RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00338

RNA: ASE_00338
Rfam family: RNaseP_nuc

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(....((((((((((((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((..((.......(((((..........((((((((((.....))))))))))...(((....))).........(((((....))))).......((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))......(((((.((.(((....))).)).))))).))..))))))..))))))))).(((((....)))))...........)))))))))))................)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((((((((((((......((((...((((.....((.((((...((((((...........((((((((((...((((((((.((((((((((.......))))(((((((((((...)))))))))))..))).))).............(((((....))))).))))))))((((((((.((((...)))).(((((((((((...)))))))))))........))))))))...))))))))))......))))))...)))).))))))))))............)))))))).(((((....)))))...........)))))))))))..(((.......)))..
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..........................((((..........(((((........)))))...........))))..............((((..............................................(((((....)))))......((((((....)))))).........(((((((..............................................)))))))...)))).....................................................)))).(((((....))))).......................................
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((((((((((((((.....(((((.......((((((((((....)))))))..)))......)))))............((((.....................(((((((((((...)))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))......(((((((((((.............(((((((((((...)))))))))))........)))))))))))))))......(((((.((.(((....))).)).))))).............))))))))))(((((....)))))............))))))))))...).............
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........)))))............(((((.....(((.........)))(((((((((((...)))))))))))...(((....))).........(((((....))))).......((((((((((.............(((((((((((...)))))))))))........)))))))))))))))....((((((..((.(((....))).))..)))).))..........))))))))))(((((....)))))............)))))))))).................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((..((((((((((.....(((((.....((...(((((((....)))))))...))......)))))....).....(((((((.....((((.......))))((((((((((.....))))))))))...(((....))).........(((((....))))).......((((((((((.............((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))))..(((((((.((.(((....))).)).)))).)))...........)))))))))(((((....))))).................))))))))).((.......)).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((((((.....(((((.(.....((((((((((....)))))))..)))....).)))))..........((((((....((((((...........(((((((((((...)))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))))))))(((((((((((.............(((((((((((...)))))))))))........)))))))))))))))))..(((((((.((.(((....))).)).))))).))..........))))))))))(((((....)))))............))))))))))...))............
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((.(.........................................(((((........)))))..........................................................(.............).....((((((....))))))............................................................................................................................................................(((......)))...........................)..........))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((((.(((.[[[[[)))......(((....)))...]]]]](((((..[[[[[[)))))........]]]]]]...(((.[[[[..)))..]]]](((((((((((...)))))))))))...(((....))).............(((....((((.....(((((((((((.((((...)))).(((((((((((...)))))))))))........)))))))))))........)))).[[[[)))....]]]](((((.(((......))))))))))))))))))(((((....)))))............)))))))))).................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((.((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).......((((((((.......(((((...).)))).(((((((((((...)))))))))))((.(((....))).))......(((((....))))).))))))))(((((.(((((...........(((((((((.....)))))))))))))).))))).(((((.....))))).(((((((.((.(((....))).)).)))).)))..........))))))))))(((((....)))))....((....)).)))))))))((....)).........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((((((.....(((((........(((((((((....)))))))..)).......))))).....................................(((((((((((...)))))))))))((.(((....))).))......(((((....))))).......((((((((((.............(((((((((((...)))))))))))........))))))))))...........(((((.((.(((....))).)).))))).............))))))))))(((((....)))))............))))))...))))))............
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...(((((...........((.......(((..........((((..........))))...........))).)).....(((((((......................((...........((....................))))........................................((............((((.(((.(.....).)))))))..)......).......................................................................((..........)).......))))))).....)))....)...)))).....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((.((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........)))))........((.((.........(((........))).(((((((((((...)))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))...)).))(((((((((.(((.....))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))..........(((((((.((.(((....))).)).))))).))..........))))))))))(((((....)))))....((....)).))))))))).................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((((......((((((((......(((((((....)))))))...........))))))))..((((((((((...........((((((.....(((((((((((...))))))))))).....((((.............(((((....)))))......(((((((((((.............(((((((((((...)))))))))))........)))))))))))..((((........[[[[[[...))))))))..))))))))))))))))..))))))))))((((((..))))))............)))))))))).......]]]]]]....
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((..((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((..((.......(((((......(((.((((((((((.....))))))))))...(((....)))..)))....(((((....))))).......((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))......(((((.((.(((....))).)).))))).))..))))))..))))))))))[[[[..(((.((....)))))..........))))))))))...]]]].....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((((.....(((((.......((((((((((....)))))))..)))......))))).........((((((.......(((((...).)))).(((((((((((...)))))))))))...(((....))).........(((((....))))).))))))((((((((((.((((...)))).(((((((((((...)))))))))))........)))))))))).........(((((((....(((....)))....))))).))..........))))))))))(((((....)))))............)))))))))).(((.....))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((..((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((((((...(((((....(((((.....(((((((((((...)))))))))))......))))).....((((..(((((....)))))......(((((((((((.((((...)))).(((((((((((...)))))))))))........)))))))))))....)))).......((((......))))))))).....))))))))))..))))))))))(((((....))))).................))))))))))............
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................((((.......................................))))..............((((..............................................(((((....))))).......(((((....))))).........................................................................))))...............................................................................................................
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((..((.......(((((......(((.((((((((((.....))))))))))...(((....)))..)))....(((((....))))).......((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))......(((((.((.(((....))).)).))))).))..))))))..))))))))).(((((....)))))...........)))))))))))...))))..........
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((..(((((((..((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((.(((((...((((((.......(((.((((((((((.....))))))))))...(((....)))..)))....(((((....))))))))))).((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))))))....(((((((.((.(((....))).)).)))).)))..))))))..))))))))))))))))).((((.((...((....)).)).)))).....))).(((....)))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((.((((((((((((((((((((.............((.....(((((((....))))))).............((((((..((..(((.((((...((((((...........((((((((((.....))))))))))((.(((....))).))......(((((....)))))))))))(((((((((((.............((((((((((.....))))))))))..(....))))))))))))....)))).))).))..))))))...))(((((.(((......))))))))))))))))))(((((....)))))............))))))))))...))))..........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..).((((((((((((((((((((((.(..(((........).))..)...((((.((((((.(((.............)))))))))))))((((((((.(((((.........(((((((((((...)))))))))))((((((....)))))))).)))))))).)))((((((......)))((........))...(..).(((((((((((...))))))))))).))).((((((((...)))..)))))..(((((..(.(((((..)))).))..)))))(((..)))..))))))))))))((((((..))))))((((..))))..))))))))))...(........)....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(..((....))....).........
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((.(((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........))))).....((((((.(((.....((..(............((((((((((.....))))))))))...(((....))).........(((((....))))).)..)).((((((((((.(((.....))).(((((((((((...)))))))))))........))))))))))..)))......(((((.((.(((....))).)).))))).....))))))..))))))))).(((((....)))))............)))))))))).................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((((((((((.....(((((..........(((((((....)))))))...........)))))...............((.(((..((.((((((.....((((((((((.....))))))))))...(((....)))...((((..(((((....)))))......(((((((((((.((((...)))).((((((((((.....))))))))))........)))))))))))....))))........((.(((....))).)).))))))))..))).))..))))))))).(((((....)))))...........))))))))))).................
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((..((((......))))...((((.......))))......(((((((....))))))).(((((((.....)))))))..))).((((........((((......)))).((((((((((.....))))))))))........(((........))).((((....))))....(((.((((..(((..(((((.......((((((((((.....))))))))))...((((((((....)))))))).))))).....((((......))))....))).)))).((((....)))).)))...(((((....)))))................)))).(((......)))......
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((......))))...((((.......))))......(((((((....))))))).(((((((.....)))))))...((((((((.......((((......)))).(((((((((.<<<<..))))))))).........>>>>.........(((((....))))).)))))))).....(((.(((.....))).((((((((((.....))))))))))..(((...(((.((((.....))))..{{{{...((((......)))).)))(((.}}}}.......)))[[[[[.....(((((....)))))..))).(((.]]]]]........)))....)))......

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