RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00337

RNA: ASE_00337
Rfam family: RNaseP_nuc

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.......((((((((((........((((((....))))))........))))))))))..((((((((.........((((((((((((.....))))..(((((....)))))..(((((((...........((((((..((.....))...)))))).......)))))))(((((....))))).))))))))..(((..((((........))))....))).))))))))....))))))))))))))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.......((((((((((........((((((....))))))........))))))))))..((((((((((........(((((((.((((.(((((.((((((((....))))).))).....((((((.........))).)))...)))))))))..........((((..((((.....))))...))))...))))))).((((........))))....))..))))))))....))))))))))))))))))))
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..((...(((((...............((((...........(((((....)))))...........))))....................((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((..............................................)))))))))))...................)))))(((((((....)))))))...............................))..))))
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((....(..((((((((((........((((((....))))))........))))))))))..)((((((...........((((((.((((....).))).((((((....))))).)(((((((..(((......((((((..((.....))...)))))))))....)))))))................))))))........((((........)))).........)))))).....))))))))))))))))))))
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((((((((..(((((((((((((((........((((((....))))))........))))))))......................(((((((((((.....))))(.(((((....))))).)(((((((............(((((..((.....))...)))))........)))))))...............)))))))))))))).((((........))))....................))))))))))))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((....(..((((((((((.....(..((((((....))))))..).....))))))))))..)((((((((....)...((((((((((((.....)))).((((((....))))).)(((((((...........((((((..((.....))...)))))).......))))))).(((((())))))..)))))))).......((((........))))........))))))).....))))))))))))))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...........((((.(...........................(((((......)))))............................................................(((((....)))))...........................................................................................(((........))).......................).))))...........)
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((..(((..((((((((((........((((((....))))))........))))))))))..)))((((((....))))))......((((.....))))..(((((....))))).........((((.......[[[[[[.)))).........]]]]]].......((((...(((((.[[[))))).))))........]]](((......[[[[)))............]]]]....))))))))))))))))))))
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((........((((((....))))))........)))))))((((...((((((((.(((..(((((...(((((.....)))))...)))))))))))).))))...))))........((((((..((.....))...)))))).......((((...(((((....))))).))))...))))))).((((........))))....(((....)))......))))))))))))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((..(((((((((((((((........((((((....))))))........))))))))))...[[[[[[[..........((((((.(((.......)))..(((((....)))))..(((((((...........((((((..((.....))...)))))).......)))))))................))))))..))))).((((........))))........]]]]]]].....))))))))))))))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((..(........(((.........((((((..........(((.......)...))..........)))))).....(((((((.......(.(((.(.)))))..................................((......(....(.(..))).)).........................................................((((((....)..))))).......))))))).....)))........)..))))).
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((........((((((....))))))........)))))))((((...((((((((.((..((((((...(((((.....)))))...)))))))))))).))))...))))........((((((..((.....))...)))))).......((((...(((((....))))).))))...))))))).((((........))))....(((....)))......))))))))))))))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((..(((((((((((((((........((((((....))))))........)))))))))......(((((((..)))))))((((((((((.....))))).(((((....)))))..(((((((...........((((((..............)))))).......)))))))((((((..))))))..)))))..)))))).((((........))))....(((....)))......))))))))))))))))))))
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((.....................(((((...........(((((....)))))...........)))))(((.((.((((((......((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((...((.......(((....................))).)).....)))))))))))..........((............((((((......)))))).)).)...))))))).)...........)))))..))))
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((.....................(((((...........(((((....)))))...........)))))((..((.((((((......((((......(((((.....)))))((((((....))))))(((((((..(((.......(((....................))).)))....)))))))))))..........((............((((((......)))))).)).)...))))))).............)))))..))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.......((..((((((........((((((....))))))........))))))..))..((((((((.....((...(((((..((((.....))))..(((((....)))))..(((((((..((.......((((((..((.....))...)))))).......((((...(((((....))))).))))....))..)))))))...........)))))..))))))))))....))))))))))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((.(......((((((....)))))).......))))))))((((...((((((((.((..((((((...(((((.....)))))...)))))))))))).))))...)))).....(((((((((..............))))))..)))..((((...(((((....))))).))))...))))))).(((((.....).))))....((([[[.)))..]]].))))))))))))))))))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.......((((((((((........((((((....))))))........))))))))))..((((((((..........(((((.(((((.....))))).(((((....)))))..(((((((...........((((((..............)))))).......((((...(((((....))))).))))........)))))))...........)))))....))))))))....))))))))))))))))))))
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RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((.......((((((((((........((((((....))))))........))))))))))..((((((((.....((...(((((..((((.....))))..(((((....)))))..(((((((..((.(.....((((((..((.....))...)))))).......((((...(((((....))))).))))..).))..)))))))...........)))))..))))))))))....))))))))))))))))))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((((((((((((((.(((((((........((((((....))))))........))))))).(((.....((((((...(((((.......((((.....))))..(((((....)))))..(((((((...........((((((..((.....))...)))))).......))))))).)))))..))))))..)))...)))))))....))((..((((((....)).......))))..))))))))))))))))))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((..(((((((((((((.......(((((((((....))))))(((.(.(.....).).)))..))).)))))).......(((((((((((.....))))(.(((((....))))).)(((((((....(.....)((((((..((.....))...)))))).......)))))))(((((....))))).)))))))))))))).((((........))))....(((....)))......))))))))))))))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((((..(((((((((((((((....((...(((((....)))))....))...)))))))))))))))...((((....(((((..((..)).((((...))))(((((((..)))))).)((((((((((........)(((((..............)))).)(..).))))))))))))))...))))..(.(...).).......(((((((..)))))))..((.............)).)))))))).)))))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.....................................................................................................................................................................................................................................................................................))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((..(((((((..((((((........((((((....))))))........))))))..)................(((((.......(((.......)))..(((((....)))))..(((((((...........((((((..((.....))...)))))).......))))))).))))).................)))))).....................................))))))))))))))))))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((........((((((....))))))........))))))).(((...(..(((((...(((((.......((((.....))))..(((((....)))))..(((((((...........((((((..((.....))...)))))).......))))))).)))))..)))))..))))...)))))))..........((((((....)).))))..........))))))))))))))))))))
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((...(((((((.(((((((........((((((....))))))........)))))))..........((((.....))))..((((.((((.....))))..(((((....)))))...((((((.(((((.........)).))).(((.....)))...........)))))).((((......))))..))))..))))))).((((........))))......((((......)))).))))))))))))))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((...(((((((..((((((........((((((....))))))[[[.....))))))..]]]....((((((....)))))).(((((((((.....))))..(((((....)))))...((((((.(((((.....<<<<)).))).(((.....)))>>>>.......)))))).(((((....))))).)))))..))))))).((((.....{{{))))......((((...}}})))).))))))))))))))))...

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