RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - ASE_00340

RNA: ASE_00340
Rfam family: RNaseP_bact_a

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.(........(((.(((((((...))))))).(((((((....)))))))..(((....((((.............((((...(((....))).))))....(((....((((((.......)))))).((((..((....))..)))).)))))))...))).)))...((..((((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...)))))).(((..(((.((((....)))).)))...)))........))....(((((......))))).))
CMfinder(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................((((.(....(((....)))....).(((....(((.............((..(.................)...))......((((((.......)))))).((((..((....))..)))))))........))).))))((((..((((......((((.(.......(.....)....).))...............)).....))))))))..(((.((((....)))).))).......................................
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((..((..((((((((......(((...((((((((....))))))))..)))...((((.......((..((((((...(((....))).)))....)))......(((((((........))))))).....))..(((((((....(((.........))).(((((..(((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...))))))))))..))))))))))).))))).)))....)).....))..(((((((.........)))))))
Carnac(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................(((....)))..................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..........((((((((((.....))))).((((............))))........................(((((..((((....)))))))...)).......((((((.......)))))).((((((((....)))))))).............))))).................((((((................(((.......)))....))))))...............((((((((....))))))))..................................)....
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((...)))))))((((((((....))))))))..........................(((...(((....))).)))............((((((.......))))))..((((.(((...(((((((.((......(((((.(((........))).......(((((((..(((....))).(((((((...))))))).))))))))))))....))....))))))).....))).))))................(((.(((((......))))))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((...)))))))(((..............))).........(((............(...(....((....))...).....).......((((((.......)))))).((((..((....))..))))....))).............(((..((((((....(((((((...............................)))))))...)))))))))...(((.((((....)))).))).......................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.....((.((((((((((.....)))))(((((((((....)))))))).)((...(((((.............((((...(((....)))........))))....((((((.......))))))(((((..((....))..)))).)..)))..))))))))))).....)(((......(((((((..(((....))).(((((.......))))).))))))).....))).......(((.((((....)))).)))....................(((((......))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............(((((((...)))))))((((((((....)))))))).........((........))....((((...(((....))).))))...........((((((.......))))))..((((.(((...(((((((((((..(..(((((.(((........))).......(((((((..(((....))).(((((((...))))))).))))))))))))..)))))...))))))).....))).))))................(((.(((((......))))))))
DAFS(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(())............((((((((....)))).(.)..........................(((...(((....))).)))...((((.....((((((.......)))))).((((((((....)))))))).........))))))))...(((..((((......((((((...............((((.......))))...)))))).....)))))))...((((((((....)))))))).................(.........)...........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((((((...)))))))((((((((....)))))))).(((....((((.............((((...(((....))).))))....(((....((((((.......)))))).((((............)))).)))))))...))))))).(((((..(((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...))))))))))..(((.((((....)))).))).....(((....[[[[[[.)))...........]]]]]]
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((.(((((((((((...)))))).((((((((....)))))))).(((....((((.............((((...(((....))).))))...........((((((.......)))))).((((..((....))..))))....))))..)))))))))).((..((((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...)))))).(((..(((.((((....)))).)))...)))........))(((.(((((......))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((((((...)))))))((((((((....)))))))).(((....((((.......((....((((...(((....))).))))....)).....((((((.......)))))).((((..((....))..))))....))))...))))))).((((..((((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...))))))))))..(((.((((....)))).)))................(((.(((((......))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.(.........(((((((((((...))))))).(.............)..........(((...........(((((((..((......))))))...)).).....((((((.......)))))).((((((((....))))))))....))).......))))........(((..((..(((((((.............((((((.....)).)))))))))))..)).))).....(.((((((((....)))))))))...............)..................))).
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Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
Mastr(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((....((.(((((((((((...)))))).((((((((....)))))))).(((....((((.............((((...(((....))).))))...........((((((.......)))))).((((..((....))..))))....))))..))))))))))(((..((((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...)))))))))...(((.((((....)))).))).............)).(((.(((((......))))))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((......(((((((((((...)))))))((((((((....))))))))........((((.....((((((((((((...)))(((((((........((((...(((((((.......))))((((([[[[[[........))))).........)))))))........)))))))...(((((((..(((....))).(((((((...))))))).))))))).)))...))))))...]]]]]])))))))).)))(((..))).........(((((((.........)))))))
Multilign(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(((((((((((...))))))).(((((((....)))))))..........................((((...(((....))).))))...........((((((.......)))))).((((..((....))..))))...(((.........)))...(((..(((((....(((((((....((.(((.((....))))).))......)))))))...))))))))....(((.((((....)))).)))...........)))).(((.(((((......))))))))
Murlet(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.......((........((.....))...(((.(((((..)))))(.)...........................)))....................((((.....((((((.......))))))..((.((((....)))).))..........))))........))............(((((...................................)))))((((...........((((((((....)))))))).((......)).........))))........)))....
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((((((((((gg((fd.((..hhh(iiiiiii))D.....((((((((.......{{{{([[[[.[[[[[(.bbbbb...)))))))).)HHH)F...((((....((((((ee.....))))))<<<<<<<<<<(..ccccccc)BBB]]]]...<<<))))>>>.EE..aaaa(..))jjjjjjj.......AAAA)..))GG)))))))))((((()CCCCCCC(((((.)]]]]]..>>>>>>>..)))))IIIIIII........((..>>>JJJJJJJ}}}}))...)))))BB
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((......(..((((((((((.....)))))(((((............)))).)((...(((((.((.........(((((..((........)))))...)).))....((((((.(...).))))))(((((((((....)))))))).)..)))..))))))))).).....((((.(....((((((...............(((((.....)))))...))))))...).)))).(..(.((((((((....)))))))))..).....).................(.....))....
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((...((.(((((((((((...)))))).((((((((....)))))))).(((....((((.............((((...(((....))).))))...........((((((.(....))))))).((((............))))....))))..))))))))))(((..((((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...)))))))))..((((.((((....)))).))).)..........))).(((.(((((......))))))))
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RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((.(((((((((((...)))))))((((((((....)))))))).(((....((((.............((((...(((....))).))))....(((....((((((.......)))))).((((..((....))..)))).)))))))...))))))))).((..((((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...)))))).(((..(((.((((....)))).)))...)))........))(((.(((((......))))))))
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RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................(.(....(((.....)))(........................................)............(...............).......).)....
RSpredict(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(............................................................................................((..........)....((((((.......))))))(((((..((....))..)))).)..)....................(((.....(.((((((...(((....))).((((((.....))))))..))))))...).).)).(((..(((.((((....)))).)))....)))...........................)....
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((.(((((((((((...)))))))((((((((....))))))))........((((.............((((...(((....))).))))....(((....((((((.......)))))).((((..((....))..)))).)))))))......)))))).((..((((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...))))))))....(((.((((....)))).)))................(((.(((((......))))))))
TurboFold(20)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((.(((.(((((((...)))))))((((((((....)))))))).(((....((((.............((((...(((....))).))))...........((((((.......)))))).((((..((....))..))))....))))...))).))))).....((((((....(((((((..(((....))).(((((((...))))))).)))))))...)))))).(((..(((.((((....)))).)))...)))..........(((.(((((......))))))))
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Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((((.....)))))).(((((((....)))))))..........(((......(((............)))(((......)))..))).....((((((.......)))))).((((............))))..(((((......((((.........(((..........)))....)))).....((((((.....)))))).)))))..(((((((....))).....((((....))))..................))))..(((((......)))))...
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((.(((((((((.....)))))).(((((((....))))))).........((((.............((((......[[[[.[[.))))...]]]]]]..((((((.......)))))).((((............))))....))))......)))........(((((.....<<<<<<<......)))))..((((((.....)))))).>>>>>>>((((....(((.........{{{))).}}}...................))))..(((((......))))))))

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