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AUGCAAUUUUUGGAUAAUCGCGUGGUAAAUAUUGCAAUUUUAUCAUGAGGAAAGUCCAUGCUAGCACUGGCUGUGAUGCCAGUAGUGUUUGUGCUAGACAAAAAAAUAAGUCUAGGGAUGUGCUUUGCGCAUUACGGCGGAUAAAAUGGCUAAGUCUUUGAUAGGCCGGAGUAAUUCUGAAAGUGCCACAGUGACGUAGCUUUUAUGGAAACAUAAAAGGUGGAACGCGGUAAACCCCUCAAGCUAGCAACCCAAACUUUGGUAGGGGCAUGGAAAAGCUGGAAAAAGAACGGUCUUUUCUGACUGCAUAAGCAGUAGACAGAUGAUUAUCAAAAAAGGUGGUACCUAGUCGCCUUUGGAACAAAACAUGGCUUAUAGAAAAUUGCAUA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
CMfinder(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.....((((((((...........))))))))......)))).(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((...(((...)))..)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))))..(.............)....(((((((((((.........))).))))))))(((((....)))))................(((((((((.........))))))))).............................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((...........)))))))).............(((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).((((((.....)))))).....((((....((((....((...))...)))).....))))......................((((((((....)))))))).......................)))))...(((...(....)..)))...((((((((.((.........))..))))))))(((((....)))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((...........))))))))...........(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((...)))..)))).....)))).......)))............((((((((....))))))))...))))))..............))))))).(((...(....)..)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((....)))))........)))))))...(((((((((.....)))))))))................................ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((.(((((((((((((((...........))))))))......((((.(((((((((((((......)))))).((((((...((((((..........)))))).((((((.....))))))..((((((((..(((((...(((...)))..)))))...))))).......))).......(..(.((((((((....)))))))).))))))))..............)))))))................)))).((((((((.((.........))..))))))))(((((..()))))).......))))))).((((((((((((.....)))))))))))).)))))....................... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.((((((((((((((....(.......))))))))......((((.(((((((((((((......))))))..(((((.(.((((((..........)))))).((((((.....))))))...((((((....((((...(((...)))..)))).....))).......))).)........((.((((((((....)))))))).))))))).((....))......)))))))................))))..((((((((((.........))).))))))).((((((..)))))).......)))))))..(((((((((((.....)))))))))))..))))........................ |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
Mastr(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.(((((((((.........))))))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))........(..((((((..........)))))).(((((((...)))))))....)..........((((.(((.(((...(((((((.....)))).....))).))).))).))))(((((((....)))))))(..(.............).)....))))))).(((..((....))..)))...((((((((((.........))).))))))).(((((....)))))........)))))))......((.....)).....(((..((........)).))).....))))))))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((((((((((((.........)))))))))((((((((((((((....((((((......)))))).(((((....((((((..........)))))).(((((((...))))))).((((..........................)))).................((((..........((((((((....))))))))))))))))).......((((............((((...)))).)))))))))))....................))))))).(((((....))))).......))))))))...(((((((((.....)))))))))....................))))))))))). |
|
Murlet(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.((((((((((((((((...........)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((.(((((((..........))))))(((((((.....)))))).)((((((((..(((((...(((...)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....)))).)))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).(((((((((.........))))))))).((.(....))...)...)))......... |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((((((((.............))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((...(((...)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....)).).)))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((......)))).......)))))))).(((((((((.........)))))))))..((.....)).......)))......... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((((((((((((((...........)))))))).(((...)))..(((((((((((((...).)))))).....(((((((((((.(.....)..))))))(((((((.....)))))).)((((((((..(((((...(((...)))..))))..).))))).....).(((((.(...))...((((((((....)))))))).)(...)..))....))))))))))))))..((((........).)))...(((((((((((.........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).(((((((((.........))))))))).((.(....))...).).)))......... |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((.(((((((((((((((.............))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((...(((...)))..)))).....)))).....((.((((..........((((((((....)))))))))))).))))((....)).).)))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((......)))).......)))))))).(((((((((.........)))))))))..((.....)).......)))......... |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((..(((((((.(((((((.............))))))).(((...))).(((((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))(((((((.....)))))).)(((((((....((((....((...))...)))).....)))).......)(((..(...)....((((((((....)))))))).))).....((....)))).)))))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((.........))).))))))))((((......))))........))))))).(((((((((.........)))))))))..(.......).(.....)))......... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.((((((((((((((((((......).)))))))))...........((((((((((((([[[...))))))..(((((((.((((((..........)))))).(((((((...)))))))]]]))))))).....((((.(((.(((...((((((((...))))).....))).))).))).))))(((((((....))))))).(.((...........))).....))))))).(((............)))..(((((((((((.........))).))))))))(((((....))))).......)))))))).....(((.....)))....(((...............))).....))))))))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((..((((...(((((((((.........)))))))))........(((((.....((((((......))))))..(((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))..(((((......(((((............)))))..............(((((((..........((((((((....)))))))).........(((((.(((((...(((((...........))))))))))...(((((.((((.........)))).)))))..(((((....)))))..........))))).......)))))))....)))))....)))))...))))).)))).))))))))))). |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((...........))))))))......(((....(((((((((((......)))))).....(((..((((((..........))))))....................((.((((......((..............)).......))))......((((...(...)....(((((.((....)).))))).........))))...))..))))))))...(((..((....))..)))..(((((((..((.........))...)))))))...............)))....))))))).......................................................... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((((((.((((((((...........))))))))......(((..(((((((((((((......)))))).((((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))..(((((((....((((...(((...)))..)))).....)))).......)))......))....((((((((....))))))))...))))))((....))......))))))).(((...(...)...)))...(((((((.(((.........)))..)))))))...............)))....)))))))..(((.((((.........)))).)))............................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.(((((((((.........)))))))))......(((..((((..((((((((((((((((((.((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))))).))))))))))........((((...((((.....)))).(((....))).......)))))))))...((.((((((((....)))))))).))....(((((...(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((.........))).))))))).)))))...))))...)))....)))))))...((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((..((.(((((((((.........)))))))))..))..)))).((((((((((((((((((((((((.((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))))).))))))))))........((((...((((.....))))(((((...))))).....))))))))(.((((.((((((((....)))))))).)...))))((....))......)))))))..(((...((((.(((((((..((((((((((.........))).))))))).(((((....))))).(((((...((((((......))))))..)).))))))))))...))))...)))......))))))))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((((.....((......))((((.........))))((..))...(((.(((((...((((((((......)))))).))((((((.((((((((......)))))))...((((((...))))))....((..))((((.(((((...(...).))).))))))((((((((((((((((((..........(((((((((..)))))))))))))..)))))....((((((((...)))...((((...)))).)))))...(((((((((((......)).)).)))))))((((((....))))))).))))..)))).....((((((.(.((...)))))))))..)))))))))))))))....)))))))))). |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................................................................................................................................................................((.........(.........).((..((......))......))(...........).....(..(........)..)...........(((...((..))...)))...................................(.......)....................................))....((...(............)...))........... |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((((..((..(((((((...........)))))))...))..)))).(((((((((((((......))))))..((((....((((((..........)))))).((((((.....))))))..))))(((.(..((((...(((...)))..))))...).))).(((..((..(...(((.((...((((((((....)))))))).))...))).)...))...))).))))))).(((...........)))...(((((((..((.........))...)))))))(((........)))......((((...((...((((((.((.....).)))))))............)).)))).)).......... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.(((((((((.........)))))))))......................(((((((((((((.((..(...(.((((((..........)))))).)..)..))))).)))))))))).................(.......)..(((.......)))..................(.((((((((....)))))))).)..............(((..........................)))....((((((((((.........))).))))))).......................)))))))....((((((.........)))))).....................))))))))))). |
|
TurboFold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((.(((((((.(((((((((.........))))))))).(((...))).(((((((.(((((......)))))..((((((...((((((..........)))))).(((((((...)))))))..((((((.....(((((..(((...))).)))))......))).......)))..........(.((((((((....)))))))).).))))))..............))))))).(((..((....))..)))...((((((((((.........))).))))))).(((((....)))))........)))))))...((((((((.......))))))))....................)))))))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((.(((((((.(((((((((.........)))))))))......(((..((((..((((((((((((((((((.((..(.....((((((..........))))))....)..))))).))))))))))........((((...((((.....)))).(((....))).......)))))))))...((.((((((((....)))))))).))....(((((...(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((.........))).))))))).)))))...))))...)))....)))))))...((((((((.......))))))))....................))))))))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((......(((((....)))))..((((.......)))).))))).(((...((((((......))))))..(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))...)))))))...((((...((((.....)))).(((.....)))......)))).))).......((((((((....)))))))).........((((..(((((...(((((...........))))))))))...((((((((((.........))).))))))).(((((....)))))...........((((......)))).)))).((((..................))))................ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((........{{{....)))).(((.....)))..((((}}}.....)))).(((([[[[[[[((((((<<<...))))))..(((((((.((((((..........)))))).((((((.....))))))>>>)))))))...((((...((((.....)))).(((.....)))......))))...........((((((((....)))))))).))))..................]]]]]]]..(((.....)))....(((..((((((((((.........))).))))))).(((((....)))))....................(((.....)))aaaa))).(((...........AAAA..)))........... |
