((((..(.(((((((((((((((....)))))))).).(((((....))))).((((((((...........))))))))..[[[[..)))))))...))))).))))]]]] |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....(((((((............................(((...)))...(((..............(((((.....))))).((((....))))..................................................(((......((...............))..((....((....))....))...........))).....)))...................................................................................(((...((....))...)))..........)))))))......................................((........)))))))).... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((......((.((.((((((........)))))).)).)).(((.(((((.((......((.((((((((((.....)))))(((((....)))).)((....((((............(((((((((((....)))))))))..)).......((((((.......))))))..((((((((....))))))))....))))...)))))))...))..((((........................................((((.....)))).....(...)...))))......((((((((....)))))))).................................................)).))))))))...)))))))))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((.((.((((((((....)))))))).))..(((((((((.((.......((((..((..((((.....))))((((((....)))).)).))..))))..........(((((((((.(((....))).)))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((((....))))))))))).)))))))))...)))))))))))))......(((((.(..((((((.((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((..((....)).))))))))........))))))..).))))).)))).... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((((((((((.((.((((((((....))))).)))))..(((((((((.((.......((((..((..((((.....))))((((((....)))).)).))..))))..........(((((((((.(((....))).)))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((((....))))))))))).)))))))))...))))))))))))...(((((((.....)))).))))))(((.(((..(((.((((((.(((((....)))))......)))))).)))..)))))))).((...((....(((.....)))....)).)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((.((.((((((((....)))))))).))..(((((((((.((.......((((..((..((((.....))))((((((....)))).)).))..))))..........(((((((((.(((....))).)))))..(((((....((((((.......))))))((((((((((....)))))))).)).((....)).))))).......))))....(((((((((....))))))))))).)))))))))...)))))))))))))......(((((.(..(((((((((((((((....)))))).))).(((((....))))).((((((((..((....)).))))))))........))))))..).))))).)))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((.(((((((..((((..)((((((((...)))).))))))))))))).((((((..((.(((..((((((..(((((((...))).))))))))))))))).((((((.((((((((.((((..)).))))))).))).))))))((((((((...)))))))).))))))((((((..(((((((.......).).)))).((((...))))((..))((((((((((..))))))))))......)))))))))).)))))))))))....(........)((......)).(((((.(.((((((((.(((..))).((..(..(.((((((((((.(...))).))))))))))))..).))))))))))..))).)))).... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((............................................................................................................................................................................................................................................................................((((.....(..)...............(.......)...((........))...................................................................))))..)))).... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((.................................................................................................................................(..(((..(..((...............))..............................................(.(............)....)........(............).....((....)).......................((.(.).))...(..(((((.((....)).))))).....)....)...))).(.(..(.(..(......).))..).)...................))))).)))).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((.((.((((((((....)))))))).))..(((((((((.((.......((((..((...(((.....))).((((((....)))).)).))..))))..........(((((((((.(((....))).)))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((((....))))))))))).)))))))))...)))))))))))))......(((((.(..((((((.((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((..((....)).))))))))........))))))..).))))).)))).... |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((.(((((((.((.((((((((....)))))))).)).(((...)))..(((((...(((..((((...((((...)))).((((((....)))).)).....((((...........((((((((.(((....))).)))))...))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))).))))..))))))))..((((....(((((((((....))))))))).(((((((......((((.....))))..)))))))....)))).((((.((((((((....))))))))))))......))))))).((((((((.((.....)).))))))))..................))))).)))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.(((((((((((((.((.((((((((....)))))))).))..(((((((((.((.......((((..((..((((.....))))((((((....)))).)).))..))))..........(((((((((.(((....))).)))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((((....))))))))))).)))))))))...)))))))))))))......(((((....((((((.((((((((....))))))))...(((((....))))).((((((((..((....)).))))))))........))))))....))))).)))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((....))))..((((((((....))))).)))....(((((((((.((((....))))..(((...(((.....))).((((((.....)).)))).....)))..........(((((((((.((.......)))))))..(((((....((((((.......))))))..((((((((....)))))))).............))))).......))))....(((((((((....)))))))))...)))))))))..((((.....))))...(((((((.....)))).))).(((((((....)))))))....(((((....))))).((((((((.((.....)).))))))))..........((((............)))).. |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((....))))...(((((((....))))))).)))..(((((((((.((((....)))).((((...(((.....))).((((((....)))..)))....((((.....((((.....{{{{{..))))..((((}}}}}..)))).....((((((.......))))))..((((((((....))))))))....)))).))))....(((..............<<<<<<<<.)))>>>>>>>>.[[[)))))))))..((((.....))))...(((((((.....)))).))).(((((((....)))))))....(((((....))))).((((((((.((]]]..)).))))))))..(((.((..((((.......)).)).))))) |
