RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00339

RNA: ASE_00339
Rfam family: RNaseP_bact_a

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CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((..(((((((.......)))))))...))..)))).(((((((..((((((((..(((((((.......))).)))).....))).)))))((((........(((((((((((........((((.....(((..........)))..))))......))))...)))))))..((((((((....))))))))................))))...)))))))..(((..(((((.((((..(((((((((((((........))).))))))).(((((((.((((....)))).)))))))......)))....)))).((((((((......))))))))....)))))..)))......)))))))))))))...
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((.(((((((.(((((((((.....))))))))).............((((.........(((((...............(((((............))))).((((......))))....................(((((((((....)))))))..)).......(((((...)))))...((((((((....)))))))).................)))))..))))...........(((........................)))...............((((((((........))))))))..........))))))).............................................))))))))))......
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((((.(((((((((.....)))))))))...........(((((((((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((....)))))..............(((...(((....)))..)))................................((((((((....)))))))).......................))))))).(((..((....)).)))...(((((((((((........))).))))))))(((((..................)))))........)))))))...(((((((((....)))))))))....................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((((((((((........(((((((((.....)))))))))....(((.((((((((((((((((......)))))).....(((.(((((((..........))))))((((((....))))).)((.((((....((((...(((....)))..)))).....)))).....(((((............((((((((....)))))))).........)))..))))).))))))))...(((...........)))...(((((((((((........))).))))))))(((((((.((((....)))).)))))))..................(((((((........))))))).........)))))))).).))))))))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((.(((((((((.....))))))))).))...))))(((((.((((((((......))))).........)))(((((..........)))))(.(((((....))))).)...........(((((..(((....))).))))).....(((((((..(((((...(((......((((((((....))))))))......))))))..))...))))))))))).(((...........)))...)((((((((((........))).)))))))((((((((.((((....)))).)))))))...).(((....)))...(((((((((....)))))))))....................)))))))))))))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.....(((((((((.....)))))))))......)))).(((....[[[[[[.)))..]]]]]]...((((...[[[[[[.)))).....]]]]]].(((((....))))).............(((((..(((....))).))))).....(((((((.....((((.[[[......((((((((....))))))))))))..]]]..........))))))).....(((........[[[)))...(((((((((((........))).))))))))(((((((.((((....)))).))))))).]]].(((..........[[[[[[[))).....]]]]]]]....................)))))))))))))...
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((((((.((((..((.(((((((((.....)))))))))..))..))))........((((((......)))))).((((((((.((((((..........)))))).(((((....))))).(((.(((.((...(((((..(((((.((((.(((...((.(((((((...((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))......))))))).)).(((........)))...)))..((((((((((........))).))))))).(((((((.((((....)))).)))))))...........)))).)))))..))).))...))))).)))..)).)))))).........))))))))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((.((((((((.......)))))))).......(((((((....((((((......))))))..........((((((..........)))))).(((((....))))).............(((((...((....))..))))).....((((((....................((((((((....))))))))....................))))))......................)))))))..(((((....))..)))......((((((((((.((((....)))).)))))))...)))..)))))))...(((((((((....)))))))))....................)))))))))))))...
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((..(((.(((((((((((((.(((.....))).)))))............((((..........(((((((((......)))..))(.((....)......).)..............(((...........((.(.((((((.....))))))).........).)..........((.......)).((.((((....)))).))..........))).......))..))))))...((...(...............(((....((....))..))).)..))......(((((((........)))))))..........)))))))).............................................))))..))))))....
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((.(((((((((.....)))))))))..))..))))..((((((((((((......))))))......(((.((((((..........))))))..)))(....)((((((((((.((.......(..........).((((((......)))))).)).))))...))))))...((((((((....)))))))).......................))))))...(..............)....((((((((((........))).))))))).(((((((.((((....)))).)))))))..................((((((((......))))))))....................)))))))))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((((((((((.....))))))))).......((((((((...((((((......))))))...((((((([[[[[......)))))))((((((((...............................))))))))...(((((((((.(((((((.....((((..........((((((((....)))))))))))).....(((..)))..)))))))..........)))))))))..)))))))).((((..........))))....(((((((((((.(((((..))))).)))))))...))))))))))))...((((((((.]]]]]))))))))....................)))))))))))))...
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((.(((((((((((.[[[[...[[[[[[[[..[[[[[....(((((.(((((((((((gg(.bbbbbb.bbbb)))))))))))aa(...(((hhhhhhhh(((((..{{..{{{{{{(<<<<<<<....<<<<<<<))))))))dddddddd...HHHHHHHH....dddddd.)>>>>>>..((((((((....))))))))))))))))))))...ee]]]]].BBBB)BB..ff..(((>>>>>>>BBBBGG(((((((..]]]]]]]].)AA.)))))))>}}}}}}cc(((((..)))))}}.DDDDDD....))).CC))))...((((((((]]]]..))))))))FF.........DDDDDDDD.))))))))))))).EE
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))..(((((.........(((((...............(((((............)))))(((((......)))).)((...(.((.........(((((((((....)))))))..)).))....(((((...)))))..(((((((((....)))))))).)............))))))))..)))))....(.(...(((.....(((((.....)))))....)))...).)....(..(.((((((((........)))))))))..).....))))))))............................((.(....).)..).).))))))))))......
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((((((((((((((.((((((((.......))))))))((((...)))..(((((.........(((((...............(((((............)))))(((((......)))).)((...(.((.........(((((((((....)))))))..)).))....(((((...)))))..(((((((((....)))))))).)............))))))))..)))))....((....(((.....(((((.....)))))....)))...).)....(..(.((((((((........)))))))))..).....))))))))............................((.(....).)..).).))))))))))......
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((.....(((((((((.....)))))))))......)))).(((((((((((((......)))))).{{{......((((((..........))))))..((((....))))(((((((........[[[...........................[[[[...))))...)))......((((((((....))))))))...................]]]])))))))..((((...)))).........((((((((((........))).))))))).(((((((.((((....)))).)))))))..................(((((((].]]....))))))).........}}}........)))))))))))))...
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.....(((((((.........................(((...)))...(((..............................(((((............))))).((((......))))..........................................(((...........(...)......((....((....))....))...............))).......)))........................................................(((...((........))...)))..........))))))).....................................((........))))))))......
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((.(((((((((.....)))))))))..))..))))..((((..((((((......)))))).((.(((((.((((((..........)))))).(((((....))))).(((.(((.((...(((((..(((((.((((.(((...((.(((((((...((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))......))))))).))...(((.....)))....)))..(((((((.((....))......))))))).((..(((.((((....)))).)))..))...........)))).)))))..))).))...))))).)))..))))))).)))).....)))))))))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.........(((((((.(((((((((.....))))))))).......((((((((.((((((((......)))))).)).......((((((..........)))))).(((((....))))).((((........(((((..(((....))).)))))..((.(((((((...((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))......))))))).)).............)))).)))))))).((((((....))..))))....((((.(((((((((((....))))...))))))).)))).)))))))...((((((((......)))))))).........)))).((((((..........))))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((.(((((((((.....)))))))))..))..))))..((((((((((((......)))))).)).(((((.((((((..........)))))).(((((....))))).(((.((.(((...(((((..(((((.((((((((.((((.(((((((...((((.(.((..((...((((((((....)))))))).))..))).))))......))))))).))...(((.....)))))..)))..(((((((.((....))......))))))).((..(((.((((....)))).)))..))..........))))).)))))..))).))...))))).)))..)))))...)))).....)))))))))))))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((..(((((((((...(((..))).(((((((..))))))).(((((((((((((((((......)))))).))(.((((((((((((........)))))))).(((((..))))).((........)).((((((...((..)).))).)))...(((.(((((......((...))((..).(((((((((..)))))))))(.(((........).)))))))))))))))))((((...))))..).)))))))).(((((.......).))))..(((((.(((((((((((((..)))))))))))))))))).))))))))).(((((((((........)))))))))(((((...)))))......)))))))))......
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................................................................................................................(......................(.....)...(.)...(...(.......).)......................(...)........(.....)......)..(.....)..................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((.(((((((((.....)))))))))..))..))))..(((...((((((......))))))......(((.((((((..........)))))).(((((....))))).(((.((.(((...(((((..(((((.((((.(((...((.(((((((...((((...((..(....((((((((....))))))))..)..))..))))......))))))).))...((((...))))....)))......((((((....))..))))........((..(((.((((....)))).)))..))...........)))).)))))..))).))...))))).)))..)))......))).....)))))))))))))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((((((((..((.(((((((((.....)))))))))..))..))))..((((..((((((......)))))).((.(((((.((((((..........)))))).(((((....))))).(((.(((.((...(((((..(((((.((((((((...((..((((((...((((...((..((...((((((((....)))))))).))..))..))))......))))))..))...((((...))))....)))..((((((((((........))).))))))).((..(((.((((....)))).)))..))..........))))).)))))..))).))...))))).)))..))))))).)))).....)))))))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...............)))....(((((....)))))..........((((.(((...((((((......)))))).(((....))).((((..........))))...(((((....)))))..((((..........((((....)))).((((((......))))))....))))..))).......((((((((....)))))))).))))..(((((...((((....(((((...........))))).))))...(((((((...............))))))).)))))...((((....))))....((((((........))))))..((((((((......))))))))................((((..........))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................

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